Un polipéptido que comprende:

(a) la secuencia de aminoácidos SEC ID Nº 577;

(b) una secuencia deaminoácidos que tiene al menos un 80% de identidad de secuencia con la SEC ID Nº 577;

(c) una secuencia deaminoácidos que es un fragmento de al menos aminoácidos consecutivos de la SEC ID Nº 577; o

(d) unasecuencia de aminoácidos que tiene al menos un 80% de identidad de secuencia con la SEC ID N5 º 577 e incluye unfragmento de al menos aminoácidos consecutivos de la SEC ID Nº 577, para su uso en medicina.

Inmunógenos de Escherichia coli uropatogénica

Campo técnico

La presente invención es del campo de la biología de Escherichia coli, y en particular se refiere a inmunógenos para su uso en la inmunización contra cepas de E. coli patogénicas extraintestinales (ExPEC) .

Técnica antecedente Pocos microorganismos son tan versátiles como E. coli. Además de ser un miembro importante de la microflora intestinal normal de los mamíferos, se ha explotado ampliamente como huésped en tecnología de ADN recombinante. Además, sin embargo, E. coli también puede ser un patógeno mortal.

Las cepas de E. coli se han clasificado tradicionalmente como comensales o patogénicos, y las cepas patogénicas entonces se subclasifican como cepas intestinales o extraintestinales. Las técnicas taxonómicas más recientes tales como electroforesis de enzimas multilocus (EEM) clasifican a E. coli en cinco grupos filogenéticos (A, B1, B2, D y E) , y estas agrupaciones no coinciden con las tradicionales. Por ejemplo, el grupo B1 de EEM incluye cepas tanto comensales como patogénicas, y el grupo D incluye cepas tanto intestinales como extraintestinales.

Las cepas patogénicas extraintestinales (o cepas 'ExPEC' [1]) de E. coli pertenecen a los grupos B2 y D de EEM, e incluyen tanto cepas uropatogénicas (UPEC) como cepas asociadas con meningitis/sepsis (MNEC) . Las cepas UPEC causan infecciones del tracto urinario (ITU) , y son la forma más común de cistitis. También causan pielonefritis (y sus complicaciones tales como sepsis) e infecciones asociadas con catéteres. Las cepas MNEC causan meningitis en el neonato (0, 1 casos por cada 1000 nacidos vivos) con tasas de letalidad que varían del 25 al 40%, y también son responsables de aproximadamente 1/6 de los casos de sepsis.

La mayoría de las vacunas previas contra ExPEC se han basado en lisados celulares o en estructuras celulares. SOLCOUROVAC™ incluye diez bacterias diferentes inactivadas por calor incluyendo seis cepas ExPEC, y se informó de un ensayo clínico en fase II satisfactorio en la referencia 2. URO-VAXOM™ es una vacuna en comprimido oral que contiene lisados bacterianos liofilizados de 18 cepas seleccionadas de E. coli [3]. Baxter Vaccines desarrolló una vacuna contra ITU basada en los pili de 6 a 10 cepas diferentes, pero este producto se ha abandonado. MedImmune desarrolló un producto llamado MEDI 516 basado en el complejo de adhesina FimH [4], pero los ensayos clínicos en fase II muestran eficacia inadecuada. Además, había riesgo con esta vacuna de que también se vieran afectadas las cepas no patogénicas FimH positivas en la flora intestinal normal, y se esperaba que esta vacuna fuera eficaz contra cepas UPEC solamente, a causa de su mecanismo de adherencia específico de vejiga, dejando a otras cepas ExPEC sin controlar.

Por tanto, existe la necesidad de vacunas mejoradas contra ExPEC, incluyendo la necesidad de alejarse de los lisados celulares en bruto y acercarse a moléculas mejor definidas, y la necesidad de identificar antígenos adicionales que sean adecuados para su inclusión en vacunas, particularmente antígenos que sean predominantes entre las cepas clínicas ExPEC sin encontrarse también en las cepas comensales.

Un modo de abordar estas necesidades se presentó en la referencia 5, donde los inventores buscaron genes presentes en los genomas de los tipos B2 y D de EEM pero ausentes de los tipos A y B1 de EEM. Se presentaron enfoques comparativos adicionales, basados en la hibridación sustractiva, en las referencias 6 y 7. También se han identificado los genes de virulencia en cepas ExPEC en la referencia 8. La referencia 9 divulga un análisis de cuatro islas de patogenicidad en la cepa UPEC de E. coli 536.

La referencia 10 usó la secuencia genómica de la cepa UPEC (06:K2:H1) CFT073 [11, 12] para identificar secuencias no presentes en cepas no patogénicas de E. coli. La referencia 13 describe una comparación de la secuencia genómica del aislado 536 de E. coli de la pielonefritis humana (O6:K15:H31) , una UPEC, con datos de secuencia para las cepas CFT073 (UPEC) , EDL933 (enterohemorrágica) y MG1655 (cepa de laboratorio no patogénica) . Las secuencias genómicas de cepas patogénicas están disponibles en las bases de datos con los números de acceso AE005174, BA000007 y NC-004431. Una secuencia de una cepa no patogénica está disponible con el número de acceso U00096.

Un objeto de la invención es proporcionar antígenos adicionales para su uso en la inmunización contra cepas patogénicas de E. coli, particularmente cepas ExPEC, y más particularmente cepas UPEC.

