Métodos basados en microARN para el diagnóstico de cáncer de estómago.

Un método para diagnosticar si un sujeto tiene cáncer de estómago,

que comprende:

medir en una muestra de ensayo del sujeto los niveles de un grupo de productos génicos miR que consiste en, miR-223, miR-21, miR-103-2, miR-136, miR-125b-2, miR-103-1, miR-222, miR-212 prec, miR-125b-1, miR-100, miR-92-1, miR-96, miR-192, miR-23a, miR-215, miR-7-2, miR-138-2, miR-99b, miR-33b, miR-218-2, miR-92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR-214, miR-107, miR-24-1 y miR-24-2

en donde una alteración en los niveles del grupo de productos génicos miR en la muestra de tejido de estómago en relación con los niveles de los productos génicos miR correspondientes en una muestra de control, es indicativa de que el sujeto tiene cáncer de estómago.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E12154354.

Solicitante: THE OHIO STATE UNIVERSITY RESEARCH FOUNDATION.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 1524 North High Street Columbus, OH 43201 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: CROCE, CARLO, VOLINIA,STEFANO, CALIN,GEORGE.

Fecha de Publicación: 11 de Marzo de 2015.

Clasificación Internacional de Patentes:

C12N15/11 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Fragmentos de ADN o de ARN; sus formas modificadas (ADN o ARN no empleado en tecnología de recombinación C07H 21/00).
C12N15/113 C12N 15/00 […] › Acidos nucleicos no codificantes que modulan la expresión de genes, p.ej. oligonucleótidos antisentido.
C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
G01N33/574 FISICA. › G01 METROLOGIA; ENSAYOS. › G01N INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION DE SUS PROPIEDADES QUIMICAS O FISICAS (procedimientos de medida, de investigación o de análisis diferentes de los ensayos inmunológicos, en los que intervienen enzimas o microorganismos C12M, C12Q). › G01N 33/00 Investigación o análisis de materiales por métodos específicos no cubiertos por los grupos G01N 1/00 - G01N 31/00. › para el cáncer.

PDF original: ES-2536437_T3.pdf

Fragmento de la descripción:

Métodos basados en microARN para el diagnóstico de cáncer de estómago

Apoyo del gobierno La presente invención fue apoyada, en su totalidad o en parte, por las Subvenciones del Proyecto de Programa Nº P01CA76259, P01CA81534 y P30CA56036 del Instituto de Cáncer Nacional. El Gobierno tiene ciertos derechos en la presente invención.

Antecedentes de la Invención El cáncer, el crecimiento incontrolado de células malignas, es un problema de salud importante de la era médica moderna y es una de las principales causas de muerte en los países desarrollados. En los Estados Unidos, una de cada cuatro muertes está provocada por cáncer (Jemal, A. et al., CA Cancer J. Clin. 52: 23-47 (2002) ) . Entre los cánceres, los que surgen de órganos y tejidos sólidos, conocidos como cánceres sólidos, (por ejemplo, cáncer de colon, cáncer de pulmón, cáncer de mama, cáncer de estómago, cáncer de próstata, cáncer pancreático) están entre los cánceres humanos más habitualmente identificados.

Por ejemplo, el cáncer de próstata es el tumor maligno no cutáneo diagnosticado más frecuentemente entre hombres en países industrializados y, en los Estados Unidos, 1 de cada 8 hombres desarrollarán cáncer de próstata durante su vida (Simard, J. et al., Endocrinoloy 143 (6) : 2029-40 (2002) ) . La incidencia del cáncer de próstata ha aumentado drásticamente durante las últimas décadas y el cáncer de próstata es ahora una causa principal de muerte en los Estados Unidos y en Europa Occidental (Peschel, R. E. y J. W. Colberg, Lancet 4: 233-41 (2003) ;

