Panel de biomarcadores para el diagnóstico y la predicción de rechazo de injerto.

Un método para monitorizar una respuesta de Rechazo Agudo (RA) en un sujeto que ha recibido un aloinjerto de riñón,

comprendiendo dicho método:

(a) evaluar el nivel de expresión de NKTR, MAPK9, PBEF1, PSEN1 y DUSP1 en una muestra del sujeto para obtener un resultado de expresión génica; y

(b) emplear el resultado de expresión génica para predecir la aparición de una respuesta de RA, diagnosticar una respuesta de RA y/o caracterizar una respuesta de RA;

en el que un resultado de expresión génica de expresión disminuida de NKTR y MAPK9 y de expresión aumentada de DUSP1, PBEF1 y PSEN1 en dicha muestra del sujeto indica una respuesta de RA.

Panel de biomarcadores para el diagnóstico y la predicción de rechazo de injerto Antecedentes

El trasplante de un injerto de órgano o tejido de un donante a un paciente hospedador es un aspecto de determinados procedimientos médicos y protocolos de tratamiento. Pese a los esfuerzos para impedir el rechazo de injerto a través de la compatibilidad del tipo de tejido entre el hospedador y el donante, en los procedimientos de trasplante donde un órgano donante se introduce en un hospedador, generalmente se requiere terapia inmunosupresora para mantener la viabilidad del órgano donante en el hospedador. Sin embargo, a pesar del amplio uso de terapia inmunosupresora, puede producirse el rechazo de trasplante de órganos.

El rechazo agudo (RA) de aloinjerto de tejido es una respuesta inmunitaria compleja que implica el reconocimiento de linfocitos T del aloantígeno en el aloinjerto, señales coestimuladoras, elaboración de moléculas efectoras por linfocitos T activados, y respuesta inflamatoria dentro del injerto. La activación y el reclutamiento de leucocitos circulantes en el aloinjerto es un aspecto principal de este proceso.

La detección temprana del RA es una de las preocupaciones clínicas fundamentales en el cuidado de receptores de trasplante, incluyendo receptores de trasplante renal. La detección del RA antes de la aparición de disfunción renal permite el tratamiento satisfactorio de esta afección con inmunosupresión agresiva. Del mismo modo es importante reducir la inmunosupresión en pacientes que no tienen RA para minimizar la toxicidad farmacológica.

Por consiguiente, en el campo interesan técnicas para monitorizar una respuesta de RA en un receptor de trasplante, incluyendo predicción, diagnóstico y caracterización del RA. La presente invención atiende estas y otras necesidades.

Sumario de la invención

Se proporcionan métodos para monitorizar una respuesta de rechazo agudo (RA) en un sujeto que tiene un injerto renal, por ejemplo, para predecir, diagnosticar y/o caracterizar una respuesta de RA, incluyendo la supervivencia del injerto en un sujeto. En la realización práctica de los métodos en cuestión, el nivel de expresión de NKTR, MAPK9, PBEF1, PSNE1 y DUSP1 en una muestra del sujeto, por ejemplo, una muestra de sangre o biopsia, se evalúa, por ejemplo, a nivel de ácido nucleico y/o proteína, para monitorizar al sujeto, donde una expresión disminuida de NKTR y MAPK9 y una expresión aumentada de DUSP1, PBEF1 y PSEN1 indican una respuesta de RA. También se proporcionan kits que encuentran uso en la realización práctica de los métodos en cuestión. Los métodos encuentran uso en diversas aplicaciones.

Los aspectos de la invención en cuestión incluyen métodos para monitorizar una respuesta de rechazo agudo (RA) en un sujeto que ha recibido un aloinjerto renal que incluyen: (a) evaluar el nivel de expresión de genes en una muestra del sujeto para obtener un resultado de expresión génica, donde los genes son NKTR, MAPK9, DUSP1, PBEF1 (también denominado NAMPT) y PSEN1; y (b) emplear el resultado de la expresión génica para predecir la aparición de una respuesta de RA; diagnosticar una respuesta de RA, y/o caracterizar una respuesta de RA en un sujeto, monitorizando de esta manera una respuesta de RA del sujeto, donde una expresión disminuida de NKTR y MAPK9 y una expresión aumentada de DUSP1, PBEF1 y PSEN1 indican una respuesta de RA.

