COLORANTES DE ÁCIDOS NUCLEICOS DIMÉRICOS Y TRIMÉRICOS, Y SISTEMAS Y PROCEDIMIENTOS ASOCIADOS.

Colorantes de ácidos nucleicos diméricos y triméricos, y sistemas y procedimientos asociados. ANTECEDENTES [0001] Se han usado colorantes fluorescentes para la detección y el análisis de muestras biológicas. Como los colorantes fluorescentes son muy sensibles, se pueden usar para detectar un número muy pequeño de moléculas fluorescentes. Por ejemplo, dichos colorantes fluorescentes se pueden usar para detectar menos de 50 moléculas fluorescentes que se asocian con células. Barak, y col., J. Cell Biol. 90, 595 (1981). [0002] Se pueden usar colorantes fluorescentes como sondas para uso en formación de imágenes en células vivas o muestras de tejidos. Por ejemplo, una sonda de colorante fluorescente unida a un receptor sobre la superficie de células de Dictyosrelium se ha usado en la formación de imágenes de una única molécula de AMPc marcado fluorescentemente. Ueda, y col., Science 294, 864 (2001). Algunas sondas fluorescentes que tienen diferentes longitudes de onda fluorescentes se pueden usar para llevar a cabo adquisición de imágenes multicolor en células vivas o muestras de tejidos. Las sondas fluorescentes son muy sensibles, de relativamente baja toxicidad, y fáciles de eliminar con respecto a sondas radioactivas. [0003] Se pueden usar colorantes fluorescentes en la detección de ácidos nucleicos, incluyendo ADN y ARN y muestras biológicas que implican ácidos nucleicos. Los polímeros de ácidos nucleicos tales como ADN y ARN están implicados en la transmisión de información genética de una generación a la siguiente y en el funcionamiento rutinario de los organismos vivos. Los ácidos nucleicos son por tanto de interés y objetos del estudio. Los colorantes de ácidos nucleicos que se unen específicamente a los ácidos nucleicos y forman complejos muy fluorescentes son herramientas útiles para dicho estudio. Estos colorantes se pueden usar para detectar la presencia y cantidades de ADN y ARN en una variedad de medios, incluyendo disoluciones puras, extractos celulares, geles electroforéticos, chips de micromatrices, células vivas o fijadas, células muertas, y muestras ambientales. Estos colorantes se pueden usar para la detección cuantitativa del ADN en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR), que es una técnica usada en la investigación genómica y el diagnóstico médico. [0004] La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es una reacción de extensión del cebador que proporciona un procedimiento para amplificar ácidos nucleicos específicos in vitro. Por lo general, en la PCR, la disolución de reacción se mantiene durante un corto periodo a cada una de tres temperaturas, 96°C, 60°C y 72°C, para permitir la separación o desnaturalización de la cadena, la hibridación, y la extensión de la cadena, respectivamente. Estas tres etapas de temperatura se repiten durante 30 o 40 ciclos con el uso de un termociclador automatizado que puede calentar o enfriar el tubo que contiene la mezcla de reacción muy rápidamente. Repitiendo el ciclo de la PCR, se pueden producir un millón de copias en una única mezcla de reacción enzimática en unas pocas horas, permitiendo a los investigadores determinar el tamaño y la secuencia del ADN diana. Esta técnica de amplificación del ADN se ha usado para la clonación y otras manipulaciones biológicas moleculares. Se proporciona una discusión adicional de la PCT en Mullis, y col., Methods Enzymol. (1987), y Saiki, y col., Science (1985). [0005] Una técnica basada en la PCR que es útil es la PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR). De manera breve, el mecanismo de la qPCR se basa en la amplificación de la PCR de un ADN diana de una manera exponencial. Haciendo avanzar una reacción de la PCR y midiendo el número total de copias de ADN en puntos dados durante el curso de la reacción de amplificación se puede calcular de manera retroactiva la cantidad de material de ADN de partida. [0006] La detección de ADN basada en la fluorescencia es un procedimiento de detección generalmente sensible, versátil, y conveniente que se usa en la qPCR. Existen dos tipos de reactivos fluorescentes usados en la qPCR. El primer tipo se basa en oligonucleótidos marcados con uno o más colorantes fluorescentes, o con una combinación de un colorante fluorescente y un colorante apagador. Estos oligonucleótidos marcados liberan fluorescencia de una manera proporcional a la cantidad de ADN presente tanto tras la hibridación de una secuencia diana, como tras la escisión de los oligonucleótidos que sigue a la hibridación. El mecanismo y el uso de reactivos fluorescentes basados en oligonucleótidos se han descrito en diversas patentes y publicaciones. Véase, por ejemplo, Holland, y col., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1991); Lee, y col., Nucleic Acids Res. (1993); y Patentes de los Estados Unidos N os . 5.210.015, 5.538.848, 6.258.569, 5.691.146, 5.925.517, 5.118.801, 5.312.728, y 6.635.427. Aunque los reactivos fluorescentes basados en oligonucleótidos para la qPCR tienen la ventaja de ser muy específicos para una secuencia diana, tienen un diseño muy complejo y por consiguiente son caros de usar. El segundo tipo de reactivos fluorescentes usado en la qPCR se basa en los colorantes fluorescentes unidos al ADN, que se denominan comúnmente como colorantes o tintes fluorescentes de ácido nucleico. Debido a que los colorantes fluorescentes de ácido nucleico son moléculas relativamente sencillas, son fáciles de fabricar y de esta manera, baratos de usar. Su aplicación en la qPCR es útil para la detección genética rutinaria en los laboratorios de investigación. [0007] No todos los tintes fluorescentes de ácido nucleico disponibles comúnmente se pueden usar para la 2   qPCR. Idealmente, un colorante fluorescente de ácido nucleico deberá cumplir algunos criterios para ser adecuado para uso en la qPCR. En primer lugar, debe ser químicamente estable durante la PCR y el almacenamiento. Debido a que la PCR se lleva a cabo a elevada