Un método de predicción implementado por ordenador para predecir el efecto de una modificación de aminoácidos sobre la velocidad de agregación (solubilidad) de un polipéptido de referencia,

que comprende:

calcular la diferencia en la hidrofobicidad (?Hidr) entre el polipéptido de referencia y un polipéptido modificado;

calcular la diferencia en la propensión a lámina-ß (??Gespiral-a + ??Gß-espiral) entre el polipéptido de referencia y el polipéptido modificado;

calcular la diferencia en la carga (? Carga) entre el polipéptido de referencia y el polipéptido modificado;

calcular: [x * ?Hidr] + [y * (??Gespiral-a + ??Gß-espiral)]-[z * ? Carga], en que x, y, z son factores de escala; y

predecir dicho efecto de dicha modificación de aminoácidos sobre dicha velocidad de agregación (solubilidad) a partir de [x * ?Hidr] + [y * (??Gespiral-a + ??Gß-espiral)]-[z * ? Carga], en que un valor para [x * ?Hidr] + [y * (??Gespiral-a + ??Gß-espiral)]-[z * ? Carga] de un primer signo indica que el polipéptido modificado tiene mayor propensión a agregarse (menor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia, y un valor para [x * ?Hidr] + [y * (??Gespiral-a + ??Gß-espiral)]-[z * ? Carga] de signo opuesto al primer signo indica que el polipéptido modificado tiene una menor propensión a agregarse (mayor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia

Aparato y método informatizado para predecir la solubilidad o agregación de un polipéptido.

Campo técnico

Esta invención se refiere a métodos para determinar el efecto de una modificación de aminoácidos sobre la velocidad de agregación de un polipéptido calculando la propensión de un péptido modificado a agregarse, es decir, la solubilidad de un polipéptido modificado, con relación a un polipéptido de referencia. La invención se refiere además a un procedimiento para diseñar un polipéptido modificado con una capacidad particular para agregarse, es decir, una solubilidad particular. La invención se refiere además a estos métodos realizados mediante un programa informático (software) para ordenador y a un equipo físico (hardware) para ordenador programado para realizar los métodos.

Antecedentes de la técnica

La comprensión de los efectos de las modificaciones de péptidos y proteínas, como las sustituciones de aminoácidos, sobre la propensión de polipéptidos específicos a agregarse es de crucial importancia para aclarar la base molecular de enfermedades de depósito de proteínas, como la enfermedad de Alzheimer y otras enfermedades amiloides, y para comprender los mecanismos de acción de las mutaciones asociadas con formas hereditarias de dichas enfermedades.

En cada uno de las diversos trastornos patológicos asociados con el depósito de proteínas y péptidos, un péptido o una proteína específico que normalmente es soluble se deposita, intacto o en forma fragmentada, para formar agregados insolubles que se acumulan en uno o más tipos de tejidos. Se han descubierto numerosas mutaciones asociadas con formas familiares de enfermedades de depósito de proteínas y se ha demostrado que en más de 100 está implicada directamente la secuencia del péptido o de la proteína responsable de la agregación (Siepen y Westhead, 2002). En los últimos 5 años se han identificado muchas de estas mutaciones, y se espera que el número aumente notablemente en un futuro cercano. La investigación de los mecanismos por los que las mutaciones naturales dan como resultado un comportamiento patológico ha demostrado tener una importancia fundamental para explorar la base molecular de la enfermedad subyaciente, incluso en aquellos casos cuyo origen es esporádico en lugar de familiar (Selkoe, 2001; Volles y Lansbury, 2002).

Se ha descubierto que la capacidad de formar agregados altamente organizados que tienen características estructurales comunes, como los amiloides, es una propiedad genérica de los polipéptidos, independientemente de la similitud de su secuencia o estructural, y no simplemente una característica de unas pocas proteínas asociadas con trastornos patológicos reconocidos (Dobson, 20021).

