Métodos de diagnóstico para identificar pacientes candidatos para el tratamiento con trastuzumab.

Un método para identificar un paciente candidato para tratamiento con medicación que inhibe la capacidad deseñalización de la proteína receptora HER-2,

comprendiendo el método:

(a) poner en contacto un conjunto de sondas cromosómicas en condiciones suficientes para permitir la hibridaciónde las sondas a cromosomas en una muestra biológica del paciente, donde las sondas son capaces de detectarnúmeros de copias para HER- 2/neu y uno o más de loci genéticos TOP2A, 1q25, PTGS2 y cromosoma en lascélulas y una o más sondas de referencia; y

(b) identificar al candidato como adecuado para el tratamiento con medicación que inhibe la capacidad deseñalización de la proteína receptora HER-2 a través de la cuantificación de los números de copias paraHER-2/neu y uno o más de los loci genéticos TOP2A, 1q25, PTGS2 y cromosoma mediante la hibridación conlas sondas.

Métodos de diagnóstico para identificar pacientes candidatos para el tratamiento con trastuzumab

Antecedentes de la invención El cáncer de mama es el tumor maligno entre mujeres más común en la mayoría de los países industrializados, ya que se estima que afecta aproximadamente al 10% de la población femenina durante su vida. Aunque su mortalidad no ha aumentado igual que su incidencia, debido a su precoz diagnóstico y tratamiento mejorado, todavía es una de las causas predominantes de muerte en mujeres de mediana edad.

El tratamiento principal para el cáncer de mama es la cirugía, o bien sola o bien combinada con una terapia coadyuvante sistémica (hormonal o citotóxica) y/o radiación postoperatoria. La mayoría de los pacientes se curan con estos tratamientos, pero aproximadamente el 25-30 % de las mujeres con la enfermedad con un resultado negativo en 15 ganglios y al menos el 50-60 % de las mujeres con un resultado positivo en ganglios, que parecen haberse liberado de la enfermedad después del tratamiento locorregional, recaerán y necesitarán tratamiento para su enfermedad metastásica. De esta manera, el cáncer de mama metastásico es un problema significativo y creciente en oncología.

Aproximadamente del 30 al 40 % de las mujeres con cáncer de mama operable desarrollan con el tiempo metástasis distantes. Comúnmente, el cáncer de mama metastásico se trata con antraciclinas, tales como doxorrubicina y epirrubicina, que actúan mediante inhibición de la enzima topoisomerasa II (TOP2A) en células cancerosas. Una respuesta favorable a la quimioterapia basada en el inhibidor de TOP2A mejora la supervivencia después de la quimioterapia y tiene un efecto positivo sobre la calidad de vida.

La respuesta de los pacientes a los inhibidores de topoisomerasa II varía ampliamente. Además, solo del 5 al 10 % de los pacientes con cáncer de mama con enfermedad claramente metastásica consiguen la remisión clínica completa. En el 30 al 50 % de tales casos, la respuesta es parcial y la duración de la respuesta varía típicamente de 6 a 24 meses. En los pacientes restantes, no se detecta ninguna respuesta objetiva o la enfermedad progresa a pesar del tratamiento en curso.

La sobreexpresión de la proteína receptora HER-2 (ERBB2) se ha asociado desde hace tiempo con cáncer de mama más agresivo y se produce principalmente como resultado de la amplificación del gen HER-2/neu, también denominado ERBB2 o más simplemente HER-2. De manera más importante, la amplificación de HER-2 es un indicador establecido de respuesta tumoral al anticuerpo anti-BRBB2 humanizado trastuzumab (vendido en el

mercado como Herceptin® por Genentech) . Sin embargo, los carcinomas de mama que carecen de la amplificación de HER-2 rara vez responden al trastuzumab, mientras que tienen buena respuesta el 20-40 % de los tumores con amplificación de HER-2. Además, el trastuzumab tiene efectos secundarios cadiotóxicos y es caro. De esta manera, existe la necesidad de métodos que identifiquen los tumores que pueden tratarse más satisfactoriamente con trastuzumab. Tales métodos permitirán a los médicos una mejor asociación de la terapia con trastuzumab con pacientes con más probabilidad de beneficiarse de tal terapia; evitando de esta manera la prescripción de la terapia con trastuzumab para pacientes con poca probabilidad de beneficiarse de trastuzumab y evitando adicionalmente la morbilidad asociada de los pacientes y el coste de dicha terapia.