Nelson, W. G. et al., N. Engl. J. Med 349 (4) : 3GG-81 (2003) ) . Los hombres con cáncer de próstata están afectados por una reducción media de 40 % en la esperanza de vida. Si se detecta de forma temprana, antes de la metástasis y propagación local más allá de la cápsula, el cáncer de próstata puede con frecuencia curarse (por ejemplo, usando cirugía) . Sin embargo, si se diagnostica después de su propagación y metástasis de la próstata, el cáncer de próstata es normalmente una enfermedad letal con tasas de curación bajas. Aunque la exploración basada en antígeno específico de próstata (PSA) ha ayudado al diagnóstico temprano del cáncer de próstata, no es ni altamente sensible ni específico (Punglia et al., N. Engl. J. Med 349 (4) : 335-42 (2003) ) . Esto significa que se asocia con el ensayo un alto porcentaje de diagnósticos de falso negativo y falso positivo. Las consecuencias son tanto muchos casos de cánceres pasados por alto como biopsias de seguimiento innecesarias para las personas sin cáncer.

El cáncer de mama sigue siendo la segunda causa principal de muertes relacionadas con cáncer en mujeres, afectando a más de 180.000 mujeres en los Estados Unidos cada año. Para las mujeres en Norteamérica, las probabilidades en tiempo de vida de tener cáncer de mama son ahora de una de cada ocho. Aunque el descubrimiento de BRCA1 y BRCA2 fueron etapas importantes en la identificación de factores genéticos clave implicados en cáncer de mama, se ha hecho evidente que las mutaciones en BRCA1 y BRCA2 representan solamente una fracción de la susceptibilidad heredada a cáncer de mama (Nathanson, K. L., et al., Human Mol. Gen. 10 (7) : 715-720 (2001) ; Anglican Breast Cancer Study Group. Br. J. Cancer 83 (10) : 1301-08 (2000) ; y Syrjakoski, K., et al., J. Natl. Cancer Inst. 92: 1529-31 (2000) ) . A pesar de investigación considerable sobre terapias para cáncer de mama, el cáncer de mama sigue siendo difícil de diagnosticar y tratar eficazmente, y la alta mortalidad observada en 45 pacientes con cáncer de mama indica que se necesitan mejoras en el diagnóstico, tratamiento y prevención de la enfermedad.

Excluyendo cáncer de piel, el cáncer colorrectal, es el tercer cáncer diagnosticado con más frecuencia en los Estados Unidos y Canadá (después de pulmón y mama en mujeres, y pulmón y próstata en hombres) . La Sociedad Americana del Cáncer estima que habrá aproximadamente 145.000 casos nuevos de cáncer colorrectal diagnosticados en los Estados Unidos en 2005 (Cancer Facts and Figures 2005. Atlanta, GA: American Cancer Society, 2005. Disponibles en wvw.cancer.org/docroot/STT/stt_0.asp, accedida el 19 de diciembre de 2005) . El cáncer colorrectal es la segunda causa principal de muerte por cáncer entre hombres y mujeres en los Estados Unidos y Canadá (después del cáncer de pulmón) .

La incidencia anual del cáncer pancreático es casi equivalente a la mortalidad anual, que se estima que es de 31.860 y 31.270, respectivamente, en los Estados Unidos en 2004 (Cancer Facts and Figures 2004. Atlanta, GA: American Cancer Society, 2004. Disponible en www.cancer.org/docroot/STT/stt_0_2004.asp, accedida el 21 de agosto de 2005) . Los pacientes con cáncer pancreático localmente avanzado y metastásico tienen diagnósticos negativos, y el diagnóstico generalmente se realiza demasiado tarde para que la cirugía o la radioterapia sea curativa (Burr, H. A., et al., The Oncologist 10 (3) : 183-190, (2005) ) . La quimioterapia puede proporcionar alivio de los síntomas para algunos pacientes con cáncer pancreático avanzado, pero su impacto en la supervivencia ha sido moderado hasta la fecha.

En los Estados Unidos, se diagnostica a más de 20.000 individuos cáncer de estómago (gástrico) cada año. La Sociedad Americana del Cáncer estima que habrá 22.710 casos nuevos de cáncer colorrectal diagnosticados en los

Estados Unidos en 2004 (Cancer Facts and Figures 2004. Atlanta, GA: American Cancer Society, 2004. Disponible en wwv.cancer.org/ doc-root/ STT/stt_0_2004.asp, accedida el 21 de agosto de 2005) . Debido a que el cáncer de estómago puede aparecer sin síntomas, puede estar en estadios avanzados en el momento en que se realice el diagnóstico. Por tanto el tratamiento se dirige a hacer que el paciente se sienta más cómodo y a mejorar su calidad

de vida.

