22 inventos, patentes y modelos de BERLIN, KURT

(19/08/2015) Un método para identificar al menos una muestra biológica en el campo del análisis de la metilación, que comprende las etapas (a) y (b) en el orden indicado: (a) proporcionar un conjunto de muestras de al menos dos muestras biológicas, en donde al menos una muestra comprende el ADN genómico diferencialmente metilado al menos en una posición; (b) aplicar al menos un identificador para cada muestra, en donde al menos un identificador aplicado no interfiera con el análisis posterior; y en donde al menos un identificador aplicado es un ácido nucleico que no forma una estructura secundaria estable y comprende al menos un sitio de unión de oligonúcleotidos libre de citosina, o libre de citosina y libre de guanina; que pone en contacto el ADN de cada muestra con el bisulfito; (c) someter cada muestra a una reacción de…

(13/08/2014) Un método para proveer fragmentos de ADN derivados de una muestra archivada, que comprende: obtener una muestra archivada que comprende ADN y parafina y opcionalmente un agente de fijación; (a) someter la muestra archivada directamente a una etapa de lisis con una proteasa, en donde la parafina es licuada por calentamiento para proveer una cantidad de ADN tratado con proteasa accesible; (b) inactivar la proteasa mediante calor, adición de un inhibidor de proteasa, o ambos; y (c) tratar el ADN con un reactivo de bisulfito sin una etapa previa de extracción de ADN.

(14/05/2014) Método para proporcionar un pronóstico de un sujeto con cáncer de próstata, que comprende las etapas siguientes: a) en una muestra biológica obtenida de dicho sujeto, b) determinar el estado de metilación del gen PITX2 en dicha muestra, y c) determinar a partir del mismo el pronóstico de dicho sujeto, en el que opcionalmente por lo menos una variable pronóstica adicional se incluye en la valoración al determinar dicho pronóstico, y en el que la hipermetilación es indicativa de un pronóstico negativo, y d) opcionalmente, determinar un tratamiento adecuado para dicho sujeto.

(29/11/2013) Un procedimiento para la conversión de ADN con bisulfito, en el que se hace reaccionar ADN genómico aisladocon un reactivo de bisulfito, caracterizado porque la reacción se realiza a una temperatura en el intervalo de 0-80ºC, y porque la temperatura de la reacción aumenta hasta un intervalo de 85-100ºC brevemente durante elcurso de la conversión (termopicos), llegando a ser el número de incrementos de temperatura de corta duración(termopicos) de 1 a 10.

(13/06/2012) Método para determinar el estado de metilación de por lo menos una citosina, un patrón de metilación, o ambos en el ADN de una muestra de sangre, una muestra de plasma, una muestra de suero o una muestra de orina de un individuo, que comprende: (a) proporcionar dicha muestra que comprende ADN; (b) aislar el ADN de dicha muestra; (c) tratar el ADN aislado con un reactivo bisulfito en presencia de un captador de radicales; y (d) determinar el estado de metilación de por lo menos una citosina en el ADN de dicha muestra, estando cada citosina localizada en una posición definida y/o de un patrón de metilación en el ADN de dicha muestra, con una reacción de amplificación a base de polimerasa y/o un ensayo basado en una amplificación. en el que dicho ADN tratado con bisulfito de la etapa (c) es sometido…

(18/05/2009) Procedimiento para la amplificación de ácidos nucleicos, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas: #a) se hace reaccionar químicamente una muestra de ácido nucleico con un reactivo, con lo que la 5-metilcitosina permanece intacta y la citosina se transforma en uracilo o en otra base similar al uracilo en el comportamiento de apareamiento de bases; #b) hibridan los segmentos a amplificar con al menos dos oligonucleótidos cebadores que presentan dos dominios, de los cuales el dominio específico de secuencia que se encuentra en el extremo 3'' hibrida con el segmento a amplificar, mientras que el dominio genérico que se encuentra en el extremo 5'' no hibrida; #c) se lleva a cabo una primera reacción de amplificación mediante una polimerasa, #d) hibrida con el producto amplificado un oligonucleótido…

(01/12/2008) Procedimiento para la detección simultánea de 5-metilcitosina y de polimorfismos de un único nucleótido (del inglés Single Nucleotide Polymorphisms = SNP''s) o mutaciones en muestras de ADN genómico, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas: (a) se hace reaccionar químicamente un ADN genómico, procedente de una muestra de ADN, con un reactivo, reaccionando de manera diferente la 5-metilcitosina y la citosina, y por consiguiente éstas, después de la reacción, muestran un diferente comportamiento de apareamiento de bases en el dúplex de ADN; (b) se amplifica el ADN tratado previamente mediando utilización de una polimerasa y de por lo menos un oligonucleótido (tipo A) como cebador; (c) se hibrida el ADN genómico amplificado con por lo menos un oligonucleótido (del tipo B) mediando formación…

(01/11/2008) Procedimiento para el análisis del grado de metilación dentro de un islote de CpG en muestras de ADN, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas de procedimiento: a) a partir de una muestra se extrae el ADN, b) el ADN se trata, preferiblemente con un bisulfito (= disulfito, hidrógeno-sulfito), de tal manera que la citosina es transformada en una base diferente en cuanto al comportamiento de apareamiento de bases en el dúplex de ADN, mientras que la 5-metilcitosina permanece inalterada, c) uno o varios cebadores de oligonucleótidos se hibridan con el ADN tratado, d) los cebadores hibridados se prolongan en una reacción de polimerasa, siendo incorporados nucleótidos marcados en lo esencial solamente cuando en el ADN tratado, después de la etapa…

(01/07/2008) Procedimiento para la detección de 5-metilcitosina o para la detección de 5-metilcitosina y de SNP''s en muestras de ADN genómico, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas: (a) se hace reaccionar químicamente un ADN genómico, procedente de una muestra de ADN, con un reactivo, reaccionando de manera diferente la 5-metilcitosina y la citosina, y por consiguiente éstas, después de la reacción, muestran un diferente comportamiento de apareamiento de bases en el dúplex de ADN; (b) se amplifica un ADN tratado previamente mediando utilización de una polimerasa y de por lo menos un cebador oligonucleótido; (c) se hibrida el ADN genómico amplificado, en condiciones rigurosas, con por lo menos un oligonucleótido que tiene…

(16/12/2007) Procedimiento para la detección de una metilación de citosina en muestras de ADN, caracterizado porque se realizan las siguientes etapas a) se trata una muestra de ADN genómico, que comprende un ADN que se ha de investigar y un ADN de fondo, por medios químicos, de tal manera que todas las bases de citosina no metiladas se transforman en uracilo, mientras que las bases de 5-metilcitosina permanecen inalteradas, b) la muestra de ADN tratada químicamente se amplifica mediando utilización de por lo menos 2 oligonucleótidos cebadores, de una polimerasa así como de por lo menos un oligonucleótido adicional o de un oligómero de ANP, que se fija a un dinucleótido 5''-CG-3'' o a un dinucleótido 5''-TG-3'' o a un dinucleótido 5''-CA-3'', fijándose el otro…

(16/01/2007) Un procedimiento in vitro para cribar en al menos un fármaco, sustancia química y/o composición farmacéutica un efecto biológico y/o actividad en el tratamiento de una enfermedad, que comprende las etapas de: (a) proporcionar una muestra biológica A que contiene ADN de al menos un individuo, tejido, célula u otro material biológico que contiene ADN, que se ha expuesto a dicho al menos un fármaco, sustancia química y/o composición farmacéutica; (b) proporcionar una muestra biológica B que contiene ADN de al menos un individuo, tejido, célula u otro material biológico que contiene ADN, que no se ha expuesto a dicho al menos un fármaco, sustancia química o composición farmacéutica; (c) seleccionar sitios que sean relevantes para la expresión del(de los) gen(es) conocido(s) por estar relacionado(s) con dicha enfermedad, (d) analizar el nivel de metilación…

(16/02/2006) Procedimiento para la distinción de modificaciones de metilación en la posición 5 de bases de citosina y mutaciones de citosina en timina y para la detección de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) (single nucleotide polymorphisms) o mutaciones puntuales en el ADN genómico, que se caracteriza porque a) se realiza un tratamiento de una muestra genómica de ADN con sulfito o bisulfito u otros productos químicos de modo que se modifiquen de tal forma todas las bases de citosina no metiladas en la posición 5 de la base, que se forme una base distinta en lo que respecta al comportamiento de apareamiento de las bases, en tanto que se mantengan invariables las citosinas metiladas en la…