Firmas de expresión génica para nefropatía de aloingerto crónica/esclerosante.

Método de clasificación del estadio de nefropatía de aloinjerto crónica/esclerosante en un sujeto que padece rechazo crónico de un riñón trasplantado,

que comprende las etapas de:

(a) determinar el nivel de expresión en una muestra tras el trasplante de un sujeto de los genes identificados en la tabla 1;

(c) comparar el nivel de expresión génica de dichos genes en la muestra tras el trasplante con la magnitud de expresión génica de los mismos genes en una muestra control para generar un perfil de expresión diferencial; y

(d) comparar el perfil de expresión diferencial con uno o más perfiles de expresión diferencial de referencia indicativos de uno más estadios de nefropatía de aloinjerto crónica/esclerosante, clasificando de ese modo el estadio de nefropatía de aloinjerto crónica/esclerosante en el sujeto.

Firmas de expresión génica para nefropatía de aloinjerto crónica/esclerosante.

Campo de la invención Esta invención se refiere en general a las pruebas analíticas de muestras de tejido in vitro, y más particularmente a pruebas basadas en genes o proteínas útiles en el diagnóstico clínico de nefropatía de aloinjerto crónica.

Antecedentes de la invención El éxito del trasplante de riñón conduce a tasas de supervivencia del injerto a un año del orden del 90% y se correlaciona con el desarrollo de agentes inmunosupresores potentes para prevenir y tratar episodios de rechazo de trasplante agudo ("RA") . La disfunción del trasplante crónica es un fenómeno en trasplantes de órganos sólidos que presentan un deterioro gradual de la función del injerto de meses a años tras el trasplante, conduciendo en última instancia a fracaso del injerto, y que va acompañada por rasgos histológicos característicos. Clínicamente, la disfunción crónica del trasplante en injertos de riñón, por ejemplo, nefropatía de aloinjerto crónica/esclerosante ("chronic/sclerosing allograft nephropathy", "CAN") es la causa principal de pérdida del injerto tardía (aproximadamente el 3-5% al año) . CAN (también denominado rechazo crónico (RC) , se manifiesta por sí misma como una disminución lentamente progresiva en la tasa de filtración glomerular, habitualmente conjuntamente con proteinuria e hipertensión arterial. Este trastorno representa una consecuencia de la lesión inmunológica (por ejemplo, rechazo crónico) y el daño no inmunológico (por ejemplo, nefroesclerosis hipertensiva, o nefrotoxicidad de inmunosupresores como ciclosposrina A) combinados, que conducen en última instancia a fibrosis y esclerosis del aloinjerto, asociadas con pérdida progresiva de la función renal. A pesar de la aplicación clínica de potentes fármacos inmunorreguladores y agentes biológicos, el rechazo crónico sigue siendo una complicación tras el trasplante grave y común. El rechazo crónico es un proceso progresivo sin pausa. No existe todavía ninguna terapia satisfactoria para CAN.

La única causa más común para el fracaso del injerto temprano, especialmente en el plazo de un mes tras el trasplante, es el rechazo inmunológico del aloinjerto. El impacto desfavorable del rechazo se magnifica por el hecho de que: (a) el uso de terapia antirrechazo a alta dosis, superpuesto con la inmunosupresión de mantenimiento, es responsable principalmente de la morbimortalidad asociada con el trasplante, (b) la inmunización contra especificidades de HLA "públicas" resultante de un injerto rechazado hace que sea difícil volver a someter a un trasplante a esta población de pacientes y (c) el retorno del receptor inmunizado con un injerto fracasado al conjunto de pacientes que esperan un trasplante potencia el perpetuo problema de la escasez de órganos.

La evaluación histopatológica del tejido de biopsia es el método de referencia para el diagnóstico de CAN, mientras que la predicción de la aparición de CAN es actualmente imposible. El diagnóstico de CAN se basa a menudo en la interpretación dependiente del observador de alteraciones histológicas inespecíficas, y el pronóstico del paciente sigue siendo difuso.

La diferenciación del diagnóstico de rechazo, por ejemplo, CAN, de otras etiologías para la disfunción del injerto y la institución de una terapia eficaz es un proceso complejo porque: (a) la biopsia de injertos con aguja gruesa percutánea, la mejor de las herramientas actuales disponibles para diagnosticar el rechazo se realiza habitualmente tras el "hecho", es decir, la disfunción del injerto y el daño del injerto (irreversible en algunos casos) ya están presentes, (b) el análisis morfológico del injerto proporciona pistas modestas con respecto a la posibilidad de revertir un episodio de rechazo dado, y pistas mínimas referentes a la probabilidad de recaída ("rebote") , y (c) la base mecanística del fenómeno de rechazo, un requisito previo para el diseño de estrategias terapéuticas, está escasamente definida por los índices de diagnóstico actuales, incluyendo características morfológicas de rechazo.

