Vacunas peptídicas para cánceres que expresan antígenos asociados a tumores.

Una composición farmacéutica para su uso en tratar o prevenir cáncer,

dicha composición comprende al menos un péptido seleccionado del grupo que consiste en los siguientes (i) a (iv), o un polinucleótido que codifica el péptido:

(i) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288;

(ii) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288, en la que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, en donde dicho péptido induce una célula T citotóxica específica para una célula positiva para HLA-A2 que expresa URLC10;

(iii) el péptido de (ii), en donde el segundo aminoácido desde el extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con metionina; y

(iv) el péptido de (ii) o (iii), en donde el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con valina.

Vacunas peptídicas para cánceres que expresan antígenos asociados a tumores

Campo técnico 5

La presente invención se refiere al campo de las ciencias biológicas, más específicamente al campo de terapia contra el cáncer. En particular, la presente invención se refiere a péptidos inmunogénicos novedosos que sirven como vacunas contra el cáncer extremadamente eficaces, y fármacos para tratar y prevenir tumores que contienen tales péptidos. 10

Antecedentes técnicos

Se ha demostrado que los linfocitos T citotóxicos (LTC) CD8+ reconocen péptidos epítopos derivados de antígenos asociados a tumores (AAT) presentados en moléculas de MHC de clase I, y posteriormente lisan las células 15 tumorales. Desde el descubrimiento de la familia MAGE como el primer ejemplo de AAT, se han descubierto muchos otros AAT usando planteamientos inmunológicos (Boon T. (1993) Int J Cancer 54: 177-80; Boon T. et al., (1996) J Exp Med 183: 725-9; van der Bruggen P et al., (1991) Science 254: 1643-7; Brichard V et al., (1993) J Exp Med 178: 489-95; Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347-52) . Algunos de ellos están ahora en desarrollo clínico como dianas de inmunoterapia. Los AAT descubiertos hasta la fecha incluyen MAGE (van der Bruggen P et al., (1991) 20 Science 254: 1643-7) , gp100 (Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347, 52) , SART (Shichijo S et al., (1998) J Exp Med 187:277-88) , y NY-ESO-1 (Chen Y.T. et al., (1997) Proc. Natl. Acd. Sci. USA, 94: 1914-8) . Por otra parte, se ha mostrado que ciertos productos génicos que demostraron estar de alguna manera específicamente sobreexpresados en células tumorales son reconocidos como dianas para inducir respuestas inmunitarias celulares. Tales productos génicos incluyen p53 (Umano Y et al., (2001) Br J Cancer, 84:1052-7) , HER2/neu (Tanaka H et al., 25 (2001) Br J Cancer, 84: 94-9) , CEA (Nukaya I et al., (1999) Int. J. Cancer 80, 92-7) y similares.

A pesar del progreso significativo en la investigación básica y clínica respecto a los AAT (Rosenberg SA et al., (1998) Nature Med, 4: 321-7; Mukherji B. et al., (1995) Proc Natl Acad Sci USA, 92: 8078-82; Hu X et al., (1996) Cancer Res, 56: 2479-83) , solo un número muy limitado de AAT candidatos adecuados para el tratamiento de 30 cánceres están disponibles actualmente. Los AAT que se expresan abundantemente en células cancerosas, y cuya expresión está restringida a células cancerosas, serían candidatos prometedores como dianas inmunoterapéuticas.

Tanto HLA-A24 como HLA-A0201 son alelos de HLA comunes en las poblaciones japonesa y blanca (Date Y et al., (1996) Tissue Antigens 47: 93-101; Kondo A et al., (1995) J Immunol 155: 4307-12; Kubo RT et al., (1994) J 35 Immunol 152: 3913-24; Imanishi et al., Proceeding of the eleventh International Histocompatibility Workshop and Conference Oxford University Press, Oxford, 1065 (1992) ; Williams F et al., (1997) Tissue Antigen 49: 129-33) . Por tanto, los péptidos antigénicos de cánceres presentados por estos alelos HLA pueden encontrar utilidad particular en el tratamiento de cánceres entre pacientes japoneses y blancos. Además, se sabe que la inducción de LTC de baja afinidad in vitro habitualmente resulta de exposición a altas concentraciones de péptidos, lo que genera un nivel alto 40 de complejos péptido específico/MHC en células presentadoras de antígeno (CPA) , que activarán eficazmente estos LTC (Alexander-Miller et al., (1996) Proc Natl Acad Sci USA 93: 4102-7) .

