MÉTODO PARA PREPARAR UN FÁRMACO DE INTERÉS.

La invención se refiere a métodos para unir una molécula a un soporte, como en la preparación de péptidos cíclicos y peptidomiméticos y la ciclación de péptidos o peptidomiméticos para usarlos, entre otros, en programas de selección de fármacos y en el diagnóstico y el tratamiento de enfermedades. En particular, la invención se refiere a la síntesis de sitios de enlace o epítopes discontinuos o conformacionales que se corresponden o interactúan con una molécula de enlace, en particular con respecto a las interacciones proteína-proteína o proteína-ligando. Las interacciones entre las moléculas de enlace, que en general son biomoléculas, y sus correspondientes ligandos son fundamentales para la vida. A menudo, las células portan o contienen moléculas receptoras que interaccionan o se enlazan con una hormona, un péptido, un fármaco, un antígeno o una molécula efectora o con otra molécula receptora; las enzimas se enlazan con su sustrato; las moléculas de anticuerpo se enlazan con un antígeno, los ácidos nucleicos con proteínas y así sucesivamente. Por interacciona o se enlaza con se quiere decir que la molécula de enlace y el ligando se aproximan entre sí en el intervalo de las fuerzas moleculares y que cada uno puede influir en las propiedades del otro. Esta aproximación hace que la molécula de enlace y su ligando pasen a través de varias etapas de reconocimiento molecular que comprenden un aumento en los grados de intimidad y efecto mutuo: se enlazan, aunque no siempre irreversiblemente. Las interacciones entre las moléculas de enlace se han analizado amplia y exhaustivamente en el campo de los ensayos de fármacos candidatos con el objetivo último de encontrar fármacos específicos que puedan interaccionar o enlazarse con moléculas diana específicas en el cuerpo que intervienen o modulan el desarrollo de la enfermedad. Las moléculas de enlace tienen capacidad para enlazarse porque comprenden diferentes sitios de enlace que permiten el reconocimiento del ligando en cuestión. A su vez, el ligando tiene un sitio de enlace correspondiente y solo cuando los dos sitios de enlace pueden interactuar con complementariedad esencialmente espacial, las dos moléculas pueden enlazarse. Es innecesario decir que, como las moléculas tienen tres dimensiones, los sitios de enlace son de naturaleza tridimensional: a menudo una o más proyecciones o protuberancias en la superficie de uno de los sitios de enlace se corresponden con uno o más huecos o depresiones en el otro, en una disposición de llavecerradura tridimensional, a veces en una variedad de ajuste inducido. A veces, dicha protuberancia comprende un único bucle de la molécula en cuestión y el sitio de enlace está formado esencialmente solo por esta protuberancia. En este caso, a menudo se considera que estos sitios de enlace comprenden un sitio de enlace lineal o continuo en el que una simple parte lineal de la molécula en cuestión es en esencia la responsable de la interacción de enlace. Esta terminología se utiliza ampliamente para describir, por ejemplo, las reacciones anticuerpo-antígeno en las que el antígeno comprende una parte de la secuencia de la proteína, un péptido lineal. Por lo tanto, a menudo se habla de un epítope lineal o continuo, por lo que el sitio de enlace (epítope) de la molécula de antígeno está formado por un bucle de aminoácidos enlazados consecutivamente. Sin embargo, se pueden encontrar sitios de enlace continuos similares (en la presente memoria, epítope y sitio de enlace se usan de forma intercambiable) con interacciones receptor-antígeno (tal como con un receptor de células T), con interacciones receptor-ligando, tal como con receptores de hormona y sus agonistas o antagonistas, con interacciones receptor-citocina o, por ejemplo, con interacciones enzima-sustrato o receptor-fármaco, con lo que una parte lineal de la molécula se reconoce como un sitio de enlace, y así sucesivamente. Sin embargo, más a menudo, dicha protuberancia o protuberancias y depresiones comprenden varias partes distintas de la molécula en cuestión y son partes combinadas las que forman esencialmente el sitio de enlace. De forma general, dicho sitio de enlace que comprende partes distintas de la molécula en cuestión