Procedimiento de identificación de si un paciente será respondedor o no a inmunoterapia.

Un procedimiento de identificación de un paciente respondedor o no respondedor a inmunoterapia de cáncer que comprende las etapas de:

a) analizar una muestra derivada del paciente que contiene células tumorales o cancerosas para determinar la expresión diferencial de CCL5, y

b) caracterizar el paciente a partir del cual se derivó la muestra como un respondedor o no respondedor, basándose en los resultados de la etapa (a),

en el que el paciente se caracteriza como respondedor si la expresión de CCL5 está regulada hacia arriba, en el que la caracteriación se realiza por referencia o comparación a un patrón y en el que la muestra derivada del paciente se obtuvo antes de que el paciente recibiera la inmunoterapia de cáncer.

Procedimiento de identificación de si un paciente será respondedor o no a inmunoterapia Campo de la invención La presente invención se refiere a perfiles de expresión génica; y novedosos procedimientos de diagnóstico. La invención además se refiere al tratamiento de pacientes con cáncer, caracterizados como un respondedor por su perfil de expresión génica, tales como pacientes que padecen tumores que expresan Mage.

Antecedentes Los melanomas son tumores que se originan a partir de células de melanocitos en la epidermis. Los pacientes con melanoma maligno en metástasis distante (fase IV de acuerdo con la Clasificación de la Comisión de Juntas Americana sobre cáncer (AJCC) ) tienen un tiempo mediano de supervivencia de un año, con una tasa de supervivencia a largo plazo del 5% solamente. Incluso la quimioterapia convencional para el melanoma en fase IV tiene tasas de respuesta terapéutica del 8 -25% solamente, pero sin efecto en la supervivencia global. Los pacientes con metástasis regional (fase III) tienen una supervivencia mediana de dos a tres años con una oportunidad muy baja de supervivencia a largo plazo, incluso después de un control quirúrgico adecuado de la metástasis primaria y regional (Balch y col., 1992) . La mayoría de los pacientes con melanoma de fase I a III han eliminado su tumor quirúrgicamente, pero estos pacientes mantienen un riesgo sustancial de recaída. De este modo permanece una necesidad de prevenir la progresión del melanoma, y tener pautas de tratamiento mejorados para melanoma metastático y tratamientos adyuvantes para pacientes a los que se les ha extirpado un tumor primario.

Existen dos tipos de cáncer de pulmón: cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) y cáncer de pulmón de células pequeñas (SCLC) . Los nombres simplemente describen el tipo de célula encontrado en los tumores. NSCLC incluye carcinoma de células escamosas, adenocarcinoma, y carcinoma de células grandes y es responsable de aproximadamente el 80% de los cánceres de pulmón. NSCLC es difícil de curar y los tratamientos disponibles tienden a tener el objetivo de prolongar la vida, tanto como sea posible, y aliviar los síntomas de la enfermedad. NSCLC es el tipo más común de cáncer de pulmón y está asociado a escasos resultados (Gatzmeier y col., 1994) . De todos los pacientes con NSCLC, solamente aproximadamente el 25% tienen enfermedad loco-regional en el momento del diagnóstico y todavía son capaces de escisión quirúrgica (fases IB, IIA o IIB de acuerdo con la clasificación AJCC) . Sin embargo, más del 50% de estos pacientes recaerán en dos años después de la completa resección quirúrgica. Por lo tanto existe una necesidad de proporcionar mejor tratamiento para estos pacientes.

La quimioterapia tradicional se basa en la administración de sustancias tóxicas al paciente y se basa, en parte, en la captación agresiva del agente tóxico por las células tumorales / cancerosas. Estas sustancias tóxicas afectan de manera adversa al sistema inmune del paciente, dejando al paciente físicamente debilitado y susceptible a infección.