Recientemente, se pueden esperar secuencias de péptidos que se unen a HLA de clase I usando algoritmos (Jounal of Immunological Methods, (1995) , Vol.185, pp.181-190, J. Immunol., (1994) , Vol.152, 163-175, protein science, 45 (2000) , Vol.9, pp.1838-1846) . Sin embargo, es difícil decir que el péptido epítopo esperado se puede cortar y expresar en la superficie de la célula diana con una molécula de HLA y ser reconocido por LTC. Además, el algoritmo, por ejemplo BIMAS (http://bimas.dcrt.nih.gov/cgi-bin/molbio/ken_parker_comboform) (Parker KC, et al., (1994) J Immunol.;152 (1) :163-75; Kuzushima K, et al., (2001) Blood.;98 (6) :1872-81) ) puede sugerir el péptido que se une a la molécula HLA, pero el péptido sugerido no es demasiado riguroso (Bachinsky MM, et. al., Cancer Immun. 50 22 Mar 2005;5:6) . Por tanto, el cribado de AAT aún mantiene muchos desafíos y dificultades.

Recientes desarrollos en las tecnologías de micromatrices de ADNc han permitido la construcción de perfiles exhaustivos de expresión génica en células malignas comparadas con células normales (Okabe, H. et al., (2001) Cancer Res., 61, 2129-37; Lin YM. et al., (2002) Oncogene, 21;4120-8; Hasegawa S. et al., (2002) Cancer Res 55 62:7012-7) . Este planteamiento permite un entendimiento más completo de la naturaleza compleja de las células cancerosas y los mecanismos de carcinogénesis y facilita la identificación de genes cuya expresión está desregulada en tumores (Bienz M. et al., (2000) Cell 103, 311-20) . Entre los transcritos identificados como aumentados en cánceres, CDH3 (No. de acceso de GenBank NM_001793; SEQ ID Nos.1, 2) , EPHA4 (No. de acceso de GenBank L36645; SEQ ID Nos.3, 4) , ECT2 (No. de acceso de GenBank AY376439; SEQ ID Nos.5, 6) , 60 HIG2 (No. de acceso de GenBank NM_013332; SEQ ID Nos.7, 8) INHBB (No. de acceso de GenBank NM_002193; SEQ ID Nos.9, 10) , KIF20A (No. de acceso de GenBank NM_005733; SEQ ID Nos.11, 12) , KNTC2 (No. de acceso de GenBank AF017790; SEQ ID Nos.13, 14) , TTK (No. de acceso de GenBank NM_003318; SEQ ID Nos.15, 16) y URLC10 (No. de acceso de GenBank NM_017527; SEQ ID Nos.17, 18) se han descubierto recientemente. El contenido entero de las referencias se incorpora mediante referencia en el presente documento. Estos genes son de 65 interés particular para los presentes inventores, estando específicamente aumentados en células tumorales de varios tejidos cancerosos de los casos analizados (véase posteriormente) . Por tanto, péptido inmunogénicos derivados de CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10 pueden encontrar utilidad en destruir selectivamente células tumorales que expresan tales antígenos. La presente invención aborda estas y otras necesidades.

