PRONÓSTICO DE RESPUESTA AL TRATAMIENTO CON ANTI-TNFALFA EN PACIENTES DE ARTRITIS REUMATOIDE.

La presente invención se refiere al uso del SNP rs3794271, y/o un SNP que se encuentre en desequilibrio total de ligamiento con el mismo,

como marcador en la predicción de la respuesta al tratamiento con anti-TNF en un paciente con AR. La invención también se refiere a métodos para predecir la respuesta al tratamiento con anti-TNF, así como para decidir o recomendar un tratamiento para un paciente con AR basados en la determinación del genotipo para el rs3794271 y/o un SNP que se encuentre en desequilibrio total de ligamiento con el mismo.

Pronóstico de respuesta al tratamiento con anti-TNFalfa en pacientes de artritis reumatoide La presente invención está relacionada con el campo de la reumatología, más concretamente con la respuesta de los pacientes que sufren de artritis reumatoide al tratamiento con inhibidores del factor de necrosis tumoral alfa.

ESTADO DE LA TÉCNICA

La artritis reumatoide (de ahora en adelante, AR) es una enfermedad sistémica autoinmune, caracterizada por provocar inflamación crónica principalmente de las articulaciones, y que produce destrucción progresiva con distintos grados de 15 deformidad e incapacidad funcional. En ocasiones, su comportamiento es extraarticular pudiendo afectar a diversos órganos y sistemas, como los ojos, pulmones y pleura, corazón y pericardio, piel o vasos sanguíneos. Aunque el trastorno es de causa desconocida, la autoinmunidad juega un papel primordial en que sea una enfermedad crónica y en la forma en la que progresa la enfermedad. La AR puede llegar a ser una enfermedad muy dolorosa e incapacitante.

Aproximadamente el 1% de la población mundial está afectada por la AR, siendo las mujeres tres veces más propensas a la enfermedad que los hombres. Aunque puede aparecer a cualquier edad, la aparición de la enfermedad suele ocurrir entre los 40 y

50 años de edad.

Los inhibidores de factor de necrosis tumoral alfa (de ahora en adelante anti-TNFalfa) , tales como etanercept, adalimumab, infliximab, se están utilizando con buenos resultados en el tratamiento de pacientes con AR. Estos fármacos detienen la progresión del proceso inflamatorio que perpetua la enfermedad, lo cual reduce la actividad de la enfermedad permitiendo la ganancia sustancial de calidad de vida del paciente.

Sin embargo, entre el 20% y el 40% de los pacientes con AR no responden al 35 tratamiento con anti-TNFalfa, o bien no mantienen su respuesta positiva inicial. Estos pacientes que no responden al tratamiento con anti~TNFalfa podrían beneficiarse del tratamiento con otros fármacos como el tocilizumab, abatacept, o rituximab, cuyo mecanismo de acción difiere de los anti~TNFalfa. Es conocido que un tratamiento temprano y agresivo resulta crucial para la evolución positiva de los pacientes con AR, 5 Y es por ello que sería de gran ayuda poder predecir de antemano aquellos pacientes que no responden al tratamiento. El pronóstico temprano de respuesta al tratamiento con anti-TNFalfa permitiría descartar dichos fármacos y aplicar una terapia alternativa, con el consiguiente beneficio para el paciente en términos de efectividad del tratamiento y evitando, a su vez, los efectos secundarios asociados a los anti

TNFalfas. Desde el punto de vista económico, y dado que los tratamientos para la AR son muy costosos, la optimización de la terapia de la AR conllevaría también un ahorro significativo del gasto sanitario.

Algunos estudios previos han identificado algunos marcadores de la respuesta al

tratamiento con anti~TNFalfa. Por ejemplo, se han estudiado los polimorfismos de la región promotora del gen que codifica para la propia citoquina TNFalfa, así como polimorfismos de los genes HLA-DR (complejo de compatibilidad mayor, clase 11, OR) , FCGR3 (receptor Fe gamma 111) y fL1 RN (antagonista de receptor de interleuquina 1) . Pero los resultados obtenidos en cuanto a la capacidad de predicción de dichos polimorfismos son contradictorios. Recientemente algunos estudios de asociación de genoma completo (GWAS) han identificado asociaciones de ciertos pOlimorfismos genéticos con la respuesta al tratamiento con anti~TNFalfa (Liu e, et al, "Genome~wide association sean identifies candidate polymorphisms associated with differential respon se to anti~TNF treatment in rheumatoid arthritis", Mol Med, 2008 , vol. 14, pp.