En el estado nativo, los restos hidrófobos normalmente están incrustados dentro del núcleo de una proteína y, por tanto, la oportunidad que tienen estos restos para interaccionar es limitada. Sin embargo, las proteínas son dinámicas y existe un equilibrio entre la conformación estable y plegada y los estados desestabilizados, parcial o totalmente desplegados. El valor de la energía libre (?G, kJ mol^-1) para una proteína proporciona una indicación de la estabilidad de la proteína. La agregación se produce cuando las proteínas en su estado nativo se desnaturalizan; a medida que la proteína se despliega se rompen los enlaces intramoleculares, permitiendo que la cadena principal del polipéptido (esqueleto) y las cadenas laterales hidrófobas se expongan. Entonces pueden formarse enlaces de hidrógeno y otras interacciones entre las moléculas de proteína parcial o totalmente desnaturalizadas, dando como resultado asociaciones intermoleculares y la formación de agregados.

En algunos casos puede resultar deseable formar agregados, en particular fibrillas, por ejemplo para su uso como materiales plásticos, en electrónica, como conductores, para la catálisis o como una forma de liberación lenta del polipéptido, o cuando las fibrillas polipeptídicas se hilan para formar un "hilo" polipeptídico para diversas aplicaciones, por ejemplo, como se describe en las solicitudes de patentes publicadas WO0017328 (Dobson) y WO0242321 (Dobson y McPhee).

Sin embargo, en otras circunstancias la formación de agregados no resulta ventajoso, por ejemplo cuando se desea utilizar un polipéptido a concentraciones o bajo condiciones deseables para la actividad fisiológica, la administración terapéutica o la aplicación industrial. En particular, el uso de péptidos y proteínas bioactivos como agentes farmacéuticos es limitado cuando el péptido o la proteína tiende a formar agregados durante la fabricación, el procesamiento, la conservación o después de la administración. Estas cuestiones son ampliamente reconocidas en la industria biotecnológica y farmacéutica y constituyen un problema importante y una carga económica que pueden ser difíciles de solucionar y pueden requerir el uso de técnicas de expresión y replegamiento sofisticadas, el desarrollo de formulaciones específicas, agentes y excipientes estabilizantes, administración de cadenas frías, o reconstitución inmediata antes del uso. Casi todos los productos terapeúticos polipeptídicos presentan estos problemas, por ejemplo, la insulina, el interferón-?, los BMP, la calcitonina, el glucagón, los anticuerpos.

Se sabe que diversos factores afectan a la tendencia a agregarse de un polipéptido. Algunos de estos factores son locales a restos aminoácidos, otros factores son globales y pueden afectar a la proteína completa. Por ejemplo, cuando se realizan mutaciones en un polipéptido, los factores locales en la región de la mutación, como una mayor hidrofobicidad o una tendencia a convertir la conformación en a-hélice a la conformación en lámina-ß, dan como resultado una mayor velocidad de agregación que la que presenta la proteína de tipo salvaje (no mutante). Los cambios "globales" debidos a mutaciones también pueden afectar a la velocidad de agregación; por ejemplo, un cambio en la carga neta del polipéptido mutante que hace que esté más cercano a la neutralidad da como resultado una mayor tendencia del polipéptido a agregarse. Las mutaciones que desestabilizan el estado nativo del polipéptido también producen una agregación más fácil.

Un estudio mutacional detallado sobre un modelo de proteína, la acilfosfatasa (AcP) muscular, demostró que la velocidad de agregación a partir de un conjunto de conformaciones parcialmente desnaturalizadas puede ser seguida con facilidad en AcP utilizando una diversidad de sondas espectroscópicas. Se determinó la velocidad de agregación para más de 50 variantes mutacionales de esta proteína (Chiti et al., 2002a; 2002b: Chiti, F., Taddei, N., Baroni, F., Capanni, C., Stefani, M., Ramponi, G. y Dobson, C.M., Kinetic partitioning of protein folding and aggregation, Nature Struct. Biol., 9, 137-143 (2002a); Chiti, F., Calamai, M., Taddei, N., Stefani, M. Ramponi, G. y Dobson, C.M., Studies of the aggregation of mutant proteins in vitro provide insights into the genetics of amyloid diseases, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99: 16419-16426 (2002b)). Se ha descubierto que muchas de estas mutaciones, en particular las que implican a los restos 16-31 y 87-98, perturbaban la velocidad de agregación de AcP de manera muy significativa (Chiti et al., 2002a; 2002b). Chiti (2002a) concluyeron que los cambios medidos en la velocidad de agregación tras una mutación se correlacionan positivamente con cambios en la hidrofobicidad y en la propensión a lámina-ß de las regiones de la proteína en que se localizan las mutaciones. Chiti (2002b) estudiaron mutaciones en AcP que alteraban el estado de carga de la proteína AcP sin afectar significativamente a la hidrofobicidad ni a las propensiones de la estructura secundaria de la cadena polipeptídica. Se indicó una correlación inversa entre la velocidad de agregación de los variantes de la proteína bajo condiciones desnaturalizantes y la carga neta global de la proteína.

