Detección de neoplasia a partir de una muestra de heces.
Un procedimiento de detección de cáncer en un mamífero, comprendiendo dicho procedimiento determinar si una muestra de heces de dicho mamífero comprende o no un valor de mutación elevado de K-ras,
un estado de metilación elevado de BMP3, y un nivel elevado de ADN humano en comparación con un control normal, en el que la presencia de dicho valor de mutación elevado de K-ras, dicho estado de metilación elevado de BMP3, y dicho nivel elevado de ADN humano indica que dicho mamífero tiene cáncer colorrectal.
Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E11189541.
Solicitante: MAYO FOUNDATION FOR MEDICAL EDUCATION AND RESEARCH.
Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.
Dirección: 200 FIRST STREET S.W. ROCHESTER, MN 55905 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.
Inventor/es: TAYLOR,WILLIAM R, HARRINGTON,JONATHAN J, QUINT,PATRICK S, HONGZHI,ZOU, BERGEN,HAROLD R. III, SMITH,DAVID I.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12Q1/68 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
- G01N33/574 FISICA. › G01 METROLOGIA; ENSAYOS. › G01N INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION DE SUS PROPIEDADES QUIMICAS O FISICAS (procedimientos de medida, de investigación o de análisis diferentes de los ensayos inmunológicos, en los que intervienen enzimas o microorganismos C12M, C12Q). › G01N 33/00 Investigación o análisis de materiales por métodos específicos no cubiertos por los grupos G01N 1/00 - G01N 31/00. › para el cáncer.
- G01N33/68 G01N 33/00 […] › en los que intervienen proteínas, péptidos o aminoácidos.
PDF original: ES-2522542_T3.pdf
Fragmento de la descripción:
Detección de neoplasia a partir de una muestra de heces Antecedentes 1. Campo técnico Este documento se refiere a procedimientos y materiales implicados en la detección de neoplasias premalignas y malignas (por ejemplo, cáncer colorrectal y pancreático) .
2. Información sobre antecedente Aproximadamente la mitad de todas las muertes por cáncer en los Estados Unidos resulta de cáncer del tracto aerodigestivo. Por ejemplo, de las muertes anuales estimadas por cáncer, aproximadamente el 25 por ciento resultan de cáncer de pulmón; aproximadamente el 10 por ciento resultan de cáncer colorrectal; aproximadamente el 6 por ciento resultan de cáncer de páncreas; aproximadamente el 3 por ciento resultan de cáncer de estómago; y aproximadamente el 3 por ciento resultan de cáncer de esófago. Además, más del 7 por ciento de las muertes anuales por cáncer resultan de otros cánceres del tracto aerodigestivo, tales como cánceres naso-oro-faríngeo, del conducto biliar, de vesícula biliar, e intestino delgado.
Sumario El presente documento se refiere a procedimientos y materiales para detectar neoplasias premalignas y malignas (por ejemplo, cáncer colorrectal y pancreático) . Por ejemplo, el presente documento proporciona procedimientos y materiales que pueden usarse para determinar si una muestra (por ejemplo, una muestra de heces) de un mamífero contiene un marcador para una neoplasia premaligna y maligna, tal como un marcador de una neoplasia colónica o supracolónica del tracto aerodigestivo localizada en el mamífero. La detección de dicho marcador en una muestra de un mamífero puede permitir a un médico diagnosticar cáncer en una fase temprana. Además, el análisis de una muestra tal como una muestra de heces puede ser mucho menos invasivo que otros tipos de técnicas de diagnóstico tales como endoscopia.