El número de acceso Q8FAG2 de la base de datos EBI UNIPROT ("SubNombre: proteína conservada Completa=Putativa") es una proteína de E. coli no caracterizada como de interés para uso médico. Welch y col.: Proc Natl Acad Sci USA 99, 17020-17024 informan sobre que la secuencia genómica completa de Escherichia coli uropatogénica manifiesta una estructura extensiva en mosaico. El documento WO03074553 (A2) se refiere a nuevos productos específicos para cepas bacterianas patogénicas y su uso como vacunas y en inmunoterapia.

Sumario de la invención Los inventores han identificado diversos genes que pueden incluirse en composiciones inmunogénicas específicas para cepas patogénicas de E. coli. Los genes son de cepas uropatogénicas (UPEC) pero están ausentes de cepas no patogénicas, y sus proteínas codificadas tienen localizaciones celulares que las vuelven accesibles para el sistema inmune.

En un aspecto, la invención proporciona un polipéptido que comprende: (a) la secuencia de aminoácidos SEC ID Nº 577; (b) una secuencia de aminoácidos que tiene al menos un 80% de identidad de secuencia con la SEC ID Nº 577;

(c) una secuencia de aminoácidos que es un fragmento de al menos 10 aminoácidos consecutivos de la SEC ID Nº 577; o (d) una secuencia de aminoácidos que tiene al menos un 80% de identidad de secuencia con la SEC ID Nº 577 y que incluye un fragmento de al menos 10 aminoácidos consecutivos de la SEC ID Nº 577, para su uso en medicina. Realizaciones adicionales de la invención se definen en las reivindicaciones.

En una realización particular, los polipéptidos de la invención comprenden un fragmento que comprende al menos un epítope de células B de (a) .

Los polipéptidos de la invención pueden usarse en medicina y en la fabricación de un medicamento para provocar una respuesta inmune en un paciente.

La presente invención también se refiere a una composición farmacéutica que comprende un polipéptido de la invención en mezcla con un vehículo farmacéuticamente aceptable. La invención además se refiere a una composición farmacéutica que comprende dos o más polipéptidos de la invención en mezcla con un vehículo farmacéuticamente aceptable. En una realización particular, las composiciones farmacéuticas de la invención además comprenden un adyuvante de vacuna.

En este documento se divulgan procedimientos para provocar una respuesta inmune en un paciente, que comprenden la etapa de administrar al paciente una composición farmacéutica o composición inmunogénica de la invención. En una realización particular, la respuesta inmune es protectora contra infección por ExPEC.

A continuación se describen aspectos adicionales de la invención.

Breve descripción de los dibujos La Figura 1 muestra el porcentaje de supervivencia de ratones tras su exposición con CFT073 después de inmunización con CFT073 inactivado por calor.

Descripción detallada de la invención Los inventores han identificado diversos genes que pueden incluirse en composiciones inmunogénicas específicas para cepas patogénicas de E. coli. Los genes son de cepas UPEC pero están ausentes de cepas no patogénicas, y sus proteínas codificadas tienen localizaciones celulares que las vuelven accesibles para el sistema inmune.

Polipéptidos En este documento se describen polipéptidos que comprenden secuencias de aminoácidos descritas en los ejemplos. Las secuencias de aminoácidos se dan en la lista de secuencias como SEC ID Nº 1 a 596 y 597 a 599.

La secuencia de aminoácidos de la SEC ID Nº 577 es La invención también proporciona polipéptidos que comprende secuencias de aminoácidos que tienen identidad de secuencia con la SEC ID Nº 577. Dependiendo de la secuencia particular, el grado de identidad de secuencia es preferiblemente mayor del 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%... [Seguir leyendo]

1. Un polipéptido que comprende: (a) la secuencia de aminoácidos SEC ID Nº 577; (b) una secuencia de aminoácidos que tiene al menos un 80% de identidad de secuencia con la SEC ID Nº 577; (c) una secuencia de aminoácidos que es un fragmento de al menos 10 aminoácidos consecutivos de la SEC ID Nº 577; o (d) una secuencia de aminoácidos que tiene al menos un 80% de identidad de secuencia con la SEC ID Nº 577 e incluye un fragmento de al menos 10 aminoácidos consecutivos de la SEC ID Nº 577, para su uso en medicina.

2. El polipéptido de la reivindicación 1, en el que dicho fragmento comprende al menos un epítope de células B de la secuencia SEC ID Nº 577.

3. Una composición farmacéutica que comprende el polipéptido de las reivindicaciones 1 ó 2, en mezcla con un 10 vehículo farmacéuticamente aceptable.

4. Una composición farmacéutica que comprende dos o más polipéptidos de las reivindicaciones 1 ó 2, en mezcla con un vehículo farmacéuticamente aceptable.

5. La composición de la reivindicación 3 o reivindicación 4, que comprende adicionalmente un adyuvante de vacuna.

6. Uso del polipéptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 ó 2, en la fabricación de un medicamento para 15 producir una respuesta inmune en un paciente.

7. El polipéptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 ó 2, para su uso para producir una respuesta inmune en un paciente.

8. El uso de la reivindicación 6, o el polipéptido de la reivindicación 7, en el que la respuesta inmune es protectora contra infección por ExPEC.