temperatura, el colorante debe ser termoestable. Adicionalmente, debido a que el pH del tampón Tris usado para la PCR puede variar considerablemente desde alcalino (pH 8,5) a baja temperatura (4ºC) a neutro o ligeramente ácido a elevada temperatura, el resistente debe ser a la descomposición asistida por ácido o por base. En segundo lugar, el colorante, cuando está presente en la disolución de la PCR, no debe inhibir el proceso de la PCR. En tercer lugar, el colorante debe no ser fluorescente o mínimamente fluorescente en ausencia del ADN, y debe volverse muy fluorescente en presencia de ADN. En cuarto lugar, el colorante debe tener longitudes de onda de absorción y emisión que sean compatibles con los instrumentos existentes, que están normalmente equipados con canales ópticos optimizados para los colorantes fluorescentes comunes, tales como FAM, JOE, VIC (Applied Biosystems, Foster City, CA), TAMRA, ROX, Texas Red, Cy3, y Cy5, por ejemplo. En quinto lugar, el colorante debe unirse con el ADN con poca o ninguna preferencia por la secuencia. En sexto lugar, los complejos de ADN-colorante deben tener intensidades de fluorescencia que estén relacionadas linealmente con la cantidad de ADN presente. [0008] Dados los anteriores criterios, no es sorprendente que se puedan usar muy pocos colorantes de unión a ácido nucleico para la qPCR. El bromuro de etidio (BE) es un colorante de ADN que se ha usado para demostrar la factibilidad de usar un colorante sencillo para la qPCR. Higuchi, y col., Bio-Technol. 10(4), 413 (1992). Sin embargo, BE adolece de problemas de baja sensibilidad y longitudes de onda indeseables. Un colorante ampliamente usado para la qPCR es SYBR Green I de Molecular Probes, Inc. (Eugene, Oregon (OR)). Wittwer, y col., Biotechniques 22(1), 130 (1997). SYBR Green I es un colorante de cianina asimétrica cíclicamente sustituido. Zipper, y col., Nucleic Acids Res. 32(12), e103 (2004); y Patentes de los Estados Unidos N os . 5.436.134 y 5.658.751. Las ventajas de SYBR Green I son que tiene longitudes de onda de excitación y emisión muy estrechamente relacionadas con las de FAM, con lo cual, la mayor parte de los instrumentos son compatibles, y que es muy fluorescente cuando se une al ADN. Recientemente, un colorante de ADN denominado LC Green se ha usado para la qPCR, aunque no se ha dado a conocer la estructura del colorante. Aunque el colorante LC Green parece tener longitudes de onda deseables que corresponden al canal óptico de FAM comúnmente usado en la mayor parte de los instrumentos de la PCR, es mucho menos sensible a SYBR Green I. Más recientemente, un aglutinante de la ranura menor del ADN denominado BEBO, y un colorante relacionado denominado BOXTO, ambos cuales son colorantes de cianina asimétricas, se han informado para uso en la qPCR. Bengtsson, y col., Nucleic Acids Res. 31(8), e45 (2003); y Publicación de Solicitud de Patente de los Estados Unidos N o... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento para determinar la formación de ácido nucleico o la ausencia del mismo en una muestra que puede comprender o no un ácido nucleico diana, comprendiendo el procedimiento: a) proporcionar una disolución de ensayo que comprende la muestra y un colorante fluorescente de ácido nucleico, teniendo el colorante fluorescente de ácido nucleico la fórmula: en el que el PUENTE es un enlazante sustancialmente alifático que es neutro o tiene hasta una carga positiva, y comprende entre aproximadamente 8 y aproximadamente 150 átomos no de hidrógeno; Q1 es un constituyente colorante seleccionado entre un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante fluorescente sin ácido nucleico, y un constituyente colorante no fluorescente sin ácido nucleico; Q2 es un constituyente colorante seleccionado entre un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de acido nucleico, un constituyente colorante fluorescente sin ácido nucleico, y un constituyente colorante no fluorescente sin ácido nucleico, al menos un constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y el constituyente colorante Q2 es un constituyente colorante indicador, al menos un constituyente del constituyente colorante Q1 y el constituyente colorante Q2 es un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico o un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico; y el constituyente colorante indicador y el constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico son opcionalmente el mismo. b) llevar a cabo un proceso usando la disolución de ensayo que sería suficiente para la amplificación del ácido nucleico diana en el que la muestra debe comprender el ácido nucleico diana; e c) iluminar la disolución de ensayo con luz a una longitud de onda suficiente para la absorción por el constituyente colorante indicador y determinar la emisión fluorescente o una ausencia de la misma; en el que el constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico se selecciona entre un colorante de acridina, un colorante de cianina asimétrica, un colorante de cianina simétrica, un colorante de fenantridinio, y un colorante de pironina, y un colorante de estirilo; y en el que dicho colorante de acridina tiene la estructura: en el que cada R1, de manera independiente, es H o alquilo C1-C2, inclusive; uno de R2 y R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cuando R2 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura, R3 es H o CH3; cuando R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura, R2 se selecciona entre H, -CH3, -NH2, -NHCH3, -CN, y -C(=O)NH2; cada uno de R6, de manera independiente, es H o un alquilo C1-C2, inclusive; cada uno de R7, de manera independiente, es H o un alquilo C1-C2, inclusive; para cada pareja de R6 o R7 y R1 adyacentes, de manera independiente, R6 o R7 y R1 pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, y es un anión; dicho colorante de cianina asimétrica tiene la estructura: 53   en la que cada uno de R1 y R1 de manera independiente es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 6 carbonos; un