Empleo de Trefoil Factor-Family 3 (TFF3) en el pronóstico de pacientes diagnosticados con cáncer colorrectal.

La presente invención se relaciona con métodos in vitro para pronosticar la evolución de un sujeto diagnosticado con cáncer colorectal tras la administración de una terapia,

monitorizar el efectode dicha terapia en el sujeto o para predecir la respuesta clínica de dicho sujeto a la terapia respecto a niveles de expresión basales. Dichos métodos comprende la cuantificación del nivel de expresión del gen TFF3 o de la proteína codificada por dicho gen.

Empleo de Trefoil Factor-Family 3 (TFF3) en el pronóstico de pacientes diagnosticados con cáncer colorrectal.

Campo de la invención La presente invención se refiere a métodos in vitro para pronosticar la evolución de un paciente diagnosticado con cáncer colorrectal tras la administración de una terapia, monitorizar el efecto de dicha terapia en el paciente o para predecir la respuesta clínica de dicho paciente a la terapia respecto a niveles de expresión basales.

Antecedentes El cáncer de intestino grueso es el tercer tumor maligno más frecuente en el mundo occidental, después del cáncer de pulmón y mama, representando el 10% de todos los cánceres y ocasionando el 10% de la mortalidad secundaria a cáncer. Aproximadamente un tercio de los cánceres de intestino grueso se forman en el recto y la mayoría de estos cánceres se diagnostican como cánceres de recto localmente avanzados (CLRA) .

En el CRLA el desarrollo de la Excisión Total del Mesorrecto (ETM) y de estrategias preoperatorias con quimioterapia y radioterapia ha mejorado notablemente la supervivencia global, el control local y probablemente la tasa de procedimientos que preservan el esfínter anal. Además, de esta forma, se ha mitigado la toxicidad de la quimiorradioterapia (QRT) .

De acuerdo a los datos de ensayos clínicos aleatorizados antiguos y recientes, el tratamiento combinado preoperatorio con QRT ha extendido la supervivencia global a los 5 años desde un 45%, con cirugía convencional (Douglass, H.O., et al. 1986, N.Engl.J Med., 315: 1294-1295; Tveit, K.M., et al. 1997 Norwegian Adjuvant Rectal Cancer Project Group, Br.J Surg., 84: 1130-1135) , a un 66-76% con QRT preoperatoria y las recidivas locales han disminuido desde un 30-50% a un 6-8%. Sin embargo, un tercio de los pacientes desarrollará metástasis a distancia, que son responsables de la elevada mortalidad (Sauer, R., et al. 2004 N.Engl.J.Med., 3 51: 1731-1740; Bosset, J.F., et al. 2006 N.Engl.J Med., 3 55: 1114-1123) .

Además, un número importante de enfermos sufre considerables efectos adversos asociados a la QRT sin beneficio alguno. De forma opuesta, otros pacientes pueden ser infra-tratados. Así, resulta de enorme interés identificar las potenciales dianas involucradas en la resistencia a la QRT e identificar a los pacientes que recaerán y podrían ser subsidiarios de tratamientos más intensivos.

La selección del tratamiento QRT para cada caso individual de adenocarcinoma de recto depende de variables clínicas y patológicas que resultan incapaces de predecir la eficacia terapéutica. Estrategias dirigidas, individuales, que correlacionan biomarcadores basales concretos con la respuesta al tratamiento QRT preoperatorio han mostrado marcadores de interés, incluyendo las mutaciones en p53 (Kandioler, D. et al., 2002. Ann.Surg., 235:493-498; Re-bischung, C., et al. 2002, Int. J Cancer, 100: 131-135) , expresión de timidilato sintetasa (Johnston, P.G., et al. 1994, J Clin Oncol, 12: 2640-2647; Edler, D. et al., 2000, Clin Cancer Res. 6:1378-1384) , p21 (Reerink, O., et al. 2004, Anticancer Res., 24:1217-1221; Qiu, H., et al. 2000, Dis. Colon Rectum, 43: 451-459; Fu, C.G., et al. 1998, Dis. Colon Rectum, 41: 68-74; Rau, B., et al. 2003, J Clin Oncol, 21: 3391-3401) , EGFR (Milas, L., et al. 2004, Int. J Radiat.Oncol Biol.Phys., 58: 966-971) , COX 2 (Smith, F.M., et al. 2006 Int.J.Radiat.Oncol.Biol.Phys., 64: 466-472) , índice de apoptosis espontánea (Rodel, C., et al. 2002, Int. J Radiat.Oncol Biol.Phys., 52: 294-303; Abe, T., et al. 2001, Anticancer Res., 21: 2115-2120) o el CEA (Park, Y.A., et al. 2006, J Surg.Oncol, 93: 145-150) . Sin embargo, ninguna de ellas ha demostrado claramente su utilidad predictiva en la práctica clínica.