Los factores que afectan a la velocidad de agregación de una proteína son diversos. Cuando se realizan sustituciones de aminoácidos en una proteína, varios factores están implicados en diferente grado. Una única mutación puede aumentar la carga neta, desfavoreciendo con ello la agregación (por ejemplo, la sustitución de Ala por Asp en una proteína cargada positivamente). No obstante, la misma mutación puede aumentar la hidrofobicidad, contribuyendo con ello a la aceleración de la velocidad de agregación. Por último, la misma mutación también cambia las propensiones a a-hélice y lámina-ß de la cadena polipeptídica,...

1. Un método de predicción implementado por ordenador para predecir el efecto de una modificación de aminoácidos sobre la velocidad de agregación (solubilidad) de un polipéptido de referencia, que comprende:

calcular la diferencia en la hidrofobicidad (?Hidr) entre el polipéptido de referencia y un polipéptido modificado;

calcular la diferencia en la propensión a lámina-ß (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral) entre el polipéptido de referencia y el polipéptido modificado;

calcular la diferencia en la carga (? Carga) entre el polipéptido de referencia y el polipéptido modificado;

calcular: [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga], en que x, y, z son factores de escala; y

predecir dicho efecto de dicha modificación de aminoácidos sobre dicha velocidad de agregación (solubilidad) a partir de [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga], en que un valor para [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga] de un primer signo indica que el polipéptido modificado tiene mayor propensión a agregarse (menor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia, y un valor para [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga] de signo opuesto al primer signo indica que el polipéptido modificado tiene una menor propensión a agregarse (mayor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia.

2. Un método según la reivindicación 1, en el que el efecto de una modificación de aminoácidos sobre la velocidad de agregación se expresa como In(?_mod/?_ref), en que un valor positivo para In(?_mod/?_ref) indica que el polipéptido modificado tiene una mayor propensión a agregarse (menor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia, y un valor negativo para In(?_mod/?_ref) indica que el polipéptido modificado tiene una menor propensión a agregarse (mayor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia.

3. Un método según una cualquiera de las reivindicaciones 1 ó 2, en el que el factor de escala x es un valor de 0,59 a 0,64, el factor de escala y es un valor de 0,19 a 0,22, y el factor de escala z es un valor de 0,49 a 0,51.

4. Un método según la reivindicación 1, en el que x es 0,6, y es 0,2, y z es 0,5.

5. Un método según la reivindicación 1, en el que x es 0,63, y es 0,20, y z es 0,49.

6. Un método implementado por ordenador para identificar una modificación de aminoácidos que reduce la velocidad de agregación (aumenta la solubilidad) de un polipéptido de referencia, que comprende:

utilizar un método según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, para predecir el cambio en la velocidad de agregación de uno o más polipéptidos modificados, teniendo cada polipéptido modificado una o más modificaciones de aminoácidos cuando se compara con el polipéptido de referencia;

comparar las velocidades de agregación predichas del polipéptido de referencia y de dichos uno o más polipéptidos modificados, e

identificar uno o más polipéptidos modificados que tienen una menor velocidad de agregración predicha con relación al polipéptido de referencia.