El cáncer de pulmón provoca más muertes en todo el mundo que cualquier otra forma de cáncer (Goodman, G. E., Thorax 57: 994-999 (2002) ) . En los Estados Unidos, el cáncer de pulmón es la causa principal de muerte por cáncer tanto en hombres como en mujeres. En 2002, la tasa de muerte de cáncer de pulmón fue una estimación de 134.900 muertes, que excede el total combinado de cáncer de mama, próstata y colon. Misma referencia. El cáncer de pulmón también es la causa principal de muerte por cáncer en todos los países Europeos, y los números de muertes relacionadas con cáncer de pulmón están aumentando rápidamente también en los países en desarrollo.

La tasa de supervivencia a cinco años entre todos los pacientes de cáncer de pulmón, independientemente del

estadio de la enfermedad en el momento de diagnóstico, es solo de aproximadamente 13 %. Esto se diferencia de una tasa de supervivencia a los cinco años de 46 % entre casos detectados cuando la enfermedad aún está localizada. Sin embargo, solamente 16 % de los cánceres de pulmón se descubren antes de que la enfermedad se haya propagado. La detección temprana es difícil ya que los síntomas clínicos con frecuencia no se observan hasta que la enfermedad ha alcanzado un estadio avanzado. A pesar de la investigación sobre terapias para este y otros cánceres, el cáncer de pulmón sigue siendo difícil de diagnosticar y tratar eficazmente.

Claramente, la identificación de marcadores y genes que son responsables de la susceptibilidad a formas particulares de cáncer sólido (por ejemplo, cáncer de próstata, cáncer de mama, cáncer de pulmón, cáncer de estómago, cáncer de colon, cáncer pancreático) es uno de los principales retos a los que se enfrenta la oncología en la actualidad. Existe la necesidad de identificar medios para la detección temprana de individuos que tengan una susceptibilidad genética al cáncer de modo que puedan instituirse regímenes de exploración e intervención más agresivos para la detección y tratamiento temprano del cáncer. Los genes de cáncer también pueden revelar rutas moleculares clave que pueden manipularse (por ejemplo, usando fármacos de peso molecular grande o pequeño) y pueden conducir a tratamientos más eficaces independientemente del estadio de cáncer cuando se diagnostique por primera vez un cáncer particular.

Los microARN son una clase de ARN no codificantes, pequeños que controlan la expresión génica hibridando con y desencadenando la represión de la traducción o, menos frecuentemente, la degradación de una diana de ARN mensajero (ARNm) . El descubrimiento y estudio de los miARN ha revelado mecanismos reguladores de genes 35 mediados por miARN que desempeñan papeles importantes en el desarrollo de los organismos y diversos procesos celulares, tales como diferenciación celular, crecimiento... [Seguir leyendo]

Reivindicaciones:

1. Un método para diagnosticar si un sujeto tiene cáncer de estómago, que comprende:

medir en una muestra de ensayo del sujeto los niveles de un grupo de productos génicos miR que consiste en, miR-223, miR-21, miR-103-2, miR-136, miR-125b-2, miR-103-1, miR-222, miR-212 prec, miR-125b-1, miR-100, miR-92-1, miR-96, miR-192, miR-23a, miR-215, miR-7-2, miR-138-2, miR-99b, miR-33b, miR-218-2, miR-92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR-214, miR-107, miR-24-1 y miR-24-2 en donde una alteración en los niveles del grupo de productos génicos miR en la muestra de tejido de estómago en relación con los niveles de los productos génicos miR correspondientes en una muestra de control, es indicativa de que el sujeto tiene cáncer de estómago.

