Método in vitro para predecir si un paciente con artritis reumatoide respondería a un tratamiento con un agente bloqueador del TNFα

, comprendiendo dicho método la determinación del nivel de expresión de ocho genes en una muestra biológica de dicho paciente, en el que dichos genes son EPS15 (SEQ ID n.º 1), HLA-DPB1 (SEQ ID n.º 3), AKAP9 (SEQ ID n.º 5), RASGRP3 (SEQ ID n.º 7), MTCBP-1 (SEQ ID n.º 9), PTNP12 (SEQ ID n.º 11), MRPL22 (SEQ ID n.º 13) y RPS28 (SEQ ID n.º 15), comprendiendo dicho método además la etapa de comparar el nivel de expresión combinado de dichos genes con los valores de referencia obtenidos de los grupos de pacientes que responden y que no responden.

Método para predecir la respuesta a agentes bloqueadores del TNF.

La presente invención se refiere a un método para predecir la respuesta a un tratamiento con un agente bloqueador del TNFa.

La artritis reumatoide (AR) es una poliartritis crónica, autoinmunitaria e inflamatoria que induce lesión articular e incapacidad. El factor a de la necrosis tumoral (TNFa, por su nombre en inglés) desempeña una función clave en los acontecimientos patológicos que van asociados, y se ha identificado que es una diana terapéutica. De hecho, los agentes bloqueadores del TNFa (ABT) tal como infliximab, etanercept y adalimumab han revolucionado el cuidado terapéutico de los pacientes resistentes al metotrexato. Diversos ensayos clínicos con una politerapia de ABT/metotrexato han demostrado resulta eficaz en el 60 al 80% de tales pacientes. Los ABT reducen la inflamación articular, enlentecen el daño articular y mejoran la función física. Aún así, del 20 al 40% de los pacientes con AR a los que se les da una politerapia de ABT/metotrexato no responden a este tratamiento. Además, los ABT pueden tener efectos secundarios y son costosos, y resulta impredecible la eficacia de cualquier ABT en un paciente determinado. Por estos motivos, predecir la capacidad de respuesta a un ABT determinado sería muy útil.

Dado que los polimorfismos genéticos, tal como los haplotipos HLA-DR, se han asociado a una evolución natural variable de la AR y a una respuesta heterogénea a los fármacos antirreumáticos modificadores de la enfermedad (FARME) convencionales, unos pocos estudios han intentado identificar los marcadores genéticos para la eficacia de los ABT y se han centrado en los promotores de varios genes de citocinas (Kang CP et al. 2006; Mugnier et al. 2003; Cuchacovich et al. 2004) . Por ejemplo, la variación de secuencia en el promotor del gen del TNFa se ha asociado a una respuesta variable al infliximab (Mugnier et al. 2003) . No obstante, se obtuvieron conclusiones similares también para el etanercept (Mugnier et al. 2004) y, por lo tanto, tales genotipados no sirven para seleccionar el ABT que proporcione los mayores beneficios (Lequerré T et al. 2005) . Dado que la respuesta al tratamiento probablemente depende de los polimorfismos en muchos locus (Briges SL et al. 2004) , recientemente se ha utilizado el análisis de expresión génica de todo el genoma con matrices del ADNc para identificar los marcadores de la capacidad de respuesta en las células mononucleares de la sangre periférica (CMSP) . Sin embargo, el número de este tipo de estudios es todavía muy escaso (Kekow et al. 2004; Meisel et al. 2004) y se han identificado muy pocos genes informativos (Kekow et al. 2004) . Además, en todos los casos, había muy pocos pacientes por estudio, lo que imposibilitó la elaboración de conclusiones estadísticamente válidas (Meisel et al. 2004) o un análisis confirmativo en otro conjunto de pacientes independiente (Kekow et al. 2004) .

La búsqueda preliminar de los parámetros predictivos fue descrita por los inventores en distintas conferencias (American College of Rheumatology 2005, San Diego, 13-17 de noviembre de 2005; American College of Rheumatology 2004, San Antonio, 19-21 de octubre de 2004; Jornada Científica del Club Rhumatisme et inflammation (CRI) , 4 de junio de 2004, París (Instituto Pasteur) , Jornada de IFRMP 2004, 18 de junio de 2004, Dieppe; Congreso Nacional de la Sociedad Francesa de Reumatología (SFR) 2005, 4-7 de diciembre de 2005, CNIT de la Défense, París; Congreso Nacional de la Sociedad Francesa de Reumatología (SFR) 2004, 15-17 de noviembre de 2004, CNIT de la Défense, París) .

