Un polinucleótido aislado que comprende la secuencia de:

(a) SEC ID Nº:

2, de los números de resto de nucleótido 95 a 3847;

(b) SEC ID Nº: 4, de los números de resto de nucleótido 604 a 3987;

(c) SEC ID Nº: 8, de los números de resto de nucleótido 688 a 1947;

(d) SEC ID Nº: 2, de los números de resto de nucleótido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleótido en 571es T;

(e) SEC ID Nº: 2, de los números de resto de nucleótido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleótido en 608es G;

(f) SEC ID Nº: 2, de los números de resto de nucleótido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleótido en 1185es G;

(g) SEC ID Nº: 2, de los números de resto de nucleótido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleótido en 2759es A;

(h) SEC ID Nº: 2, de los números de resto de nucleótido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleótido en 3658es C; o

(i) SEC ID Nº: 2, de los números de resto de nucleótido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleótido en 3850es A.

Acidos nucleicos titulados 273P4B7 y su uso en deteccion de cancer

Campo de la invención

La invencion descrita en el presente documento se refiere a genes, denominados 273P4B7 y variantes de los 5 mismos, expresados en ciertos canceres, y a procedimientos de diagnostico y terapeuticos y composiciones utiles en el tratamiento de canceres que expresan 273P4B7.

Antecedentes de la invención

El cancer es la segunda causa principal de muerte de seres humanos junto a enfermedad coronaria. En todo el mundo, millones de personas mueren de cancer cada ano. Solamente en los Estados Unidos, como informo la

Sociedad Americana del Cancer, el cancer provoca la muerte de mas de medio millon de personas anualmente, diagnosticandose mas de 1, 2 millones de casos nuevos cada ano. Aunque las muertes de enfermedad cardiaca se han reducido significativamente, las resultantes de cancer generalmente estan aumentando. A principios del proximo siglo, se predice que el cancer se convierta en la causa principal de muerte.

En todo el mundo, varios canceres destacan como las principales causas de muerte. En particular, carcinomas de

pulmon, prostata, mama, colon, pancreas y ovarios representan las principales causas de muerte por cancer. Estos y practicamente todos los demas carcinomas comparten una caracteristica letal comun. Con muy pocas excepciones, la enfermedad metastasica de un carcinoma es letal. Ademas, incluso para los pacientes con cancer que sobreviven inicialmente a esos canceres primarios, la experiencia habitual ha mostrado que sus vidas se alteran drasticamente. Muchos pacientes con cancer experimentan fuertes ansiedades impulsadas por la consciencia del potencial de

recurrencia o fallo del tratamiento. Muchos pacientes con cancer experimentan debilidades fisicas despues del tratamiento. Ademas, muchos pacientes con cancer experimentan una recurrencia.

En todo el mundo, el cancer de prostata es el cuarto cancer mas prevalente en hombres. En Norte America y el Norte de Europa, es con diferencia el cancer mas habitual en hombres y es la segunda causa principal de muerte por cancer en hombres. Solamente en los Estados Unidos, mas de 30.000 hombres mueren anualmente de esta

enfermedad, superada solamente por el cancer de pulmon. A pesar de la magnitud de estas cifras, aun no hay tratamiento eficaz para cancer de prostata metastasico. La protastectomia quirurgica, radioterapia, terapia de ablacion hormonal, castracion quirurgica y la quimioterapia continuan siendo las principales modalidades de tratamiento. Desafortunadamente, estos tratamientos son ineficaces para muchos y con frecuencia se asocian con consecuencias indeseables.

Con respecto al diagnostico, la falta de un marcador tumoral prostatico que pueda detectar de forma precisa tumores de etapa temprana, localizados sigue siendo una limitacion significativa en el diagnostico y tratamiento de esta enfermedad. Aunque el ensayo de antigeno especifico de prostata en suero (PSA) ha sido una herramienta muy util, sin embargo su especificidad y utilidad general se consideran en general insuficientes en varios aspectos importantes.

El progreso para identificar marcadores especificos adicionales para cancer de prostata se ha mejorado por la generacion de xenoinjertos de cancer de prostata que pueden recapitular diferentes etapas de la enfermedad en ratones. Los xenoinjertos de LAP (Cancer de Prostata de Los Angeles) son xenoinjertos de cancer de prostata que han sobrevivido al pase en varios ratones inmunodeficientes combinados graves (SCID) y han mostrado la capacidad para imitar la transicion de dependencia de androgenos a independencia de androgenos (Klein y col.,

1997, Nat. Med. 3: 402) . Los marcadores de cancer de prostata identificados mas recientemente incluyen PCTA-1 (Su y col., 1996, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 7252) , antigeno de membrana especifica de prostata (PSM) (Pinto y col., Clin Cancer Res 2 sep 1996 (9) : 1445-51) , STEAP (Hubert, y col., Proc Natl Acad Sci USA. 17 Dic 1999; 96 (25) : 14523-8) y antigeno de celulas madre de prostata (PSCA) (Reiter y col., 1998, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 1735) .