575-81 ; Plant D et al, "Genome-wide association study of genetic predictors of antitumor necrosis factor treatment efficacy in rheumatoid arthritis identifies associations with polymorphisms at seven loci", Arthritis Rheum, 2011 , vol. 63, pp. 645~53; Krintel S8, et al, "Investigation of single nucleotide polymorphisms and biological pathways associated with response to TNFalpha inhibitors in patients with rheumatoid arthritis",

Pharmacogenet Genomics, vol. 22, pp. 577-89) . Sin embargo, ninguno de los polimorfismos encontrados ha demostrado una capacidad predictiva lo suficientemente fiable . En definitiva, hasta el momento no se conocen marcadores que posean la fiabilidad y robustez suficientes para que resulten de utilidad en la práctica clínica.

Por lo tanto, es deseable proporcionar marcadores de predicción de la respuesta al

tratamiento con anti-TNFalfa que puedan ser usados en la práctica clínica y permitan identificar con elevada fiabilidad aquellos pacientes con respuesta negativa a los fármacos anti-TNFalfa.

EXPLICACiÓN DE LA INVENCiÓN

Los inventores han encontrado que el pOlimorfismo de nucleótido simple (de ahora en adelante, SNP) rs3794271 posee una muy elevada capacidad de predicción de respuesta al tratamiento con anti-TNFalfa en pacientes con AR. Sorprendentemente, 10 las investigaciones llevadas a cabo por los inventores demuestran que la asociación de dicho SNP con una respuesta al tratamiento con anti-TNFalfa es significativa a nivel de genoma completo. Todos estos experimentos quedan plasmados en la sección experimental de la presente memoria. En base a estos resultados, se puede concluir que el SNP rs3794271 constituye un marcador muy potente para predecir la respuesta al tratamiento de la AR con estos fármacos.

Así, un aspecto de la invención se refiere al uso del SNP rs3794271 como marcador en la predicción de la respuesta al tratamiento con anti-TNFalfa en un paciente con AR. 20

Los ejemplos más abajo demuestran que el SNP rs3794271 predice la respuesta al tratamiento de forma más precisa cuando el anti-TNFalfa es infliximab y etanercept. Por lo tanto, en una realización particular, la invención se refiere al uso del SNP rs3794271 como marcador en la predicción de la respuesta al tratamiento con infliximab y etanercept en un paciente con AR

A diferencia de otros marcadores descritos en el estado de la técnica, el rs3794271 ha demostrado proporcionar una capacidad predictiva lo suficientemente elevada como para poder ser utilizado como una herramienta de toma de decisiones en la práctica clínica, proporcionando una información muy valiosa a la hora de optimizar el tratamiento farmacológico para el paciente con AR.

El término "polimorfismo de nucleótido simple", también denominado "polimorfismo de un solo nucleótido" (o "SNP" por sus siglas en inglés) , se entiende como una variación 35 en la secuencia de ADN que afecta a una sola base (adenina (A) , timina (T) , citosina (C) O guanina (G" de una secuencia del genoma. En ocasiones, sin embargo, en el estado de la técnica se considera que cambios de unos pocos nucleótidos, así como pequeñas inserciones y deleciones (indels) , también pueden ser consideradas como SNP. Si la SNP se da con una frecuencia superior al 1% en la población general se considera una variante común mientras que si la frecuencia es inferior al 1% se considera una variante rara. En la presente invención, los términos "SNP" y "polimorfismo de nucleótido simple" se utilizan indistintamente e incluyen tanto los polimorfismos de un solo nucleótido como los que implican cambios en unos pocos nucleótidos, pequeñas deleciones o inserciones.

El SNP rs3794271 se encuentra situado en el cuarto intrón del gen SLC01C1 en el cromosoma humano 12p12.2 (Secuencia de referencia NCBI del cromosoma: NC_000012.11 , fecha de publicación 31 de agosto de 2012) y define una variabilidad genética en la posición 20860093 de dicho cromosoma (según el ensamblado del

genoma humano GRCh37/hg19, febrero 2009) .