El diagnóstico de, por ejemplo, rechazo de aloinjerto renal se realiza habitualmente por el desarrollo de la disfunción de injerto (por ejemplo, un aumento en la concentración de creatinina sérica) y pruebas morfológicas de lesión del injerto en zonas del injerto que también manifiestan infiltración de células mononucleares. Sin embargo, se aplican dos advertencias al uso de la función renal anómala como indicador del proceso de rechazo: en primer lugar, el deterioro de la función renal no siempre está disponible como pista clínica para diagnosticar el rechazo puesto que muchos de los injertos renales cadavéricos padecen insuficiencia renal aguda (reversible) en el periodo tras el trasplante inmediato debido a lesión por los procedimientos de recogida y conservación ex vivo. En segundo lugar, incluso cuando está presente función renal inmediatamente intacta, podría desarrollarse disfunción del injerto debida a una causa no inmunológica, tal como la propia terapia inmunosupresora.

Por ejemplo, la nefrotoxicidad por ciclosporina (CsA) , una complicación que no se identifica fácilmente basándose únicamente en las concentraciones plasmáticas/sanguíneas de CsA, es una complicación común. La importancia clínica de distinguir el rechazo de la nefrotoxicidad por CsA no puede exagerarse, puesto que las estrategias terapéuticas son diametralmente opuestas: el aumento escalonado de los inmunosupresores para el rechazo, y la reducción de la dosificación de CsA para la nefrotoxicidad.

Como tales, las modalidades de diagnóstico y monitorización actuales no son indicadas para el diagnóstico de CAN, particularmente en el estadio temprano y se necesitan nuevas estrategias para mejorar la supervivencia del injerto a largo plazo. Por consiguiente, existe una necesidad de identificar pruebas basadas en genes o proteínas que sean más sensibles y que puedan usarse en el diagnóstico clínico del rechazo, especialmente en un estado temprano y/o preclínico. Específicamente, el diagnóstico molecular, como la obtención del perfil de expresión génica, puede ayudar a refinar adicionalmente la clasificación de la enfermedad BANFF 97 (Racusen, et al., 1999, Kidney Int. 55 (2) :713-23) , y también puede emplearse como biomarcadores de diagnóstico temprano o predictivos. La predicción y el diagnóstico exactos del desenlace del episodio de CAN son cruciales en la tendencia para optimizar los tratamientos y prevenir el desarrollo de CAN y pérdida de función renal.

Sumario La presente invención se basa, en parte, en el hallazgo de que el aumento o la disminución de la expresión de uno o más genes y/o proteínas codificadas puede asociarse de manera fiable con ciertos estados de rechazo de injertos. Por tanto, como resultado de los datos descritos en el presente documento, están ahora disponibles métodos para el diagnóstico rápido y fiable de rechazo agudo y crónico, incluso en casos en los que las biopsias de aloinjertos muestran sólo infiltrados celulares leves.

Se describe en el presente documento por primera vez un análisis de genes que se regulan por incremento y/o se regulan por disminución simultáneamente, y que proporcionan una "firma molecular" para detectar y/o clasificar de manera exacta el rechazo crónico de trasplantes. El diagnóstico temprano del rechazo de aloinjertos (por ejemplo, rechazo de aloinjerto renal) y nuevos marcadores de pronóstico son importantes para minimizar y personalizar la inmunosupresión. Además del diagnóstico diferencial histopatológico, la obtención del perfil de expresión génica mejora significativamente la clasificación de la enfermedad definiendo estas firmas moleculares.

Por tanto, los resultados del estudio presentados en el presente documento demuestran la capacidad para usar el análisis de la firma molecular para diferenciar clases de rechazo de aloinjertos. Por primera vez, este trabajo ha mostrado que una firma molecular podría diferenciar biopsias según la gravedad gradual de CAN (I, II, III) . La lista de 33 conjuntos de sondas/genes identificados en este análisis clasificaba correctamente los grados de CAN con un 90% de exactitud en seres humanos y un 100% de exactitud es un estudio con NHP de CAV. Es difícil lograr una tasa de clasificación errónea inferior debido a la ambigüedad inherente del diagnóstico histopatológico visual. Las diferencias entre CAN de grado I y II son ligeras y propensas a ponderación subjetiva por patólogos individuales. Esta tendencia está bien... [Seguir leyendo]

1. Método de clasificación del estadio de nefropatía de aloinjerto crónica/esclerosante en un sujeto que padece rechazo crónico de un riñón trasplantado, que comprende las etapas de:

(a) determinar el nivel de expresión en una muestra tras el trasplante de un sujeto de los genes 5 identificados en la tabla 1;

(c) comparar el nivel de expresión génica de dichos genes en la muestra tras el trasplante con la magnitud de expresión génica de los mismos genes en una muestra control para generar un perfil de expresión diferencial; y

(d) comparar el perfil de expresión diferencial con uno o más perfiles de expresión diferencial de referencia 10 indicativos de uno más estadios de nefropatía de aloinjerto crónica/esclerosante,

clasificando de ese modo el estadio de nefropatía de aloinjerto crónica/esclerosante en el sujeto.

2. Método según la reivindicación 1, en el que dichos genes seleccionados tienen un perfil de expresión que distingue CAN en estadio III de estadios anteriores.