7. Un método implementado por ordenador para identificar una modificación de aminoácidos que aumenta la velocidad de agregación (disminuye la solubilidad) de un polipéptido de referencia, que comprende:

utilizar un método según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, para predecir el cambio en la velocidad de agregación de uno o más polipéptidos modificados, teniendo cada polipéptido modificado una o más modificaciones de aminoácidos cuando se compara con el polipéptido de referencia;

comparar las velocidades de agregación predichas del polipéptido de referencia y de dichos uno o más polipéptidos modificados, e

identificar uno o más polipéptidos modificados que tienen una mayor velocidad de agregración predicha con relación al polipéptido de referencia.

8. Un método implementado por ordenador para fabricar un polipéptido con una menor velocidad de agregación, que comprende:

utilizar el método de la reivindicación 6 para identificar una modificación que se ha predicho que reduce la velocidad de agregación del polipéptido; y

fabricar un polipéptido con menor velocidad de agregación con dicha modificación.

9. Un método implementado por ordenador para fabricar un polipéptido con una mayor velocidad de agregación, que comprende:

utilizar el método de la reivindicación 7 para identificar una modificación que se ha predicho que aumenta la velocidad de agregación del polipéptido; y

fabricar un polipéptido con mayor velocidad de agregación con dicha modificación.

10. Un método según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que la modificación comprende una o más sustituciones, deleciones y/o adiciones de aminoácidos.

11. Un programa informático que comprende un código de programa informático que cuando se ejecuta predice el efecto de una modificación de aminoácidos sobre la velocidad de agregación de un polipéptido, comprendiendo el código un código para:

introducir una modificación de aminoácidos que convertiría el polipéptido de referencia en una forma modificada del polipéptido;

calcular una diferencia en la hidrofobicidad (?Hidr) entre el polipéptido de referencia y el polipéptido modificado;

calcular una diferencia en la propensión a lámina-ß (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral) entre el polipéptido de referencia y el polipéptido modificado;

calcular una diferencia en la carga (?Carga) entre el polipéptido de referencia y el polipéptido modificado;

calcular [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga], en que x, y, z son factores de escala; y

predecir dicho efecto de dicha modificación de aminoácidos sobre dicha velocidad de agregación (solubilidad) a partir de [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga], en que un valor para [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga] de un primer signo indica que el polipéptido modificado tiene mayor propensión a agregarse (menor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia, y un valor para [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga] de signo opuesto al primer signo indica que el polipéptido modificado tiene una menor propensión a agregarse (mayor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia.

12. Un programa informático que comprende un código de programa informático que cuando se ejecuta identifica un polipéptido recombinante, comprendiendo el código:

un código para predecir el cambio en la velocidad de agregación para uno o más polipéptidos modificados, teniendo cada polipéptido modificado una o más modificaciones de aminoácidos cuando se compara con el polipéptido de referencia, siendo el cambio en la velocidad un cambio en la velocidad de agregación de dicho polipéptido de referencia; comprendiendo el código un código como se reivindica en la reinvindicaciones 11; y

un código para identificar uno o más de dichos polipéptidos modificados que depende de dicho cambio predicho en la velocidad de agregación.

13. Un portador de datos que porta el programa de las reivindicaciones 11 ó 12.

14. Un sistema informático de ordenador para determinar una velocidad de agregación de un segundo polipéptido con relación a un polipéptido de referencia, teniendo dicho segundo polipéptido y dicho polipéptido de referencia cada uno una secuencia de aminoácidos, comprendiendo la secuencia de aminoácidos de dicho segundo polipéptido una versión modificada de la secuencia de aminoácidos de dicho polipéptido de referencia, comprendiendo el sistema informático de ordenador:

un almacén de datos para almacenar datos que comprenden datos de hidrofobicidad, datos de propensión a lámina-ß y datos de carga para un conjunto de aminoácidos;

un almacén del programa que almacena el código implementable del procesador; y

un procesador, acoplado a dicho almacén del programa y a dicho almacén de datos para implementar dicho código almacenado, comprendiendo el código un código para controlar el procesador para:

introducir una secuencia de aminoácidos para dicho segundo polipéptido;

leer datos de hidrofobicidad para dicha secuencia de aminoácidos de dicho segundo polipéptido a partir de dicho almacén de datos y determinar un valor de hidrofobicidad para dicho segundo polipéptido;