Se sabe que no todos los pacientes con cáncer responden a los tratamientos de cáncer actuales. Se cree que solamente el 30% o menos de personas que padecen cáncer responderán a cualquier tratamiento dado. Los cánceres que no responden al tratamiento se describen como resistentes. En muchos casos no han existido procedimientos de confianza para establecer si los pacientes responderán al tratamiento. Sin embargo, la administración de tratamiento a pacientes que son tanto respondedores como no respondedores debido a que no se pueden diferenciar, es un uso ineficaz de recursos e, incluso peor, puede ser perjudicial para el paciente porque, como ya se ha descrito, muchos tratamientos de cáncer tienen efectos secundarios significativos, tales como inmunosupresión grave, emesis y/o alopecia. Se cree que en numerosos casos los pacientes reciben tratamiento, cuando no es necesario o cuando no será eficaz.

Las células que incluyen células cancerosas / tumorales expresan muchos cientos incluso miles de genes.

Se ha hecho una gran cantidad de trabajo en los últimos tiempos para ayudar en la diagnosis y prognosis de pacientes con cáncer, por ejemplo para identificar aquellos pacientes que no requieren tratamiento adicional debido a que no tienen riesgo de metástasis, reaparición o progresión de la enfermedad.

El documento WO 2006/124836 identifica ciertas marcas de expresión génica en varias rutas oncogénicas, definiendo por lo tanto la prognosis del paciente y sensibilidad a los agentes terapéuticos que dirigen estas rutas. Los oncogenes específicos son; Myc, Ras, E2, S3, Src y beta-catenina.

El documento US 2006/0265138 describe un procedimiento de generación de un perfil genético, generalmente para identificar los tumores primarios de manera que se pueda proporcionar tratamiento apropiado.

El documento US 2006/0240441 y el documento US 2006/0252057 describen procedimientos para diagnosticar cáncer de pulmón basándose en la expresión diferencial de ciertos genes.

El documento US 2006/0234259 se refiere a la identificación y uso de ciertos perfiles de expresión génica de relevancia para el cáncer de próstata.

El documento WO 2006/103442 describe los perfiles de expresión génica expresados en un subconjunto de tumores positivos para el receptor de estrógeno receptor (ER) , que actúan, como una marca predictiva para la respuesta a ciertas terapias de hormonas tales como tamoxifina y también ciertas quimioterapias.

El documento WO 2006/093507 describe un perfil génico útil para caracterizar un paciente con cáncer colorrectal por tener una buena prognosis o una mala prognosis, en el que los pacientes con una buena prognosis son adecuadas para quimioterapia.

El documento WO 2006/092610 describe un procedimiento para controlar la progresión de melanoma basándose en la expresión diferencial de ciertos genes y marcadores novedosos para la enfermedad, en particular TSBY1, CYBA y MT2A.

El documento WO 2005/049829 describe un conjunto aislado de genes marcadores que se pueden emplear para predecir la sensibilidad de ciertos cánceres a un agente quimioterapéutico, que es un inhibidor de la quinasa receptora erbB, tal como gefitinib.

En general, estos casos se refieren a marcadores para uno o más cánceres basándose en marcadores biológicos para la identificación y / o progresión del cáncer. En algunos casos estas rutas están moduladas por los llamados oncogenes. La diagnosis que emplea las técnicas anteriores permite que los pacientes que es probable que recaigan y /o padezcan metástasis sean identificados y dirigidos para terapia adicional. En otros casos se identifica un marcador específico relevante para la resistencia a un tratamiento específico.

Está actualmente en investigación, por numerosos grupos, una nueva generación de tratamientos de cáncer basados en antígenos, péptidos, ADN y similares. La estrategia detrás de muchas de estas terapias, a menudo se denominan como inmunoterapia de cáncer, es estimular el sistema inmune del paciente en la lucha contra el cáncer. Estas terapias probablemente sean ventajosas debido a que los efectos secundarios, al tomar tales tratamientos, se espera que sean mínimos en comparación con los efectos secundarios encontrados actualmente en los pacientes sometidos a tratamiento de cáncer. Un antígeno usado en una inmunoterapia de cáncer se puede denominar como un ASCI, que es un agente inmunoterapéutico de cáncer específico de antígeno.