se considera como un sitio de enlace o epítope discontinuo o conformacional. Por ejemplo, los sitios de enlace situados en una proteína, que no tiene solo una estructura primaria (la secuencia de aminoácidos de la molécula de proteína) sino también una estructura secundaria y terciaria (el plegamiento de la molécula en hélices alfa o láminas beta y su forma en conjunto), y a veces incluso estructura cuaternaria (la interacción con otras moléculas de proteína), puede comprender en sus protuberancias o depresiones esenciales secuencias de aminoácidos o de péptidos cortos que se sitúan separados en la estructura primaria pero que se pliegan juntos muy cercanos en el sitio de enlace. En sitios de enlace lineales (continuos) los aminoácidos clave que median en los contactos con el anticuerpo se sitúan típicamente en una parte de la estructura primaria que generalmente tiene una longitud que no es mayor que 15 aminoácidos. Los péptidos que cubren estas secuencias tienen afinidades con las proteínas diana que están aproximadamente en el intervalo mostrado con el ligando de proteína intacto. En los sitios de enlace conformacionales (discontinuos) los restos clave están distribuidos en general a lo largo de dos o más regiones de enlace que a menudo están separadas en la estructura primaria. Mediante el plegamiento, estas regiones de enlace pueden juntarse en la superficie de la proteína para formar un sitio de enlace compuesto. Incluso si el sitio de enlace completo media una interacción de afinidad elevada, los péptidos que cubren solo una región de enlace, como los sintetizados en un barrido lineal de péptidos solapantes, generalmente tienen afinidades muy pequeñas que a menudo no se pueden medir, por ejemplo mediante experimentos normales de ELISA o Biacore. El descubrimiento del papel fisiológico de un gran número de péptidos hizo que investigadores de todo el mundo se dedicaran al diseño y la síntesis de peptidomiméticos (o moléculas similares a péptidos) como fármacos candidatos o herramientas de diagnóstico. Como los péptidos naturales raramente pueden ser usados terapéuticamente como 2 ES 2 367 991 T3 fármacos debido a los problemas asociados con su baja absorción, rápido metabolismo y pequeña biodisponibilidad oral, muchos esfuerzos dirigidos a modificar la secuencia natural de aminoácidos de los péptidos bioactivos obtuvieron el efecto orientado deseado. Las técnicas bioquímicas modernas han identificado un gran número de péptidos que tienen actividades farmacológicas potentes. Sin embargo, como los péptidos no son por lo general activos oralmente y presentan una semivida in vivo corta, su utilización directa como fármacos generalmente no es viable. Además, las interacciones de muchos péptidos con sus dianas macromoleculares (receptores, enzimas, anticuerpos) dependerán de la adopción de una conformación particular. Consecuentemente, el diseño de péptidos restringidos conformacionalmente y el reemplazo parcial de péptidos con unidades bioisostéricas que mimetizan estos sitios de enlace de péptidos se han convertido en uno de los objetivos contemporáneos de la química médica. Los péptidos sintéticos no naturales (o pseudopéptidos o peptidomiméticos) tienen la ventaja de proporcionar funcionalidades nuevas que pueden evitar procesos naturales en el cuerpo. Por ejemplo, se hace posible realizar funciones que no son disponibles con los materiales naturales, tales como enlazarse y penetrar en las membranas celulares y resistir la degradación por enzimas. La elección de fármacos candidatos se realiza actualmente a menudo en una escala de alto rendimiento, en la que redes de compuestos candidatos, tales como bibliotecas de péptidos o moléculas de ácidos nucleicos unidas a soportes sólidos se ponen en contacto con moléculas diana que se cree que son pertinentes para uno o más aspectos de una enfermedad que se está estudiando. El enlace de dicha molécula diana a dicho compuesto candidato se observa entonces como un posible blanco o lleva a la identificación de un sitio de enlace de una molécula diana y, simultáneamente, hacia la identificación de un compuesto candidato, de entre los múltiples diferentes compuestos presentes en la red, que tiene un sitio de enlace que, más o menos, presenta relevancia para la interacción con dicha molécula diana. Sin embargo, haber identificado un prototipo molecular no significa de ninguna manera que se haya elegido un compuesto farmacológico definitivo adecuado para la interacción con dicha molécula diana. En primer lugar, el sitio de enlace identificado puede coincidir o ser... [Seguir leyendo]