El presente documento se basa, en parte, en el descubrimiento de que marcadores particulares de ácido nucleico, marcadores polipeptídicos, y combinaciones de marcadores presentes en una muestra biológica (por ejemplo, una muestra de heces) que puede usarse para detectar una neoplasia localizada, por ejemplo, en el intestino delgado de un mamífero, la vesícula biliar, el conducto biliar, el páncreas, el hígado, el estómago, el esófago, el pulmón, o las vías respiratorias naso-oro-faríngeas. Por ejemplo, como se describe en el presente documento, pueden analizarse las deposiciones para identificar mamíferos que tienen cáncer. Una vez se ha determinado que un mamífero particular tiene heces que contienen un marcador o conjunto de marcadores específicos de neoplasia, pueden usarse técnicas adicionales de exploración para cáncer para identificar la localización y naturaleza de la neoplasia. Por ejemplo, puede analizarse una muestra de heces para determinar que el paciente tiene una neoplasia, mientras que pueden usarse técnicas de imágenes por resonancia magnética (MRI) , análisis endoscópico, y biopsia tisular para identificar la localización y naturaleza de la neoplasia. En algunos casos, puede usarse una combinación de marcadores para identificar la localización y naturaleza de la neoplasia sin técnicas adicionales de exploración para cáncer tales como técnicas de MRI, análisis endoscópico, y biopsia tisular.
En general, un aspecto del presente documento presenta un procedimiento para detectar cáncer pancreático en un mamífero. El procedimiento comprende, o consiste esencialmente en determinar la proporción de un polipéptido elastasa 3A a un polipéptido pancreático alfa-amilasa presente dentro de una muestra de heces. La presencia de una proporción mayor de aproximadamente 0, 5 indica que el mamífero tiene cáncer pancreático. La presencia de una proporción menor de aproximadamente 0, 5 indica que el mamífero no tiene cáncer pancreático.
En otro aspecto, el presente documento presenta un procedimiento para detectar cáncer pancreático en un mamífero. El procedimiento comprende o consiste esencialmente en determinar el nivel de un polipéptido elastasa 3A en una muestra de heces del mamífero. La presencia de un nivel aumentado de un polipéptido elastasa 3A, en comparación con un nivel de control normal, es indicativa de cáncer pancreático en el mamífero.
En otro aspecto, el presente documento presenta un procedimiento para detectar cáncer pancreático en un mamífero. El procedimiento comprende, o consiste esencialmente en determinar el nivel de un polipéptido carboxipeptidasa B en una muestra de heces del mamífero. Un aumento en el nivel de un polipéptido carboxipeptidasa B, en comparación con un nivel de control normal, es indicativo de cáncer pancreático en el mamífero.
En otro aspecto, el presente documento presenta un procedimiento para detectar cáncer pancreático en un mamífero. El procedimiento comprende o consiste esencialmente en determinar si una muestra de heces del mamífero comprende o no una proporción de un polipéptido carboxipeptidasa B a un polipéptido carboxipeptidasa A2 que es mayor de aproximadamente 0, 5. La presencia de la proporción mayor de aproximadamente 0, 5 indica que el mamífero tiene cáncer pancreático.
En otro aspecto, el presente documento presenta un procedimiento para detectar cáncer o precáncer en un mamífero. El procedimiento comprende o consiste esencialmente en determinar si una muestra de heces del mamífero tiene o no un aumento en la cantidad de fragmentos de ADN menores de 200 pares de bases de longitud, en comparación con un control normal. La presencia del aumento en la cantidad de fragmentos de ADN menores de 200 pares de bases de longitud indica que el mamífero tiene cáncer o precáncer. Los fragmentos de ADN pueden ser menores de 70 pares de bases de longitud.
En otro aspecto, el presente documento presenta un procedimiento para detectar cáncer o precáncer colorrectal en un mamífero. El procedimiento comprende o consiste esencialmente en determinar si una muestra de heces del mamífero tiene o no un valor de mutación elevado de K-ras (homólogo del oncogén viral de sarcoma-2 de rata de Kirsten (v-Ki-ras2) (nº de acceso a GenBank NM_033360; gi|34485724|) ) , un estado de metilación elevado de BMP3 (proteína morfogenética ósea 3 (nº de acceso a GenBank M22491; gi|179505) ) , y un nivel elevado de ADN humano en comparación con un control normal. La presencia de un valor de mutación elevado de K-ras, un estado de metilación elevado de BMP3, y un nivel elevado de ADN humano indica que el mamífero tiene cáncer o precáncer colorrectal. El valor de mutación de K-ras puede medirse por análisis digital de curvas de fusión. El valor de mutación de K-ras puede medirse por PCR cuantitativa específica de alelo.