A principio de los años 80, Van Pel y Boon publicaron el descubrimiento de las células T citolíticas dirigidas contra un primer antígeno compartido presente en las células tumorales. Esto condujo a la caracterización del antígeno que participa, específico de tumor: Melanoma AGE-1 (MAGE-1, posteriormente renombrado MAGE-A1) . A esto siguió la identificación de un gran número de genes que comparten el mismo patrón de expresión: se expresan en un amplio intervalo de tipos de tumores tales como, melanoma, cánceres de pulmón, vejiga, mama, cabeza y cuello. No se expresan en células normales, excepto en los testículos. Sin embargo, esta expresión en los testículos normalmente no conduce a la expresión de antígeno, ya que estas células de líneas germinales no expresan las moléculas de MHC clase I. A partir de su perfil de expresión peculiar, el nombre de genes de cáncer de testículos (CT) se propuso para estos genes.

Los antígenos MAGE son antígenos codificados por la familia de genes de antígeno asociados a melanoma (MAGE) . Los genes MAGE se expresan predominantemente sobre las células de melanoma (incluyendo melanoma maligno) y algunos... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento de identificación de un paciente respondedor o no respondedor a inmunoterapia de cáncer que comprende las etapas de:

a) analizar una muestra derivada del paciente que contiene células tumorales o cancerosas para determinar la expresión diferencial de CCL5, y

b) caracterizar el paciente a partir del cual se derivó la muestra como un respondedor o no respondedor, basándose en los resultados de la etapa (a) , en el que el paciente se caracteriza como respondedor si la expresión de CCL5 está regulada hacia arriba, en el que la caracteriación se realiza por referencia o comparación a un patrón y en el que la muestra derivada del paciente se obtuvo antes de que el paciente recibiera la inmunoterapia de cáncer.

2. Un procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el patrón es una muestra con un resultado clínico conocido.

3. Un procedimiento de acuerdo con la reivindicación 2, en el que la comparación se realiza usando un algoritmo.

4. Un agente inmunoterapéutico de cáncer específico de antígeno para su uso en el tratamiento de un paciente, en el que el paciente está caracterizado antes del comienzo del tratamiento como un respondedor en base a la expresión diferencial de al menos un gen de activación inmune, en el que el gen de activación inmune es CCL5 y en el que el agente inmunoterapéutico de cáncer específico de antígeno es un antígeno MAGE capaz de provocar una respuesta inmune específica de MAGE.

5. Un agente inmunoterapéutico de cáncer específico de antígeno para su uso en el tratamiento de un paciente de acuerdo con la reivindicación 4, en el que el agente inmunoterapéutico comprende además un adyuvante apropiado.

6. Un procedimiento de acuerdo con las reivindicaciones 1 a 3, en el que la terapia o inmunoterapia es inmunoterapia de cáncer específica de antígeno de MAGE.

Figura 1

Agrupamiento jerárquico “señal del respondedor MAGE008”

Los mejores 148 conjuntos de sondas Agrupamiento respondedor Agrupamiento de sobrecruzamiento Agrupamiento no respondedor

Figura 2

Agrupamiento jerárquico “señal del respondedor MAGE008”

BaldiBH Top 100 PS

Agrupamiento respondedor Agrupamiento de sobrecruzamiento Agrupamiento no respondedor

Figura 3

Software Arrayminer – ClaseMaker (5Respuestas/5 No respondedores)

Agrupamiento respondedor Agrupamiento no respondedor

Figura 4

Comparación lista de genes “señal de respondedor MAGE008”

Software Arrayminer -Classmaker

Figura 5

Figura 5A

RESPONDEDOR NO RESPONDEDOR

FIGURA 6

Análisis del componente principal que usa los genes PRF1, GZMB, GNLY, CD8A, PRKCQ, FOXP3, IFNG, CCL5, GPR171 y TRBV19

Figura 7 Agrupamiento jerárquico de pacientes incluidos en el brazo AS15.

Demasiado temprano Respondedor

Respondedor mixto Enfermedad estable Enfermedad progresiva

Figura 8 Agrupamiento jerárquico de pacientes incluidos en el brazo AS15.