Vacunas de péptidos para cánceres que expresan los polipéptidos DEPDC1.

Un péptido de menos de alrededor de 15 aminoácidos, en el que dicho péptido comprende las secuencias de aminoácidos de SEC ID NO:

230, 192, 195, 197, 209, 225, 226, 228, 240, 241, 243, 244, 249, 253, o 254, o un péptido de menos de alrededor de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en el que dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEC ID NO: 230, 192, 195, 197, 209, 225, 226, 228, 240, 241, 243, 244, 249, 253, y 254, en la que 1 o 2 aminoácidos están sustituidos, suprimidos, o añadidos.

Vacunas de péptidos para cánceres que expresan los polipéptidos DEPDC1 Campo técnico

La presente solicitud reivindica el beneficio de la Solicitud Provisional de EE.UU. n° 60/852.575, presentada el 17 de octubre de 2006.

La presente descripción se refiere al campo de las ciencias biológicas, más específicamente al campo de la terapia del cáncer. En particular, la presente descripción se refiere a nuevos péptidos que sirven como vacunas extremadamente eficaces para el cáncer, y a fármacos para tratar y prevenir tumores que contienen dichos péptidos.

Antecedentes de la técnica

Se ha demostrado que los linfocitos T citotóxicos (CTLs) CD8+ reconocen péptidos epitópicos derivados de antígenos asociados a tumores (TAAs) presentados sobre las moléculas del MHC de clase I, y lisan las células tumorales. Desde el descubrimiento de la familia MAGE como primer ejemplo de TAAs, se han descubierto muchos otros TAAs usando enfoques inmunológicos (Boon T. (1993) Int J Cáncer 54: 177-80.; Boon T. et al., (1996) J Exp Med 183: 725-9.; van der Bruggen P et al., (1991) Science 254: 1643-7.; Brichard V et al., (1993) J Exp Med 178: 489-95.; Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347-52.). Algunos de ellos ahora se encuentran en desarrollo clínico como dianas inmunoterapéuticas. Los TAA descubiertos hasta el momento incluyen MAGE (van der Bruggen P et al., (1991) Science 254: 1643-7.), gp100 (Kawakami Y et al., (1994) J Exp Med 180: 347-52.), SART (Shichijo S et al, (1998) J Exp Med 187:277-88.), y NY-ESO-1 (Chen Y.T. et al, (1997) Proc. Nati. Acd. Sci. USA, 94: 1914-8). Por otra parte, determinados productos génicos que se ha demostrado que se sobreexpresan en cierto modo específicamente en las células tumorales se ha probado que resultan reconocidos como dianas para la inducción de respuestas inmunológicas celulares. Dichos productos génicos se incluyen p53 (Umano Y etal, (2001) Br J Cáncer, 84:1052-7.), HER2/neu (Tanaka H et al, (2001) BrJ Cáncer, 84: 94-9.), CEA. (Nukaya I etal, (1999) Int. J. Cáncer 80, 92-7.), y similares.

A pesar de los avances significativos en la investigación básica y clínica relativa a los TAAs (Rosenberg SA et al, (1998) Nature Med, 4: 321-7.; Mukherji B. et al, (1995) Proc Nati Acad Sci USA, 92: 8078-82.: Hu X et al, (1996) Cáncer Res, 56: 2479-83.), actualmente solo se dispone de un número muy limitado de TAAs candidatos adecuados para el tratamiento del cáncer. Los TAAs que se expresan abundantemente en células cancerosas y cuya expresión está restringida a células cancerosas, serían candidatos prometedores a dianas inmunoterapéuticas.

Tanto HLA-A24 como HLA-A0201 son alelos de HLA comunes en las poblaciones japonesa y caucásica (Date Y et al, (1996) Tlssue Antigens 47: 93-101.; Kondo A et al, (1995) J Immunol 155: 4307-12.; Kubo RT et al, (1994) J Immunol 152: 3913-24.; Imanishi et al, Proceeding of the eleventh International Histocompatibility Workshop and Conference Oxford University Press, Oxford, 1065 (1992); Williams F et al, (1997)Tissue Antigen 49: 129-33.). De esta manera, los péptidos antigénicos de los cánceres presentados por dichos alelos de HLA podrían resultar particularmente útiles en el tratamiento de cánceres en pacientes japoneses y caucásicos. Además, se sabe que la inducción de CTL de baja afinidad in vitro habitualmente resulta de la descripción a concentraciones elevadas de péptido, generando un nivel elevado de complejos específicos de péptido/MHC sobre células presentadoras de antígeno (APC), las cuales pueden activar eficazmente estos CTL (Alexander-Miller et al, (1996) Proc Nati Acad Sci USA 93: 4102-7.).