Puesto que la exposición a QRT induce la expansión clonal de células cancerosas resistentes, la evaluación dinámica de marcadores que responden a QRT ha despertado un gran interés en el cáncer de recto (Crane, C.H., et al. 2003, J Clin Oncol, 21: 3381-3382) . El cribado ciego de genes a través de esta estrategia puede identificar nuevas dianas pronósticas y potencialmente terapéuticas. Además, las comparaciones intra-paciente reducen las fuentes de variabilidad, ofreciendo un contexto atractivo para el cribado de dianas.

Unos pocos estudios clínicos han abordado la evaluación dinámica de marcadores individuales antes y después del tratamiento. Rau et al. encontraron, en una serie de 66 pacientes, que la reducción en la expresión inmunohistoquímica de p21 y el aumento en la expresión de Ki-67, se asociaron a un peor pronóstico (Rau, B., et al. 2003, J Clin Oncol, 21: 3391-3401) . De forma análoga, en 40 pacientes incluidos en el mencionado ensayo alemán, la persistencia de enfermedad ganglionar tras el tratamiento y el aumento en la expresión de timidilato sintetasa en los mismos, tras microdisección tumoral con láser, se acompañó de una mayor tasa de recidivas (Liersch, T. et al. 2006, J Clin Oncol, 24: 4062-4068) .

“Trefoil Factor Family 3” (TFF3) , también llamado “Intestinal Trefoil Factor” (ITF) , es una proteína liberada por las células caliciformes de la mucosa intestinal a la luz del intestino (Figura 2) . Su función principal es colaborar en la reparación del epitelio intestinal. Para ello, actúa sobre las células de reserva epiteliales estimulando su división y migración para reepitelizar las superficies dañadas donde se ha perdido el epitelio. TFF3 activa una serie de rutas de señalización intracelular que inducen proliferación, actúan sobre las adhesiones celulares para facilitar la movilidad celular, inhiben la apoptosis celular e incluso pueden mandar señales de activación de la angiogénesis a las células

endoteliales de la mucosa y la lámina propia.

Los ratones knockout para TFF3 son fenotípicamente normales a menos que su intestino sea dañado, en cuyo caso los ratones mueren por fallo al curar la herida. Se ha propuesto el uso de un TFF3 recombinante para la terapia relacionada con síndrome del intestino irritable y otras enfermedades intestinales (e.g., la patente US 6.063.755,

6.316.218 y solicitud de patente US20010052483) .

Los efectos fisiológicos de TFF3 en las células intestinales pueden considerarse beneficiosos para el crecimiento de las células cancerígenas, proliferación y metástasis. Por ejemplo, la resistencia a la apoptosis, inducción de la migración y protección de la activación del complemento se cree que son mecanismos a través de los cuales las células cancerígenas escapan al control del crecimiento, invaden los tejidos normales colindantes y escapan a la vigilancia del sistema inmune. Los datos recogidos de la práctica clínica sugieren que la expresión de TFF3 puede estar correlacionada con el mal pronóstico del cáncer gástrico (Yamachika, et al., Clin. Cancer Res., 2002, 8, 1092) .

Yio, X. et al., 2005 (Clin Exp Metastasis. Vol. 22 (2) : 157-165) describen la correlación entre la expresión endógena y constitutiva de TFF3 y un fenotipo agresivo en células de cáncer de colon. Más concretamente, los autores han observado que todas las metástasis de colón humano examinadas expresan TFF3 y que TFF3 confiere un comportamiento maligno a las células de cáncer de colon. Adicionalmente, citan conclusiones de otros autores, dentro de las cuales se señala el hecho de que en células de cáncer gástrico, la inhibición de la expresión de TFF3 provoca un descenso en el crecimiento celular y una sensibilidad incrementada a la quimioterapia.

Por otro lado, Solmi, R. et al., 2004 (Int J Onclol. Col. 25 (4) :1049-56) describen un conjunto de 11 genes, entre los que se encuentra TFF3, que se expresan diferencialmente en cáncer de colon.

La solicitud de patente US2007/0172857, a nombre de Sysmex Corporation, describe un conjunto de proteínas, entre las que se cita a TFF3, que se encuentran expresadas en exceso en células de cáncer derivadas de cáncer de colon. Tras varios ciclos de PCR, TFF3 es identificado como un marcador efectivo para detectar metástasis hacia el nódulo linfático de cáncer de colon.

La solicitud de patente internacional WO2007/082099, a nombre de Genomic Health, INC y NASBP Foundation, describe marcadores de expresión génica para el pronóstico de cáncer colorrectal en distintos estados de desarrollo del cáncer. Entre los marcadores descritos se encuentra TFF3, que es empleado en un método para predecir el resultado clínico en un paciente diagnosticado con cáncer tras la eliminación quirúrgica de dicho cáncer. En función del estado en que se encuentre el cáncer, es decir, Dukes B (estado II) o Dukes C (estado III) , el nivel de expresión de TFF3 indica una mayor o menor probabilidad de un desarrollo clínico positivo para el... [Seguir leyendo]

1. Un método in vitro para pronosticar la evolución de un paciente diagnosticado con cáncer colorrectal tras la administración de una terapia, que comprende

(i) cuantificar los niveles de expresión del gen TFF3 o

(ii) cuantificar los niveles de expresión de la proteína codificada por dicho gen, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3,

en una muestra biológica procedente de dicho paciente antes y después de la terapia, en donde un aumento de la expresión de TFF3 o del nivel de expresión de la proteína codificada por dicho gen, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3, tras la terapia administrada con respecto a la expresión de TFF3 o del nivel de expresión de la proteína codificada por dicho gen, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3, antes de la terapia, es indicativo de una peor evolución del paciente.