halógeno; -OR9;-SR10; -NR11R12; -CN; -NH(C=O)R13; -NHS(=O)2R14; o -C(=O)NHR15; o un sustituyente asociado con unión a la ranura menor; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura: cuando R1 comprende al menos uno de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, cualquiera de dicho uno de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, de manera independiente, es H o alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s), inclusive, o un arilo; cuando R1 comprende R11 y R12, R11 y R12 pueden, en combinación, formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; X se selecciona entre O y S; n se selecciona entre 0, 1 y 2; R2 puede ser metilo o etilo, o puede representar donde el PUENTE se une a la estructura; R3, R4, y R5 son, de manera independiente, H o CH3, u, opcionalmente, cualquier pareja adyacente de estos sustituyentes puede formar un anillo de 5 o 6 miembros; R6 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomos(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R7 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente un arilo y al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; o un arilo sustituido o no sustituido que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomos(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 100 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; - OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomos(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; R8 y R8 pueden, en combinación formar un anillo aromático fusionado, que se puede sustituir además 1 a 4 vez(ces), inclusive, de manera independiente, por alquilo C1-C2, inclusive, alcoxilo C1-C2, inclusive, alquilmercapto C1-C2, inclusive, o un halógeno; para cualquiera de R6, R8, o R8 que comprende al menos uno de R16 y R17, cualquiera de dicho uno de los mismos R16 y R17, de manera independiente, es H; alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s) o un arilo; para cualquier R6, R8, y R8 que comprende R16 y R17, los mismos R16 y R17 pueden, en combinación, formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; solo uno de R1, R1, R6, R7 y R8 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; y es un anión; y dicho colorante de fenantridinio tiene la estructura: en la que R1 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; y es un anión. 2. Un procedimiento para determinar la formación de ácido nucleico o la ausencia del mismo en una muestra que puede comprender o no un ácido nucleico diana, comprendiendo el procedimiento: a) proporcionar una disolución de ensayo que comprende la muestra y un colorante fluorescente de ácido nucleico, teniendo el colorante fluorescente de ácido nucleico la fórmula: 54   en la que PUENTE es un enlazante sustancialmente alifático que es neutro o tiene hasta una carga positiva, y comprende entre aproximadamente 15 y aproximadamente 150 átomos no de hidrógeno, Q1 es un constituyente colorante seleccionado entre un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante fluorescente sin ácido nucleico, y un constituyente colorante no fluorescente sin ácido nucleico; Q2 es un constituyente colorante seleccionado entre un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante fluorescente sin ácido nucleico y un constituyente colorante no fluorescente sin ácido nucleico; Q3 es un constituyente colorante seleccionado entre un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, y un constituyente colorante no fluorescente sin ácido nucleico; al menos un constituyente colorante del constituyente colorante Q1, el constituyente colorante Q2, y el constituyente colorante Q3 es un constituyente colorante indicador; al menos un constituyente colorante del constituyente colorante Q1, el constituyente colorante Q2, y el constituyente colorante Q3 es un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico o un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, y el constituyente colorante indicador y el constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico son opcionalmente el mismo. b) llevar a cabo un proceso usando la disolución de ensayo que sería suficiente para que la amplificación del ácido nucleico diana deba comprender la muestra del ácido nucleico diana; e c) iluminar la disolución de ensayo con luz a una longitud de onda suficiente para la absorción por el constituyente colorante indicador y determinar la emisión fluorescente o una ausencia de la misma; en la que el constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico se selecciona entre un colorante de acridina, un colorante de cianina asimétrica, un colorante de cianina simétrica, un colorante de fenantridinio, y un colorante de pironina y un colorante de estirilo: dicho colorante de acridina tiene la estructura: en la que cada R1, de manera independiente, es H, o alquilo C1-C2, inclusive; uno de R2 y R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cuando R2 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura, R3 es H o CH3; cuando R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura, R2 se selecciona entre H, -CH3, - NH2, -NHCH3, -CN, y -C(=O)NH2; cada R6, de manera independiente, es H o alquilo C1-C2, inclusive; cada R7, de manera independiente, es H o alquilo C1-C2, inclusive; para cada pareja de R6 o R7 y R1 adyacentes, de manera independiente, R6 o R7 y R1 pueden, en combinación, formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros; y es un anión. 