PÉPTIDOS CON AFINIDAD DE UNIÓN AUMENTADA PARA AL MENOS TRES MOLÉCULAS DE TIPO HLA-A3.

Péptidos con afinidad de unión aumentada para al menos tres moléculas de tipo hla-a3 Antecedentes de la invención ES 2 367 640 T3 La presente invención se refiere a composiciones y procedimientos para prevenir, tratar o diagnosticar un número de estados patológicos. En particular, proporciona péptidos novedosos capaces de unirse a moléculas de complejo de histocompatibilidad principal seleccionadas (MHC) y que inducen una respuesta inmune. Las moléculas MHC se clasifican o bien como moléculas Clase I o Clase II. Las moléculas MHC de Clase II se expresan principalmente sobre las células implicadas en el inicio y mantenimiento de la las respuestas inmunes, tales como linfocitos T, linfocitos B, macrófagos, y similares. Las moléculas MHC de Clase II son reconocidas por los linfocitos T auxiliares e inducen la proliferación de linfocitos T auxiliares y amplificación de la respuesta inmune al péptido inmunogénico particular que se muestra. Las moléculas MHC de Clase I se expresan en casi todas las células nucleadas y se reconocen por linfocitos T citotóxicos (CTL), que después destruyen las células que llevan antígeno. Los CTL son particularmente importantes en rechazo de tumor y en la lucha de infecciones virales, fúngicas, y parásitas. La relación entre afinidad de unión para las moléculas MHC de Clase I e inmunogenicidad de epítopes de péptidos discretos se ha analizado en dos planteamientos experimentales diferentes (Sette, et al., J. Immunol., 153: 5586 - 5592 (1994)). En el primer planteamiento, la inmunogenicidad de los epítopes portenciales que varían en la afinidad de unión de MHC en un intervalos de 10,000 veecs se analizó en ratones transgénicos HLA-A*0201. En el segundo planteamiento, la antigenicidad de aproximadamente 100 epítopes potenciales diferentes derivados de virus de hepatitis B (HBV), llevando todos motivos de unión de A*0201, se ensayaron mediante el uso de PBL de pacientes de hepatitis aguda. En ambos casos, se encontró que un umbral de afinidad de aproximadamente 500 nM (preferiblemente 500 nM o menos) determina la capacidad de un epítope de péptido para inducir una respuesta CTL. Estos datos se correlacionan bien con las mediciones de la afinidad de unión de la clase I de o bien péptidos procesados de manera natural o epítopes de células T descritos previamente. Estos datos indican el papel importante de la selección determinante en la configuración de las respuestas de las células T. En general, respuestas de CTL no se dirigen contra todos los epítopes posibles. En su lugar, están restringidos a unos pocos determinantes immunodominantes (Zinkernagel, et al., Adv. Immunol. 27, 51 - 59 (1979); Bennink, et al., J. Exp. Med. 168, 1935 - 1939 (1988); Rawle, et al., J. Immunol. 146, 3977 - 3984 (1991)). Se ha reconocido durante mucho tiempo que la inmunodominancia (Benacerraf, et al., Science. 175, 273 - 279 (1972)) se podría explicar mediante o bien la capacidad de un epítope dado para unirse selectivamente a una molécula particular MHC (teoría de selección determinante) (Vitiello, et al., J. Immunol. 131:1635 (1983); Rosenthal, et al., Nature 267, 156 - 158 (1977)) o que se reconoce de manera selective por la especificidad de TCR existente (teoría del repertorio) (Klein, J., Immunology, the Science of Self-Nonself Discrimination, John Wiley & Sons, New York, p. 270 - 310 (1982)). Se ha demostrado que también pueden jugar un papel importante factores adicionales, la mayoría ligados a episodios profesionales en el dictado, más allá de la estricta inmunogenicidad, cuyos muchos determinantes potenciales se presentarán como immunodominantes (Sercarz, et al., Annu. Rev. Immunol. 