Predicción del resultado del tratamiento del cáncer de mama.

Un método para determinar el riesgo de recurrencia de cáncer en un sujeto que padece cáncer de mama ER+ en caso de tratamiento con tamoxifeno,

comprendiendo dicho método ensayar una muestra de células de cáncer de mama ER+, procedente de dicho sujeto, para la expresión de los ARNm de HOXB13 e IL17BR humanos para determinar una proporción de los niveles de expresión de HOXB13 e IL17BR, en el que dicha proporción indica la ausencia de recurrencia de cáncer en dicho sujeto en caso de tratamiento con tamoxifeno.

Predicción del resultado del tratamiento del cáncer de mama

Campo de la invención La invención se refiere a la identificación y uso de perfiles de expresión génica, o patrones, con importancia clínica para el tratamiento de cáncer de mama usando tamoxifeno (novaldex) y otros agentes “antiestrógeno” contra cáncer de mama, incluyendo otros “moduladores selectivos de los receptores de estrógenos” (“SERM”) , “reguladores negativos selectivos de los receptores de estrógenos” (“SERD”) e inhibidores de aromatasa (“Al”) . En particular, la invención proporciona las identidades de secuencias génicas cuya expresión se correlaciona con la supervivencia de los pacientes y la protección de cáncer de mama en mujeres tratadas con tamoxifeno u otros agentes “antiestrógeno” contra cáncer de mama. Los perfiles de expresión génica, plasmados en expresión de ácido nucleico, expresión proteica u otros formatos de la expresión, pueden usarse para seleccionar sujetos aquejados de cáncer de mama que probablemente respondan de forma positiva al tratamiento con tamoxifeno u otro agente “antiestrógeno” contra cáncer de mama, así como los que probablemente no sean sensibles y por lo tanto candidatos para otros tratamientos. La invención también proporciona las identidades de conjuntos de secuencias de múltiples genes con patrones de expresión que son fuertemente predictivos de la sensibilidad a tamoxifeno y otros agentes “antiestrógeno” contra cáncer de mama.

Antecedentes de la invención El cáncer de mama es con diferencia el cáncer más común entre mujeres. Cada año, se diagnostica cáncer de mama a más de 180.000 y 1 millón de mujeres en los Estados Unidos y en todo el mundo, respectivamente. El cáncer de mama es la causa principal de muerte para mujeres entre 50-55 años de edad, y es el tumor maligno no prevenible más habitual en mujeres en el Hemisferio Occidental. Actualmente viven con la enfermedad aproximadamente 2.167.000 mujeres en los Estados Unidos (Instituto del Cáncer Nacional, Programa de Vigilancia, Epidemiología y Resultados Sinales (NCI SEER) , Cancer Statistics Review (CSR) , wwwseer.ims.nci.nih.gov/Publications/CSR1973 (1998) ) . Basándose en tasas de cáncer de 1995 a 1997, un informe del Instituto Nacional del Cáncer (NCI) estima que aproximadamente 1 de cada 8 mujeres en los Estados Unidos (aproximadamente 12, 8 por ciento) desarrollarán cáncer de mama durante su vida (Programa de Vigilancia, Epidemiología y Resultados Finales del NCT (SEER) publicación SEER Cancer Statistics Review 1973-1997) . El cáncer de mama es la segunda forma más común de cáncer, después de cáncer de piel, entre mujeres en los Estados Unidos. Se espera que se diagnostique una estimación de 250.100 nuevos casos de cáncer de mama en los Estados Unidos en 2001. De éstos, se espera que se produzcan 192.200 nuevos casos de cáncer de mama más avanzado (invasivo) entre mujeres (un aumento del 5% respecto al año pasado) , se espera que se produzcan 46.400 nuevos casos de cáncer de mama de estadio temprano (in situ) entre mujeres (aumento del 9% respecto al año pasado) , y se espera que se diagnostiquen aproximadamente 1.500 nuevos casos de cáncer de mama en hombres (Cancer Facts & Figures 2001 American Cancer Society) . Se espera una estimación de 40.600 muertes (40.300 mujeres, 400 hombres) de cáncer mama en 2001. El cáncer de mama se clasifica en segunda posición solamente superado por el cáncer de pulmón entre las causas de muertes por cáncer en mujeres. Aproximadamente el 86% de mujeres a las que se les diagnostica cáncer de mama probablemente estén vivas cinco años después, aunque el 24% morirán de cáncer de mama después de 10 años y casi la mitad (47%) morirá de cáncer de mama después de 20 años.