3. El procedimiento de la reivindicación 2, en el que dicho colorante de cianina asimétrica tiene la estructura: en la que R1 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 6 carbono, inclusive; un halógeno; -OR9; -SR10; - NR11R12; -CN; -NH(C=O)R13; NHS(=O)2R14; -C(=O)NHR15; o un sustituyente asociado con la unión a la ranura   menor; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cuando R1 comprende al menos uno de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, cualquiera de dicho uno de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, de manera independiente, es H o alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s), inclusive, o un arilo; cuando R1 comprende R11 y R12, R11 y R12 pueden, en combinación, formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; X se selecciona entre O y S; n se selecciona entre 0, 1, y 2; R6 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R7 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente un arilo y al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; o un arilo sustituido o no sustituido que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H, alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; R8 y R8 pueden en combinación formar un anillo aromático fusionado, que se puede sustituir además 1 a 4 vez(ces), inclusive, de manera independiente, por alquilo C1-C2, inclusive, alcoxilo C1-C2, inclusive, alquilmercapto C1-C2, inclusive, o un halógeno, para cualquiera de R6, R8 o R8 que comprende al menos uno de R16 y R17, cualquiera de dicho uno de R16 y R1 de los mismos, de manera independiente, es H; alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s) o un arilo; Para cualquier R6, R8 y R8 que comprende R16 y R17, R16 y R17 de los mismo pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; uno solo de R1, R6, R7 y R8 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; y es un anión. 4. El procedimiento de la reivindicación 3, en el que dicho colorante de fenantridinio tiene la estructura: en la que R1 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión 5. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que dicha realización comprende llevar a cabo un proceso de la PCR en tiempo real. 6. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que al menos un constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: en la que R1 es H; R2 es H; R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cada R6 es CH3; y cada R7 es CH3. 56   7. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que al menos un constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: en la que R7 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; y es un anión. 8. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que el PUENTE tiene la fórmula: -L1-[A 1 -(CH2)-]a[A 2 -(CH2)ß-]b[A 3 -(CH2) -]c[A 4 -(CH2) -]d[A 5 -(CH2) -]e [A 6 -(CH2) -]f[A 7 -(CH2) -]g[A 8 -(CH2) -]h[A 9 -(CH2) -]i-A 10 -L2- en la que cada uno de L1 y L2, de manera independiente, es un resto que comprende un enlace simple, una unidad de polimetileno que tiene de 1 carbono a aproximadamente 12 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; o un arilo que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; Cada uno de A 1 , A 2 , A 3 , A 4 , A 5 , A 6 , A 7 , A 8 , A 9 , y A 10 , de manera independiente, es un grupo potenciador de la unión del ácido nucleico (NABEG), un alquilo ramificado que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; o al menos un anillo saturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; cada uno de , ß, , , , , , , y , de manera independiente, es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y cada uno de a, b, c, d, e, f, g, h, e i, de manera independiente, es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive. 9. El procedimiento de la reivindicación 8, en el que el PUENTE comprende entre aproximadamente 8 y aproximadamente 100 átomos no de hidrógeno, inclusive. 10. El procedimiento de la reivindicación 8, en el que cada uno de A 1 , A 2 , A 3 , A 4 , A 5 , A 6 , A 7 , A 8 , A 9 , y A 10 , de manera independiente, es un NABEG que comprende un resto que comprende al menos un enlace que comprende al menos un enlace amina, un enlace uretano, un enlace tiourea, un enlace éter, o un enlace tioéter; o un arilo que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre halógenos, N, O, y S: 11. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que el PUENTE tiene la fórmula: -(CH2)x-C(=O)NH-(CH2)-[O-(CH2)ß]b-[O-(CH2) ]c-NH(O=C)-(CH2)x- en la que cada x, de manera independiente, es un entero seleccionado entre 1 y 11, inclusive; es un entero seleccionado entre 2 y aproximadamente 20, inclusive; cada uno de ß y , de manera independiente, es 2 o 3; b es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y c es cero o 1. 12. El procedimiento de la reivindicación 11, en el que x es 5, y son iguales y son 2 o 3; ß es 2; bis 0, 1, 2, o 3; y c es 1. 13. El procedimiento de la reivindicación 11, en el que Q1 y Q2 son iguales. 14. El procedimiento de la reivindicación 11, en el que cada constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: 57   en la que cada R1 es H R2 es H; R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cada R6 es CH3; cada R7 es CH3; y es un anión. 15. El procedimiento de la reivindicación 11, en el que cada constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: en la que R1 es H, alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 6 carbonos; un halógeno; -OR9; -SR10; -NR11R12; - CN; NH(C=O)R13; -NHS(=O)2R14; -C(=O)NHR)15; o un sustituyente asociado con la unión a la ranura menor; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cuando R1 comprende al menos uno de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, cualquier uno de dicho R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, de manera independiente, es H o alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s), inclusive, o un arilo; cuando R1 comprende R11 y R12, R11 y R12 pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; X se selecciona entre O y S; n se selecciona entre 0, 1, y 2; R6 es H, alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; - OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R7 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente un arilo y al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; o un arilo sustituido o no sustituido que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; - OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; - OR16; -SR16; NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; R8 y R8 pueden en combinación formar un anillo aromático fusionado, que se puede sustituir además 1 a 4 vez(ces), inclusive, de manera independiente, por alquilo C1-C2, inclusive, alcoxilo C1-C2, inclusive, alquilmercapto C1-C2, inclusive, o un halógeno; para cualquier R6, R8, o R8 que comprende al menos uno de R16 y R17, uno cualquiera de dichos R16 y R17 de manera independiente, es H; alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s) o un arilo; para cualquier R6, R8 y R8 que comprende R16 y R17, los mismos R16 y R17 pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; solo uno de R1, R6, R7 y R8 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; y es un anión. 