Aunque los marcadores previamente identificados tales como PSA, PSM, PCTA y PSCA han facilitado intentos de

45 diagnosticar y tratar cancer de prostata, existe la necesidad de identificar marcadores adicionales y dianas terapeuticas para canceres de prostata y relacionados para mejorar adicionalmente el diagnostico y la terapia.

El carcinoma de celulas renales (RCC) representa aproximadamente el 3 por ciento de tumores malignos adultos. Una vez que los adenomas alcanzan un diametro de 2 a 3 cm, existe potencial de tumor maligno. En el adulto, los dos tumores renales malignos principales son adenocarcinoma de celulas renales y carcinoma de celulas 50 transicionales de la pelvis renal o ureter. La incidencia de adenocarcinoma de celulas renales se estima en mas de

29.000 casos en los Estados Unidos, y mas de 11.600 pacientes murieron de esta enfermedad en 1998. El carcinoma de celulas transicionales es menos frecuente, con una incidencia de aproximadamente 500 casos por ano en los Estados Unidos.

La cirugia ha sido la terapia principal para adenocarcinoma de celulas renales durante muchas decadas. Hasta hace 55 poco, la enfermedad metastasica ha sido refractaria a cualquier terapia sistemica. Con los desarrollos recientes en terapias sistemicas, particularmente inmunoterapias, el carcinoma de celulas renales metastasico puede enfocarse

de forma agresiva en pacientes apropiados con una posibilidad de respuestas duraderas. No obstante, sigue existiendo la necesidad de terapias eficaces para estos pacientes.

De todos los nuevos casos de cancer en los Estados Unidos, el cancer de vejiga representa aproximadamente 5 por ciento en los hombres (quinta neoplasia mas habitual) y 3 por ciento en mujeres (octava neoplasia mas habitual) . La incidencia esta aumentando lentamente, simultaneamente con una poblacion crecientemente mas vieja. En 1998, hubo una estimacion de 54.500 casos, incluyendo 39.500 en hombres y 15.000 en mujeres. La incidencia ajustada por edad en los Estados Unidos es de 32 por 100.000 para hombres y 8 por 100.000 en mujeres. La relacion historica de hombre/mujer de 3:1 puede estar reduciendose en relacion con los patrones del tabaquismo en mujeres. Hubo una estimacion de 11.000 muertes de cancer de vejiga en 1998 (7.800 en hombres y 3.900 en mujeres) . La incidencia y mortalidad de cancer de vejiga aumentan fuertemente con la edad y seran un problema creciente a medida que la poblacion se haga mas vieja.

La mayoria de los canceres de vejiga recurren en la vejiga. El cancer de vejiga se trata con una combinacion de reseccion transuretral de la vejiga (TUR) y quimioterapia o inmunoterapia intravesical. La naturaleza multifocal y recurrente del cancer de vejiga apunta a las limitaciones de TUR. La mayoria de los canceres invasivos de musculo no se curan por TUR solamente. La cistectomia radical y desviacion urinaria son los medios mas eficaces para eliminar el cancer pero conllevan un impacto innegable en la funcion urinaria y sexual. Continua habiendo una necesidad significativa de modalidades de tratamiento que sean beneficiosas para pacientes con cancer de vejiga.

Se produjo una estimacion de 130.200 casos de cancer colorrectal en 2000 en los Estados Unidos, incluyendo

93.800 casos de cancer de colon y 36.400 de cancer rectal. Los canceres colorrectales son los terceros canceres mas habituales en hombres y mujeres. Las tasas de incidencia se redujeron significativamente durante 1992-1996 (de 2, 1% por ano) . La investigacion sugiere que estas reducciones se han debido a aumento de exploracion y retirada de polipos, lo que evita la progresion de los polipos a canceres invasivos. Hubo una estimacion de 56.300 muertes (47.700 de cancer de colon, 8.600 de cancer rectal) en 2000, lo que representa aproximadamente el 11% de todas las muertes por cancer en Estados Unidos.

