Procedimiento para diagnosticar una enfermedad inflamatoria intestinal en un paciente,

que comprende determinar el aumento o la disminución en comparación con una muestra de mucosa normal de Moraxella sp. del grupo Pseudomonas, Comamonas sp. del grupo Acidovorax, Cryseobacterium sp. del grupo I Cytophaga, Enterococcus sp. del grupo Enterococcus, Bacteroides sp. del grupo Bacteroides, Propionibacterium sp. del grupo Propionibacterium, Ruminococcus sp. del grupo de Clostridium Coccoides y Bacteroides sp. en una muestra de tejido de la mucosa del colon de dicho paciente, en el que

(a) la enfermedad inflamatoria intestinal es la enfermedad de Crohn y en el que un aumento de Moraxella sp., Comamonas sp. y Chryseobacter sp. y una disminución de Bacteroides sp., Propionibacterium sp., Enterococcus sp. y Ruminococcus sp. indica la enfermedad de Crohn en dicho paciente, o en el que

(b) la enfermedad inflamatoria intestinal es la colitis ulcerosa y en el que un aumento de Moraxella sp., Comamonas sp. y Enterococcus sp. y una disminución de Bacteroides sp., Propionibacterium sp., Chryseobacter sp. y Ruminococcus sp. indica colitis ulcerosa en dicho paciente.

Composiciones y procedimientos para el diagnostico de trastornos del colon. Esta solicitud reivindica los derechos de la solicitud provisional US n° 60/623.771, presentada el 1 de noviembre de 2004 y de la solicitud provisional US n° 60/646.592, presentada el 26 de enero de 2005.

Antecedentes de la invencion

La colitis ulcerosa y la enfermedad de Crohn son enfermedades inflamatorias cronicas del colon y del recto. Aunque los corticosteroides, los aminosalicilatos y los inmunomoduladores han proporcionado alguna ventaja en el tratamiento de la colitis ulcerosa, la anastomosis de la bolsa ileoanal por proctocolectomia restauradora (RP/IPAA) sigue siendo el tratamiento estandar para la gestion de la enfermedad esteroide-refractaria activa de forma prolongada. La complicacion mas corriente y debilitante de la IPAA es una inflamacion sintomatica de la bolsa del ileon o pouchitis. Estudios anteriores han demostrado una disminucion significativa en la calidad de vida (IBDQ y SF36) cuando RP/IPAA se complica por pouchitis. La frecuencia de la pouchitis esta entre el 30 y 50% hasta 5 aros despues de la operacion, siendo la mayoria de los casos iniciales en los primeros 3-6 meses. Clinicamente, la pouchitis se caracteriza por aumento en la frecuencia de las deposiciones, urgencia fecal, hemorragia rectal y malestar general. Sin embargo, el diagnostico de la pouchitis es una combinacion de criterios clinicos, endoscopicos e histologicos. Existe un gran debate en cuanto a si la pouchitis es una extension de la colitis ulcerosa o una enfermedad distinta. No ha habido ningun dato que favorezca fuertemente ninguna de las dos. Aunque se han propuesto muchas teorias, el mecanismo exacto de la enfermedad en pouchitis sigue siendo impreciso. La respuesta clinica espectacular a los antibioticos en la pouchitis sugiere que la microflora puede desemperar una funcion causal. A pesar de una respuesta inicial a los antibioticos del 80%, el 60% de los pacientes presenta episodios de recaida de pouchitis y hasta el 30% de los pacientes desarrollan pouchitis cronica sintomatica. No se han realizado estudios hasta la fecha para identificar ningun patron u organismo especifico de microflora en la patogenia de la pouchitis. En este estudio, los autores introducen Heterogeneidad de la Longitud del Amplicon, una nueva tecnica de cultivo independiente para la caracterizacion detallada de la microflora en la pouchitis. El documento WO03053220 describe un procedimiento de diagnostico de la enfermedad de Crohn o la colitis ulcerosa utilizando una sonda que detecta la flagelina de Helicobacter bilis o una bacteria desconocida en la que un aumento indica un estado de la enfermedad. Los cambios en la flora microbiana se han asociado la enfermedad inflamatoria intestinal y especificamente a la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa (Seksik et al., 2003, Gut 52:237-242; Ott et al., 2004, Gut 53: 685-693; Kleesen et al., Scand. J. Gastroenterol. 37: 1034-1041; Linskens et al., 2002, Scand. J. Gastroenterol. 36 Suppl. 234: 29-40) .