16. El procedimiento de la reivindicación 11, en el que cada constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: 58   en la que R7 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión 17. El procedimiento de la reivindicación 11, en el que cada constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: en la que R1 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión. 18. El procedimiento de cualquiera de las reivindicaciones 1 y 5, en el que el colorante fluorescente del ácido nucleico tiene la estructura: en la que es I - o Cl - 19. Un compuesto colorante que tiene la fórmula en la que Q1 es un constituyente colorante seleccionado entre un colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante fluorescente sin ácido nucleico, y un constituyente colorante no fluorescente sin ácido nucleico; Q2 es un constituyente colorante seleccionado entre un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante fluorescente sin ácido nucleico, y un constituyente colorante no fluorescente sin ácido nucleico; al menos un constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y el constituyente colorante Q2 es un constituyente colorante indicador; al menos un constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y el constituyente colorante Q2 es un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico o un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico; y el constituyente de colorante indicador y el constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico son opcionalmente iguales; y el PUENTE comprende aproximadamente 8 a aproximadamente 150 átomos no de hidrógeno y es neutro o tiene hasta una carga positiva, y tiene la fórmula: -L1-[A 1 -(CH2)-]a[A 2 -(CH2)ß-]b[A 3 -(CH2) -]c[A 4 -(CH2) -]d[A 5 -(CH2) -]e [A 6 -(CH2) -]f[A 7 -(CH2) -]g[A 8 -(CH2) -]h[A 9 -(CH2) -]i-A 10 -L2- en la que cada uno de L1 y L2, de manera independiente, es un resto que comprende un enlace simple, una unidad de polimetileno que tiene de 1 carbono a aproximadamente 12 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; o un arilo que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; cada uno de A 1 , A 2 , A 3 , A 4 , A 5 , A 6 , A 7 , A 8 , A 9 , y A 10 , de manera independiente, es un grupo potenciador de la unión del ácido nucleico (NABEG), un alquilo ramificado que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo 59   seleccionado entre N, O, y S; o al menos un anillo saturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; cada uno de , ß, , , , , , , y , de manera independiente, es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y cada uno de a, b, c, d, e, f, g, h, e i, de manera independiente, es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive. en el que cada uno de A 1 , A 2 , A 3 , A 4 , A 5 , A 6 , A 7 , A 8 , A 9 , y A 10 , de manera independiente, es un NABEG que comprende un resto que comprende al menos un enlace que comprende al menos un enlace amida, un enlace uretano, un enlace urea, un enlace tiourea; o un arilo que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre halógenos, N, O, y S: en el que Q1 es un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico seleccionado entre un colorante de acridina, un colorante de cianina asimétrica, un colorante de cianina simétrica, un colorante de fenantridinio, un colorante de pironina, y un colorante de estirilo, y Q2 es un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico seleccionado entre un colorante de acridina, un colorante de cianina asimétrica, un colorante de cianina simétrica, un colorante de fenantridinio, y un colorante de pironina, y un colorante de estirilo; y en el que; dicho colorante de acridina tiene la estructura: en la que cada R1, de manera independiente, es H, o un alquilo C1-C2, inclusive; uno de R2 y R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cuando R2 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura, R3 es H o CH3; cuando R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura, R2 se selecciona entre H, -CH3, - NH2, -NHCH3, -CN, y -C(=O)NH2; cada R6, de manera independiente, es H o un alquilo C1-C2, inclusive; cada R7, de manera independiente, es H, o un alquilo C1-C2, inclusive; para cada pareja de R6 o R7 y R1, de manera independiente, R6 o R7 y R1 pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros; e es un anión. 20. El compuesto del colorante de la reivindicación 19, en el que dicho colorante de cianina asimétrica tiene la estructura: en la que R1 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 6 carbonos, inclusive; un halógeno; -OR9; -SR10; - NR11R12; -CN; -NH(C=O)R13; NHS(=O)2R14; -C(=O)NHR15; o un sustituyente asociado con la unión a la ranura menor; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cuando R1 comprende al menos uno de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, cualquiera de dicho uno de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, de manera independiente, es H o alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s), inclusive, o un arilo; cuando R1 comprende R11 y R12, R11 y R12 pueden en combinación formar un anillo, saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; X se selecciona entre O y S; n se selecciona entre 0,1, y 2 R6 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R7 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente un arilo y al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; o un arilo sustituido o no sustituido