Se ha sugerido que los candidatos para tratamiento eficaz con inhibidores de TOP2A pueden identificarse detectando 45 los números de copias para HER-2/neu y TOP2A. Documento U.S. 2003/0134279A1 de Isola, et al. Se dice que los pacientes que indican amplificación de HER-2/neu y TOP2A son buenos candidatos para tratamiento con inhibidores de TOP2A.

Sumario de la invención La presente invención proporciona métodos para identificar pacientes de cáncer susceptibles al tratamiento eficaz con trastuzumab y otros medicamentos que funcionan de manera similar al trastuzumab. Se cree que el trastuzumab actúa, en parte, al inhibir la capacidad de señalización de la proteína receptora HER-2. De esta manera, la invención proporciona métodos para determinar la susceptibilidad de los pacientes de cáncer a tratamientos satisfactorios con 55 una medicación que inhibe la capacidad de señalización de la proteína receptora HER-2. La invención se basa en el descubrimiento de que ciertas anomalías cromosómicas pueden usarse para identificar selectivamente pacientes de cáncer que probablemente puedan tratarse satisfactoriamente con medicación que inhibe la capacidad de señalización de la proteína receptora HER-2 o que, de otro modo, funciona de forma similar al trastuzumab. La invención se basa en el uso de la tecnología de ácidos nucleicos donde se dejan hibridar sondas de ácido nucleico con muestras celulares y se cuantifica el número de copias de regiones genéticas particulares. Preferentemente se usa la hibridación in situ y, más preferentemente, la hibridación in situ con fluorescencia (FISH) con sondas de ácido nucleico marcadas con fluorescencia. Después, los resultados de la hibridación se usan para determinar la probabilidad de tratar al paciente satisfactoriamente con una medicación que inhibe la capacidad de señalización de la proteína receptora HER-2. Preferentemente, las muestras celulares son muestras de células mamarias y la medicación es 65 trastuzumab o una medicación que funcione de manera similar al trastuzumab.

El método para identificar pacientes candidatos para el tratamiento con medicación que inhibe la capacidad de señalización de la proteína receptora HER-2 se indica en la reivindicación 1. Un método adicional para identificar un paciente candidato para el tratamiento con trastuzumab se indica en la reivindicación 10. Es posible que el paciente candidato sea un paciente del que se sospecha que tiene tener células cancerosas. Al paciente candidato también puede habérsele diagnosticado previamente la presencia de células cancerosas procedentes de enfermedades que incluyen, pero sin limitación, cáncer de mama, osteosarcoma, cáncer gástrico, cáncer de pulmón no microcítico, cáncer epitelial ovárico y otros cánceres. Preferentemente, el paciente candidato tiene cáncer de mama. En realizaciones particularmente preferentes, el paciente candidato tiene células cancerosas de mama metastásicas.

La demostración comprende la comparación del número de copias de HER-2/neu y uno o más de los otros marcadores como se indica en las reivindicaciones 1 y 10 en una o más sondas de referencia adecuadas. Por ejemplo, el número de copias del cromosoma 17 medido por una sonda peri-centromérica para el cromosoma 17 puede usarse como referencia para Her2 y/o TOP2A.

Los métodos de la invención pueden realizarse en una muestra de tejido (por ejemplo, una biopsia) que comprende las células del paciente candidato. En una realización, las células son células de cáncer de mama y el método comprende adicionalmente el contacto de la muestra de tejido que comprende las células de cáncer de mama con sondas específicas para HER-2/neu y TOP2A. Las sondas están dimensionadas de tal manera que no se superpongan en su hibridación con las células de las muestras.

La presente invención también proporciona kits y conjuntos de sondas para usar en el diagnóstico de cánceres y, preferentemente, en métodos para determinar la susceptibilidad de pacientes sospechosos de tener cáncer al tratamiento satisfactorio con una medicación que inhibe la capacidad de señalización de la proteína receptora HER-2. Preferentemente, en los conjuntos de sondas y kits de la invención se usan e incluyen sondas marcadas de manera fluorescente. Los kits y conjuntos de sondas de la invención se indican en las reivindicaciones 12 y 16, respectivamente. Los kits y conjuntos de sondas comprenden una o más sondas de referencia adecuadas tales como una sonda capaz de enumerar el cromosoma 17. Los kits de la invención también pueden incluir reactivos adicionales para realizar los métodos de la invención.

Descripción detallada de la invención La invención incluye métodos para identificar pacientes candidatos para el tratamiento con medicación que se cree que inhibe la capacidad de señalización de la proteína receptora Her2 y conjuntos de sondas y kits para identificar los pacientes candidatos. Preferentemente, los pacientes son pacientes con cáncer de mama y la medicación es trastuzumab.

