Procedimiento para la detección de la presencia o ausencia de por lo menos un ácido nucleico específico o de una mezcla de ácidos nucleicos,

o para distinguir entre dos secuencias diferentes en una muestra procedente de células de melanoma maligno o de carcinoma mamario, en el que se sospecha que la muestra contiene dicha secuencia o secuencias, comprendiendo dicho procedimiento las etapas siguientes, en orden:

(a) incubar dicha muestra bajo condiciones de hibridación astringentes con una sonda de ácidos nucleicos que se selecciona de entre el grupo que consiste de:

(i)una secuencia de ácidos nucleicos obtenida del grupo que consiste de las secuencias SEC ID nº 1 y 3 a 6,

(ii)una secuencia de ácidos nucleicos que es exactamente complementaria a cualquier secuencia de ácidos nucleicos de (i),

y

(b) determinar si se ha producido dicha hibridación

Procedimiento para la determinación de CTp11 y para la determinación del potencial metastásico de una muestra de tumor.

Antecedentes de la invención

Para que se produzca la metástasis del cáncer deben superarse varias barreras, tales como la degradación de la matriz extracelular y la membrana basal, la intravasación y extravasación de vasos de la sangre y del sistema linfático, debe escaparse del ataque del sistema inmunológico y deben reconocerse y colonizarse órganos distantes (Pardee A.B., Advances in Cancer Res. 65:213-227, 1994; Ponta H. et al., Biochem. Biophys. Acta 1198:1-10, 1994). Se alcanza un nivel superior de complejidad en el aspecto de que diferentes tipos de cáncer utilizan diferentes mecanismos moleculares para la metástasis y muestran un tropismo diferente de la metástasis.

Las líneas celulares de cáncer metastizante y no metastizante han sido importantes herramientas para la identificación de genes expresados diferencialmente y para la investigación de su papel en la metástasis (Weterman M.A.J. et al. , Cancer Res. 52:1291-1296, 1992; Weterman M.A.J. et al., Int. J. Cancer 53:278-284, 1993; Van Groningen J.M. et al., Cancer Res. 55:6237-6243, 1995; Weterman M.A.J. et al., Int. J. Cancer 60:73-81, 1995; van Muijen G.N.P. et al., Int. J. Cancer 48:85-91, 1991; van Muijen G.N.P. et al., Clin. Exp. Metástasis 9:259-271, 1991).

Las moléculas de adhesión celular desempeñan un papel importante en la invasión, diseminación, extravasación y alojamiento de las células tumorales. La interacción de las células tumorales diseminadas con el endotelio y el estroma tisular se cree que es una de las etapas cruciales en la progresión tumoral y la formación de metástasis (Ebnet K. et al., Annu. Rev. Immunol. 14:155-177, 1996; Varner J.A. y Cheresh D.A., Curr. Opin. Cell Biol. 8:724-730, 19996; Albelda S.M., Lab. Invest. 68:4-17, 1993).

CTp11 es un polipéptido que es homólogo de las secuencias polipeptídicas de la base de datos EMBL siguientes: AI962751, AA412605 y AA412270, así como de las secuencias SEC ID nº 18 y SEC ID nº 75 de la patente WO nº 99/46374.

En la patente DE nº 198 11 193, se informa de secuencias humanas de ácidos nucleicos derivadas de tejido de cáncer prostático. Se informa en la patente WO nº 97/36535 de marcadores biológicos para la detección, diagnóstico y prognosis del cáncer de próstata.

Descripción resumida de la invención

Según la presente invención, inesperadamente se ha encontrado que una proteína, denominada CTp11 (proteína cancerosa asociada al testículo, de 11 kD), se encuentra regulada positivamente en las células de cáncer metastásico en comparación con sus contrapartidas no metastásicas. CTp11 podría encontrarse implicado en la estimulación de varias etapas de la cascada metastásica. CTp11 es un marcador específico de las células de cáncer metastásico, debido al hecho de que puede presentarse en un complejo MHC de clase I sobre células T citotóxicas, pero no se presenta naturalmente debido a que las únicas células no tumorales (células de testículo) en las que se encuentra CTp11 no presentan antígenos en un contexto de MHC de clase I. El gen CTp11 codifica un polipéptido de secuencia SEC ID nº 2.