Puesto que los fármacos citotóxicos, tal como M-VAC, con frecuencia producen reacciones adversas graves, está claro que la selección meditada de novedosas moléculas diana en base a mecanismos de acción bien caracterizados debe ser muy útil en el desarrollo de fármacos anticáncer eficaces que tienen un riesgo minimizado de efectos secundarios. Hacia este fin, se realizaron previamente análisis de perfiles de expresión en varios cánceres y tejidos humanos normales. Tales estudios produjeron el descubrimiento de múltiples genes que se 10 sobreexpresan específicamente en cáncer (Lin YM, et al., Oncogene. 13 Jun. 2002;21:4120-8; Kitahara O, et al., Cancer Res. 1 Mayo 2001;61:3544-9; Suzuki C, et al., Cancer Res. 1 Nov. 2003;63:7038-41; Ashida S, Cancer Res. 1 Sep. 2004;64:5963-72; Ochi K, et al., Int J Oncol. Mar 2004, 24 (3) :647-55; Kaneta Y, et al., Int J Oncol. Sep. 2003 23:681-91; Obama K, Hepatology. Jun. 2005;41:1339-48; Kato T, et al., Cancer Res. 1 Jul 2005;65:5638-46; Kitahara O, et al., Neoplasia. Jul-Ag 2002;4:295-303.; Saito-Hisaminato A et al., DNA Res 2002, 9: 35-45) . Ejemplos 15 de tales genes identificados como sobreexpresados en varios cánceres incluyen, pero no están limitados a, CDH3, EPHA4, ECT2, HIG2, INHBB, KIF20A, KNTC2, TTK y URLC10. CDH3 se ha identificado previamente como sobreexpresado en cáncer de vejiga, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de pulmón no microcítico (NSCLC) , cáncer pancreático, tumor de tejidos blandos y tumor testicular. EPHA4 se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer cervical, carcinoma 20 colangiocelular, endometriosis, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata y tumor de tejidos blandos. ECT2 se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, leucemia mieloide crónica (LMC) , cáncer colorrectal, cáncer de esófago, NSCLC, linfoma, cáncer de próstata, carcinoma renal y cáncer de pulmón microcítico (SCLC) . HIG2 se ha identificado en carcinoma renal y SCLC. INHBB se ha identificado en carcinoma colangiocelular, cáncer de esófago, NSCLC, carcinoma renal, 25 SCLC y tumor de tejidos blandos. KIF20A se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer de mama, carcinoma colangiocelular, cáncer de esófago, NSCLC, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal y SCLC. KNTC2 se ha identificado en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer... [Seguir leyendo]

1. Una composición farmacéutica para su uso en tratar o prevenir cáncer, dicha composición comprende al menos un péptido seleccionado del grupo que consiste en los siguientes (i) a (iv) , o un polinucleótido que codifica el péptido: 5

(i) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288;

(ii) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288, en la que 1 o 2 aminoácidos se 10 sustituyen, en donde dicho péptido induce una célula T citotóxica específica para una célula positiva para HLA-A2 que expresa URLC10;

(iii) el péptido de (ii) , en donde el segundo aminoácido desde el extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con metionina; y

(iv) el péptido de (ii) o (iii) , en donde el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID 15 NO: 288 se sustituye con valina.

2. Un exosoma que presenta en su superficie un complejo que comprende un péptido de seleccionado del grupo que consiste en los siguientes (i) a (iv) y un antígeno HLA-A2,

(i) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288;

(ii) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288, en la que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, en donde dicho péptido induce una célula T citotóxica específica para una célula positiva 25 para HLA-A2 que expresa URLC10;

(iii) el péptido de (ii) , en donde el segundo aminoácido desde el extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con metionina; y

(iv) el péptido de (ii) o (iii) , en donde el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con valina. 30

3. El exosoma de la reivindicación 2, en donde el antígeno HLA-A2 es HLA-A0201.

4. Un método in vitro de inducir una célula presentadora de antígeno que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, dicho método comprende el paso de: 35

(a) poner en contacto una célula presentadora de antígeno con un péptido seleccionado del grupo que consiste en los siguientes (i) a (iv) , o

(b) transferir un gen que comprende un polinucleótido que codifica un péptido seleccionado del grupo que consiste en los siguientes (i) a (iv) a una célula presentadora de antígeno, 40

(i) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288;

(ii) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288, en la que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, en donde dicho péptido induce una célula T citotóxica específica para una célula positiva 45 para HLA-A2 que expresa URLC10;

(iii) el péptido de (ii) , en donde el segundo aminoácido desde el extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con metionina; y

