Métodos de detección del cáncer.

Un método de determinación de la probabilidad de que un paciente padezca un cáncer particular que comprende:

(1) analizar en una muestra de fluido corporal un panel de genes que comprende los genes APC, EGFR, KRAS, PTEN, y TP53;

(2) determinar si cada gen de dicho panel tiene una mutación;

(3) calcular una probabilidad de que dicho paciente padezca un cáncer c1 utilizando la fórmula**Fórmula**

en donde el producto se toma para todos los genes de dicho panel mutados en la muestra (i ≥ 1, 2, ..., n), la suma se toma para todos los tipos de cáncer t, M (g| c1) es la frecuencia de mutaciones somáticas en el gen g en el tipo de cáncer c1, y P0 (c1) es la probabilidad a priori del cáncer c1 dado que el paciente padece un cáncer.

Métodos de detección del cáncer REMISIÓN A SOLICITUDES AFINES.

Esta solicitud reivindica el beneficio de prioridad de la Solicitud de Patente Provisional de los Estados Unidos No. de Serie 61/184685 (presentada el 5 de junio de 2009).

CAMPO DE LA INVENCIÓN

La invención se refiere en general a una clasificación molecular de enfermedades, y particularmente a marcadores moleculares para el cáncer y métodos de uso de los mismos.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

El cáncer es un riesgo fundamental para la salud. Aproximadamente 560.000 personas mueren de cáncer anualmente solo en los Estados Unidos, representando casi el 23% de todos los fallecimientos. A pesar de avances recientes en los diagnósticos moleculares y de imagen, uno de los aspectos más preocupantes del cáncer sigue siendo la detección precoz. De hecho, para ciertos tipos de cáncer - v.g., el adenocarcinoma de páncreas - la detección ocurre a menudo tan tarde que impide prácticamente cualquier pronóstico favorable. Por tanto, existe una necesidad urgente de métodos sensibles para la detección del cáncer.

SUMARIO DE LA INVENCIÓN

Las mutaciones en ciertos genes están asociadas con el cáncer en general y con tipos de cáncer específicos. Por ejemplo, mutaciones desactivadoras en el gen TP53 se encuentran en aproximadamente 50% de todos los tumores sólidos y mutaciones activadoras en los genes KPAS o BPAP se encuentran a menudo en el cáncer colorrectal. Se ha descubierto que el cribado de pacientes en cuanto a mutaciones en ciertos genes puede detectar y clasificar el cáncer. Más específicamente, se ha determinado que (a) el cribado de ciertos genes (v.g., APC, EGPP, KRAS, PTE/V y TP53) respecto a mutaciones detectará aproximadamente el 95% de todos los cánceres, mientras que (b) el cribado de ciertos genes (v.g., A/Ml, APC, CDK/V2A, EGPP, PB/V2, PBXM/7, FLJ/3479, /DPI, KPAS, P/K3CA, P/K3P1, PTE/V, PB1, SMAD4, TGEBP2, T/V/V, y 7P53) respecto a mutaciones puede clasificar con exactitud el cáncer (v.g., como cáncer de mama, cáncer de colon, glioblastoma, cáncer de páncreas, etc ).

Así pues, la invención proporciona generalmente métodos que comprenden analizar paneles de genes de una muestra obtenida de un paciente (v.g. mRNA o cDNA sintetizado a partir del mismo) y determinar el estatus mutacional de los genes en el panel, en los cuales la presencia de un estatus mutacional particular en genes particulares en el panel indica (a) que el paciente tiene cáncer y/o (b) que el paciente padece un cáncer particular.

Un aspecto de la invención proporciona un método de detección de mutaciones que comprende: (1) analizar en una muestra de fluido corporal de un sujeto humano un panel de genes que comprende entre 5 y 5.000 genes, en donde dicho panel comprende al menos 5 genes seleccionados del grupo constituido por los genes enumerados en la Tabla 1; y (2) determinar si cualquiera de los genes de la Tabla 1 alberga una mutación.

El panel comprende los genes APC, EGPP, KPAS, PTE/V y TP53. En algunas realizaciones, el panel comprende los genes enumerados en la Tabla 3. En algunas realizaciones, el panel comprende los genes enumerados en la Tabla 2. En algunas realizaciones, el panel comprende los genes enumerados en la Tabla 1.

Un aspecto de la invención proporciona un método de detección de cáncer que comprende: (1) analizar un panel de genes que comprende los genes APC, EGPP, KPAS, PTE/V y TP53 en una muestra de fluido corporal; y (2) determinar si cualquiera de los genes APC, EGPP, KRAS, PTE/V o TP53 alberga una mutación; en donde dicha mutación indica la presencia de cáncer.

En algunas realizaciones, el panel comprende los genes enumerados en la Tabla 3. En algunas realizaciones, el panel comprende los genes enumerados en la Tabla 2. En algunas realizaciones, el panel comprende los genes enumerados en la Tabla 1. En algunas realizaciones, la mutación se selecciona del grupo constituido por las enumeradas en la Tabla 7 y/o Tabla 8.