La presente invención proporciona un procedimiento para detectar la presencia o ausencia de por lo menos un ácido nucleico específico o de una mezcla de ácidos nucleicos, o para distinguir entre dos secuencias diferentes en dicha muestra, en el que la muestra se sospecha que contiene dicha secuencia o secuencias, comprendiendo dicho procedimiento las etapas siguientes, en orden:

Además, la presente invención proporciona un procedimiento para determinar si una muestra de ensayo que contiene células cancerosas presenta o no el potencial de progresión o metástasis tumoral, en el que la muestra de ensayo una muestra que contiene células cancerosas que se encuentran libres de metástasis y en el que ambas muestras se obtienen del mismo individual o de diferentes individuos de la misma especie, comprendiendo dicho procedimiento las etapas siguientes:

Descripción detallada de la invención

La presente invención proporciona métodos de utilización y la utilización del gen CTp11 (proteína asociada a cáncer/testículo, de 11 kDa) para el diagnóstico, especialmente en el campo del diagnóstico del cáncer. En particular, la invención implica la identificación de dicho gen CTp11 en células tumorales malignas que presentan un potencial metastásico y/o de progresión.

La aplicación de la técnica de expresión diferencial a la línea celular de melanoma no metastásico 1F6 y su línea subcelular metastásica lF6m resultó en la identificación de CTp11 regulada positivamente en un factor de por lo menos 40 en la línea celular metastásica (fig. 1).

Según la invención, la molécula de ácidos nucleicos (CTp11) presenta una expresión regulada positivamente en las células de tumor metastásico y es capaz de inducir la progresión y/o metástasis tumorales, especialmente en el melanoma maligno y en las células de carcinoma mamario. El ácido nucleico (CTp11) presenta la secuencia SEC ID nº 1 o es un ácido nucleico que, debido a la degeneración del código genético, difiere de la secuencia SEC ID nº 1, pero que codifica la secuencia de aminoácidos codificada por el ácido nucleico de secuencia SEC ID nº 1.

El polipéptido CTp11 aislado puede encontrarse en variaciones alélicas naturales que difieren entre individuos. Dichas variaciones de los aminoácidos habitualmente son sustituciones de aminoácidos. Sin embargo, también pueden ser deleciones, inserciones o adiciones de aminoácidos a la secuencia total. La proteína CTp11 según la invención, dependiendo, tanto en grado como en tipo, de la célula y del tipo celular en el que se expresa, puede encontrarse en forma glucosilada o no glucosilada. Los polipéptidos con actividad metastásica pueden identificarse mediante transfección de células tumorales no metastizantes CTp11-negativas con vectores de expresión para CTp11, el establecimiento de transfectantes estables y la evaluación de la invasividad in vivo en ensayos de invasión en Matrigel y su capacidad metastásica tras la xenoinjertación en ratones desnudos.

La expresión "polipéptido con actividad de CTp11, o CTp11" se refiere también a proteínas con variaciones de aminoácidos menores pero con sustancialmente la misma actividad de CTp11. Sustancialmente la misma actividad significa que las actividades presentan las mismas propiedades biológicas y los polipéptidos muestran una homología, o preferentemente identidad, de por lo menos el 90%, preferentemente superior al 95%, de la secuencia de aminoácidos. La homología puede examinarse mediante la utilización del algoritmo BLAST descrito por Altschul S.F. et al., Nucleic Acids Res. 25:3389-3402,...

1. Procedimiento para la detección de la presencia o ausencia de por lo menos un ácido nucleico específico o de una mezcla de ácidos nucleicos, o para distinguir entre dos secuencias diferentes en una muestra procedente de células de melanoma maligno o de carcinoma mamario, en el que se sospecha que la muestra contiene dicha secuencia o secuencias, comprendiendo dicho procedimiento las etapas siguientes, en orden:

2. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicha sonda de ácidos nucleicos se une a un portador, y (b) comprende determinar la presencia de cualquier conjugado de anticuerpo, y en el que las etapas comprenden además, tras la etapa (a) y antes de la etapa (b):

3. Ácido nucleico aislado que inhibe que un ácido nucleico induzca la progresión y metástasis tumorales de melanoma maligno o de carcinoma mamario, presentando dicho ácido nucleico aislado una secuencia que es exactamente complementaria a la secuencia SEC ID nº 1.

4. Procedimiento para determinar si una muestra de ensayo que contiene una célula de melanoma maligno o de carcinoma mamario presenta el potencial de progresión o metástasis tumoral, en el que se obtienen del mismo individuo o de diferentes individuos de la misma especie la muestra de ensayo y una muestra que contiene una célula cancerosa libre de metástasis, comprendiendo dicho procedimiento las etapas siguientes: