Métodos y matrices para producir y secuenciar agrupaciones monoclonales de ácido nucleico.
Secciones de la CIP Técnicas industriales diversas y transportes Química y metalurgia
(22/04/2020). Solicitante/s: ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED. Clasificación: B01J19/00, C40B40/06, C40B50/14, C12Q1/6874.
Una micromatriz que comprende:
a) un sustrato que comprende al menos un pocillo, una superficie que rodea el pocillo y una superficie interna del pocillo;
b) una primera capa que cubre al menos parcialmente la superficie interna del pocillo y que comprende al menos un primer par de cebadores de captura; y
c) una segunda capa que cubre la primera capa y la superficie que rodea el pocillo, en donde el primer par de cebadores de captura en la primera capa está presente y es funcional en un ensayo de exclusión cinética (KEA) después de que se haya proporcionado la segunda capa.
PDF original: ES-2802405_T3.pdf
Métodos y composiciones para analizar componentes celulares.
(25/03/2020) Un método para analizar al menos dos o más analitos de una pluralidad de células individuales, comprendiendo dicho método:
(a) proporcionar una pluralidad de elementos de preservación de contigüidad (CE), en donde cada uno de los CE comprende una célula individual;
(b) lisar dicha célula individual dentro de cada uno de los CE, en donde los analitos dentro de dicha célula individual se liberan dentro de cada uno de los CE;
(c) proporcionar un primer resto informador a un primer analito dentro de dicha célula individual de cada uno de los CE;
(d) proporcionar un segundo resto indicador a un segundo analito dentro de dicha célula individual de cada uno de los CE;
(e) modificar dichos analitos de modo que al menos algunos de dichos primer…
Métodos para seleccionar y amplificar polinucleótidos.
(16/10/2019) Un método de secuenciación de un polinucleótido selectivo, que comprende:
a) proporcionar una pluralidad de oligonucleótidos de amplificación inmovilizados sobre un soporte sólido;
b) hibridar una población de sondas de oligonucleótidos con un subconjunto de los oligonucleótidos de amplificación para producir una población de oligonucleótidos de amplificación hibridados, comprendiendo cada una de las sondas de oligonucleótido una primera porción complementaria a uno o más de los oligonucleótidos de amplificación y una segunda porción que comprende una secuencia de una región seleccionada de un polinucleótido plantilla;
c) llevar a cabo la reacción de elongación para elongar los oligonucleótidos de amplificación…
Métodos de estimación de números de cúmulos.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(16/04/2019). Solicitante/s: ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED. Clasificación: C12Q1/6806.
Un método de predicción de números de cúmulos o densidades de cúmulos que se producirán a partir de la amplificación en fase sólida de ácidos nucleicos que comprende: proporcionar un soporte sólido que tiene varios cebadores de captura inmovilizados sobre sí mismo; proporcionar cadenas de plantilla capaces de hibridarse con al menos algunos de dichos cebadores de captura; marcar las cadenas de plantilla o las extensiones de las mismas, si dichas cadenas no están ya marcadas; detectar la señal de las cadenas marcadas o extensiones de las mismas para determinar el número de cadenas individuales de plantilla presente en el soporte sólido; y analizar dicha señal detectada para estimar el número de cúmulos o las densidades de cúmulos que se obtendrán después de la amplificación de cúmulos de dichas cadenas de plantilla correlacionando el número de cadenas individuales de plantilla presentes con el número o las densidades previstos de cúmulos.
PDF original: ES-2709395_T3.pdf
Método de preparación de bibliotecas de polinucleótidos plantilla.
(03/04/2019) Un método de generación de una biblioteca de moléculas polinucleotídicas plantilla que tienen secuencias comunes en sus extremos 5' y secuencias comunes en sus extremos 3', comprendiendo el método:
proporcionar uno o más dúplex de polinucleótido diana con extremos romos,
añadir un solo desoxinucleótido "A" a ambos extremos 3' de los dúplex de polinucleótido diana, produciendo así un saliente de una base en 3',
ligar polinucleótidos adaptadores con apareamiento erróneo idéntico en los dos extremos de cada uno de uno o más dúplex de polinucleótido diana para formar una o más construcciones adaptador-diana, en el que cada adaptador con apareamiento erróneo se forma a partir de dos cadenas polinucleotídicas hibridadas que forman un complejo bimolecular que comprende al menos una región bicatenaria…
Métodos para reducir el sesgo de GC dependiente de la densidad en la amplificación.
(25/03/2019) Un método para reducir el sesgo de GC dependiente de la densidad y/o del daño del ácido nucleico en la amplificación en puente de un molde de ácido nucleico bicatenario en una superficie que comprende:
a) desnaturalizar el molde de ácido nucleico con una primera solución que comprende formamida y un solo tipo de dNTP y/o un solo tipo de rNTP, o una mezcla de diferentes dNTP y/o rNTP para producir cadenas de molde de ácido nucleico monocatenario;
b) opcionalmente, reemplazar la primera solución por una segunda solución;
c) hibridar las cadenas del molde de ácido nucleico monocatenario a cebadores de oligonucleótidos unidos a la superficie; y
d) reemplazar…
Método de obtención de información de secuenciación de extremos emparejados.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(25/03/2019). Solicitante/s: ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED. Clasificación: C12Q1/68.
Un método de obtención de información de secuenciación de extremos emparejados en una reacción de secuenciación que comprende las etapas de: proporcionar un ácido nucleico objetivo inmovilizado en un soporte sólido; determinar la secuencia del ácido nucleico objetivo generando una cadena de ácido nucleico complementaria, y la cadena de ácido nucleico complementaria comprende como mínimo un resto unible adecuado para la inmovilización; determinar la secuencia de la cadena de ácido nucleico complementaria; y comparar las secuencias del ácido nucleico objetivo y de la cadena de ácido nucleico complementaria para proporcionar la información de secuenciación de extremos emparejados.
PDF original: ES-2705427_T3.pdf
Métodos para reducir el daño en ácidos nucleicos.
Secciones de la CIP Química y metalurgia Física
(08/03/2017). Solicitante/s: ILLUMINA, INC. Clasificación: C12Q1/68, G01N33/53, C12Q1/48.
Un método para inhibir la degradación de ácidos nucleicos durante una etapa de procesamiento de detección de ácidos nucleicos, que comprende
introducir mediante un sistema de flujo fluido uno o más nucleótidos etiquetados con fluorescencia de manera diferente y una polimerasa en una célula de flujo, comprendiendo dicha célula de flujo una matriz de ácidos nucleicos unida a un soporte;
reemplazar dicho uno o más nucleótidos etiquetados con fluorescencia de manera diferente y una polimerasa con una solución de detección que comprende ácido gálico, un éster alquílico inferior del mismo, o mezclas de los mismos, e
irradiar una porción de dichos ácidos nucleicos en presencia de dicha solución de detección para inducir fluorescencia, en donde dicha solución de detección reduce la cantidad de degradación inducida por la luz de los ácidos nucleicos.
PDF original: ES-2627851_T3.pdf
Métodos para seleccionar y amplificar polinucleótidos.
(20/07/2016) Un procedimiento de selección y amplificación de polinucleótidos en un soporte sólido, que comprende:
a) proporcionar una pluralidad de oligonucleótidos de amplificación inmovilizados en un soporte sólido;
b) hibridar una población de sondas oligonucleotídicas con un subconjunto de dichos oligonucleótidos de amplificación, comprendiendo cada una de dichas sondas oligonucleotídicas una primera porción que es complementaria a los oligonucleótidos de amplificación y una segunda porción que comprende la secuencia de una región seleccionada de un polinucleótido plantilla;
c) realizar una reacción de extensión para extender los oligonucleótidos de amplificación hibridados para producir una población de oligonucleótidos…
Método de preparación de bibliotecas de polinucleótidos molde.
(11/12/2013) Un método para generar una biblioteca de moléculas polinucleotídicas molde que tienen secuencias comunes en sus extremos 5' y secuencias comunes en sus extremos 3', comprendiendo el método:
ligar polinucleótidos adaptadores con apareamiento erróneo idénticos en ambos extremos de cada uno de uno o más dúplex de polinucleótido diana para formar una o más construcciones adaptador-diana, en el que cada adaptador con apareamiento erróneo se forma a partir de dos cadenas polinucleotídicas hibridadas que forman un complejo biomolecular que comprende al menos una región bicatenaria y una región no apareada, y
realizar una reacción de extensión con cebador inicial…
Procedimiento para la secuenciación de un molde polinucleotídico.
(27/09/2013) Un procedimiento para la secuenciación por pares de una primera y segunda regiones de un polinucleótido dedoble hebra diana, en el que dichas primera y segunda regiones están en el mismo polinucleótido de doble hebradiana, comprendiendo el procedimiento:
(a) proporcionar un soporte sólido que tiene inmovilizado sobre él una pluralidad de polinucleótidos molde dedoble hebra formados cada uno a partir de una primera y segunda hebras molde complementarias unidas alsoporte sólido en sus extremos 5' y múltiples copias de uno o más cebadores inmovilizados en el extremo 5'capaces de hibridar con el extremo 3' de la primera hebra del molde;
(b) eliminar selectivamente las segundas hebras del molde de la pluralidad de polinucleótidos molde de doblehebra para permitir la hibridación de las primeras hebras molde con cebadores…
Preparación de plantillas para la secuenciación de ácidos nucleicos.
(21/03/2013) Un procedimiento para generar una plantilla para una reacción de secuenciación de ácidos nucleicos quecomprende,
(i) proporcionar al menos una molécula de ácido nucleico bicatenario unida a un soporte sólido por el extremo5', en la que la molécula de ácido nucleico bicatenario comprende una región diana a ser secuenciada ysecuencias no diana que flanquean a la región diana,
(ii) escindir una hebra de la molécula de ácido nucleico bicatenario, en un sitio abásico, en el que el sitio parala escisión está ubicado en la secuencia no objetivo, y
(iii) someter la hebra escindida a unas condiciones desnaturalizantes para eliminar la porción de la hebraescindida…