Los recientes avances en las tecnologías de micromatrices de ADNc han permitido construir perfiles completos de expresión génica de células malignas en comparación con las células normales (Okabe, H. et al, (2001) Cáncer Res, 61,2129-37.; Lin YM. et al, (2002) Oncogene, 21; 4120-8.; Hasegawa S. et al, (2002) Cáncer Res 62:7012- 7.). Este enfoque permite comprender la naturaleza compleja de las células cancerosas y los mecanismos de carcinogénesis, y facilita la identificación de genes cuya expresión se encuentra desregulada en los tumores (Bienz M. et al, (2000) Cell 103, 311-20.). Entre los transcritos identificados como regulados positivamente en cánceres, recientemente se han descubierto MPHOSPH1 (fosfoproteína 1 de fase M, n° de acceso de GenBank NM_016195; SEC ID NOs: 1, 2) y DEPDC1 (dominio DEP que contiene 1; n° de acceso de GenBank BM683578). Véanse los documentos WO 2004/031413, WO 2006/085684 y WO 2007/013.665. DEPDC1 se ha descrito en el contexto de dos variantes transcripcionales diferentes - DEPDC1 V1 SEC ID Nos. 3, 4) y DEPDC1 V2 (SEC ID Nos: 5, 6). Se ha demostrado que estos genes se encuentran específicamente regulados positivamente en células tumorales de los diversos tejidos de cáncer de los casos analizados (véase más abajo); sin embargo, análisis de transferencia Northern demuestran que estos productos génicos no se encuentran en órganos vitales normales (véase el documento PCT JP2006/302684). En la medida en que esos péptidos inmunogénicos derivados de MPHOSPH1 y DEPDC1 pueden encontrar utilidad en la eliminación de células tumorales que expresan esos antígenos, estos genes son de particular interés para los presentes inventores.

Debido a que los fármacos citotóxicos, tales como M-VAC, provocan a menudo reacciones adversas graves, está claro que la selección concienzuda de nuevas moléculas diana en base a mecanismos de acción bien caracterizados es importante en el desarrollo de fármacos contra el cáncer eficaces que tienen riesgo mínimo de efectos secundarios negativos. Con este objetivo, los inventores previamente llevaron a cabo el análisis del perfil de

expresión en diversos cánceres y tejido humano normal, y descubrieron múltiples genes que están sobreexpresados específicamente en el cáncer (Lin YM, et al., Oncogene. 13 de junio de 2002 13; 21:4120-8.; Kitahara O, et al., Cáncer Res. 1 de mayo de 2001; 61:3544-9.; Suzuki C, et al., Cáncer Res. 1 de noviembre de 2003; 63:7038-41.; Ashida S, Cáncer Res. 1 de septiembre de 2004; 64:5963-72.; Ochi K, et al., Int J Oncol. marzo de 2004; 24(3):647- 55.; Kaneta Y, et al., Int J Oncol. septiembre de 2003; 23:681-91.; Obama K, Hepatology. Junio de 2005; 41:1339- 48.; Kato T, et al., Cáncer Res. 1 de julio de 2005; 65:5638-46.; Kitahara O, et al., Neoplasia. julio-agosto de 2002; 4:295-303.; Saito-Hisaminato A et al., DNA Res 2002, 9: 35-45.). De éstos, MPHOSPH1 (n° interno C2093) y DEPDC1 (n° interno B5860N) fueron identificados como genes sobreexpresados en diversos cánceres. En particular, se identificó MPHOSPH1 como sobreexpresado en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, CML, cáncer colorrectal, cáncer gástrico, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de próstata, carcinoma renal y tumor de tejido blando. De manera similar, se identificó DEPDC1 como sobreexpresado en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, CML, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de próstata, SCLC y tumor de tejido blando.

MPHOSPH1 se identificó anteriormente como una de las proteínas fosforilada específicamente en la transición G2/M y caracterizada como una proteína relacionada con kineslna dirigida al extremo (+) (Abaza A et al., J Biol Chem 2003, 278: 27844-52.). Más particularmente, se ha documentado previamente que MPHOSPH1 es un motor molecular dirigido al extremo (+) que desempeña una función crucial en la cltoclnesis y se acumula en la zona Intermedia del huso entre la anafase y la telofase en las células HeLa (Abaza A et al., J Biol Chem 2003, 278: 27844-52; Kamimoto T et al., J Biol Chem 2001, 276: 37520-8). El ADNc de MPHOSPH1 codifica una proteína de 1780 aminoácidos que está compuesta de tres dominios: un dominio motor de NH2-quinasina, un dominio de tallo de espiral superenrollada central y un dominio de cola C-globular. En conjunto, estos datos sugieren que MPHOSPH1 es una proteína relacionada con kinesina de tipo NH2.

En cuanto a DEPDC1, su función sigue siendo incierta. El dominio DEP contenido en esta proteína también se encuentra en Dishevelled, Egl-10 y Pleckstrina. El dominio DEP en Dishevelled de Drosophila desempeña un papel esencial en el rescate de defectos de polaridad plana e induce señalización de JNK; no obstante, su función en seres humanos todavía no se ha aclarado. Sin embargo, tal como se describe en el documento PCT/JP2006/302684, los ARNip de DEPDC1 pueden suprimir el crecimiento de las células cancerosas. Estos resultados demuestran que DEPDC1 desempeña un papel importante en el crecimiento de la mayoría de las células cancerosas.

