Método para detectar la expresión de SENP1 en una muestra biológica,

en el que la expresión de SENP1 se encuentra incrementada en dicha muestra en comparación con una muestra que es conocido o se sospecha que no contiene células de cáncer, comprendiendo el método las etapas de determinar la cantidad de SENP1 mediante la detección del ARNm codificante de SENP1 en una muestra biológica procedente de un individuo que presenta o que se sospecha que presenta cáncer renal.

SENP1 como marcador de cáncer.

CAMPO DE LA INVENCIÓN

La presente invención proporciona métodos para detectar células de cáncer mediante la detección de la cantidad de SENP1 y/o telomerasa en una muestra.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

La mayoría de células en el cuerpo humano adulto normal no se divide. Sin embargo, las células de cáncer escapan a la regulación del crecimiento y se dividen sin restricciones. Para ello, deben replicar sus cromosomas, incluyendo los extremos de estos cromosomas, denominados telómeros. La activación del enzima, la telomerasa, que añade secuencia telomérica a los extremos cromosómicos (revisado en Collins K., Curr. Opin. Cell Biol. 12:378-383, 2000) puede superar dicha senescencia. Ver Bodnar A.G., Science 279:349-352, 1998; revisado en De Lange T., Science 279:334-335, 1998. Las líneas celulares con telomerasa activa se inmortalizan. In vivo, las células anteriormente senescentes con telomerasa activa crecen para convertirse en tumores. La actividad de telomerasa se ha detectado en esencialmente la totalidad de los tipos principales de cáncer (Shay J.W. y Bacchetti S., Eur. J. Cancer 33:787-791, 1997; Cong Y.S., Microbiol. Mol. Biol. Rev. 66:407-425, 2002) . Hanahan y Weinberg consideran la expresión de la subunidad catalítica de la telomerasa como uno de los seis sucesos clave comunes al cáncer (Cell 100:57-70, 2000) . La expresión de los genes codificantes de la telomerasa (TERT y TERC) se ha propuesto como marcador molecular para el diagnóstico, seguimiento y pronóstico del cáncer.

La patente WO nº 2004/031412 da a conocer que SENP1 se encuentra regulado negativamente en el cáncer pancreático. La patente WO nº 01/22920 da a conocer ADNc codificante de antígeno de cáncer de colon humano con SEC ID nº 1655, que corresponde al 100% de SENP1 entre los nt. 427 y 789. La patente US nº 6.596.527 da a conocer la SEC ID nº 1, que es idéntica a SENP1 y, además, un método para identificar los moduladores de SENP1. La patente WO nº 01/09292 da a conocer las secuencias de ácidos nucleicos y proteicas de SENP1. Las patentes US nº 2004/0029114 y WO nº 2004/031414 da a conocer SENP1 en relación al cáncer de mama y al cáncer de próstata, respectivamente. La patente EP nº 1.108.789 da a conocer métodos y reactivos para cuantificar la expresión de ARN de hTERT, que resulta útil para el diagnóstico y pronóstico del cáncer. Hiroyuki, A. et al., Oncogene 23:3495-3500, 2004, da a conocer que el gen Niban se expresa comúnmente en carcinomas renales y que podría ser un nuevo marcador de la carcinogénesis renal. Sin embargo, no todos los tumores de un tipo de cáncer dado contienen niveles detectables de actividad de la telomerasa. Ver, por ejemplo, Shay, J.W. y Bacchetti, S. Eur. J. Cancer, 33:787-791, 1997) ; Yan P. et al. Cancer Res. 59:3166-3170, 1999. Por lo tanto, resulta importante identificar los marcadores moleculares que identifican los tumores inmortalizados por un mecanismo independiente de telomerasa.

BREVE DESCRIPCIÓN RESUMIDA DE LA INVENCIÓN

La presente invención proporciona datos que demuestran que existe una asociación entre el cáncer de vejiga y la cantidad de expresión de SENP1. De esta manera, SENP1 proporciona un marcador útil para la detección del cáncer renal.

En algunas realizaciones, la presente invención proporciona métodos para detectar la expresión de SENP1 en una muestra biológica. En algunas realizaciones, los métodos comprenden determinar la cantidad de SENP1 en una muestra biológica de un individuo que presenta o que se sospecha que presenta cáncer renal.

En algunas realizaciones, los métodos comprenden determinar la cantidad de SENP1 en una muestra biológica de un individuo y el registro de un diagnóstico de cáncer renal. En algunas realizaciones, los métodos comprenden determinar la cantidad de SENP1 en una muestra biológica de un individuo, en los que se selecciona la muestra biológica de entre el grupo que consiste de una biopsia renal y una muestra de heces. En algunas realizaciones, los métodos comprenden además registrar un diagnóstico de cáncer renal.

En algunas realizaciones, el método comprende además la obtención de la muestra biológica a partir del individuo.

En algunas realizaciones, los métodos comprenden además registrar un diagnóstico de cáncer renal.