Sondas cromosómicas. Las sondas adecuadas para usar en los métodos de hibridación in situ utilizados con la invención se clasifican en dos grupos amplios: sondas de enumeración cromosómicas, es decir, sondas que hibridan con... [Seguir leyendo]

1. Un método para identificar un paciente candidato para tratamiento con medicación que inhibe la capacidad de señalización de la proteína receptora HER-2, comprendiendo el método: 5

(a) poner en contacto un conjunto de sondas cromosómicas en condiciones suficientes para permitir la hibridación de las sondas a cromosomas en una muestra biológica del paciente, donde las sondas son capaces de detectar números de copias para HER-2/neu y uno o más de loci genéticos TOP2A, 1q25, PTGS2 y cromosoma 10 en las células y una o más sondas de referencia; y

(b) identificar al candidato como adecuado para el tratamiento con medicación que inhibe la capacidad de señalización de la proteína receptora HER-2 a través de la cuantificación de los números de copias para HER-2/neu y uno o más de los loci genéticos TOP2A, 1q25, PTGS2 y cromosoma10 mediante la hibridación con las sondas.

2. El método de la reivindicación 1, donde el conjunto de sondas comprende sondas capaces de detectar números de copias para HER-2/neu y TOP2A.

3. El método de la reivindicación 1, donde el conjunto de sondas comprende sondas capaces de detectar números de copias para HER-2/neu, TOP2A y uno o más de los loci 1q25 y PTGS2. 20

4. El método de la reivindicación 1, donde el conjunto de sondas comprende sondas capaces de detectar números de copias para HER-2/neu, TOP2A y 1q25.

5. El método de la reivindicación 1, donde la muestra biológica comprende una biopsia. 25

6. El método de la reivindicación 1, donde la muestra biológica comprende una muestra de citología.

7. El método de la reivindicación 1, donde las sondas cromosómicas están marcadas de manera fluorescente.

8. El método de la reivindicación 1, donde la muestra biológica comprende células de mama.

9. El método de la reivindicación 8, donde al paciente candidato se le ha diagnosticado cáncer de mama.

10. Un método para identificar un paciente candidato para tratamiento con trastuzumab, comprendiendo el método: 35

(a) poner en contacto un conjunto de sondas cromosómicas en condiciones suficientes para permitir la hibridación de las sondas a cromosomas en una muestra biológica de un paciente, donde las sondas son capaces de detectar números de copias para HER-2/neu y uno o más de TOP2A, 1q25, PTGS2 y cromosoma 10 en las células y una o más sondas de referencia; y

(b) identificar al candidato como adecuado para tratamiento con trastuzumab a través de la cuantificación de los números de copias para HER-2/neu y uno o más de los loci genéticos TOP2A, 1q25, PTGS2 y cromosoma 10 mediante la hibridación con las sondas.

11. El método de la reivindicación 10, donde el conjunto de sondas comprende sondas capaces de detectar el número 45 de copias para HER-2/neu y TOP2A y una sonda de referencia capaz de detectar el número de copias del cromosoma 17.

12. Un conjunto de sondas cromosómicas que consisten en sondas capaces de detectar los números de copias de HER-2/neu y dos o más de los loci genéticos 1q25 y PTGS2, cromosoma 10, TOP2A y una o más sondas de 50 referencia.

13. El conjunto de sondas cromosómicas de la reivindicación 12, donde el conjunto de sondas consiste en sondas capaces de detectar los números de copias de HER-2/neu, TOP2A y uno o más de los loci 1q25 y PTGS2.

14. El conjunto de sondas cromosómicas de la reivindicación 12, donde el conjunto de sondas consiste en sondas capaces de detectar el número de copias de HER-2/neu y TOP2A y una sonda adicional capaz de detectar números de copia de los loci genéticos 1q25, PTGS2 y cromosoma 10, y una sonda de referencia capaz de detectar el número de copias del cromosoma 17.

15. El conjunto de sondas cromosómicas de la reivindicación 12, donde el conjunto de sondas consiste en sondas capaces de detectar el número de copias de HER-2/neu, TOP2A y 1q25.

16. Un kit que consiste en sondas cromosómicas capaces de detectar un número de copias de HER-2/neu y dos o más de los loci genéticos 1q25, PTGS2, TOP2A y cromosoma 10 y una o más sondas de referencia. 65

17. Un kit de la reivindicación 16, donde las sondas cromosómicas consisten en sondas capaces de detectar HER-2/neu y TOP2A y una sonda adicional capaz de detectar números de copias de los loci genéticos 1q25, PTGS2 y cromosoma 10 y una sonda de referencia capaz de detectar el número de copias del cromosoma 17.