METODO PARA LA SUBCLASIFICACION DE TUMORES.
Método para la subclasificación de tumores.La presente invención se encuadra dentro del campo de la biología molecular y la medicina.
Específicamente, la presente invención se refiere a un método de subclasificación de tumores. Concretamente, se refiere a un método de pronóstico de la evolución de los tumores, y por tanto, un método útil para tomar decisiones con respecto al tratamiento a administrar al paciente. Además, la presente invención se refiere a un kit que permite la subclasificación de tumores mediante este método
Tipo: Patente de Invención. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: P200803509.
Solicitante: FUNDACION PARA LA INVESTIGACION BIOMEDICA DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO LA PAZ.
Nacionalidad solicitante: España.
Provincia: MADRID.
Inventor/es: ESPINOSA,ENRIQUE, FRESNO VARA,JUAN ANGEL, SANCHEZ-NAVARRO,IKER, GAMEZ-POZO,ANGELO.
Fecha de Solicitud: 11 de Diciembre de 2008.
Fecha de Publicación: .
Fecha de Concesión: 8 de Junio de 2011.
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12Q1/68D2C
- G01N33/50D4
Clasificación PCT:
- C12Q1/68 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
- G01N33/50 FISICA. › G01 METROLOGIA; ENSAYOS. › G01N INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION DE SUS PROPIEDADES QUIMICAS O FISICAS (procedimientos de medida, de investigación o de análisis diferentes de los ensayos inmunológicos, en los que intervienen enzimas o microorganismos C12M, C12Q). › G01N 33/00 Investigación o análisis de materiales por métodos específicos no cubiertos por los grupos G01N 1/00 - G01N 31/00. › Análisis químico de material biológico, p. ej. de sangre o de orina; Ensayos mediante métodos en los que interviene la formación de uniones bioespecíficas con grupos coordinadores; Ensayos inmunológicos (procedimientos de medida o ensayos diferentes de los procedimientos inmunológicos en los que intervienen enzimas o microorganismos, composiciones o papeles reactivos a este efecto, procedimientos para preparar estas composiciones, procedimientos de control sensibles a las condiciones del medio en los procedimientos microbiológicos o enzimáticos C12Q).
PDF original: ES-2343996_B1.pdf
Fragmento de la descripción:
Método para la subclasificación de tumores.
La presente invención se encuadra dentro del campo de la biología molecular y la medicina. Específicamente, la presente invención se refiere a un método de subclasificación de tumores. Concretamente, se refiere a un método de pronóstico de la evolución de los tumores, y por tanto, un método útil para tomar decisiones con respecto al tratamiento a administrar al paciente. Además, la presente invención se refiere a un kit que permite la subclasificación de tumores mediante este método.
Estado de la técnica anterior
El cáncer de mama es el tumor maligno más frecuente en las mujeres y la primera causa de muerte por cáncer también en mujeres. Es una enfermedad heterogénea en cuanto a las manifestaciones clínicas, el pronóstico y la sensibilidad o resistencia a los diferentes tratamientos médicos. El pronóstico del cáncer de mama es particularmente relevante porque sirve para seleccionar los tratamientos adyuvantes que la paciente recibirá después de la cirugía para reducir el riesgo de recaída.
En los últimos años numerosas publicaciones han puesto de manifiesto que las nuevas técnicas de alto rendimiento en genómica pueden ser de gran utilidad en la consecución de estos objetivos (Marchionni et al. Evid Rep Technol Assess. 2007 Dec;(160):1-105). Estas técnicas pueden proporcionar información sobre el riesgo de padecer la enfermedad, la presencia de un tumor oculto en programas de detección precoz, la detección precoz de una recaída, la posibilidad de que aparezca dicha recaída del cáncer (pronóstico) y la posibilidad de efectos secundarios y de respuesta a los tratamientos. Así, se han encontrado varios perfiles de genes relacionados con el pronóstico del cáncer de mama. Tres de estos perfiles, los conocidos como "70-gene Signature" (van't Veer et al. Nature. 2002 Jan 31; 415(6871):530-6), "Recurrence Score" (Paik et al. N Engl J Med. 2004 Dec 30;351(27):2817-26), y "H/I Index" (Ma et al. J Clin Oncol. 2006 Oct 1;24(28):4611-9) han pasado una validación independiente, lo que se podría llamar ensayos en fase II.
