Relaciones de expresión génica en orina para la detección del cáncer.

Un método para determinar la presencia de un cáncer de vejiga en un sujeto,

comprendiendo el método:

(a) proporcionar una muestra de orina del sujeto;

(b) detectar el nivel de expresión de al menos dos marcadores tumorales (MT) en dicha muestra de orina, en donde al menos un MT es un MT sub-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 3 y 4 y al menos un MT es un MT sobre-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 11 o Figura 12;

(c) determinar la relación de expresión entre dicho al menos un MT sub-expresado y dicho al menos un MT sobre-expresado; y

(d) establecer si el paciente tiene cáncer según un umbral predeterminado, en donde el umbral predeterminado se establece determinando la relación de expresión de dichos MT de sujetos con o sin cáncer de vejiga.

Relaciones de expresión génica en orina para la detección del cáncer.

Campo técnico

Esta invención se refiere al uso de marcadores para la detección de cáncer de vejiga. Más específicamente, esta invención se refiere al uso de un marcador sub-expresado en combinación con al menos un marcador distinto para la detección de cáncer de vejiga.

Antecedentes

La supervivencia de pacientes de cáncer se aumenta mucho cuando el cáncer se trata de forma temprana. En el caso de cáncer de vejiga, los pacientes diagnosticados con enfermedad en etapa temprana tiene tasas de supervivencia de 5 años de >9%, comparado a aproximadamente 15-3% para pacientes diagnosticados con enfermedad avanzada. Por lo tanto, los desarrollos que llevan a diagnóstico temprano de cáncer de vejiga pueden llevar a un pronóstico mejorado para los pacientes. El método establecido para detectar cáncer de vejiga usando muestras de orina es citología. Sin embargo, la citología se conoce por ser solo aproximadamente 75% de sensible para detectar cáncer de vejiga invasivo y solo aproximadamente 25% de sensible para detectar el cáncer de vejiga superficial (Lotan y Roehrborn, Urology61, 19-118 (23)).

La identificación de marcadores específicos para cáncer en orina puede proporcionar una aproximación valiosa para el diagnóstico temprano de cáncer, llevando a tratamiento temprano y pronóstico mejorado. Los marcadores de cáncer específicos proporcionan también un medio para monitorizar la progresión de la enfermedad, permitiendo monitorizar la eficacia de tratamientos quirúrgico, radioterapéutico y quimioterapéutico.

En el presente, el método más fiable para detectar cáncer de vejiga es cistoscopia acompañada por histología de lesiones biopsiadas. Sin embargo, esta técnica es consumidora de tiempo, invasiva y su sensibilidad es solo aproximadamente 9%, que significa que aproximadamente el 1 por ciento de cánceres no se detectan usando estos métodos. De las metodologías no invasivas, la citología de orina, que detecta microscópicamente células malignas exfoliadas, es el método habitual preferido. Aunque la citología tiene una especificidad de aproximadamente 95%, tiene pobre sensibilidad (9-25%) para lesiones de grado bajo, es extremadamente dependiente de la calidad de la muestra y sufre de alta variabilidad ¡nter-observador.

Se conocen varios marcadores de proteína en orina. Los ensayos para estos marcadores ofrecen mejor sensibilidad que la citología, aunque tienden a sufrir de especificidad sub-óptima porque niveles elevados de estos marcadores se observan también de forma normal en pacientes con enfermedades no malignas que incluyen inflamación, urolitiasis e hiperplasia prostática benigna. Por ejemplo, NMP22, que detecta una proteína de matriz nuclear específica, tiene una sensibilidad de 47-87% y una especificidad de 58-91%. El documento WO 26/12522 describe marcadores que se sobre-expresan en la orina de pacientes de cáncer de vejiga e incluyen TP2A, HOXA13, MDK, BIRC5, IGFBP5 y cdc2.