que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; -NR16R17; O un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; - OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S;   R8 y R8 pueden en combinación formar un anillo aromático fusionado, que se puede sustituir además 1 a 4 vez(ces), inclusive, de manera independiente, por alquilo C1-C2, inclusive, alcoxilo C1-c2, inclusive, alquilmercapto C1-C2, o un halógeno; para cualquier R6, R8 o R8 que comprende al menos uno de R16 y R17, cualquiera de dicho uno de los mismos R16 y R17, de manera independiente, es H; alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s) o un arilo; para cualquier R6, R8 o R8 que comprende R16 y R17, los mismos R16 y R17 pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; solo uno de R1, R6, R7 y R8 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión. 21. El compuesto colorante de la reivindicación 19, en el que dicho colorante de fenantridinio tiene la estructura: en la que R1 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión 22. El compuesto colorante de la reivindicación 19, en el que el PUENTE comprende entre aproximadamente 12 a aproximadamente 60 átomos no de hidrógeno, inclusive. 23. El compuesto colorante de la reivindicación 19, en el que el PUENTE comprende entre aproximadamente 15 a aproximadamente 40 átomos no de hidrógeno, inclusive. 24. El compuesto colorante de la reivindicación 19, en el que dicho colorante de acridina tiene la estructura: en la que cada R1 es H; R2 es H; R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cada R6 es CH3; y cada R7 es CH3 25. El compuesto colorante de la reivindicación 19, en el que dicho colorante de cianina asimétrica tiene la estructura: 61   en la que R7 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión. 26. El compuesto colorante de la reivindicación 19, en el que el PUENTE tiene la fórmula: -(CH2)x-C(=O)NH-(CH2)-[O-(CH2)ß]b-[O-(CH2) ]c-NH(O=C)-(CH2)x- en la que cada x, de manera independiente, es un entero seleccionado entre 1 y 11, inclusive; es un entero seleccionado entre 2 y aproximadamente 20, inclusive; cada uno de ß y , de manera independiente, es 2 o 3; b es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y c es cero o 1. 27. El compuesto colorante de la reivindicación 26, en el que x es 5; y son iguales y son 2 o 3; ß es 2; b es 0,1, 2, o 3; y c es 1. 28. El compuesto colorante de la reivindicación 26, en el que Q1 y Q2 son iguales. 29. El compuesto colorante de la reivindicación 26, en el que cada constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: en la que cada R1 es H; R2 es H; R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cada R6 es CH3; Cada R7 es CH3; e es un anión. 30. El compuesto colorante de la reivindicación 26, en el que cada constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: en la que R1 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 6 carbonos, inclusive; un halógeno; -OR9; -SR10; - NR11R12; -CN; -NH(C=O)R13; -NHS(=O)2R14; -C(=O)NHR15; o un sustituyente asociado con la unión a la ranura menor; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cuando R1 comprende al menos uno de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, y uno cualquiera de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, de manera independiente, es H o alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s), inclusive, o un arilo; cuando R1 comprende R11 y R12, R11 y R12 pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; X se selecciona entre O y S; n se selecciona entre 0,1, y 2; R6 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; 62   -OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s) inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R7 es H, alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente un arilo y al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; o un arilo sustituido o no sustituido que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; - OR16; -SR16; NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H, alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo8s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; R8 y R8 pueden en combinación, formar un anillo aromático fusionado, que se puede sustituir además 1 a 4 vez(ces), inclusive, de manera independiente, por alquilo C1-C2, inclusive, alcoxilo C1-C2, inclusive, alquilmercapto C1-C2, inclusive, o un halógeno; para cualquier R6, R8, o R8 que comprende al menos uno de R16 y R17, cualquiera de dicho uno de los mismos R16 y R17, de manera independiente, es H; alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s) o un arilo; para cualquier R6, R8, y R8 que comprende R16 y R17, los mismos R16 y R17 pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; solo uno de R1, R6, R7 y R8 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión. 31. El compuesto colorante de la reivindicación 26, en el que cada constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: en la que R7 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura: e es un anión. 32. El compuesto colorante de la reivindicación 26, en el que cada constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2 tiene la estructura: en la que R1 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión. 33. Un colorante que tiene la estructura: 63   en la que es I - o Cl - . 34. Un colorante que tiene la estructura: en la que I - o Cl - . 35. Un colorante que tiene la estructura: en la que I - o Cl - . 36. Un colorante que tiene la estructura: en la que I - o Cl - . 