Dado que los seres humanos son diploides (es decir, que poseen dos juegos de cromosomas autosómicos en cada célula) , un determinado polimorfismo está presente en los dos cromosomas, materno y paterno. Cada SNP tiene dos secuencias de una 20 base alternativas llamadas "alelos". En relación con el SNP rs3794271 esto quiere decir que un individuo puede presentar la forma pOlimórfica G en los dos cromosomas, es decir, puede presentar dos alelas G para este SNP (individuo homocigoto G para ese SNP, o GG) . Alternativamente el individuo podría presentar la forma alternativa A en los dos cromosomas en la posición del SNP, es decir, dos alelas A para el SNP

(individuo homocigoto A, o AA) , o bien puede tener un alelo de cada tipo (individuo heterocigoto, GA o AG) .

Los inventores han encontrado que, en pacientes con AR, la presencia de G en la posición del SNP rs3794271 es indicativo de una mala respuesta al tratamiento con... [Seguir leyendo]

1. Método in vitro para predecir la respuesta de un paciente con artritis reumatoide (AR) al tratamiento con un inhibidor de factor de necrosis tumoral

alfa (anti-TNFalfa) seleccionado de entre infliximab o etanercept que comprende determinar, a partir de una muestra aislada del paciente, el genotipo para el polimorfismo de nucleótido simple (SNP) rs3794271 , y/o al menos un SNP que se encuentre en desequilibrio de ligamiento con el mismo, donde i. La presencia de al menos un alelo G para el SNP rs3794271 es indicativo de mala respuesta al tratamiento mientras que la presencia de dos alelos distintos de G para el SNP rs3794271 es indicativo de buena respuesta al tratamiento, y/o ii. La presencia de al menos un alelo correlacionado con el alelo G del

rs3794271 para el SNP en desequilibrio de ligamiento es indicativo de mala respuesta al tratamiento mientras que la presencia de dos alelos no correlacionados con el alelo G del rs3794271 para el SNP en desequilibrio de ligamiento es indicativo de buena respuesta al tratamiento.

2. Método según la reivindicación 1, donde la presencia de dos alelos G para el SNP rs3794271 es indicativo de predisposición a una mala respuesta al tratamiento.

3. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-2, donde el genotipo se determina para el SNP rs3794271.

4. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-3, donde la muestra aislada se selecciona del grupo que comprende plasma, sangre, suero y saliva. 30

5. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-4, donde la determinación del genotipo se lleva a cabo mediante una técnica de análisis de ADN seleccionada del grupo que consiste en secuenciación, hibridación, Polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) , Amplificación aleatoria de ADN polimórfico (RAPD) , reacción en cadena de la polimerasa (PCR) O Polimorfismos en la longitud de fragmentos amplificados (AFLPD) , y combinaciones de las mismas.

6. Método para decidir o recomendar un tratamiento para un paciente con AR que comprende determinar el genotipo para el SNP rs3794271 , y/o un SNP que se encuentre en desequilibrio de ligamiento con el mismo, según se define en las reivindicaciones 1-5, donde si el paciente tiene predisposición a una mala respuesta al tratamiento se recomienda una terapia que excluya infliximab y etanercept.

7. Método para decidir o recomendar un tratamiento para un paciente con AR que comprende determinar el genotipo para el SNP rs3794271 , y/o un SNP que se encuentre en desequilibrio de ligamiento con el mismo, según se define en las reivindicaciones 1-5, donde si el paciente tiene predisposición a una buena respuesta al tratamiento se recomienda una terapia que incluya infliximab o etanercept.

8. Método según la reivindicación 6, donde se determina el genotipo para el SNP rs3794271 , según se define en las reivindicaciones 3-5 y si el paciente presenta al menos un alelo G se recomienda una terapia que excluya infliximab y etanercept.

9. Método según la reivindicación 6, donde se determina el genotipo para el SNP rs3794271 según se define en las reivindicaciones 3-5 y si el paciente presenta dos alelos distintos de G se recomienda una terapia que incluya infliximab o etanercept.

10. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 4, 5, 6 Y 7, donde el SNP

en desequilibrio de ligamiento se encuentra situado en el locus de 30 predisposición a mala respuesta al tratamiento definido por la SEC ID NO: 1.

. Método según la reivindicación 10, donde el SNP en desequilibrio de ligamiento se selecciona del grupo que consiste en rs10841585, rs10841586, rs4451779, rs10743388, rs10770689, rs6487129, rs10770691 , rs11045376, rs11045378,

rs10770695, rs12301364, rs10641593, rs151131008, rs11045385, rs10770701, rs954866, rs3809209, rs7305718, rs74406912, rs11045390, rs11045392,

, s2203493. , s137927950. , s2417861 . , s3751218. , s959346. , s10770702. rs10743389. , s10770704. , s71939085. 's1 0743390. , s11392906. , s201855778. rs10770705. , s10770706. , s78690605. , s10505868. , s1473993. rs3838816 y 's1 0770707.