En algunas realizaciones, la cantidad de SENP1 se detecta mediante la detección de un polinucléotido codificante de SENP1 en la muestra. En algunas realizaciones, se determina la secuencia de los polinucleótidos. En algunas realizaciones, la etapa de detección comprende amplificar el polinucleótido en una reacción de amplificación. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación comprende por lo menos dos oligonucleótidos diferentes, comprendiendo una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de secuencia SEC ID nº 1, o un complemento de la misma, de manera que, durante la reacción de amplificación, los oligonucleótidos ceban la amplificación de por lo menos un fragmento de secuencia SEC ID nº 1. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación es una reacción de amplificación cuantitativa. En algunas realizaciones se detecta el producto de amplificación de la reacción de amplificación en una etapa que comprende hibridar un oligonucleótido detectablemente marcado con el producto. En algunas realizaciones, el oligonucleótido detectablemente marcado comprende una fracción fluorescente. En algunas realizaciones, el oligonucleótido detectablemente marcado comprende un grupo desactivador. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación comprende una ácido nucleico polimerasa dependiente de molde que presenta actividad 5' a 3' exonucleasa bajo condiciones que permiten que la polimerasa fragmente el oligonucleótido detectablemente marcado. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación es una reacción en cadena de polimerasa-transcriptasa inversa (RT-PCR) . En algunas realizaciones, la reacción de RT-PCR es una reacción de RT-PCR cuantitativa. En algunas realizaciones, se normaliza la cantidad del polinucleótido.

En algunas realizaciones, el método comprende además determinar la cantidad de telomerasa en la muestra biológica. En algunas realizaciones, se detecta la telomerasa mediante la detección de la actividad de telomerasa. En algunas realizaciones se detecta la actividad de telomerasa mediante la detección del alargamiento de un oligonucleótido que comprende dos o más repeticiones de TTAGG.

En algunas realizaciones, se detecta la telomerasa mediante la detección de un componente de la telomerasa en la muestra. En algunas realizaciones, el componente es ARN de telomerasa humana (TERC) . En algunas realizaciones, el componente es proteína transcriptasa inversa de telomerasa humana (TERT) . En algunas realizaciones, se detecta telomerasa mediante la detección de ARNm de proteína transcriptasa inversa de telomerasa inversa (TERT) . En algunas realizaciones, el método comprende amplificar un polinucleótido SENP1 y un polinucleótido telomerasa en una reacción de amplificación multiplex. En algunas realizaciones, el polinucleótido de telomerasa es ARN de telomerasa humana (TERC) . En algunas realizaciones, el polinucleótido de telomerasa es ARNm de proteína transcriptasa inversa de telomerasa humana (TERT) . En algunas realizaciones, el método comprende además comparar la cantidad de SENP1 y telomerasa en la muestra con un estándar de SENP1 y una estándar de telomerasa, respectivamente, en la que el estándar de SENP1 representa SENP1 en células no de cáncer y el estándar de telomerasa representa cantidades de telomerasa en células no de cáncer. En algunas realizaciones, los estándares son valores predeterminados.

En algunas realizaciones el individuo es un ser humano. En algunas realizaciones, el método comprende además registrar un pronóstico para el tratamiento del cáncer y/o la supervivencia del individuo. En algunas realizaciones, el método comprende además registrar la progresión del cáncer en el individuo.

La presente exposición se refiere además a métodos para identificar un antagonista de SENP1. En algunas realizaciones, los métodos comprenden poner en contacto una pluralidad de agentes con una célula que expresa SENP1, en donde la célula no expresa telomerasa y la célula expresa un fenotipo neoplásico, y seleccionar un agente que inhibe un fenotipo neoplásico, identificando de esta manera un antagonista de SENP1.... [Seguir leyendo]

1. Método para detectar la expresión de SENP1 en una muestra biológica, en el que la expresión de SENP1 se encuentra incrementada en dicha muestra en comparación con una muestra que es conocido o se sospecha que no contiene células de cáncer, comprendiendo el método las etapas de determinar la cantidad de SENP1 mediante la detección del ARNm codificante de SENP1 en una muestra biológica procedente de un individuo que presenta o que se sospecha que presenta cáncer renal.

2. Método según la reivindicación 1, en el que el método comprende además registrar un diagnóstico de cáncer renal.

3. Método según la reivindicación 1, en el que la etapa de detección comprende amplificar el ARN en una reacción de amplificación.

4. Método según la reivindicación 3, en el que la reacción de amplificación comprende por lo menos dos oligonucleótidos diferentes, comprendiendo una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de secuencia SEC ID nº 1, o un complemento de la misma, de manera que, durante la reacción de amplificación, los oligonucleótidos ceban la amplificación de por lo menos un fragmento de secuencia SEC ID nº 1.

5. Método según cualquiera de las reivindicaciones 3 a 4, en el que el producto de amplificación de la reacción de amplificación en una etapa que comprende hibridar un oligonucleótido detectablemente marcado con el producto.

6. Método según cualquiera de las reivindicaciones 3 a 5, en el que la reacción de amplificación comprende una ácido nucleico polimerasa dependiente de molde que presenta una actividad 5' a 3' exonucleasa bajo condiciones que permiten que la polimerasa fragmente el oligonucleótido detectablemente marcado.

7. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, en el que el método comprende además determinar la cantidad de telomerasa en la muestra biológica.

8. Método según la reivindicación 7, en el que el método comprende además comparar la cantidad de SENP1 y de telomerasa en la muestra con un estándar de SENP1 y con un estándar de telomerasa, respectivamente, en el que el estándar de SENP1 representa SENP1 en células no de cáncer y el estándar de telomerasa representa cantidades de telomerasa en células no de cáncer.

9. Método de detección de la expresión de SENP1 según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que la muestra biológica es una biopsia renal.