En otro aspecto, el presente documento presenta un procedimiento para detectar cáncer o precáncer del tracto aerodigestivo en un mamífero. El procedimiento comprende o consiste esencialmente en determinar si una muestra de heces del mamífero tiene o no un valor de mutación elevado de K-ras, un estado de metilación elevado de BMP3, y un nivel elevado de ADN humano en comparación con un control normal. La presencia del valor de mutación elevado de K-ras, el estado de metilación elevado de BMP3, y el nivel elevado de ADN humano indica que el mamífero tiene cáncer o precáncer del tracto aerodigestivo. El valor de mutación de K-ras puede medirse por análisis digital de curvas de fusión. El valor de mutación de K-ras puede medirse por PCR cuantitativa específica de alelo. El procedimiento puede comprender adicionalmente determinar si una muestra de heces del mamífero tiene o no un valor de mutación elevado de APC. El valor de mutación de APC puede medirse por análisis digital de curvas de fusión.
En otro aspecto, el presente documento presenta un procedimiento para detectar cáncer o precáncer del tracto aerodigestivo en un mamífero. El procedimiento comprende o consiste esencialmente en determinar so el mamífero tiene o no al menos una mutación en seis ácidos nucleicos seleccionados entre el grupo que consiste en los ácidos nucleicos p16, p53, k-ras, APC (supresor tumoral de adenomatosis poliposis coli (nº de acceso a GenBank N_000038; gi|1189011564) ) , SMAD4 (miembro de la familia SMAD 4 (nº de acceso a GenBank N_005359; gi|195963400) ) , EGFR (receptor del factor de crecimiento epidérmico (nº de acceso a GenBank NM_005228; gi|41327737|) ) , CTNNB1 (catenina (proteína asociada a cadherina) , beta 1 (88kD) (nº de acceso a GenBank X87838; gi|154853|) ) , y BRAF (serina/treonina-proteína quinasa del proto-oncogén B-Raf (p94) (nº de acceso a GenBank NM_004333; gi|187608632|) ) . La presencia de al menos una mutación en cada uno de los seis ácidos nucleicos indica que el mamífero tiene cáncer o precáncer del tracto aerodigestivo.... [Seguir leyendo]
Reivindicaciones:
1. Un procedimiento de detección de cáncer en un mamífero, comprendiendo dicho procedimiento determinar si una muestra de heces de dicho mamífero comprende o no un valor de mutación elevado de K-ras, un estado de metilación elevado de BMP3, y un nivel elevado de ADN humano en comparación con un control normal, en el que la presencia de dicho valor de mutación elevado de K-ras, dicho estado de metilación elevado de BMP3, y dicho nivel elevado de ADN humano indica que dicho mamífero tiene cáncer colorrectal.
2. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que dicho valor de mutación de K-ras se mide por análisis digital de curvas de fusión.
3. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que dicho K-ras está representado por la secuencia de nucleótidos 10 de la Figura 13.
4. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que dicho valor de mutación de K-ras es medido por PCR cuantitativa específica de alelo.
5. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que dicho BMP3 está representado por la secuencia de nucleótidos de la Figura 14.
6. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que dicho estado de metilación elevado de BMP3 es medido por PCR específica de metilación a tiempo real.
7. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que dicho nivel elevado de ADN humano es medido por PCR a tiempo real.
8. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que dicho ADN humano comprende una repetición Alu.
FIGURA 13
Secuencia de nucleótidos de K-ras (nº de acceso a GenBank NM_033360; gi34485724)
FIGURA 14
Secuencia de nucleótidos de BMP3 (nº de acceso a GenBank M22491; gi179505)
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