12. Método según la reivindicación 11, donde el SNP en desequilibrio de ligamiento se selecciona del grupo que consiste en rs10770707, rs1473993, rs10770704,

, s10770702. , s959346. , s3751218. , s11045392. , s11045390. , s74406912. , s10770701 y, s954866. 10

13. Uso del SNP rs3794271 , y/o un SNP que se encuentre en desequilibrio de ligamiento con el mismo, como marcador en la predicción de la respuesta al tratamiento con un anti-TNFalfa seleccionado entre infliximab y etanercept en un paciente con AR.

14. Uso según la reivindicación 13, donde el SNP en desequilibrio de ligamiento se encuentra situado en ellocus de predisposición a mala respuesta al tratamiento

definido po, la SEC ID NO: 1.

15. Uso según la reivindicación 14, donde el SNP en desequilibrio de ligamiento se selecciona del g'upo que consiste en , s10841585. '510841586. , s4451779. rs10743388. , s10770689. rs8487129. , s10770691. , s11045376. rs11045378. rs10770695. , s12301384. , s10841593. , s151131008. , s11045385. , s10770701. rs954866. rs3809209. rs 7305718. rs 7 4406912. 's11045390. 's11045392.

rs2203493. , s137927950. rs2417861 . , s3751218. , s959346. , s10770702. rs10743389. , s10770704. , s71939085. , s10743390. , s11392906. , s201855778. , s10770705. , s10770706. , s78690605. , s10505868. , s1473993. 's3838816 y 's10770707.

16. Uso según la reivindicación 15, donde el SNP en desequilibrio de ligamiento se selecciona del grupo que consiste en rs10770707, rs1473993, rs10770704, , s10770702. , s959346. , s3751218. , s11045392. , s11045390. , s74406912. 's10770701 y, s954866.

17. Uso según la reivindicación 13, donde el marcador es el SNP rs3794271.

18. Kit para predecir la respuesta al tratamiento con un anti-TNFalfa seleccionado de entre infliximab o etanercept en un paciente con artritis reumatoide que comprende medios para determinar el genotipo para el SNP rs3794271 , y/o al menos un SNP que se encuentre en desequilibrio de ligamiento con el mismo,

e instrucciones para llevar a cabo dicha determinación y para la interpretación de los resultados, donde dichas instrucciones para la interpretación de resultados indican que la presencia de al menos un alelo G para el SNP rs3794271 y/o la presencia de al menos un alelo correlacionado con el alelo G del rs3794271 para el SNP en desequilibrio de ligamiento es indicativo de mala 10 respuesta al tratamiento mientras que la presencia de dos alelos distintos de G para el SNP rs3794271 y/o la presencia de dos alelos no correlacionados con el alelo G del rs3794271 para el SNP en desequilibrio de ligamiento es indicativo de buena respuesta al tratamiento.

19. Kit según la reivindicación 18, donde el SNP en desequilibrio de ligamiento se encuentra situado en el locus de predisposición a mala respuesta al tratamiento definido por la SEC ID NO: 1.

20. Kit según la reivindicación 19, donde el SNP en desequilibrio de ligamiento se 20 5elecciona del grupo que con5i5te en r510841585, rs10841586, r54451779, rs10743388, r510770689, r56487129, r510770691 , r511045376, r511045378, r510770695, r512301364, r510841593, r5151131008, r511045385, r510770701 , r5954866, r53809209, r57305718, r574406912, r511045390, r511045392, r52203493, r5137927950, r52417861, r53751218, r5959346, r510770702,

r510743389, r510770704, r571939085, r510743390, r511392906, r5201855778, rs10770705, r510770706, r578690605, r510505868, r51473993, rs3838816 y r51 0770707.

. Kit según la reivindicación 20, donde el SNP en desequilibrio de ligamiento se 5elecciona del grupo que con5i5te en rs10770707, r51473993, r510770704, rs10770702, r5959346, r53751218, rs11045392, r511045390, r574406912, rs10770701 y r5954866.

22. Kit según la reivindicación 18 donde los medios son para determinar el 35 genotipo para el SNP rs3794271 y las instrucciones indican que la presencia de al menos un alelo G para el SNP rs3794271 es indicativo de mala respuesta al tratamiento, mientras que la presencia de dos alelos distintos de G para el SNP rs3794271 es indicativo de buena respuesta al tratamiento.