37. Un compuesto colorante que tiene la fórmula: en el que el puente es un enlazante sustancialmente alifático que comprende entre aproximadamente 15 y aproximadamente 150 átomos no de hidrógeno y es neutro o tiene hasta una carga positiva; Q1 es un constituyente colorante seleccionado entre un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, un constituyente fluorescente sin ácido nucleico, y un constituyente colorante no fluorescente sin ácido nucleico; Q2 es un constituyente colorante seleccionado entre un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante fluorescente sin ácido nucleico, y un constituyente colorante no fluorescentes sin ácido nucleico; Q3 es un constituyente colorante seleccionado entre un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico, un constituyente colorante fluorescente sin ácido nucleico, y un constituyente colorante no fluorescente sin ácido nucleico; al menos un constituyente colorante del constituyente colorante Q1, el constituyente colorante Q2, y el constituyente colorante Q3 es un constituyente colorante indicador; al menos un constituyente colorante del constituyente colorante Q1, el constituyente colorante Q2, y el constituyente colorante Q3 es un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico o un constituyente colorante no fluorescente de ácido nucleico; y el constituyente colorante indicador y el constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico son opcionalmente iguales; en la que el constituyente de colorante fluorescente de ácido nucleico se selecciona entre un colorante de acridina, un colorante de cianina asimétrica, un colorante de cianina simétrica, un colorante de fenantridinio, y un colorante de 64 pironina, y un colorante de estirilo; y en el que dicho colorante de acridina tiene la estructura: en la que cada R1, de manera independiente, es H o un alquilo C1-C2, inclusive. uno de R2 y R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cuando R2 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura, R3 es H o CH3; cuando R3 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura, R2 se selecciona entre H, -CH3, -NH2, NHCH3, -CN, y -C(=O)NH2; cada R6, de manera independiente, es H o un alquilo C1-C2, inclusive; cada R7, de manera independiente, es H o un alquilo C1-C2, inclusive; para cada de R6 o R7 y R1 adyacentes, de manera independiente, R6 o R7 y R1 pueden en combinación, formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros; e es un anión. 38. El compuesto colorante de la reivindicación 37, en el que dicho colorante de cianina asimétrica tiene la estructura: en la que R1 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 6 carbonos, inclusive; un halógeno; -OR9; -SR10; - NR11R12; -CN; -NH(C=O)R13; -NHS(=O)2R14; -C(=O)NHR15; o un sustituyente asociado con la unión a la ranura menor; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; cuando R1 comprende al menos uno de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, y uno cualquiera de R9, R10, R11, R12, R13, R14 y R15, de manera independiente, es H o alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s), inclusive, o un arilo; cuando R1 comprende R11 y R12, R11 y R12 pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N y O; X se selecciona entre O y S; n se selecciona entre 0, 1, y 2; R6 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s) inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R7 es H, alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente un arilo y al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; o un arilo sustituido o no sustituido que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H; alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; - OR16; -SR16; NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S; o representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; R8 es H, alquilo o alquenilo que tiene de 1 carbono a 10 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; un halógeno; -OR16; -SR16; -NR16R17; o un arilo sustituido o no sustituido, que comprende opcionalmente de 1 a 3 heteroátomo(s), inclusive, seleccionados entre halógenos, N, O, y S;   R8 y R8 pueden en combinación, formar un anillo aromático fusionado, que se puede sustituir además 1 a 4 vez(ces), inclusive, de manera independiente, por alquilo C1-C2, inclusive, alcoxilo C1-C2, inclusive, alquilmercapto C1-C2, inclusive, o un halógeno; para cualquier R6, R8, o R8 que comprende al menos uno de R16 y R17, cualquiera de dicho uno de los mismos R16 y R17, de manera independiente, es H; alquilo que tiene de 1 carbono a 12 carbonos, inclusive, que incorpora opcionalmente de 1 a 2 nitrógeno(s) o un arilo; para cualquier R6, R8, y R8 que comprende R16 y R17, los mismos R16 y R17 pueden en combinación formar un anillo saturado o insaturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado   entre N y O; solo uno de R1, R6, R7 y R8 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión. 39. El compuesto colorante de la reivindicación 37, en el que dicho colorante de fenantridinio tiene la estructura: en la que R1 representa el lugar donde el PUENTE se une a la estructura; e es un anión. 40. El compuesto colorante de la reivindicación 37, en el que el PUENTE comprende: -L1-[A 1 -(CH2)-]a[A 2 -(CH2)ß-]b[A 3 -(CH2) -]c[A 4 -(CH2) -]d[A 5 -(CH2) -]e [A 6 -(CH2) -]f[A 7 -(CH2) -]g[A 8 -(CH2) -]h[A 9 -(CH2) -]i-A 10 -L2- en la que cada uno de L1 y L2, de manera independiente, es un resto que comprende un enlace simple, una unidad de polimetileno que tiene de 1 carbono a aproximadamente 12 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; o un arilo que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; L1 está unido covalentemente a un constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2; L2 está unido covalentemente al constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del Q2 que es diferente de dicho un constituyente; cada uno de A 1 , A 2 , A 3 , A 4 , A 5 , A 6 , A 7 , A 8 , A 9 , y A 10 , de manera independiente, es un grupo potenciador de la unión del ácido nucleico (NABEG), un alquilo ramificado que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; o al menos un anillo saturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; cada uno de , ß, , , , , , , y , de manera independiente, es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y cada uno de a, b, c, d, e, f, g, h, e i, de manera independiente, es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y; uno de A 1 , A 2 , A 3 , A 4 , A 5 , A 6 , A 7 , A 8 , A 9 , y A 10 tiene la fórmula: en la que T es un carbono sustituido, un