En determinadas realizaciones, la etapa de evaluación incluye además evaluar el nivel de expresión de genes adicionales seleccionados de uno o más de: CFLAR, RNF-13, IFNGR1, ITGAX y RYBP. En determinadas realizaciones, se evalúa el nivel de expresión de los 1 genes indicados anteriormente. En determinadas realizaciones, la etapa de evaluación comprende analizar un producto de expresión de los genes en la muestra. En determinadas realizaciones, el producto de expresión es un transcripto de ácido nucleico mientras que en otras realizaciones, el producto de expresión es una proteína. En determinadas realizaciones, la etapa de evaluación comprende un ensayo de RT-PCR. En determinadas realizaciones, el ensayo de RT-PCR es un ensayo de RT-PCR cuantitativo. En determinadas realizaciones, la muestra es una muestra de sangre. En determinadas realizaciones, el resultado de la expresión génica se emplea para predecir la aparición de una respuesta de RA entre 6 y 3 meses por adelantado. En determinadas realizaciones, el resultado de la expresión génica se emplea para caracterizar una respuesta de RA como una respuesta de RA resistente a esteroides.

También se describen métodos para determinar la identidad de un tejido que se está rechazando en una respuesta de RA, que incluye evaluar el nivel de expresión de al menos un gen seleccionado de uno o más de NKTR, MAPK9, DUSP1, PBEF1 (también denominado NAMPT), PSEN1, CFLAR, RNF-13, IFNGR1, ITGAX y RYBP en una muestra del sujeto para obtener un resultado de expresión génica y emplear el resultado de la expresión génica para determinar la identidad de un tejido que se está rechazando. El ensayo es aplicable no solo al rechazo de trasplante de numerosos tejidos, incluyendo trasplantes de riñón, corazón, hígado, pulmón e intestinal.

También se describen métodos para determinar un régimen inmunosupresor para un sujeto que ha recibido un injerto que incluye: (a) evaluar el nivel de expresión de al menos un gen en una muestra del sujeto para obtener un resultado de expresión génica, donde el al menos un gen se selecciona del grupo que consiste en: NKTR, MAPK9, DUSP1, PBEF1 (también denominado NAMPT) y PSEN1; y (b) emplear el resultado de expresión génica para determinar un régimen inmunosupresor del sujeto. En determinados casos, se evalúa el nivel de expresión de todos los genes del grupo de 5 genes anterior. En determinados casos, la etapa de evaluación incluye además evaluar el nivel de expresión de genes adicionales seleccionados de uno o más de: CFLAR, RNF-13, IFNGR1, ITGAX y RYBP. En determinados casos, se evalúa el nivel de expresión de los 1 genes indicados anteriormente.

También se describen sistemas para monitorizar una respuesta de rechazo agudo (RA) en un sujeto que ha recibido un aloinjerto, incluyendo el sistema: (a) un elemento de evaluación de expresión génica configurado para evaluar el nivel de expresión de al menos un gen en una muestra del sujeto para obtener un resultado de expresión génica, donde el al menos un gen se selecciona del grupo que consiste en: NKTR, MAPK9, DUSP1, PBEF1 (también denominado NAMPT) y PSEN1; y (b) un elemento de determinación de fenotipo para emplear el resultado de expresión génica para predecir la aparición de una respuesta de RA, para diagnosticar una respuesta AR y/o caracterizar una respuesta de RA en un sujeto, monitorizando de este modo la respuesta de RA del sujeto. En determinados casos, se evalúa el nivel de expresión de todos los genes del grupo de 5 genes anterior. En determinados casos, el elemento de evaluación de la expresión génica comprende al menos un reactivo para analizar un producto de expresión de al menos un gen de una muestra. En determinados casos, el producto de expresión del al menos un gen es un transcripto de ácido nucleico mientras que en otros casos, el producto de expresión es una proteína. En determinados casos, el elemento de evaluación de la expresión génica comprende cebadores de PCR específicos para el al menos un gen. En determinados casos, el elemento de evaluación de la expresión génica se configura además para evaluar el nivel de expresión de genes adicionales seleccionados de uno o más de: CFLAR, RNF-13, IFNGR1, ITGAX y RYBP. En determinados casos, se evalúa el nivel de expresión de los 1 genes indicados anteriormente. En determinados casos, el elemento de determinación del fenotipo comprende un valor de expresión de referencia para el al menos un gen.