En la actualidad, la cirugia es la forma mas habitual de terapia para cancer colorrectal, y para canceres que no se han propagado es con frecuencia curativa. Se proporciona quimioterapia, o quimioterapia mas radiacion, antes o despues de cirugia a la mayoria de los pacientes cuyo cancer ha perforado en profundidad la pared intestinal o se ha propagado a los ganglios linfaticos. Se necesita ocasionalmente una colostomia permanente (creacion de una abertura abdominal para eliminacion... [Seguir leyendo]

1. Un polinucleotido aislado que comprende la secuencia de:

(a) SEC ID N°: 2, de los numeros de resto de nucleotido 95 a 3847;

(b) SEC ID N°: 4, de los numeros de resto de nucleotido 604 a 3987;

(c) SEC ID N°: 8, de los numeros de resto de nucleotido 688 a 1947;

(d) SEC ID N°: 2, de los numeros de resto de nucleotido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleotido en 571 es T;

(e) SEC ID N°: 2, de los numeros de resto de nucleotido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleotido en 608 es G;

(f) SEC ID N°: 2, de los numeros de resto de nucleotido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleotido en 1185 es G;

(g) SEC ID N°: 2, de los numeros de resto de nucleotido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleotido en 2759 es A;

(h) SEC ID N°: 2, de los numeros de resto de nucleotido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleotido en 3658 es C; o

(i) SEC ID N°: 2, de los numeros de resto de nucleotido 95 a 3847, en los que en el resto de nucleotido en 3850 es A.

2. Un vector recombinante que comprende el polinucleotido de acuerdo con la reivindicacion 1.

3. Una celula huesped recombinante que contiene el vector de la reivindicacion 2.

4. Un procedimiento in vitro para detectar la presencia de un polinucleotido de acuerdo con la reivindicacion 1 en una muestra de ensayo que comprende:

poner en contacto la muestra con un polinucleotido que se une especificamente al polinucleotido de acuerdo con la reivindicacion 1; y detectar la union del polinucleotido en la muestra con el mismo.

5. El procedimiento de la reivindicacion 4, en el que el polinucleotido es un ARNm.

6. El procedimiento de la reivindicacion 4, en el que el polinucleotido es un ADNc producido a partir de la muestra por transcripcion inversa.

7. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, en el que la etapa de determinacion comprende comparar una cantidad de union del polinucleotido que se une especificamente al polinucleotido de la reivindicacion 1 con la presencia del polinucleotido de la reivindicacion 1 en una muestra normal correspondiente.

8. El procedimiento de la reivindicacion 7, en el que la presencia de polinucleotido elevado en la muestra de ensayo en relacion con la muestra de tejido normal proporciona un indicio de la presencia de cancer.

9. El procedimiento de la reivindicacion 8, en el que el cancer se selecciona del grupo que consiste en leucemia y cancer de la prostata, vejiga, rinon, hueso, piel, cuello uterino, ovario, mama, ganglio linfatico, estomago, utero, pancreas, colon y pulmon, y las muestras tisulares de ensayo y normales se seleccionan del grupo que consiste en suero, sangre u orina y tejidos de la prostata, vejiga, rinon, hueso, piel, cuello uterino, ovario, mama, ganglio linfatico, estomago, utero, pancreas, colon y pulmon.

Figura 1: Secuencia de SSH de 273P4B7 de 170 nucleotidos (SEC ID N°: 1) .

Figura 2:

Figura 2A. El ADNc (SEC ID Nº: 2) y secuencia de aminoácidos (SEC ID Nº: 3) de 273P4B7 v.1. La secuencia de inicio de Kozak se muestra en negrita y la metionina de partida está subrayada. La fase abierta de lectura se extiende desde el ácido nucleic.

9. 3847 incluyendo el codón de parada.

Figura 2B. El ADNc (SEC ID Nº: 4) y secuencia de aminoácidos (SEC ID Nº: 5) de 273P4B7v.2. La secuencia de inicio de Kozak se muestra en negrita y la metionina de partida está subrayada. La fase abierta de lectura se extiende desde el ácido nucleic.

60. 3987 incluyendo el codón de parada.

Figura 2C. 273P4B7 v.3 a v.8. Variantes de SNP de 273P4B7 v.1. Las 273P4B7 v.3 a v.8 son variantes con diferencia de nucleótido sencillo de 273P4B7 v.1. 273P4B7 v.3, v.7 y v.8 codifican la misma proteína que v.1. Las proteínas 273P4B7 v.4, v.5. y v.6 se diferencian de 273P4B7 v.1 en un aminoácido. Aunque estas variantes de SNP se muestran por separado, también pueden aparecer en cualquier combinación y en cualquiera de las variantes de transcrito numeradas anteriormente en las Figuras 2A y 2B.