La invención se refiere a las realizaciones como se definen... [Seguir leyendo]

1. Un péptido de menos de alrededor de 15 aminoácidos, en el que dicho péptido comprende las secuencias de aminoácidos de SEC ID NO: 230, 192, 195, 197, 209, 225, 226, 228, 240, 241, 243, 244, 249, 253, o 254, o un péptido de menos de alrededor de 15 aminoácidos que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, en el que dicho péptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEC ID NO: 230, 192, 195, 197, 209, 225, 226, 228, 240, 241, 243, 244, 249, 253, y 254, en la que 1 o 2 aminoácidos están sustituidos, suprimidos, o añadidos.

2. El péptido de la reivindicación 1, en el que el segundo aminoácido desde el término N de la secuencia de aminoácidos de SEC ID NO: 230, 192, 195, 197, 209, 225, 226, 228, 240, 241, 243, 244, 249, 253, o 254 está sustituido por leucina o metionina.

3. El péptido de la reivindicación 1 o 2, en el que el aminoácido C-terminal de la secuencia de aminoácidos de SEC ID NO: 230, 192, 195, 197, 209, 225, 226, 228, 240, 241, 243, 244, 249, 253, o 254 está sustituido por valina o leucina.

4. El péptido de la reivindicación 1, en el que el péptido consiste en la secuencia de aminoácidos de SEC ID NO: 230, 192, 195, 197, 209, 225, 226, 228, 240, 241, 243, 244, 249, 253, o 254.

5. Un vector en el que el ADN codifica un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.

6. Una composición farmacéutica para uso en el tratamiento o prevención de una enfermedad asociada con sobreexpresión de cualquiera o de ambos genes de SEC ID NO: 3 y 5, comprendiendo dicha composición al menos un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.

7. Un exosoma que presenta sobre su superficie un complejo que comprende un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 y un antígeno HLA.

8. El exosoma de la reivindicación 7, en el que el antígeno HLA es HLA-A2.

9. El exosoma de la reivindicación 8, en el que el antígeno HLA es HLA-A0201.

10. Un método in vitro para inducir una célula presentadora de antígeno que tiene inducibilidad de células T citotóxicas, que comprende la etapa de:

(a) poner en contacto una célula presentadora de antígeno con un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, o

(b) transferir un gen que comprende un polinucleótido que codifica un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 a una célula presentadora de antígeno.

11. Un método in vitro para inducir una célula T citotóxica poniendo en contacto una célula T con un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.

12. Un método in vitro para inducir una célula T citotóxica, que comprende las etapas de:

(i) poner en contacto una célula presentadora de antígeno con un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, y

(ii) mezclar la célula presentadora de antígeno de la etapa (i) con una célula T CD8+ y cocultivar.

13. Una célula T citotóxica aislada, que es inducida por el método de la reivindicación 11 o 12, o que es transducida con los ácidos nucleicos que codifican los polipéptidos de las unidades de TCR que se unen con un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 en el contexto de HLA-A2.

14. Una célula presentadora de antígeno, que comprende un complejo formado entre un antígeno HLA y un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.

15. La célula presentadora de antígeno de la reivindicación 14, inducida por el método de la reivindicación 10.

16. Una vacuna para uso en la inhibición de la proliferación de células que expresan cualquiera o ambos genes de SEC ID NO: 3 y 5, en la que la vacuna comprende un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 como ingrediente activo.

17. La vacuna de la reivindicación 16, en la que las células que expresan cualquiera o ambos genes de SEC ID NO: 3 y 5 son células cancerosas.

18. La vacuna de la reivindicación 16, formulada para administración a un sujeto cuyo antígeno HLA es HLAA2.

19. Un péptido de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 o un polinucleótido que codifica dicho péptido, para uso en el tratamiento o prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de cualquiera o de ambos genes de SEC ID NO: 3 y 5.

20. La composición farmacéutica de la reivindicación 6 para uso en el tratamiento o prevención de una enfermedad 5 asociada con la sobreexpresión de cualquiera o de ambos genes de SEC ID NO: 3 y 5, y el péptido o el

polinucleótido de la reivindicación 19 para uso en el tratamiento o prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de cualquiera o de ambos genes de SEC ID NO: 3 y 5, en el que la enfermedad asociada con la sobreexpresión de cualquiera o de ambos genes de SEC ID NO: 3 y 5 es cáncer.

21. La composición farmacéutica de la reivindicación 20 para uso en el tratamiento o prevención de una enfermedad 10 asociada con la sobreexpresión de cualquiera o de ambos genes de SEC ID NO: 3 y 5, la vacuna de la

reivindicación 17, y el péptido o polinucleótido de la reivindicación 20 para uso en el tratamiento o prevención de una enfermedad asociada con la sobreexpresión de cualquiera o de ambos genes de SEC ID NO: 3 y 5, en el que el cáncer se selecciona del grupo que consiste en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer cervical, carcinoma colangiocelular, CML, cáncer colorrectal, cáncer gástrico, NSCLC, linfoma, osteosarcoma, cáncer de próstata, 15 carcinoma renal, SCLC y tumor de tejido blando.