Aspectos de la invención en cuestión incluyen kits para monitorizar una respuesta de rechazo agudo (RA) de un sujeto que ha recibido un aloinjerto, que incluyen: (a) un cebador específico de genes para genes junto con reactivos para analizar un producto de expresión de los genes de una muestra para obtener un resultado de expresión génica, donde los genes son: NKTR, MAPK9, DUSP1, PBEF1 (denominado también NAMPT) y PSEN1; y (b) un elemento de determinación del fenotipo que comprende un valor de expresión de referencia para los genes para emplear el resultado de la expresión génica para predecir la aparición de una respuesta de RA, para diagnosticar una respuesta de RA y/o caracterizar una respuesta de RA en el sujeto, monitorizando de esta manera una respuesta de RA en el sujeto. En determinadas realizaciones, el elemento de evaluación de la expresión génica se configura además para... [Seguir leyendo]

1. Un método para monitorizar una respuesta de Rechazo Agudo (RA) en un sujeto que ha recibido un aloinjerto de riñón, comprendiendo dicho método:

(a) evaluar el nivel de expresión de NKTR, MAPK9, PBEF1, PSEN1 y DUSP1 en una muestra del sujeto para obtener un resultado de expresión génica; y

(b) emplear el resultado de expresión génica para predecir la aparición de una respuesta de RA, diagnosticar una respuesta de RA y/o caracterizar una respuesta de RA;

en el que un resultado de expresión génica de expresión disminuida de NKTR y MAPK9 y de expresión aumentada de DUSP1, PBEF1 y PSEN1 en dicha muestra del sujeto indica una respuesta de RA.

2. El método de acuerdo con la Reivindicación 1, en el que dicha etapa de evaluación comprende adicionalmente evaluar el nivel de expresión de uno o más de: CFLAR, RNF-13, IFNGR1, ITGAX y RYBP, en el que un nivel de expresión aumentado de cada uno de CFLAR, RNF-13, IFNGR1, ITGAX y RYBP está asociado con una respuesta de RA.

3. El método de acuerdo con la Reivindicación 1, en el que dicha etapa de evaluación comprende analizar dicha muestra para un producto de expresión de genes comprendidos en el panel, en el que opcionalmente dicho producto de expresión es un transcripto de ácido nucleico.

4. El método de la Reivindicación 3, en el que dicha etapa de evaluación comprende un ensayo RT-PCR, en el que opcionalmente dicho ensayo RT-PCR es un ensayo RT-PCR cuantitativo.

5. El método de acuerdo con la Reivindicación 2, en el que dicha muestra es una muestra de sangre.

6. El método de acuerdo con la Reivindicación 1, en el que dicho resultado de expresión génica se emplea para predecir la aparición de una respuesta de RA entre 6 y 3 meses por adelantado.

7. El método de acuerdo con la Reivindicación 1, en el que dicho método comprende adicionalmente evaluar en dicha muestra de dicho sujeto el nivel de expresión de al menos un gen seleccionado de las Tablas 3 o 4 para obtener un segundo resultado de expresión génica y emplear dicho segundo resultado de expresión génica para determinar si dicho sujeto tiene un fenotipo tolerante a Injerto.

8. Un kit para monitorizar una respuesta de rechazo agudo (R A) en un sujeto que ha recibido un aloinjerto de riñón, comprendiendo dicho kit:

(a) un cebador específico de genes para cada uno de NKTR, MAPK9, PBEF1, PSEN1 y DUSP1 junto con reactivos para analizar una muestra para un producto de expresión de NKTR, MAPK9, PBEF1, PSEN1 y DUSP1 para obtener un resultado de expresión génica; y

(b) un elemento de determinación de fenotipo que comprende un valor de expresión de referencia para NKTR, MAPK9, PBEF1, PSEN1 y DUSP1 para emplear dicho resultado de expresión génica para predecir la aparición de una respuesta de RA, para diagnosticar una respuesta de RA y/o para caracterizar una respuesta de RA en dicho sujeto, monitorizando de este modo una respuesta de RA en dicho sujeto.

9. El kit de la Reivindicación 8 que adicionalmente comprende un cebador específico de genes y uno o más reactivos para evaluar la expresión de uno o más de CFLAR, RNF-13, IFNGR1, ITGAX y RYBP.

1. El kit de la Reivindicación 8, en el que el producto de expresión es un transcripto de ácido nucleico y/o una proteína.