Figura 2D. El ADNc (SEC ID Nº: 6) y secuencia de aminoácidos (SEC ID Nº: 7) de 273P4B7 v.9. La metionina de partida está subrayada. La fase abierta de lectura se extiende desde el ácido nucleico 43324 incluyendo el codón de parada.

Figura 2E El ADNc (SEC ID Nº: 8) y secuencia de aminoácidos (SEC ID Nº: 9) de 273P4B7v.10. La metionina de partida está subrayada. La fase abierta de lectura se extiende desde el ácido nucleic.

68. 1947 incluyendo el codón de parada.

Figura 2F. El ADNc (SEC ID Nº: 10) y secuencia de aminoácidos (SEC ID Nº: 11) de 273P4B7v.11. La metionina de partida está subrayada. La fase abierta de lectura se extiende desde el ácido nucleic.

11. 1373 incluyendo el codón de parada.

Figura 3:

Figura 3A. Secuencia de aminoácidos de 273P4B7 v.1 (SEC ID Nº: 12) . La proteína 273P4B7 v.1 tienes 1250 aminoácidos.

Figura 3B. Secuencia de aminoácidos de 273P4B7 v2 (SEC ID Nº: 13) . La proteína 273P4B7v.2 tiene 1127 aminoácidos

Figura 3C. Secuencia de aminoácidos de 273P4B7 v.4 (SEC ID Nº: 14) . La proteína 273P4B7 v.4 tiene 1250 aminoácidos

Figura 3D. Secuencia de aminoácidos de 273P4B7 v.5 (SEC ID Nº: 15) . La proteína 273P4B7 v.5 tiene 1250 aminoácidos

Figura 3E. Secuencia de aminoácidos de 273P4B7 v.6 (SEC ID Nº: 16) . La proteína 273P4B7 v.6 tiene 1250 aminoácidos

Figura 3F. Secuencia de aminoácidos de 273P4B7 v.9 (SEC ID Nº: 17) . La proteína 273P4B7 v.9 tiene 1106 aminoácidos.

Figura 3G. Secuencia de aminoácidos de 273P4B7 v.10 (SEC ID Nº: 18) . La proteína 273P4B7 v.10 tiene 419 aminoácidos.

Figura 3H. Secuencia de aminoácidos de 273P4B7 v.11 (SEC ID Nº: 19) . La proteína 273P4B7v.11 tiene 419 aminoácidos

Figura 4: Alineamiento de 273P4B7 con homólogos conocidos

Figura 4A) Alineamiento de 273P4B7 (SEC ID Nº: 20) con proteína humana no nombrada (gi|22760345) (SEC ID Nº: 21) Identidades = 1103/1106 (99%) , Positivos = 1105/1106 (99%)

Figura 4B) Alineamiento de 273P4B7 (SEC ID N°:22) con antígeno tumoral BJ-HCC-15 humano (gi|22002580) (SEC ID Nº:23) Identidades = 418/419 (99%) , Positivos = 419/419 (100%)

Figura 4C) Alineamiento de 273P4B7 (SEC ID Nº: 24) con proteína de ratón (gi|27706852) (SEC ID Nº: 25) Identidades = 912/1256 (72%) . Positivos = 1026/1256 (81%) , Huecos = 35/1256 (2%) /

Figura 5: 273P4B7 variante 1 Perfil de hidrofilia (Hopp TP., Woods K.R., 1981.

Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78: 3824-3828)

Figura 6: 273P4B7 variante 1 Perfil hidropático

(Kyte J., Doolittle R.F., 1982. J. Mol. Biol. 157.

10. 132)

Figura 7: 273P4B7 variante 1 Perfil de % de restos accesibles (Janin J., 1979. Nature 277.

49. 492)

Figura 8: 273P4B7 variante 1 Perfil de flexibilidad media

(Bhaskaran R., Ponnuswamy P.K., 1988. Int. J. Pept. Protein Res. 32.

24. 255)

Figura 9: 273P4B7 variante 1 Perfil de giro beta

(Deleage, G., Roux B. 1987. Protein Engineering 1.

28. 294)

Figura 14B Expresión de 273P4B7 por RT-PCR

Figura 16 Expresión de 273P4B7 en muestras de ensayo de paciente con cáncer de páncreas, ovario y testículo

Figura 18 Expresión de 273P4B7 en muestras de ensayo de paciente con cáncer de vejiga