nitrógeno sustituido, o un arilo que comprende opcionalmente un heteroátomo seleccionado entre O, N y S; L3 está unido covalentemente a Q3 y es un resto que comprende un enlace simple; una unidad de polimetileno que tiene de 1 carbono a aproximadamente 12 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; o un arilo que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; y B tiene la fórmula: -(CH2)-[A 11 -(CH2)ß-]a[A 12 -(CH2)-]b[A 13 -(CH2)-]cA 14 -, en la que (CH2), está unido covalentemente a T y A 14 está unido covalentemente a L3; cada uno de A 11 , A 12 , A 13 , y A 14 es, de manera independiente un grupo potenciador de la unión a ácido nucleico (NABEG), un alquilo ramificado que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; o al menos un anillo saturado de 5 o 6 miembros que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; cada uno de , ß, y es, de manera independiente, cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y cada uno de a, b, y c es, de manera independiente, cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive. 41. Un compuesto colorante que tiene la fórmula: 66   en la que PUENTE es un enlazante sustancialmente alifático que comprende de aproximadamente 15 a aproximadamente 150 átomos no de hidrógeno, y es neutro o tiene hasta una carga positiva; Q1 es un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico; Q2 es un constituyente colorante fluorescente de ácido nucleico; y Rr es un grupo reactivo o un grupo funcional. 42. El compuesto colorante de la reivindicación 41 en el que el PUENTE comprende: -L1-[A 1 -(CH2)-]a[A 2 -(CH2)ß-]b[A 3 -(CH2) -]c[A 4 -(CH2) -]d[A 5 -(CH2) -]e [A 6 -(CH2) -]f[A 7 -(CH2) -]g[A 8 -(CH2) -]h[A 9 -(CH2) -]i-A 10 -L2- en la que cada uno de L1 y L2, de manera independiente, es un resto que comprende un enlace simple, una unidad de polimetileno que tiene de 1 carbono a aproximadamente 12 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; o un arilo que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; L1 está unido covalentemente a un constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del constituyente colorante Q2; L2 está unido covalentemente al constituyente colorante del constituyente colorante Q1 y del Q2 que es diferente de dicho un constituyente; cada uno de A 1 , A 2 , A 3 , A 4 , A 5 , A 6 , A 7 , A 8 , A 9 , y A 10 , de manera independiente, es un grupo potenciador de la unión del ácido nucleico (NABEG), un alquilo ramificado que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; o al menos un anillo saturado de 5 o 6 miembros, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; cada uno de , ß, , , , , , , y , de manera independiente, es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y cada uno de a, b, c, d, e, f, g, h, e i, de manera independiente, es cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y; uno de A 1 , A 2 , A 3 , A 4 , A 5 , A 6 , A 7 , A 8 , A 9 , y A 10 tiene la fórmula: en la que T es un carbono sustituido, un nitrógeno sustituido, o un arilo que comprende opcionalmente un heteroátomo seleccionado entre O, N y S; L3 está unido covalentemente a Rr y es un resto que comprende un enlace simple; una unidad de polimetileno que tiene de 1 carbono a aproximadamente 12 carbonos, inclusive, que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; o un arilo que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; y B tiene la fórmula: -(CH2)-[A 11 -(CH2)ß-]a[A 12 -(CH2)-]b[A 13 -(CH2)-]cA 14 -, en la que (CH2), está unido covalentemente a T y A 14 está unido covalentemente a L3; cada uno de A 11 , A 12 , A 13 , y A 14 es, de manera independiente un grupo potenciador de la unión a ácido nucleico (NABEG), un alquilo ramificado que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O y S; o al menos un anillo saturado de 5 o 6 miembros que comprende opcionalmente al menos un heteroátomo seleccionado entre N, O, y S; cada uno de , ß, y es, de manera independiente, cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive; y cada uno de a, b, y c es, de manera independiente, cero o un entero entre 1 y aproximadamente 20, inclusive. 43. Un procedimiento de usar un colorante, que comprende: conjugar el compuesto colorante de la reivindicación 42 con una molécula sustrato. 44. El procedimiento de la reivindicación 43, en el que la molécula sustrato se selecciona entre un nucleótido, un oligonucleótido, un péptido, una proteína, un hapteno, un fármaco, una micropartícula, un polímero sintético, un polímero natural, una célula biológica, un virus, y una molécula de una superficie sólida. 67   45. Un procedimiento de preparación de una muestra que puede comprender o no ácido nucleico, que comprende: proporcionar una combinación de la muestra y el compuesto colorante de cualquiera de las reivindicaciones 19, 26 y 37, en el que si el ácido nucleico está presente en la muestra, se forma un complejo de ácido nucleico-colorante. 46. El procedimiento de la reivindicación 45, que comprende adicionalmente incubar la combinación. 47. Un procedimiento para determinar la presencia o ausencia de ácido nucleico en una muestra, que comprende: proporcionar una combinación de la muestra y del compuesto colorante de cualquiera de las reivindicaciones 19, 26 y 37, en el que si el ácido nucleico está presente en la muestra, se forma un complejo de ácido nucleico-colorante; e iluminar la combinación con luz a una longitud de onda suficiente de tal manera que si se forma el complejo con el ácido nucleico, por consiguiente se absorbe la luz y determinar la emisión fluorescente o la ausencia de la misma. 48. Un kit para determinar la formación de ácido nucleico o la ausencia del mismo en una muestra que puede comprender o no un ácido nucleico diana, comprendiendo el kit: al menos una composición suficiente para la amplificación del ácido nucleico diana en la muestra debe comprender la muestra el ácido nucleico diana; y un compuesto colorante de cualquiera de las reivindicaciones 19, 26 y 37. 68   69     71   72   73   74     76   77   78   79     81   82   83   84