Descripcion de los dibujos

Figura 1. Histograma de tejido de Crohn y huellas con HLA del lumen. Figura 2. Histograma de tejido de colitis ulcerosa y huellas con HLA del lumen. Figura 3. Analisis principal de coordenadas (PCO) de huellas de Crohn y HLA de colitis ulcerosa. Figura 4. Histograma de bolsa normal y huellas con HLA de tejido de pouchitis. Figura 5. Analisis de coordenadas del principio (PCO) de huellas con HLA de pouchitis. Figura 6. Identificacion de los picos en histograma de la bolsa normal y pouchitis.

Descripcion de la invencion

La presente descripcion se refiere a procedimientos y composiciones para el diagnostico, seguimiento, pronostico, analisis, etc., de enfermedades polimicrobianas. Una enfermedad polimicrobiana es una enfermedad o afeccion que esta asociada a la presencia de al menos dos microorganismos diferentes, incluyendo, por ejemplo, las asociaciones entre bacteria-bacteria, virus-virus, parasito-parasito, bacteria-virus, bacteria-parasito y virus-parasito. Un procedimiento preferido de determinacion de la poblacion microbiana presente en una enfermedad polimicrobiana es la heterogeneidad de la longitud del amplicon (UHLAU) . Los ejemplos de enfermedades polimicrobianas comprenden de manera no limitativa, por ejemplo, la coinfeccion de Borrelia y Ehrlichia en la borreliasis de Lyme; infecciones mixtas virico-bacterianas durante epidemias de gripe; enfermedades respiratorias; gastroenteritis; conjuntivitis; queratitis, hepatitis, enfermedades periodontales, infecciones genitales; infecciones intra-abdominales; enfermedades intestinales inflamatorias; infecciones de las vias urinarias; infeccion necrosante de tejidos blandos. La presente invencion se refiere tambien a la poblacion microbiana presente en el aparato digestivo y el lumen en pacientes normales, y en pacientes con enfermedades del aparato digestivo, especialmente enfermedades del colon, tales como la enfermedad inflamatoria intestinal, incluyendo la colitis ulcerosa, el sindrome de Crohn y la pouchitis. La presente invencion se refiere especialmente a composiciones y procedimientos para diagnosticar, pronosticar, y/o hacer el seguimiento de la evolucion de la enfermedad de las enfermedades y afecciones mencionadas, por ejemplo, para determinar la presencia de la enfermedad en un paciente, para determinar un regimen terapeutico, para determinar la aparicion de la enfermedad activa, para determinar la predisposicion a la enfermedad, para determinar el curso de la enfermedad, etc.

La presente invencion proporciona procedimientos para el diagnostico y seguimiento de la evolucion de la enfermedad de enfermedades inflamatorias intestinales, tales como la colitis ulcerosa, la enfermedad de Crohn o la pouchitis, que comprende determinar la presencia o ausencia de microbios, tales como bacterias, en una muestra de colon o lumen extraida de dicho paciente. La invencion no se limita a la forma en que se lleva a cabo la determinacion; se puede utilizar cualquier procedimiento adecuado. El termino UmicrobioU incluye virus, bacterias, hongos y protistas. Aunque la descripcion siguiente se puede redactar desde el punto de vista de bacterias, puede utilizarse cualquier microbio. La invencion se refiere a un procedimiento para el diagnostico de una enfermedad inflamatoria intestinal en un paciente, que comprende determinar el aumento o disminucion en comparacion con una muestra de mucosa normal de Morexella sp. del grupo de las Pseudomonas, de Comamonas sp. del grupo Acidovorax, Cr y seobacterium sp. del grupo I Cytophaga, Enterococus sp.del grupo de los Enterococcus, Bacteroides sp. del grupo Bacteroides, Propionibacterium sp. del grupo Propionibacterium, Ruminoccocus sp. del grupo Clostridium Coccoides y Bacteroides sp. en una muestra de tejido de la mucosa del colon de dicho paciente, en el que

(a) la enfermedad inflamatoria intestinal es la enfermedad de Crohn y en el que un aumento de Moraxella sp., Comomonas sp.y Chr y seobacter sp.y una disminucion de Bacteroides sp., Propionibacterium sp., Enterococcus sp.y Ruminococcus sp. indica la enfermedad de Crohn en dicho paciente, o en el que

(b) la enfermedad inflamatoria intestinal es la colitis ulcerosa y en el que un aumento de Moraxella sp., Comomonas sp.y Enterococcus sp. y una disminucion de Bacteroides sp., Propionibacterium sp., Chr y seobacter sp. y Ruminococcus sp. indica colitis ulcerosa en dicho paciente.