2. Un método in vitro para monitorizar el efecto de una terapia administrada a un paciente diagnosticado con cáncer colorrectal, que comprende

(i) cuantificar los niveles de expresión del gen TFF3 o

(ii) cuantificar los niveles de la proteína codificada por dicho gen, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3,

en una muestra biológica procedente de dicho paciente antes y después de dicha terapia, en donde un aumento de la expresión de TFF3 o del nivel de expresión de la proteína codificada por dicho gen, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3, tras la terapia administrada con respecto a la expresión de TFF3 o del nivel de expresión de la proteína codificada por dicho gen, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3, antes de la terapia, es indicativo de que la terapia administrada no es efectiva.

3. Un método in vitro para diseñar una terapia personalizada a un paciente diagnosticado con cáncer colorrectal, que comprende

(i) cuantificar los niveles de expresión del gen TFF3 o

(ii) cuantificar los niveles de la proteína codificada por dicho gen, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3,

en una muestra biológica procedente de dicho paciente antes y después de dicha terapia, en donde un aumento de la expresión de TFF3 o del nivel de expresión de la proteína codificada por dicho gen, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3, tras la terapia administrada con respecto a la expresión de TFF3 o del nivel de expresión de la proteína codificada por dicho gen, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3, antes de la terapia, es indicativo de que el paciente necesita una terapia alternativa a la terapia administrada originalmente.

4. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en donde la cuantificación de los niveles de expresión del gen TFF3 comprende la cuantificación del ARN mensajero (ARNm) del gen TFF3, un fragmento de dicho ARNm, ADN complementario (ADNc) del gen TFF3, un fragmento de dicho ADNc, o mezclas de los mismos o en donde la cuantificación de los niveles de la proteína codificada por el gen TFF3 comprende la cuantificación de la proteína TFF3.

5. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en donde la terapia administrada es un tratamiento citotóxico y/o citostático, preferentemente quimioterapia, radioterapia, agentes antitumorales o combinaciones de los mismos.

6. El método según la reivindicación 5, en donde la quimioterapia comprende un compuesto seleccionado de un agente alquilante que previene la replicación, una fluorpirimidina, un inhibidor de la timidilato sintetasa, un inhibidor de la topoisomerasa y combinaciones de los mismos.

7. El método según la reivindicación 6, en donde el agente alquilante que previene la replicación es oxaliplatino, la fluorpirimidina es 5-fluoruracilo, UFT, Utefos o capecitabina, el inhibidor de la timidilato sintetasa es raltitrexed y el inhibidor de la topoisomerasa I es irinotecán.

8. El método según la reivindicación 5, en donde el agente antitumoral comprende agentes antiangiogénicos e inhibidores de rutas de señalización.

9. El método según la reivindicación 8, en donde el agente antiangiogénico es bevacizumab y el inhibidor de la ruta de señalización es cetuximab, panitumumab o erlotinib.

10. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en donde la muestra biológica es una muestra de tejido o un fluido biológico.

11. El método según la reivindicación 10, en donde la muestra de tejido es muestra de tejido tumoral.

12. Un método in vitro para pronosticar la evolución de un paciente diagnosticado con cáncer colorrectal que

comprende determinar el patrón de distribución de la proteína codificada por el gen TFF3, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3, en el tumor, en donde la detección de TFF3, o de cualquier secuencia de aminoácidos que tenga al menos una identidad del 90% con dicha proteína TFF3, en la luz de las microglándulas tumorales y/o en el interior de los vasos linfáticos o sanguíneos, es indicativa de una peor evolución de un paciente.

13. El método según la reivindicación 1 o 12, en donde la evolución de un paciente diagnosticado con cáncer colorrectal se determina usando un parámetro seleccionado del grupo de riesgo de recaída, la supervivencia libre de enfermedad y/o la supervivencia global del paciente.

14. El método según la reivindicación 12 o 13, en donde se ha administrado radioquimioterapia al paciente diagnosticado con cáncer colorrectal antes de la extracción del tumor.

15. El método según la reivindicación 12 o 14, en donde la detección de la proteína codificada por el gen TFF3 se lleva a cabo por medio de inmunohistoquímica.

16. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11 o 12 a 15, en donde el cáncer colorrectal es adenocarcinoma de intestino grueso en estadios II o III o IV.

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