(iv) el péptido de (ii) o (iii) , en donde el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con valina. 50

5. Un método in vitro de inducir una célula T citotóxica poniendo en contacto una célula T con un péptido seleccionado del grupo que consiste en los siguientes (i) a (iv) :

(i) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho 55 péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288;

(ii) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288, en la que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, en donde dicho péptido induce una célula T citotóxica específica para una célula positiva para HLA-A2 que expresa URLC10; 60

(iii) el péptido de (ii) , en donde el segundo aminoácido desde el extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con metionina; y

(iv) el péptido de (ii) o (iii) , en donde el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con valina.

6. Un método in vitro de inducir una célula T citotóxica, que comprende los pasos de:

(a) poner en contacto una célula presentadora de antígeno con un péptido seleccionado del grupo que consiste en los siguientes (i) a (iv) , y

(b) mezclar la célula presentadora de antígeno del paso (a) con una célula T CD8+ y cocultivar;

(i) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho 5 péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288;

(ii) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288, en la que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, en donde dicho péptido induce una célula T citotóxica específica para una célula positiva para HLA-A2 que expresa URLC10; 10

(iii) el péptido de (ii) , en donde el segundo aminoácido desde el extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con metionina; y

(iv) el péptido de (ii) o (iii) , en donde el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con valina.

7. Una célula T citotóxica aislada, que se induce por el método de la reivindicación 5 o 6 o que se transduce con los ácidos nucleicos que codifican los polipéptidos de las subunidades de TCR que se unen a un péptido seleccionado del grupo que consiste en los siguientes (i) a (iv) en el contexto de HLA-A2:

(i) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho 20 péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288;

(ii) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288, en la que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, en donde dicho péptido induce una célula T citotóxica específica para una célula positiva para HLA-A2 que expresa URLC10; 25

(iii) el péptido de (ii) , en donde el segundo aminoácido desde el extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con metionina; y

(iv) el péptido de (ii) o (iii) , en donde el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con valina.

8. Una célula presentadora de antígeno, que comprende un complejo formado entre un antígeno HLA-A2 y un péptido seleccionado del grupo que consiste en los siguientes (i) a (iv) o inducida por el método de la reivindicación 4;

(i) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho 35 péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288;

(ii) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288, en la que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, en donde dicho péptido induce una célula T citotóxica específica para una célula positiva para HLA-A2 que expresa URLC10; 40

(iii) el péptido de (ii) , en donde el segundo aminoácido desde el extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con metionina;

(iv) el péptido de (ii) o (iii) , en donde el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con valina.

9. Un péptido seleccionado del grupo que consiste en el siguiente (i) a (iv) , o un polinucleótido que codifica dicho péptido para su uso en tratar o prevenir cáncer;

(i) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288; 50

(ii) un péptido de menos de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en donde dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288, en la que 1 o 2 aminoácidos se sustituyen, en donde dicho péptido induce una célula T citotóxica específica para una célula positiva para HLA-A2 que expresa URLC10;

(iii) el péptido de (ii) , en donde el segundo aminoácido desde el extremo N de la secuencia de aminoácidos 55 de SEQ ID NO: 288 se sustituye con metionina;

(iv) el péptido de (ii) o (iii) , en donde el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288 se sustituye con valina.

10. La composición farmacéutica de la reivindicación 1, o el péptido o polinucleótido de la reivindicación 9, en 60 donde el cáncer se selecciona del grupo que consiste en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, endometriosis, cáncer esofágico, cáncer gástrico, cáncer gástrico de tipo difuso, cáncer de hígado, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de ovario, cáncer pancreático, cáncer de próstata, carcinoma renal, SCLC, tumor de tejidos blandos y tumor testicular.

11. La composición farmacéutica de la reivindicación 1 o 10, el exosoma de la reivindicación 2 o 3, el método de cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, la célula T citotóxica de la reivindicación 7, la célula presentadora de antígeno de la reivindicación 8, el péptido o polinucleótido de la reivindicación 9 o 10, en donde el péptido consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 288.