Un aspecto de la invención proporciona un método de determinación de la probabilidad de que un paciente padezca un cáncer c? que comprende: (1) analizar en una muestra fluida un panel de genes que comprende los genes enumerados en la Tabla 3; (2) detectar una mutación en al menos uno de dichos genes enumerados en la Tabla 3; y (3) calcular una probabilidad de que dicho paciente padezca un cáncer c? utilizando la fórmula: P(c?¡ g?, g2, ,<7n ^ = Pofcv) n¡ M(g, ¡c?) /1) Poff) n, M(g, I f), en donde el producto se toma para todos los genes en dicho panel mutados en la muestra (/ = 1, 2,..., n), tomándose la suma para todos los tipos de cáncer f, M(g¡c?) es la frecuencia de mutaciones somáticas en el gen g en el tipo de cáncer c?, y Po(Cfj es la probabilidad a p/70/7 de cáncer c? dado que el paciente padece un cáncer.

En algunas realizaciones, dicho método comprende adlclonalmente calcular una probabilidad de que dicho paciente tenga un segundo cáncer C2 utilizando la fórmula: P fC2 / g?, 92,.. ,<?n) = Pofc^) n¡ M fg, I C2) / Ef P oC?) /I/ M fg,/ f); en donde el producto se toma para todos los genes en dicho panel mutados en la muestra (/. 1, 2, n), tomándose la

suma para todos los tipos de cáncer f, Mfg¡C2) es la frecuencia de mutaciones somáticas en el gen g en el tipo de cáncer C2, y Pofc^) es la probabilidad a pn'on del tipo de cáncer C2 dado que el paciente padece un cáncer.

Algunas realizaciones comprenden adlclonalmente recomendación, prescripción, ordenamiento, o realización de un test respecto a la presencia del cáncer C1 en dicho paciente. En algunas realizaciones, el test respecto a la presencia del cáncer c? se recomienda, prescribe, ordena, o realiza si la probabilidad calculada de que dicho paciente tenga dicho cáncer c? es superior a un valor umbral (v.g., 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, ó 100%).

En algunas realizaciones, el test respecto a la presencia del cáncer c? se recomienda, prescribe, ordena o realiza si la probabilidad calculada de que dicho paciente tenga dicho cáncer c? es mayor que la probabilidad calculada de que dicho paciente padezca un cáncer C2. En algunas realizaciones, el método comprende adlclonalmente recomendar, prescribir, ordenar, o realizar un test respecto a la presencia de cáncer C2 en dicho paciente si dicho test respecto a la presencia de cáncer c? no Indica la presencia de cáncer c?.

En diversas realizaciones de la Invención, dicha muestra de fluido corporal es una muestra de sangre. En algunas realizaciones, la muestra de sangre es una muestra de plasma. En algunas realizaciones, la muestra de sangre es una muestra de suero.

En algunas realizaciones, la detección de una mutación o determinación de si un gen alberga una mutación comprende analizar una molécula de mRNA a partir de una muestra o analizar una molécula de DNA sintetizada utilizando la molécula de mRNA como molde. En algunas realizaciones, la detección de una mutación o determinación de si un gen alberga una mutación comprende analizar un ácido nucleico de una muestra por una técnica seleccionada de resecuenclaclón, TaqMan^, análisis de mlcrorredes, y FISH.

En algunas realizaciones, los ácidos nucleicos a analizar se derivan de una vesícula extracelular. En algunas realizaciones, dicha vesícula extracelular es un exosoma.

Un aspecto de la Invención proporciona un kit que comprende reactivos para analizar un panel de genes constituido por entre 5 y 5.000 genes, comprendiendo dicho kit reactivos para detección de mutaciones en al menos 5 genes seleccionados del grupo constituido por los genes enumerados en la Tabla 1. El kit comprende reactivos para detección de mutaciones en los genes APC, EGFP, KFAS, PÍEN y 7P53.E3. En algunas realizaciones, el kit comprende reactivos para detección de mutaciones en los genes enumerados en la Tabla 3. En algunas realizaciones, el kit comprende reactivos para detección de mutaciones en los genes enumerados en la Tabla 2. En algunas realizaciones, el kit comprende reactivos para detección de mutaciones en los genes enumerados en la Tabla 1.

A no ser que se defina de otro modo, todos los términos técnicos y científicos utilizados en esta memoria tienen el mismo significado que es entendido comúnmente por una persona con experiencia ordinaria en la técnica a la que pertenece esta invención. Aunque pueden utilizarse métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en esta memoria en la práctica o ensayos de la presente invención, métodos y materiales adecuados se describen más adelante. En caso de conflicto, controlará la presente memoria descriptiva, con inclusión de las definiciones. Adicionalmente, los materiales, métodos,... [Seguir leyendo]

1. Un método de determinación de la probabilidad de que un paciente padezca un cáncer particular que comprende:

(1) analizar en una muestra de fluido corporal un panel de genes que comprende los genes APC, EGEP, KPAS, P7E/V, y 7P53;

(2) determinar si cada gen de dicho panel tiene una mutación;

(3) calcular una probabilidad de que dicho paciente padezca un cáncer ci utilizando la fórmula

g;.....g.J = IE Mfgyl /X, p.ro n, Aff&líj;

en donde el producto se toma para todos los genes de dicho panel mutados en la muestra (/ = 1, 2, n), la

suma se toma para todos los tipos de cáncer t, M(g¡ Ci) es la frecuencia de mutaciones somáticas en el gen g en el tipo de cáncer Ci, y Po(ci) es la probabilidad a prlorl del cáncer ci dado que el paciente padece un cáncer.