2. Un método para diagnosticar si un sujeto tiene cáncer de estómago de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la medición de los niveles del grupo de productos génicos miR comprende:

i) un aumento en los niveles de los productos génicos miR-223, miR-21, miR-103-2, miR-125b-2, miR-103-1, miR-222, miR-125b-1, miR-100, miR-92-1, miR-192, miR-23a, miR-215, miR-7-2, miR-99b, miR-92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR-214, miR-107, miR-24-I and miR-24-2 en la muestra de ensayo, en relación con los niveles del producto o productos génicos correspondientes, y ii) una disminución en los niveles de los productos génicos miR-218-2, miR-136, miR-212 prec, miR-96, miR-1382 y miR-33b en la muestra de ensayo, en relación con el producto o productos génicos correspondientes.

3. Un método para diagnosticar si un sujeto tiene cáncer de estómago de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la medición de los niveles del grupo de productos génicos miR comprende:

(1) transcribir de forma inversa:

miR-223, miR-21, miR-103-2, miR-136, miR-125b-2, miR-103-1, miR-222, miR-212 prec, miR-125b-1, miR100, miR-92-1, miR-96, miR-192, miR-23a, miR-215, miR-7-2, miR-138-2, miR-99b, miR-33b, miR-218-2, miR92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR-214, miR-107, miR-24-1 y miR-24-2 provenientes de una muestra de ensayo obtenida del sujeto para proporcionar oligodesoxinucleótidos diana de miR-223, miR-21, miR-103-2, miR136, miR-125b-2, miR-103-1, miR-222, miR-212 prec, miR-125b-1, miR-100, miR-92-1, miR-96, miR-192, miR23a, miR-215, miR-7-2, miR-138-2, miR-99b, miR-33b, miR-218-2, miR-92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR214, miR-107, miR-24-1 y miR-24-2; e

(2) hibridar:

los oligodesoxinucleótidos diana de ARN miR-223, miR-21, miR-103-2, miR-136, miR-125b-2, miR-103-1, miR222, miR-212 prec, miR-125b-1, miR-100, miR-92-1, miR-96, miR-192, miR-23a, miR-215, miR-7-2, miR-138-2, miR-99b, miR-33b, miR-218-2, miR-92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR-214, miR-107, miR-24-1 y miR-24-2 con una microserie que comprende oligonucleotidos sonda específicos de miRNA que incluye oligonucleotidos sonda específicos de miR-223, miR-21, miR-103-2, miR-136, miR-125b-2, miR-103-1, miR-222, miR-212 prec, miR-125b-1, miR-100, miR-92-1, miR-96, miR-192, miR-23a, miR-215, miR-7-2, miR-138-2, miR-99b, miR-33b, miR-218-2, miR-92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR-214, miR-107, miR-24-1 y miR-24-2 para proporcionar un perfil de hibridación para la muestra de ensayo; y en donde la determinación de una alteración de los niveles de los productos génicos miR-223, miR-21, miR103-2, miR-136, miR-125b-2, miR-103-1, miR-222, miR-212 prec, miR-125b-1, miR-100, miR-92-1, miR-96, miR-192, miR-23a, miR-215, miR-7-2, miR-138-2, miR-99b, miR-33b, miR-218-2, miR-92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR-214, miR-107; miR-24-1 y miR-24-2 en la muestra de ensayo, en relación con los niveles de los productos génicos miR-223, miR-21, miR-103-2, miR-136, miR-125b-2, miR-103-1, miR-222, miR-212 prec, miR-125b-1, miR-100, miR-92-1, miR-96, miR-192, miR-23a, miR-215, miR-7-2, miR-138-2, miR-99b, miR-33b, miR-218-2, miR-92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR-214, miR-107, miR-24-1 y miR-24-2 en una muestra de control comprende:

(3) comparar:

el perfil de hibridación de la muestra de ensayo con un perfil de hibridación generado a partir de una muestra de control, en donde una alteración en los niveles de los productos génicos miR-223, miR-21, miR-103-2, miR136, miR-125b-2, miR-103-1, miR-222, miR-212 prec, miR-125b-1, miR-100, miR-92-1, miR-96, miR-192, miR23a, miR-215, miR-7-2, miR-138-2, miR-99b, miR-33b, miR-218-2, miR-92-2, miR-25, miR-191, miR-221, miR214, miR-107, miR-24-1 y miR-24-2 es indicativa de que el sujeto tiene cáncer de estómago.

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