Todas las mujeres están en riesgo de padecer cáncer de mama. Más del 70% de los cánceres de mama se producen en mujeres que no tienen factores de riesgo identificables aparte de la edad (U.S. General Accounting Office. Breast Cancer, 1971-1991: Prevention, Treatment and Research. GAO/PEMD-92-12; 1991) . Solamente del 5 al 10% de los cánceres de mama están ligados a un historial familiar de cáncer de mama (Henderson IC, Breast Cancer. In: Murphy GP, Lawrence WL, Lenhard RE (eds) . Clinical Oncology. Atlanta, GA: American Cancer Society; 1995:198-219) .

Cada mama tiene de 15 a 20 secciones llamadas lóbulos. Dentro de cada lóbulo hay muchos lobulillos más pequeños. Los lobulillos terminan en docenas de bulbos minúsculos que pueden producir leche. Los lóbulos, lobulillos y bulbos están todos ligados por tubos estrechos llamados conductos. Estos conductos conducen al pezón en el centro de un área oscura de piel llamada la aureola. Los lóbulos y los conductos están rodeados de grasa. No hay músculos en la mama, pero hay músculos debajo de cada mama y cubren las costillas. Cada mama contiene también vasos sanguíneos y vasos linfáticos. Los vasos linfáticos portan un fluido incoloro llamado linfa, y conducen a los ganglios linfáticos. Los grupos de ganglios linfáticos se encuentran cerca de la mama en la axila (bajo el brazo) , por encima de la clavícula, y en el pecho.

Los tumores de mama pueden ser benignos o malignos. Los tumores benignos no son cancerosos, no se expanden a otras partes del cuerpo y no son una amenaza para la vida. Habitualmente pueden retirarse y en la mayoría de los casos no regresan. Los tumores malignos son cancerosos y pueden invadir y dañar tejidos y órganos cercanos. Las células tumorales malignas pueden metastatizar, entrar en el torrente sanguíneo o en el sistema linfático. Cuando las células de cáncer de mama metastatizan fuera de la mama, con frecuencia se encuentran en los ganglios linfáticos bajo el brazo (ganglios linfáticos axilares) . Si el cáncer ha alcanzado estos ganglios, significa que las células cancerosas pueden haberse propagado a otros ganglios linfáticos u otros órganos, tales como huesos, hígado o pulmones.

Se ha centrado una investigación intensiva e importante en la detección temprana, tratamiento y prevención. Esto ha incluido un énfasis en la determinación de la presencia de células epiteliales ductales cancerosas o precancerosas. Estas células se analizan, por ejemplo, con respecto a morfología celular, con respeto a marcadores proteicos, con respecto a marcadores de ácido nucleico, con respecto a anomalías cromosómicas, con respecto a marcadores bioquímicos y con respecto a otros cambios característicos que señalizarían la presencia de células cancerosas o precancerosas. Esto ha conducido a diversas alteraciones moleculares que se han indicado en cáncer de mama, pocas de las cuales se han caracterizado bien en muestras de ensayo de mama clínicas humanas. Las alteraciones moleculares incluyen presencia/ausencia de receptores esteroides de progesterona y estrógeno, expresión/amplificación de HER-2 (Mark HF, et al. HER-2/neu gene amplification in stages l-IV breast cancer detected by fluorescent in situ hybridization. Genet Med; 1 (3) : 98-103 1999) , Ki-67 (un antígeno que está presente en todos los estadios del ciclo celular excepto G0 y se usa como un marcador para proliferación de células tumorales) y marcadores de pronóstico (incluyendo oncogenes, genes supresores de tumores y marcadores de angiogénesis) como p53, p27, Catepsina D, pS2, gen de resistencia a multifármaco (MDR) y CD31. El documento WO 02/103320 se refiere a marcadores genéticos, cuya expresión se correlaciona con cáncer de mama, y en particular que pueden usarse para diferenciar afecciones clínicas asociadas con cáncer de mama tales como la presencia o ausencia del receptor de estrógenos ESR1 y BRCA1 y tumores esporádicos.