1.- Un método para proporcionar un compuesto que se compone de al menos una estructura de péptido en bucle unida mediante al menos dos enlaces tioéter a un soporte molecular, comprendiendo dicho método proporcionar una molécula de soporte con grupos funcionales que comprende una molécula (hetero)aromática que comprende al menos dos sustituyentes halobencílicos; proporcionando al menos un péptido con dos grupos funcionales SH capaz de reaccionar con al menos dichos dos sustituyentes halobencílicos; poniendo en contacto dicha molécula de soporte con grupos funcionales con al menos dicho péptido con dos grupos funcionales SH para formar al menos dos enlaces entre dicho soporte y al menos dicho péptido en una reacción de acoplamiento, donde la formación de un enlace acelera la formación de un enlace consecutivo y donde dicha reacción de acoplamiento se realiza en disolución acuosa. 2.- Un método según la reivindicación 1, en el que el péptido comprende al menos un grupo funcional elegido entre el grupo que consiste en los grupos funcionales no protegidos amino (K), amido (QN), arginina (R), ácido carboxílico (DE), alcohol (ST), tioéter (M), imidazol (H), fenilo (F), fenol (Y), indol (W) y grupos alifáticos (AVILP). 3.- Un método según la reivindicación 1 ó 2, en la que dicha molécula de soporte es un halometilareno, preferiblemente elegido entre el grupo que consiste en bis(bromometil)benceno, tris(bromometil)benceno y tetra(bromometil)benceno o uno de sus derivados. 4.- Un método según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que al menos un enlace entre dicho soporte y al menos dicho péptido comprende un enlace tioéter. 5.- Un método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-4 que comprende además producir una biblioteca que comprende varios compuestos que se componen al menos de una estructura de péptido en bucle unida mediante al menos dos enlaces de tioéter a un soporte molecular. 6.- Un método según una cualquiera de las reivindicaciones 1-4 que comprende además producir una composición, preferiblemente una composición farmacéutica, que comprende un compuesto que se compone al menos de una estructura de péptido en bucle unida mediante al menos dos enlaces de tioéter a un soporte molecular. 7.- Un método para elegir un compuesto farmacológico candidato que comprende: a) proporcionar una biblioteca de compuestos que se componen al menos de una estructura de péptido en bucle unida mediante al menos tres enlaces de tioéter a un soporte que comprende una molécula (hetero)aromática o, si dicho péptido se elige entre la familia de proteínas con nudo de cisteína, unido por medio de al menos dos enlaces tioéter; y b) b) determinar el enlace de una molécula diana a dichos compuestos. 8.- Un método según la reivindicación 7, en el que dicho enlace se determina en una fase sólida provista de dicha librería de compuestos. 9.- Un compuesto que se compone de al menos una estructura de péptido en bucle unida mediante al menos tres enlaces de tioéter a un soporte que comprende una molécula (hetero)aromática. 10.- Un compuesto que se compone de al menos una estructura de péptido en bucle unido mediante al menos dos enlaces de tioéter a un soporte que comprende una molécula (hetero)aromática, en el que dicho péptido se elige entre la familia de proteínas con nudo de cisteína. 26 ES 2 367 991 T3 FIGURA 1 27 ES 2 367 991 T3 FIGURA 2 28 ES 2 367 991 T3 FIGURA 3 29 ES 2 367 991 T3 FIGURA 4 ES 2 367 991 T3 FIGURA 5 31 ES 2 367 991 T3 FIGURA 6 32 ES 2 367 991 T3 FIGURA 7 33 ES 2 367 991 T3 FIGURA 8 34 ES 2 367 991 T3 FIGURA 9 ES 2 367 991 T3 FIGURA 10 36 ES 2 367 991 T3 FIGURA 11A 37 ES 2 367 991 T3 FIGURA 11B 38 ES 2 367 991 T3 FIGURA 11C 39 ES 2 367 991 T3 FIGURA 12 ES 2 367 991 T3 FIGURA 13 41 ES 2 367 991 T3 FIGURA 14A 42 ES 2 367 991 T3 FIGURA 14B 43 ES 2 367 991 T3 FIGURA 15A 44 ES 2 367 991 T3 FIGURA 15B ES 2 367 991 T3 FIGURA 16A 46 ES 2 367 991 T3 FIGURA 16B 47