El perfil de genes con valor pronóstico "70-gene Signature", comercializado con el nombre de MammaPrint® por la empresa Agendia (van't Veer et al. Nature. 2002 Jan 31; 415(6871):530-6; patente con número de publicación EP1782315) se ofrece para el diagnóstico de pacientes que presenten los siguientes criterios: tamaño del tumor menor de 5 cm, carcinoma de mama en estadio I o II, sin afectación ganglionar o hasta 3 ganglios linfáticos afectos, independientemente de la expresión del receptor de estrógenos (ER). El procedimiento requiere la medida de la expresión de 70 genes que determinan la firma génica asociada a pronóstico. El método empleado para el análisis consiste en la obtención de RNA a partir de tejido congelado en fresco (FF, siglas del inglés "Fresh Frozen") y el empleo de microarrays de cDNA. El uso de tejido congelado para estudios moleculares a gran escala presenta varios problemas: las muestras congeladas son difíciles de recoger, complicadas de procesar y costosas de almacenar. Por el contrario, las muestras de tejido fijadas en formol y embebidas en parafina (FFPE, siglas del inglés "Formalin-Fixed Paraffin-Embedded") son estables a temperatura ambiente, fáciles de almacenar y, lo que es más importante, existe un amplio archivo de muestras clínicas disponibles junto con su información clínica y el seguimiento de la enfermedad. Frente a estas ventajas ofrecidas por las muestras fijadas y embebidas en formol, existe la desventaja de que el RNA obtenido a partir de estas muestras está muy degradado. Mientras que los estudios mediante microarrays son muy sensibles a la degradación del RNA, el uso de la RT-PCR cuantitativa (qRT-PCR) ha demostrado ser una técnica que ofrece mejores resultados ante la degradación del RNA. Además, el análisis de expresión mediante microarrays es una técnica compleja que requiere de equipos sofisticados que no están disponibles en muchos laboratorios. Por tanto, a la vista de los motivos expuestos, el uso de la qRT-PCR a partir de RNA obtenido de muestras de tejido FFPE utilizados en la presente invención ofrece numerosas ventajas frente al análisis de expresión mediante microarrays a partir de RNA obtenido de muestras de tejido FF.
En los otros dos perfiles de genes con valor pronóstico mencionados, conocidos como "Recurrence Score" (Paik et al. N Engl J Med. 2004 Dec 30;351 (27):2817-26), y "H/I Index" (Ma et al. J Clin Oncol. 2006 Oct 1;24(28):4611-9), el método empleado consiste en la obtención de RNA a partir de muestras de tumores FFPE y el empleo de la técnica RT-PCR a tiempo real, con las ventajas que ello supone.
El "H/I Index" comercializado con el nombre de Theros H/I por la empresa BioTheranostics (Ma et al. J Clin Oncol. 2006 Oct 1;24(28):4611-9; patente con número de publicación WO2007084220) requiere la medida de la expresión de los genes HOXB13 e IL17BR que determinan la firma génica asociada a pronóstico y 4 genes que permiten la normalización. Este método permite pronosticar la respuesta al tratamiento hormonal en mujeres con carcinoma de mama positivo para la expresión del receptor de estrógenos y sin ganglios afectos.
El perfil "Recurrence Score", comercializado con el nombre de Oncotype DX por la empresa Genomic Health, Inc. (Paik et al. N Engl J Med. 2004 Dec 30;351 (27):2817-26; patente con número de publicación EP1815014) se ofrece para el pronóstico de pacientes a las que se les ha diagnosticado un carcinoma de mama invasivo en estadio I o II positivo para la expresión del receptor de estrógenos y que no presentan afectación de los ganglios linfáticos. Este perfil es uno de los pocos para los que se han realizado estudios que permiten afirmar su utilidad clínica para predecir el beneficio de un tratamiento quimioterapéutico (Gianni et al. J Clin Oncol. 2005;23(29):7265-7277; Paik et al. J Clin Oncol. 2006;24(23):3726-3724; Chang et al. Breast Cáncer Res Treat. 2008 Mar; 108(2):233-40).
El cáncer de ovario, aunque menos frecuente que el de mama, es el tumor más letal del tracto genital femenino, debido no sólo a su agresividad intrínseca, sino también a la dificultad del diagnóstico precoz, lo que hace que casi las dos terceras partes de las mujeres diagnosticadas estén ya en fases avanzadas de la enfermedad. En el caso concreto del cáncer de ovario también podemos encontrar trabajos que analizan perfiles de expresión mediante técnicas de alto rendimiento (Crijns et al, 2006. Int J Gynecol Cáncer. 16:152-65).