El tamoxifeno es el agente antiestrógeno más frecuentemente prescrito en mujeres con cáncer de mama positivo para receptor de hormonas tanto de estadio temprano como metastásico (para revisiones, véase Clarke, R et al. “Antiestrogen resistance in breast cancer and the role of estrogen receptor signalling”. Oncogene 22, 7316-39 (2003) y Jordan, C. “Historical perspective on hormonal therapy of advanced breast Cancer”. Clin. Ther. 24 Sup. A, A3-16 (2002) ) . En el entorno con adyuvante, la terapia con tamoxifeno da como resultado una reducción del 40-50% en el riesgo anual de reaparición, lo que conduce a una mejora del 5, 6% en la supervivencia a 10 años en pacientes negativos para ganglios linfáticos y una mejora del 10, 9% correspondiente en pacientes positivos para ganglios (Grupo, E.B.C.T.C. Tamoxifen for early breast cancer. Cochrane Database Syst Rev, CD000486 (2001) ) . Se cree que el tamoxifeno actúa principalmente como un inhibidor competitivo de la unión de estrógenos... [Seguir leyendo]

1. Un método para determinar el riesgo de recurrencia de cáncer en un sujeto que padece cáncer de mama ER+ en caso de tratamiento con tamoxifeno, comprendiendo dicho método ensayar una muestra de células de cáncer de mama ER+, procedente de dicho sujeto, para la expresión de los ARNm de HOXB13 e IL17BR humanos para determinar una proporción de los niveles de expresión de HOXB13 e IL17BR, en el que dicha proporción indica la ausencia de recurrencia de cáncer en dicho sujeto en caso de tratamiento con tamoxifeno.

2. El método de la reivindicación 1, en el que dicha proporción indica la ausencia de recurrencia de cáncer por metástasis o un resultado de supervivencia.

3. El método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 y 2, en el que dicha muestra de células de cáncer de mama se obtiene mediante una técnica mínimamente invasiva o se selecciona entre biopsia realizada con aguja gruesa, biopsia excisional, una muestra obtenida por lavado ductal, una muestra obtenida por aspiración con aguja fina o células microdiseccionadas procedentes de dicha muestra.

4. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que dicho ensayo para la expresión comprende la detección de ácidos nucleicos preparados por amplificación de ARNm procedente de dicha muestra de células de cáncer de mana o la detección de ácidos nucleicos de dicha muestra de células de cáncer de mama por PCR cuantitativa.

5. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que dicho ensayo se realiza por hibridación con un polinucleótido que comprende las secuencias de al menos 15 nucleótidos de la región 3' no traducida, de la región codificante, o de la región 5' no traducida, de los genes de HOXB13 e IL17BR humanos.

6. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que dicho ensayo para la expresión comprende ensayar la inactivación o metilación del gen de HOXB13.

7. El método de la reivindicación 4, en el que dicho ensayo es para determinar los niveles de expresión de HoxB 13 e IL17BR y comprende realizar PCR en tiempo real y determinar una proporción de los niveles de expresión de los

ARN de HoxB 13 e IL17BR, expresada como una ∆Ct de los valores de Ct observados para los niveles de expresión de los ARN de HoxB 13 e IL17BR.