11, 729 - 766 (1999)). La capacidad para modulas la afinidad de unión de un péptido inmunogénico particular para uno o más moléculas HLA y por lo tanto modulan la respuesta inmune inducida por el péptido potenciarán en gran medida la utilidad de vacunas a base de péptido y agentes terapéuticos. La presente invención proporciona éstas y otras ventajas. El documento WO 94/03205 describe composiciones de péptido capaces de unirse específicamente a alelos de MHC seleccionados e inducir la activación de células T en células T restringidas por el alelo MHC. Los péptidos son útiles para inducir una respuesta inmune contra el antígeno deseado. En Rammensee et al, Immunogenetics (1995) 41: 178-228, titulado "MHC ligands and peptide motifs: first listing" se proporcionan un compendio de motivos de péptido MHC y ligandos de MHC. Deckhut et al., J. of Virology, enero 1992, p. 440 - 447 describen que SV40 TAA expresado en células transformadas de H-2b SV40 induce la generación de los CTL Lyt-2+ (CD8+), que están implicados en el rechazo de tumores, en ratones. Los restos mínimos y óptimos de antígeno T reconocido por cuatro clones de CTL se determina mediante el uso de péptidos sintéticos. En la "Definition of Specific Petptide Motifs for Four Major HLA-A Alleles", J. Immunology, Vol. 152, No. 8, 15 de abril de 1994, p 3913 - 24, Kubo et al., describe y caracteriza motivos específicos de alelo para las moléculas de la clase MHC humanas, HLA-A1, A3, A11 y A24. 2 Sumario de la invención El alcance de la presente invención se define por las reivindicaciones y cualquier información que no caiga dentro de las reivindicaciones se proporciona para información solamente. En el presente documento se divulgan péptidos y ácidos nucleicos que los codifican para uso en vacunas y compuestos terapéuticos. También se describen procedimientos de inducción de una respuesta de células T citotóxicas contra un antígeno preseleccionado en un paciente, comprendiendo el procedimiento poner en contacto una célula T citotóxica con un péptido inmunogénico de la invención. Los péptidos de la invención se pueden derivar de numerosos antígenos incluyendo antígenos virales, antígenos asociados a tumores, antígenos parásitos, antígenos fúngicos y similares. El procedimiento descrito en el presente documento se puede llevar a cabo in vitro e in vivo. Preferiblemente los péptidos se ponen en contacto con la célula T citotóxica mediante administración al paciente de una molécula de ácido nucleico que comprende una secuencia que codifica el péptido inmunogénico. La presente divulgación proporciona una composición que comprende un péptido inmunogénico de entre 9 y 15 restos que se une a al menos dos moléculas de tipo HLA-A3 seleccionadas entre el grupo que comprende A*0301, A*1101, A*3101, A*3301 y A*6801 con una constante de disociación de menos de 500nM e induce una respuesta de células T citotóxicas, dicho péptido inmunogénico comprende un supermotivo A3 que consta de una secuencia de 9 restos del extremo N al extremo C como sigue: Un primer resto de anclaje primario en la segunda posición en la segunda posición seleccionado entre el grupo que consta de A, L, I, V, M, S y T y Un segundo resto de anclaje primario en la novena posición seleccionado entre el grupo que consta de R y K; y Uno o más restos de anclaje secundarios seleccionados entre el grupo que consta de (i) Y F, o W, en la tercera posición, (ii) Y, F, o W en la sexta posición, (iii) Y, F, o W en la séptima posición, (iv), P en la octava posición, y cualquier combinación de (i), (ii), (iii) y (iv). La presente invención proporciona un procedimiento de identificación de péptidos que se unen a una molécula de tipo HLA-A3 con una constante de disociación de menos de 500 nM, comprendiendo el procedimiento las siguientes etapas: rastrear una secuencia de aminoácidos de una proteína antigénica para la presencia del motivo de unión de la reivindicación 1; seleccionar una o más subsecuencias en la proteína antigénica que tiene el motivo de unión; preparar péptidos de ensayo de 8 y 11 restos que comprenden las subsecuencias seleccionadas; determinar la capacidad de los péptidos de ensayo que se unen a la molécula de tipo HLA-A3; e identificar péptidos con una constante de disociación de menos de 500 nM. Definiciones ES 2 367 640 T3 El término "péptido" se usa indistintamente con "oligopéptido" en la presente memoria descriptiva para designar una serie de restos, típicamente aminoácidos L, conectados entre sí típicamente por enlaces de péptido entre los grupos alfa-amino y carbonilo de aminoácidos adyacentes. Los oligopéptidos de la invención son menos que aproximadamente 15 restos de longitud y usualmente constan de entre aproximadamente 8 y aproximadamente 11 restos, preferiblemente 9 ó 10 restos. Un "péptido inmunogénico" es un péptido que comprende un motivo específico de alelo o supermotivo de manera que el péptido se unirá a una molécula de MHC e inducen una respuesta de CTL. Péptidos inmunogénicos de la invención son capaces de unirse a una molécula de tipo HLA-A3 apropiada e inducir una respuesta de células T citotóxicas contra el antígeno... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento de identificación de péptidos que se unen a al menos 3 moléculas de tipo HLA-A3 seleccionadas entre el grupo que comprende A*0301, A*1101, A*3101, A*3301 y A*6801, con una constante de disociación de menos de 500 nM, comprendiendo el procedimiento las siguientes etapas: 5 rastrear una secuencia de aminoácidos de una proteína antigénica para la presencia de un supermotivo A3 que consta de una secuencia de 9 restos del extremo N al extremo C como sigue: un primer resto de anclaje primario en la segunda posición seleccionado entre el grupo que consiste en A, L, I, V, M, S y T y un segundo resto de anclaje primario en la novena posición seleccionado entre el grupo que consiste en R y K; y 10 uno o más restos de anclaje secundario seleccionados entre el grupo que consiste en (i) Y, F, o W, en la tercera posición, (II) Y, F, o W en la sexta posición, (III) Y, F, o W en la séptima posición, (Iv), P en la octava posición, y cualquier combinación de (I), (II), (III) y (Iv); seleccionar una o más subsecuencias en la proteína antigénica que tiene el motivo de unión; 15 preparar péptidos de ensayo de 8 y 11 restos que comprenden las subsecuencias seleccionadas; determinar la capacidad de los péptldos de ensayo de unirse l producto génico; identificar los péptidos con una constante de disociación de menos de 500 nM con al menos 3 moléculas de tipo HLA-A3- seleccionadas entre el grupo que comprende A*0301, A*1101, A*3101, A*3301 y A*6801. ES 2 367 640 T3 33 ES 2 367 640 T3 34 ES 2 367 640 T3 ES 2 367 640 T3 36 ES 2 367 640 T3 37 ES 2 367 640 T3 38 ES 2 367 640 T3 39 CAPACIDAD DE ANCLAJE MEDIA RELATIVA A HLA A1: PÉPTIDOS 9-MER POSICIÓN GRUPO 1 2 3 4 5 6 7 8 9 A 1,1 ANCLAJE 4,50 0,09 0,64 0,19 0,30 0,27 ANCLAJE G 8,4 POSICIÓN 0,69 0,34 0,10 1,4 0,31 0,55 C- DE 0,20 2 33 0,36 0,35 0,37 12 0,97 TERMINAL RHK 0,78 0,13 1,1 1,5 0,33 0,32 0,83 LIVM 0,50 S 0,17 0,97 2,2 1,7 1,2 1,7 Y YFW 4,0 T 1,8 4,5 2,6 3,4 2,4 6,2 QN 1,3 (M) 1,8 0,53 1,9 1,0 7,7 0,79 STC 1,4 2,4 2,6 1,0 2,0 0,74 0,97 P 0,60 0,17 1,2 0,57 22 0,27 0,87 ANCLAJES: POSICIÓN 2 Y C-TERMINAL ES 2 367 640 T3 FIG. 4A CAPACIDAD DE ANCLAJE MEDIA RELATIVA A HLA A1: PÉPTIDOS 9-MER POSICIÓN GRUPO 1 2 3 4 5 6 7 8 9 A 0,15 34 ANCLAJE 0,58 1,5 421 2,3 0,34 ANCLAJE G 27 0,63 POSICIÓN 63 3,2 0,49 0,16 0,052 C- DE 1,3 0,033 3 0,035 0,38 0,37 2,5 4,0 TERMINAL RHK 8,3 0,029 0,58 0,48 0,20 0,58 0,95 LIVM 0,72 16 D 2,1 1,7 0,92 5,4 2,3 Y YFW 0,61 0,035 E 0,75 1,1 1,8 1,3 0,41 QN 0,27 0,43 0,47 0,16 1,4 1,4 2,4 STC 0,71 30 4,7 3,8 11 0,80 1,9 P 3,1 0,047 0,91 0,032 0,76 0,052 0,073 ANCLAJES: POSICIÓN 3 Y C-TERMINAL FIG. 4B ES 2 367 640 T3 41 CAPACIDAD DE ANCLAJE MEDIA RELATIVA A HLA A1: PÉPTIDOS 10-MER POSICIÓN GRUPO 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 A 2,3 ANCLAJE 8,5 15 2,3 0,23 0,78 0,27 0,058 G 0,26 POSICIÓN 0,16 0,31 0,67 1,8 0,65 14 0,87 ANCLAJE DE 0,42 3 56 0,22 0,28 2,1 0,45 6,2 0,36 C- RHK 0,61 0,080 0,49 0,19 1,8 0,13 0,077 0,99 TERMINAL LIVM 2,1 D 0,15 0,89 0,75 1,1 0,66 2,3 1,5 YFW 10 E 0,94 0,26 5,5 1,4 0,13 2,5 2,0 Y QN 0,94 4,4 3,3 4,5 0,13 2,2 0,70 1,2 STC 1,2 0,71 2,8 0,83 1,0 4,5 1,1 0,71 P 0,21 2,2 0,77 0,72 0,77 18 1,1 4,3 ANCLAJES: POSICIÓN 2 Y C-TERMINAL ES 2 367 640 T3 FIG. 5A 42 CAPACIDAD DE ANCLAJE MEDIA RELATIVA A HLA A1: PÉPTIDOS 10-MER POSICIÓN GRUPO 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 A 0,67 0,80 ANCLAJE 11 0,67 1,5 1,7 0,67 0,26 G 0,27 0,33 POSICIÓN 2,7 3,2 0,093 7,1 6,5 1,0 ANCLAJE DE 1,4 0,068 3 0,40 1,4 0,50 0,34 1,0 1,0 C- RHK 0,16 0,066 0,52 0,63 0,98 0,40 0,20 0,66 TERMINAL LIVM 2,2 48 D 1,0 1,7 1,2 1,0 0,76 1,0 YFW 13 0,066 E 0,59 7,5 3,6 3,4 2,8 19 Y QN 0,66 0,76 1,6 0,48 0,57 1,9 1,4 0,25 STC 0,52 90 0,34 0,44 2,1 0,34 0,78 0,72 P 0,53 0,076 1,3 0,098 3,1 15 0,15 1,9 ANCLAJES: POSICIÓN 3 Y C-TERMINAL FIG. 5B ES 2 367 640 T3 43