Evaluación de la actividad de la ruta de señalización celular utilizando un modelo probabilístico de la expresión del gen objetivo.

Un método que comprende:

inferir la actividad de una o más rutas de señalización celular en tejido de un sujeto médico con base al menos en el nivel o niveles de expresión de uno o más genes objetivo de las rutas de señalización celular medidos en una muestra extraída del tejido del sujeto médico,

donde la inferencia comprende:

inferir la actividad de las rutas de señalización celular en el tejido del sujeto médico evaluando al menos una porción de un modelo probabilístico (40-1, ..., 40-7), preferiblemente una red Bayesiana (40-1, ..., 40-7), que representan las rutas de señalización celular para un conjunto de entradas que incluyen al menos los niveles (20) de expresión de uno o más genes objetivo de las muestras extraídas del tejido del sujeto médico;

estimar un nivel (46) en el tejido del sujeto médico de al menos un elemento de factor de transcripción (TF), el al menos un elemento TF que controla la transcripción del uno o más genes objetivo de las rutas de señalización celular, estando basada la estimación al menos en parte en probabilidades condicionales que relacionan al menos un elemento TF y en los niveles (20) de expresión de uno o más genes objetivo de las rutas de señalización celular medidas en la muestra extraída del tejido del sujeto médico;

inferir la actividad de la ruta de señalización celular con base en el nivel estimado en la muestra de tejido del factor de transcripción; y

determinar si las rutas de señalización celular están funcionando anormalmente en el tejido del sujeto médico con base en la actividad inferida de las rutas de señalización celular en el tejido del sujeto médico;

en el que la inferencia se realiza mediante un dispositivo (12) de procesamiento digital que utiliza el modelo probabilístico (40-1, ..., 40-7) de las rutas de señalización celular,

en el que la ruta de señalización celular comprende una ruta Wnt, una ruta ER, una ruta AR y/o una ruta Hedgehog,

en el que la inferencia comprende:

inferir la actividad de la ruta Wnt en el tejido del sujeto médico con base al menos en los niveles (20) de expresión de uno o más, preferiblemente al menos tres genes objetivo de la ruta Wnt medidos en la muestra extraída del tejido del sujeto médico seleccionados del grupo que consiste en:

KIAA1199, AXIN2, RNF43, TBX3, TDGF1, SOX9, ASCL2, IL8, SP5, ZNRF3, KLF6, CCND1, DEFA6 y FZD7,

y/o

inferir la actividad de la ruta ER en el tejido del sujeto médico con base al menos en los niveles (20) de expresión de uno o más, preferiblemente al menos tres, genes objetivo de la ruta ER medidos en la muestra extraída del tejido del sujeto médico seleccionados del grupo que consiste en: CDH26, SGK3, PGR, GREB1, CA12, XBP1, CELSR2, WISP2, DSCAM, ERBB2, CTSD, TFF1 y NRIP1,

y/o

inferir la actividad de la ruta Hedgehog en el tejido del sujeto médico con base al menos en los niveles (20) de expresión de uno o más, preferiblemente al menos tres genes objetivo de la ruta de Hedgehog medidos en la muestra extraída del tejido del sujeto médico seleccionado del grupo que consiste en GLI1, PTCH1, PTCH2, IGFBP6, SPP1, CCND2, FST, FOXL1, CFLAR, TSC22D1, RAB34, S100A9, S100A7, MYCN, FOXM1, GLI3, TCEA2, FYN y CTSL1

y/o

inferir la actividad de la ruta AR en el tejido del sujeto médico con base al menos en los niveles (20) de expresión de uno o más, preferiblemente al menos tres, genes objetivo de la ruta AR medidos en la muestra extraída del tejido del sujeto médico seleccionado del grupo que consiste en: KLK2, PMEPA1, TMPRSS2, NKX3-1, ABCC4, KLK3, FKBP5, ELL2, UGT2B15, DHCR24, PPAP2A, NDRG1, LRIG1, CREB3L4, LCP1, GUCY1A3, AR y EAF2.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/IB2012/053686.

Solicitante: KONINKLIJKE PHILIPS N.V.

Nacionalidad solicitante: Países Bajos.

Dirección: High Tech Campus 5 5656 AE Eindhoven PAISES BAJOS.

Inventor/es: HOFFMANN, RALF, VAN OOIJEN,HENDRIK JAN, VERHAEGH,WILHELMUS FRANCISCUS JOHANNES, VAN DE STOLPE,ANJA, DULLA,KALYANA CHAKRAVARTHI, ALVES DE INDA,MARCIA.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12Q1/68 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
  • G06F19/24 SECCION G — FISICA.G06 COMPUTO; CALCULO; CONTEO.G06F TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores en los que una parte del cálculo se efectúa hidráulica o neumáticamente G06D, ópticamente G06E; sistemas de computadores basados en modelos de cálculo específicos G06N). › G06F 19/00 Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q). › para aprendizaje automático, minería de datos o bioestadística, p.ej. identificación de patrones, descubrimiento de conocimiento, extracción de reglas, correlación, agrupamiento o clasificación.

PDF original: ES-2617195_T3.pdf

 

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