Lequerré et al., Arthritis and Rheumatism, 2004, vol. 50, página S398 y Lequerré et al., Arthritis and Rheumatism, 2005, vol. 52, nº 9S, páginas S569-S570 describen que el perfil de expresión génica en las CMSP es una herramienta para la predicción de la capacidad de respuesta del infliximab en la artritis reumatoide.

La solicitud de patente de los EE.UU. nº 2005/196799 describe chips de ADN que son útiles para el análisis genético.

Maini et al., 1999, The Lancet, vol. 354, nº 9194, páginas 1932-1939, describe el que el infliximab se puede usar como fármaco para tratar los pacientes con artritis reumatoide.

Compendio de la invención Debido al análisis del transcriptoma en las CMSP de los pacientes con AR, los inventores ahora han identificado un pequeño conjunto de transcritos cuyos niveles combinados permiten predecir de modo fiable la respuesta al tratamiento con un agente bloqueador del TNFa.

Sobre esta base, la invención da a conocer un método in vitro para predecir si un paciente con artritis reumatoide responderá a un tratamiento con un agente bloqueador del TNFa, comprendiendo dicho método la determinación del nivel de expresión de ocho genes en una muestra biológica de dicho paciente, en donde dichos genes son EPS15, HLA-DPB1, AKAP9, RASGRP3, MTCBP-1, PTNP12, MRPL22 y RPS28.

El perfil de expresión combinada de estos genes es informativo del estado del paciente que, antes de cualquier tratamiento con un agente bloqueador del TNFa, se puede clasificar como un paciente que responde o un paciente que no responde, y darle el tratamiento adecuado.

El método comprende la etapa adicional de comparar el nivel de expresión de dichos genes con unos valores de referencia obtenidos de los grupos de pacientes que responden y de los que no responden. El paciente tiene, lo más preferentemente, artritis reumatoide, en donde el paciente tiene una artritis reumatoide que está activa.

En una realización preferente, el agente bloqueador del TNFa es un anticuerpo anti-TNFa, p. ej., infliximab.

El paciente a analizar puede recibir un tratamiento básico que no sea de agente bloqueador del TNFa, p. ej., puede tratarse con metotrexato, azatioprina o leflunomida.

El nivel de expresión se determina ventajosamente mediante la cuantificación del nivel del ARNm de dichos genes en la muestra biológica. La utilización de un chip de ADN resulta particularmente útil para este fin. El ensayo que utiliza tal chip es realmente fiable, rápido y barato.

Un objeto más de la invención es el chip de ADN que permite realizar tal método, a saber, un chip de ADN que comprende un soporte sólido que porta ácidos nucleicos que son específicos de los transcritos de EPS15, HLADPB1, AKAP9, RASGRP3, MTCCBP-1, PTNP12, MRPL22 y RPS28.

Leyenda de la figura La figura 1 muestra la cantidad relativa de los transcritos en la situación de referencia frente a 3 meses en los pacientes que responden o en los pacientes que no responden. Para cada transcrito, los 4 niveles (valor medio) mostrados en la situación de referencia y después de 3 meses en los pacientes que responden y en los pacientes que no responden se expresan como un porcentaje de la cantidad media en la situación de referencia en los pacientes que responden (100%) . Todas las diferencias significativas se observan en el conjunto de pacientes que no responden: hay un asterisco fuera de la barra cerrada cuando diferencia es en los pacientes que no responden en la situación de referencia frente a 3 meses (p < 0, 05; prueba pareada de Wilcoxon) ; hay un asterisco dentro de la barra cerrada cuando la diferencia es a los 3 meses en los pacientes que responden frente a los que no responden (p < 0, 05, prueba de Mann y Whitney) . En cualquier grupo de pacientes, por lo tanto, se consideró una tendencia hacia un incremento o una disminución del nivel siempre y cuando el valor a los 3 meses estuviera, respectivamente, por encima o por debajo del valor de la situación de referencia, independientemente de la diferencia de estos valores.

Descripción detallada de la invención

El método de la invención se basa en la identificación de un conjunto de genes cuyos perfiles de expresión combinada permiten diferenciar los pacientes entre pacientes que responden y pacientes que no responden a un tratamiento con un agente bloqueador del TNFa.