En conclusión, el cáncer es una enfermedad heterogénea con distintos subtipos tumorales en cuanto a su pronóstico y respuesta a las diferentes opciones terapéuticas. Durante los últimos años se ha puesto de manifiesto que las técnicas de alto rendimiento en genómica son de gran utilidad para pronosticar el riesgo de recaída, la supervivencia y la respuesta a los diferentes tratamientos médicos adyuvantes. Sin embargo, los perfiles génicos descritos hasta la fecha para el pronóstico del cáncer requieren aún de ensayos de validación. Por otra parte, la capacidad predictiva de cada tipo de cada perfil es bastante limitada y existe la necesidad de perfiles génicos que permitan pronosticar la respuesta a las nuevas terapias adyuvantes (Marchionni et al. Evid Rep Technol Assess. 2007 Dec;(160):1-105).
Explicación de la invención
La presente invención se refiere a un método de subclasificación de tumores. Concretamente, se refiere a un método de pronóstico de la evolución de los tumores, y por tanto, un método útil para tomar decisiones con respecto al tratamiento a administrar al paciente. Además, la presente invención se refiere a un kit que permite la subclasificación de tumores mediante este método.
Por tanto, un primer aspecto de la invención se refiere a un método para la subclasificación de tumores que comprende:
a. obtención de una muestra biológica aislada que comprende células tumorales del mamífero;
b. detección de la cantidad del producto de la expresión de entre dos y ocho genes seleccionados de entre los siguientes: DTL, ECT2, MTDH, PRC1, RFC4, SCUBE2, STK32B o ZNF533, en la muestra obtenida en (a) y
c. comparación de la cantidad detectada en el paso (b) con una cantidad de referencia.
Otro aspecto de la presente invención, se refiere un método de pronóstico de la evolución del tumor... [Seguir leyendo]
Reivindicaciones:
1. Método para la subclasificación de tumores, que comprende:
2. Método según la reivindicación 1 donde en el paso (b) se detecta la cantidad del producto de la expresión de los genes DTL, ECT2, MTDH, PRC1, RFC4, SCUBE2, STK32B y ZNF533.
3. Método de pronóstico de la evolución del tumor que comprende los pasos (a)-(c) según cualquiera de las reivindicaciones 1 ó 2, que además comprende un paso (d) donde que la cantidad detectada en el paso (b) del producto de expresión de los genes DTL, ECT2, MTDH, PRC1 o RFC4 mayor que la cantidad de referencia con la que se compara en el paso (c) o una cantidad detectada en el paso (b) de los genes SCUBE2, STK32B o ZNF533 menor que la cantidad de referencia con la que se compara en el paso (c), es indicativa de una menor supervivencia libre de recaída a distancia o una menor supervivencia global.
4. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, donde el producto de expresión de los genes es el mRNA.
5. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde la detección del mRNA se realiza mediante la técnica de qRT-PCR.
6. Método según cualquiera de las reivindicación 1 a 5 donde la muestra biológica aislada que comprende células tumorales está fijada y embebida en parafina.
7. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 donde el tumor pertenece al siguiente grupo: mama, ginecológico o próstata.
8. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 donde el tumor es de mama.
9. Método según la reivindicación 8 donde el tumor de mama es un carcinoma de mama infiltrante.
10. Método según la reivindicación 9 donde el carcinoma de mama infiltrante está en un estadio I o II.
11. Método según cualquiera de las reivindicaciones 8 a 10 donde el tumor es positivo para la expresión de los receptores hormonales de estrógenos.
12. Método según la reivindicación 11 donde la muestra se aisla de un mamífero que ha sido sometido a una terapia hormonal y bien una mastectomía o bien una tumorectomía seguida de radioterapia.
13. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 donde el tumor es de ovario.
14. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7 donde el tumor de ovario es un tumor epitelial del ovario.
15. Método según la reivindicación 14 donde el tumor epitelial del ovario es un tumor seroso.
16. Kit adaptado para llevar a cabo el método para la subclasificación de tumores, según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15 que comprende un cebador directo y un cebador inverso que hibridan con el fragmento definido entre los nucleótidos 106 y 238 de SEQ ID NO: 4 y los demás reactivos necesarios para:
17. Kit según la reivindicación 16 donde la detección de la cantidad del producto es de la expresión de los genes DTL, ECT2, MTDH, PRC1, RFC4, SCUBE2, STK32B y ZNF533.
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