leer datos de carga para dicha secuencia de aminoácidos de dicho segundo polipéptido a partir de dicho almacén de datos y determinar un valor de propensión a lámina-ß para dicho segundo polipéptido;

determinar un valor de propensión a a-hélice para dicho segundo polipéptido;

obtener datos de hidrofobicidad, datos de carga, datos de propensión a lámina-ß y un valor de propensión a a-hélice para dicho polipéptido de referencia; y

determinar dicha velocidad de agregación relativa utilizando dichos datos de hidrofobicidad, carga, propensión a lámina-ß y a a-hélice para dicho segundo polipéptido y dicho polipéptido de referencia evaluando x?H+y?G-z?C, en que x, y, z son factores de escala, ?H representa una diferencia en la hidrofobicidad entre dicho segundo polipéptido y dicho polipéptido de referencia, ?G representa una diferencia entre dicho segundo polipéptido y dicho polipéptido de referencia en la propensión a convertirse de una estructura en a-hélice a una estructura en lámina-ß, y ?C representa una diferencia en la carga entre dicho segundo polipéptido y dicho polipéptido de referencia, y en que un valor para x?H+y?G-z?C de un primer signo indica que el segundo polipéptido tiene una mayor propensión a agregarse con relación al polipéptido de referencia, y un valor para x?H+y?G-z?C de signo opuesto al primer signo indica que el segundo polipéptido tiene una menor propensión a agregarse con relación al polipéptido de referencia.

15. Un sistema informático de ordenador según se reivindica en la reivindicación 14, en el que dicho código para determinar dicha velocidad de agregación relativa comprende un código para determinar un valor aproximado para un logaritmo de una proporción de una velocidad de agregación de dicho segundo polipéptido a una velocidad de agregación de dicho polipéptido de referencia.

16. Un sistema informático de ordenador según se reivindica en la reivindicación 14 ó 15, en el que dicho código para determinar un valor de hidrofobicidad para dicho segundo polipéptido se configura para combinar los valores de hidrofobicidad para los aminoácidos de la secuencia para el segundo polipéptido, tomando en cuenta los vecinos de un aminoácido en dicha secuencia.

17. Un sistema informático de ordenador según se reivindica en la reivindicación 14, 15 ó 16, en el que dicho código para determinar un valor de propensión a lámina-ß para dicho segundo polipéptido se configura para combinar los valores de propensión a lámina-ß para los aminoácidos de la secuencia para el segundo polipéptido, tomando en cuenta los vecinos de un aminoácido en dicha secuencia.

18. Un sistema informático de ordenador según se reivindica en una cualquiera de las reivindicaciones 14 a 17, en el que dicho código comprende además un código para introducir un factor de corrección para glicina y/o prolina, y en el que dicho código para determinar dicha velocidad de agregación relativa comprende además un código para aplicar dicho factor de corección.

19. Un sistema informático de ordenador según se reivindica en una cualquiera de las reivindicaciones 14 a 18, en el que dicho almacén de datos se configura para almacenar dichos datos de hidrofobicidad, dichos datos de propensión a lámina-ß y dichos datos de carga para una pluralidad de temperaturas y/o valores de pH, en el que dicho código comprende además un código para introducir datos de pH y/o temperatura para dicho segundo polipéptido, y en el que dicho código para leer dichos datos de hidrofobicidad, dichos datos de propensión a lámina-ß y dichos datos de carga se configura para seleccionar datos para leer a partir de dicho almacén de datos que depende de dichos dichos datos introducidos de pH y/o temperatura.

20. Un sistema informático de ordenador según se reivindica en la reivindicación 19, en el que dicho código comprende además un código para introducir datos de selección, y un código para seleccionar un dicho factor de escala a partir de dicho almacén de datos en respuesta a dichos datos de selección.

21. Un sistema informático de ordenador según se reivindica en una cualquiera de las reivindicaciones 14 a 20, en el que dicho código comprende además un código para generar secuencias para uno o más segundos polipéptidos, un código para determinar una dicha velocidad de agregación relativa de cada una de dichas una o más secuencias de dicho segundo polipéptido, y un código para dar salida a datos correspondientes a dichas velocidades de agregación relativas determinadas.