Una desventaja asociada con el ensayo de orina es que los niveles de marcador individual pueden variar significativamente con: (i) métodos diferentes de recogida de orina (cateterizada, evacuada, gránulos de orina); (ii) la cadencia diurna de muestreo de orina; (iii) el punto de muestreo durante la evacuación (por ejemplo, corriente media frente a muestra final); y (iv) concentración de orina asociada con la entrada de fluido variable, función de riñón o enfermedades que afectan el volumen de plasma. Estas variaciones tienen el potencial de llevar a ensayos falso positivos y falso negativos. Aunque alguna de esta variación puede reducirse usando procedimientos de operación estándar estrictos, la conformidad de paciente con estos procedimientos puede ser poco fiable. El efecto de concentración de orina variable puede, en algunos ejemplos, tenerse en cuenta evaluando los niveles del marcador respecto a creatinina urinaria, sin embargo, esto aumenta el coste y la complejidad del ensayo, particularmente cuando los métodos de preparación o almacenaje de la muestra difieren para la detección del marcador y la medida de creatinina.

Hay una necesidad de herramientas sencillas para la detección temprana y diagnóstico de cáncer. Se describen en esta memoria métodos, dispositivos y equipos adicionales basados en marcadores, específicamente análisis de relaciones, regresión o clasificación de marcadores de cáncer de vejiga, para ayudar en la detección y diagnóstico de cáncer de vejiga.

Compendio de la invención

La presente invención proporciona un método para determinar la presencia de un cáncer de vejiga en un sujeto, comprendiendo el método:

(a) proporcionar una muestra de orina del sujeto;

(b) detectar el nivel de expresión de al menos dos marcadores tumorales (MT) en dicha muestra de orina, en donde al menos un MT es un MT sub-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 3 o 4 y al menos un MT es un MT sobre-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 11o Figura 12;

(c) determinar la relación de expresión entre dicho al menos una MT sub-expresada y dicho al menos un MT sobreexpresado; y

(d) establecer si el paciente tiene cáncer según un umbral predeterminado, en donde el umbral predeterminado se establece determinando la relación de expresión de dichos MT de sujetos con o sin cáncer de vejiga.

En las realizaciones de la presente Invención la etapa de detección se lleva a cabo detectando la sobre expresión de ARNm de MTV, una proteína de MTV o un péptido de MTV.

La invención proporciona adlclonalmente un equipo para determinar la presencia de un cáncer de vejiga de una muestra de orina de un sujeto, consistiendo el equipo de:

Un sustrato, oligonucleótidos o anticuerpos seleccionados de:

(i) un oligonucleótido o anticuerpo específico para un MT sub-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 3 o 4 y un oligonucleótido o anticuerpo específico para un MT sobre-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 11 o 12;

(ii) oligonucleótidos o anticuerpos específicos para todos los MT sub-expresados seleccionados de los grupo delineados en la Figura 3 o 4 y todos los MT sobre-expresados seleccionados del grupo delineado en la Figura 11o 12; o

(iii) oligonucleótidos o anticuerpos específicos para los MT sobre-expresados CDC2, MDK, FIOXA13 y IGFBP5, y los MT sub-expresados LTB4DFI y BAG1; e

instrucciones para el uso.

La invención proporciona adicionalmente el uso de uno o más oligonucleótidos específicos para al menos un MT sub-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 3 o 4 y uno o más oligonucleótidos específicos para al menos un MT sobre-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 11 o 12,

para determinar la presencia de cáncer de vejiga en una muestra de orina de un sujeto,

en donde se determina la relación de expresión entre dicho al menos un MT sub-expresado y dicho al menos un MT sobre-expresado, y en donde si dicho sujeto tiene cáncer se establece según un umbral predeterminado establecido determinando la relación de expresión de dichos MT de sujetos con y sin cáncer de vejiga.

La invención también proporciona el uso de uno o más anticuerpos específicos para al menos un MT sub-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 3 o 4 y uno o más anticuerpos específicos para al menos un MT sobre-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 11 o 12,

para determinar la presencia de cáncer de vejiga en una muestra de orina de un sujeto,

en donde se determina la relación de expresión entre dicho al menos un MT sub-expresado y dicho al menos un MT sobre-expresado, y en donde si dicho sujeto tiene cáncer se establece según un umbral predeterminado establecido determinando la relación de expresión de dichos MT procedentes de sujetos con y sin cáncer de vejiga.