En la práctica, la determinación rápida del nivel de expresión de dichos genes, p. ej., mediante RT-PCR cuantitativa, ofrece una poderosa herramienta para predecir la capacidad de respuesta a un agente bloqueador del TNFa.

El estudio presentado en el ejemplo muestra que tal análisis permite predecir la eficacia de los agentes bloqueadores del TNFa, tal como infliximab, con una sensibilidad del 80%, una especificidad del 100% y un valor predictivo positivo del 100%, y un valor predictivo negativo del 83%.

Definiciones... [Seguir leyendo]

1. Método in vitro para predecir si un paciente con artritis reumatoide respondería a un tratamiento con un agente bloqueador del TNFa, comprendiendo dicho método la determinación del nivel de expresión de ocho genes en una muestra biológica de dicho paciente, en el que dichos genes son EPS15 (SEQ ID nº 1) , HLA-DPB1 (SEQ ID nº 3) , AKAP9 (SEQ ID nº 5) , RASGRP3 (SEQ ID nº 7) , MTCBP-1 (SEQ ID nº 9) , PTNP12 (SEQ ID nº 11) , MRPL22 (SEQ ID nº 13) y RPS28 (SEQ ID nº 15) , comprendiendo dicho método además la etapa de comparar el nivel de expresión combinado de dichos genes con los valores de referencia obtenidos de los grupos de pacientes que responden y que no responden.

2. Método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el paciente tiene una artritis reumatoide que es activa.

3. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 o 2, en el que el agente bloqueador del TNFa es un anticuerpo anti-TNFa.

4. Método de acuerdo con la reivindicación 3, en el que el anticuerpo es infliximab.

5. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que el paciente recibe un tratamiento básico que no es con agente bloqueador del TNFa.

6. Método de acuerdo con la reivindicación 5, en el que el paciente se trata con metotrexato, azatioprina o leflunomida.

7. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, en el que la muestra biológica es sangre.

8. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en el que el nivel de expresión se determina cuantificando el nivel del ARNm de dichos genes en la muestra biológica.

9. Método de acuerdo con la reivindicación 8, que comprende las etapas de proporcionar ARN totales extraídos de las CMSP obtenidas de una muestra de sangre del paciente, y someter los ARN a amplificación e hibridación con sondas específicas.

10. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 8 o 9, en el que el nivel de expresión se determina mediante RT-PCR cuantitativa o semicuantitativa en tiempo real.

11. Método de acuerdo con la reivindicación 8 o 9, en el que el nivel de expresión se determina utilizando un chip de ADN.

12. Método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11, que además comprende la determinación del nivel de expresión de los transcritos de la lista siguiente AADAT (SEQ ID nº 17) , COX7AL2 (SEQ ID n, º 19) , CXCL5 (SEQ ID nº 21) , ELMOD2 (SEQ ID nº 23) , FBXO5 (SEQ ID nº 25) , KNG1 (SEQ ID nº 27) , LAMR1 (SEQ ID nº 29) , MUCDHL (SEQ ID nº 31) , PFKFB4 (SEQ ID nº 33) , PSMB9 (SEQ ID nº 35) , RPL35 (SEQ ID nº 37) , RPS16 (SEQ ID n, º 39) , TBL2 (SEQ ID nº 41) , THRAP3 (SEQ ID nº 43) , 193472 kininógeno 1 (SEQ ID nº 45) , 239932 (SEQ ID nº 47) , QIL-1 (SEQ ID nº 49) , SCAM-1 (SEQ ID nº 51) , MUSTN1 (SEQ ID nº 53) , WDR39 (SEQ ID nº 55) , 114519 (SEQ ID nº 57) , 415079 (SEQ ID nº 59) , 244313 (SEQ ID nº 60) , 295669 (SEQ ID nº 61) , 234261 (SEQ ID nº 62) , 123983 (SEQ ID nº 63) , 82303 (SEQ ID nº 64) y 247176 (SEQ ID nº 65) , o una subcombinación de los mismos.

13. Uso de un agente bloqueador del TNFa para la preparación de un medicamento para tratar a un paciente con artritis reumatoide y clasificarlo como un paciente que responde a un tratamiento con un agente bloqueador del TNFa, mediante el método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12.

14. Uso de acuerdo con la reivindicación 13, en el que el agente bloqueador del TNFa es el infliximab.