2. El método de la reivindicación 1, que comprende adicionalmente calcular una probabilidad de que dicho

paciente tenga un segundo cáncer C2 utilizando la fórmula: PfC2 / g?, g2, ,gn) = Pofc^) m Mfg/¡ C2) / Xf Poff) n ¡ M(g/]f,); en donde el producto se toma para todos los genes en dicho panel mutados en la muestra (/ = 1, 2, n), la suma

toma para todos los tipos de cáncer f, Mfg¡C2) es la frecuencia de mutaciones somáticas en el gen g en el tipo de cáncer C2, y Pofc2) es la probabilidad a pn'or/ del tipo de cáncer C2 dado que el paciente padece un cáncer.

3. El método de la reivindicación 1 ó 2, que comprende adlclonalmente recomendar, prescribir, ordenar, o

realizar un test respecto a la presencia del cáncer c? en dicho paciente.

4. El método de la reivindicación 3, en el cual dicho test respecto a la presencia del cáncer c? es recomendado, prescrito, ordenado, o realizado si la probabilidad calculada de que dicho paciente tenga dicho cáncer c? es superior a un valor umbral.

5. El método de la reivindicación 3, en el que dicho test respecto a la presencia del cáncer c? se recomienda, prescribe, ordena, o realiza si la probabilidad calculada de que dicho paciente tenga dicho cáncer c? es mayor que la probabilidad calculada de que dicho paciente tenga el cáncer C2.

6. El método de la reivindicación 3, que comprende adicionalmente recomendar, prescribir, ordenar, o realizar un test respecto a la presencia de cáncer C2 en dicho paciente si dicho test respecto a la presencia de cáncer c? no indica la presencia del cáncer c?.

7. Un método para detección de mutaciones que comprende:

(1) analizar en una muestra de fluido corporal de un individuo humano un panel de genes constituido por entre 5 y 5.000 genes, en el cual dicho panel comprende al menos 5 genes seleccionados del grupo constituido por los genes enumerados en la Tabla 1 y al menos los genes APC, EGPR, KRAS, P7E/V y 7P53;

y

(2) determinar si cualquiera de los genes de dicho panel alberga una mutación.

8. El método de la reivindicación 7, en el cual dicho panel comprende los genes enumerados en la Tabla 3, los genes enumerados en la Tabla 2 o los genes enumerados en la Tabla 1.

9. El método de la reivindicación 7, en el cual dichos genes APC, EGPR, KRAS, PÍEN y 7P53 constituyen al menos 10% de dicho panel.

10. Un método de detección del cáncer que comprende:

(1) analizar un panel de genes que comprende los genes APC, EGPR, KRAS, P7EN y 7P53 en una muestra de fluido corporal; y

(2) determinar si cualquiera de los genes APC, EGPR, KRAS, P7EN o 7P53 alberga una mutación; en el cual dicha mutación indica la presencia de cáncer.

11. El método de la reivindicación 10, en el cual dicha mutación se selecciona del grupo constituido por los enumerados en la Tabla 7 y/o la Tabla 8.

12. El método de la reivindicación 10 ó 11, en el cual dicho panel comprende los genes enumerados en la Tabla 3, los genes enumerados en la Tabla 2 o los genes enumerados en la Tabla 1.

13. El método de cualquiera de las reivindicaciones 10 a 12, en el cual dicha muestra de fluido corporal es una muestra de sangre.

14. El método de la reivindicación 13, en el cual dicha muestra de sangre es una muestra de plasma o una muestra de suero.

5 15. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 14, en el cual la detección de una mutación o la

determinación de s¡ un gen alberga una mutación comprende

(i) analizar una molécula de mRNA de dicha muestra o analizar una molécula de DNA sintetizada utilizando dicha molécula de mRNA como molde;

(¡I) analizar un ácido nucleico procedente de dicha muestra por una técnica seleccionada de 10 resecuenclaclón, TaqMan^, análisis de mlcrorredes, y FISH; o

(i¡¡) analizar un ácido nucleico procedente de una vesícula extracelular.

16. Un kit que comprende reactivos para analizar un panel de genes constituido por entre 5 y 5.000 genes, en el cual dicho kit comprende sondas oligonucleotídicas y/o cebadores que detectan mutaciones en al menos los genes APC, EGPP, KPAS, P7*SVy 7P53.

15 17. El kit de la reivindicación 16, en el cual dichos genes son los genes enumerados en la Tabla 3, los genes

enumerados en la Tabla 2 o los genes enumerados en la Tabla 1.

18. El kit de la reivindicación 16, en el cual dichos genes APC, EGPP, KPAS, PTE/Vy 7P53 constituyen al menos 10% de los genes que pueden analizarse en dicho kit.