22. Un sistema informático de ordenador según se reivindica en una cualquiera de las reivindicaciones 14 a 20, en el que dicho código comprende además un código para generar secuencias para uno o más segundos polipéptidos, un código para determinar una dicha velocidad de agregación relativa de cada una de dichas una o más secuencias de dicho segundo polipéptido, un código para seleccionar una dicha secuencia generada, y un código para dar salida a dichas secuencias seleccionadas.

23. Un programa informático que comprende un código de programa informático de una cualquiera de las reivindicaciones 14 a 22.

24. Un portador de datos legible por ordenador que comprende el programa de la reivindicación 23.

25. Un método implementado por ordenador para determinar un indicador de la velocidad de agregación relativa, prediciendo dicho indicador de la velocidad de agregación relativa una velocidad de agregación de un segundo polipéptido en comparación con una velocidad de agregación de un polipéptido de referencia, comprendiendo dicho segundo polipéptido una o más modificaciones de aminoácidos cuando se compara con el polipéptido de referencia, comprendiendo el método:

determinar una diferencia en la hidrofobicidad (?Hidr) entre dicho segundo polipéptido y dicho polipéptido de referencia;

determinar una diferencia en la diferencia en la propensión a lámina-ß (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral) entre dicho segundo polipéptido y dicho polipéptido de referencia;

determinar una diferencia en la carga (? Carga) entre dicho segundo polipéptido y dicho polipéptido de referencia;

formar una combinación ponderada de dicha diferencia en la hidrofobicidad, dicha diferencia en la propensión de la estructura secundaria, dicha diferencia en la carga para determinar dicho indicador de la velocidad de agregación relativa calculando [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga], en que x, y, z son factores de escala, y en el que un valor para [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga] de un primer signo indica que el segundo polipéptido tiene mayor propensión a agregarse (menor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia, y un valor para [x * ?Hidr] + [y * (??G_espiral-a + ??G_ß-espiral)]-[z * ? Carga] de signo opuesto al primer signo indica que el segundo polipéptido tiene una menor propensión a agregarse (mayor solubilidad) con relación al polipéptido de referencia.

26. Un método según se reivindica en la reivindicación 25, en el que dicho indicador de la velocidad de agregación relativa comprende un logaritmo de una proporción de velocidades de agregación de dicho segundo polipéptido y dicho polipéptido de referencia.

27. Un método según se reivindica en las reivindicaciones 25 ó 26, que comprende además determinar los pesos para dicha combinación ponderada utilizando velocidades de agregación conocidas para mutaciones de dicho polipéptido de referencia.

28. Un método según se reivindica en las reivindicaciones 25, 26 ó 27, que comprende además determinar los pesos para dicha combinación ponderada utilizando velocidades de agregación conocidas para mutaciones de un segundo polipéptido de referencia.

29. Un método implementado por ordenador para seleccionar un polipéptido para su síntesis, que comprende:

crear un conjunto de polipéptidos candidatos a partir de una secuencia polipeptídica de referencia;

determinar una velocidad de agregación relativa para cada uno de dichos candidatos utilizando el método de una cualquiera de las reivindicaciones 25 a 28; y

seleccionar un dicho candidato para la síntesis dependiendo del resultado de dicha determinación de dicha velocidad de agregación relativa.

30. Un programa informático adaptado para realizar el método de una cualquiera de las reivindicaciones 25 a 29.

31. Un programa informático adaptado para realizar el método de seleccionar un polipéptido para su síntesis, que comprende las etapas de:

crear un conjunto de polipéptidos candidatos a partir de una secuencia polipeptídica de referencia;

determinar una velocidad de agregación relativa para cada uno de dichos candidatos utilizando el método de una cualquiera de las reivindicaciones 25 a 29; y

seleccionar un dicho candidato para la síntesis dependiendo del resultado de dicha determinación de dicha velocidad de agregación relativa.

32. Un portador de datos legible por ordenador que comprende el programa informático de las reivindicaciones 30 ó 31.

33. Un sistema informático de ordenador que comprende un medio para realizar el método de las reivindicaciones 25-29.