El procedimiento de la invencion puede comprender ademas determinar el aumento o disminucion de una o mas bacterias seleccionadas de entre el grupo constituido por Bacteriodes sp., Ruminococcus sp., Moraxella sp. y Comomonas sp. en una muestra del lumen del paciente.

La invencion se refiere tambien a un procedimiento para diagnosticar pouchitis en un paciente de ileal-bolsa, que comprende detectar Fusobacter sp., Propionibacterium sp. y al menos una de las bacterias del grupo de E.coli y/o Shigella sp. en una muestra de tejido de la mucosa del colon de dicho paciente, en el que un aumento de Fusobacter sp. y una disminucion de una o mas de las bacterias del grupo de E. coli y/o Shigella sp. en comparacion con una muestra de bolsa normal y ausencia de Propionibacterium sp. es diagnostico de pouchitis.

La presente descripcion se refiere a cualquier composicion o procedimiento que es adecuado para la deteccion de una poblacion microbiana en una muestra (por ejemplo, de un paciente que padece una enfermedad polimicrobiana) , tal como una muestra de aparato digestivo, lumen o heces. Una muestra de lumen es de interior del intestino.

Cualquier marcador que sea adecuado para identificar y distinguir... [Seguir leyendo]

REIvINDICACIoNEs

1. Procedimiento para diagnosticar una enfermedad inflamatoria intestinal en un paciente, que comprende determinar el aumento o la disminucion en comparacion con una muestra de mucosa normal de Moraxella sp. del grupo Pseudomonas, Comamonas sp. del grupo Acidovorax, Cr y seobacterium sp. del grupo I Cytophaga, Enterococcus sp. del grupo Enterococcus, Bacteroides sp. del grupo Bacteroides, Propionibacterium sp. del grupo Propionibacterium, Ruminococcus sp. del grupo de Clostridium Coccoides y Bacteroides sp. en una muestra de tejido de la mucosa del colon de dicho paciente, en el que

(a) la enfermedad inflamatoria intestinal es la enfermedad de Crohn y en el que un aumento de Moraxella sp., Comamonas sp. y Chr y seobacter sp. y una disminucion de Bacteroides sp., Propionibacterium sp., Enterococcus sp. y Ruminococcus sp. indica la enfermedad de Crohn en dicho paciente, o en el que

(b) la enfermedad inflamatoria intestinal es la colitis ulcerosa y en el que un aumento de Moraxella sp., Comamonas sp. y Enterococcus sp. y una disminucion de Bacteroides sp., Propionibacterium sp., Chr y seobacter sp. y Ruminococcus sp. indica colitis ulcerosa en dicho paciente.

2. Procedimiento segun la reivindicacion 1, que comprende ademas determinar el aumento o la disminucion de una

o mas bacterias seleccionadas de entre el grupo constituido por Bacteriodes sp., Ruminococcus sp., Moraxella sp. y Comamonas sp. en una muestra de lumen del paciente.

3. Procedimiento para diagnosticar pouchitis en un paciente con bolsa del ileon, que comprende detectar Fusobacter sp., Propionibacterium sp. y por lo menos una de las bacterias del grupo de E.coli y/o Shigella sp. en una muestra de tejido de la mucosa del colon de dicho paciente, en el que un aumento de Fusobacter sp. y una disminucion de una o mas de las bacterias del grupo de E.coli y/o Shigella sp. en comparacion con una muestra de bolsa normal y la ausencia de Propionibacterium sp. es diagnostico de pouchitis.

4. Procedimiento segun cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que las bacterias se detectan utilizando un anticuerpo especifico para dichas bacterias.

5. Procedimiento segun cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que las bacterias son detectadas utilizando una sonda de oligonucleotidos especifica para dichas bacterias.

6. Procedimiento segun la reivindicacion 5, en el que las bacterias son detectadas utilizando tecnica de huella de acidos nucleicos, RCP, secuenciacion de nucleotidos, inmunotransferencia Southern, y/o micromatrices de ADN que comprenden una pluralidad de secuencias especificas para una o mas de dichas bacterias.

7. Procedimiento segun cualquiera de las reivindicaciones 5 o 6, en el que dicha sonda de oligonucleotidos hibrida con una pequera subunidad de ARN ribosomico o con una gran unidad de ARN ribosomico.

8. Procedimiento segun la reivindicacion 7, en el que dicha sonda de oligonucleotidos hibrida con las regiones variables o las regiones de helice de dicho ARN ribosomico.

9. Utilizacion de un procedimiento segun cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, para pronosticar y/o para realizar el seguimiento del curso de una enfermedad inflamatoria intestinal en un sujeto.