Breve descripción de las figuras

Esta invención se describe con referencia a realizaciones específicas de las mismas y con referencia a las Figuras, en que:

La Figura 1 representa una tabla que muestra las características de muestras de orina usadas en los análisis qPCR.

La Figura 2 representa una tabla de cebadores y sondas de oligonucleótidos de marcadores para análisis qPCR de cáncer de vejiga según la presente invención.

La Figura 3 representa una tabla de marcadores de tumor de vejiga de sub-expresión identificados usando métodos de micromatriz en muestras de cáncer de vejiga.

La Figura 4 representa una tabla de marcadores de tumor de vejiga de sub-expresión identificados usando métodos de micromatriz en muestras de cáncer de vejiga... [Seguir leyendo]

1. Un método para determinar la presencia de un cáncer de vejiga en un sujeto, comprendiendo el método:

(a) proporcionar una muestra de orina del sujeto;

(b) detectar el nivel de expresión de al menos dos marcadores tumorales (MT) en dicha muestra de orina, en donde al menos un MT es un MT sub-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 3 y 4 y al menos un MT es un MT sobre-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 11 o Figura 12;

(c) determinar la relación de expresión entre dicho al menos un MT sub-expresado y dicho al menos un MT sobre-expresado; y (d) establecer si el paciente tiene cáncer según un umbral predeterminado, en donde el umbral predeterminado se establece determinando la relación de expresión de dichos MT de sujetos con o sin cáncer de vejiga.

2. El método según la reivindicación 1 en donde el MT sobre-expresado es CDC2, MDK, HOXA13 o IGFBP5.

3. El método según la reivindicación 1 en donde el MT sub-expresado es LTB4DH o BAG1.

4. El método según la reivindicación 1, en donde dicha etapa de detección se realiza detectando la expresión de: ARNm de MT, una proteína de MT o un péptido de MT.

5. Un kit para determinar la presencia de un cáncer de vejiga a partir de una muestra de orina de un sujeto, consistiendo el kit en:

un sustrato, oligonucleótidos o anticuerpos seleccionados de:

(i) un oligonucleótido o anticuerpo específico para un MT sub-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 3 o 4 y un oligonucleótido o anticuerpo específico para un MT sobre-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 11 o 12;

(ii) oligonucleótidos o anticuerpos específicos para todos los MT sub-expresados seleccionados de los grupos delineados en la Figura 3 o 4 y de todos los MT sobre-expresados seleccionados del grupo delineado en la Figura 11 o 12; o (iii) oligonucleótidos o anticuerpos específicos para los MT sobre-expresados CDC2, MDK, HOXA13 y IGFBP5, y los MT sub-expresados LTB4DH y BAG1; e Instrucciones para su uso.

6. El kit según la reivindicación 5 (i) en donde el MT sobre-expresado es CDC2, MDK, HOXA13 o IGFBP5, y el MT sub-expresado es LTB4DH o BAG1.

7. El uso de uno o más oligonucleótidos específicos para al menos un MT sub-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 3 o 4 y uno o más oligonucleótidos específicos para al menos un MT sobre-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 11 o 12, para determinar la presencia de cáncer de vejiga en una muestra de orina de un sujeto, en donde la relación de expresión entre dicho al menos un MT sub-expresado y dicho al menos un MT sobre-expresado se determina, y en donde si dicho sujeto tiene cáncer se establece según un umbral predeterminado establecido determinando la relación de expresión de dichos MT de sujetos con y sin cáncer de vejiga.

8. El uso de uno o más anticuerpos específicos para al menos un MT sub-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 3 o 4 y uno o más anticuerpos específicos para al menos un MT sobre-expresado seleccionado del grupo delineado en la Figura 11 o 12, para determinar la presencia de cáncer de vejiga en una muestra de orina de un sujeto, en donde la relación de expresión entre dicho al menos un MT sub-expresado y dicho al menos un MT sobre-expresado se determina, y en donde si dicho sujeto tiene cáncer se establece según un umbral predeterminado establecido determinando la relación de expresión de dichos MT de sujetos con o sin cáncer de vejiga.