Perfiles de expresión asociados con el tratamiento con irinotecan.

Un ensayo para determinar si un paciente es un respondedor a tratamiento con irinotecan,

que comprendemedios para determinar el nivel de expresión en una célula tumoral o tejido tumoral de cada una de las proteínascodificadas por los genes seleccionados del grupo que consiste en: ERBB2, que codifica la secuencia deaminoácidos de SEQ ID Nº 23, GRB7, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 24, quinasa JNK1,que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 26, BCL2, que codifica la secuencia de aminoácidos deSEQ ID Nº 27, MK167, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 33, fosfo-Akt, que codifica lasecuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 35, CD68, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 36 yBAG1, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 37, en donde los medios para determinar losniveles de expresión comprenden al menos un anticuerpo específico para cada una de las proteínas y que tiene unmarcador detectable.

Perfiles de expresión asociados con el tratamiento con irinotecan Solicitudes relacionadas Esta solicitud reivindica la prioridad bajo el artículo 35 U.S.C. párrafo 119 (e) de la Solicitud provisional de EE.UU. Nº de Serie 60/846.298 presentada el 21 de septiembre de 2006 y la solicitud Nº de serie 60/906.438 presentada el 12 de marzo de 2007.

Antecedentes de la invención Pacientes a quienes se ha diagnosticado cáncer se enfrentan a opciones de tratamiento costosas y, a menudo, dolorosas. Estos tratamientos pueden no ser eficaces en una sub-población de pacientes y, como resultado de ello,

estos pacientes sobrellevan estos tratamientos sin beneficio pequeño alguno o sin ningún beneficio terapéutico. Algunos pacientes pueden reaccionar adversamente a determinados agentes, provocando un sufrimiento adicional y, posiblemente, la muerte.

El tratamiento ineficaz es también problemático, dado que el tiempo es una variable clave cuando se trata el

cáncer. Un proveedor de tratamiento tiene una posibilidad mucho mayor de contener y controlar la enfermedad si el cáncer es diagnosticado en una fase temprana y es tratado con un agente terapéuticamente eficaz. Un agente puede proporcionar grandes beneficios terapéuticos si se administra en una fase temprana de la enfermedad; sin embargo, con el paso del tiempo, este mismo agente puede dejar de ser eficaz.

El cáncer colorrectal es un ejemplo de una afección en la que el diagnóstico temprano es clave para un tratamiento eficaz. El cáncer colorrectal es un cáncer que se desarrolla en el colon o en el recto. Las paredes del colon y del recto tienen varias capas de tejidos. El cáncer colorrectal comienza a menudo en la capa más interna y puede desarrollarse a través de alguna o de la totalidad de las otras capas; la fase (grado de diseminación) de un cáncer colorrectal depende en gran medida de lo profundo que se haya desarrollado en estas capas.

La quimioterapia se utiliza a menudo para tratar el cáncer colorrectal. Hidrocloruro de irinotecan (CAMPTOSAR®) es un agente quimioterapéutico indicado para la terapia de primera línea de cánceres colorrectales. Al igual que con muchos agentes quimioterapéuticos, la administración de hidrocloruro de irinotecan (“irinotecan”) provoca, a menudo, efectos secundarios perjudiciales para el paciente, y algunos pacientes no responden bien al tratamiento.

Así, algunos pacientes son sometidos a tratamiento con irinotecan y padecen los efectos secundarios dolorosos únicamente para reconocer posteriormente que el agente no ha sido terapéuticamente beneficioso para su afección. Además de un sufrimiento innecesario, se pierde un tiempo crítico para determinar un tratamiento alternativo.

Sumario de la invención La presente descripción proporciona perfiles de expresión de genes y de proteínas y métodos para utilizarlos, para identificar aquellos pacientes que probablemente respondan al tratamiento con irinotecan (a estos pacientes se les alude como “respondedores”) , así como aquellos pacientes que no es probable que se beneficien de un tratamiento 45 de este tipo (a estos pacientes se les alude como “no respondedores”) . La presente descripción permite que un proveedor de tratamiento identifique a aquellos pacientes que son respondedores al tratamiento con irinotecan, y aquellos que no son respondedores a este tipo de tratamiento, antes de la administración del agente.

En un aspecto, la presente descripción comprende perfiles de expresión de genes, a los que se alude también 50 como “firmas de genes”, que son indicativos de la tendencia de un paciente que padece cáncer a responder al tratamiento con irinotecan. El perfil de expresión de genes (GEP – siglas en inglés) comprende al menos uno y preferiblemente una pluralidad de genes seleccionados del grupo que consiste en ERBB2, GRB7, quinasa Erk1, quinasa JNK1, BCL2, fosfo-GSK-3beta, MMP11, CTSL2, CCNB1, BIRC5, MK167, STK6, MRP14, fosfo-Akt, CD68, BAG1 y GSTM1. La firma de genes puede incluir, además, genes de referencia o control. Los genes de referencia 55 actualmente preferidos son ACTB, GAPD, GUSB, RPLP0 y TFRC. Algunos o la totalidad de estos genes son expresados de modo diferencial (p. ej. supra-regulados o sub-regulados) en pacientes que son respondedores a la terapia con irinotecan. Específicamente, ERBB2, GRB7, quinasa JNK1, BCL2, MK167, fosfo-Akt, CD68 y BAG1 están supra-regulados (sobre-expresados) , y quinasa Erk1, fosfo-GSK-3beta, MMP11, CTSL2, CCNB1, BIRC5,

STK6, MRP14 y GSTM1 están sub-regulados (sub-expresados) en pacientes que son respondedores a irinotecan. Genes de referencia ACTB, GAPD, GUSB, RPLP0 y TFRC están supra-regulados (sobre-expresados) .

La presente descripción comprende, además, perfiles de expresión de proteínas que son indicativos de la tendencia de un paciente de cáncer a responder al tratamiento con irinotecan. Los perfiles de expresión de proteínas comprenden aquellas proteínas codificadas por los genes del GEP que también están diferencialmente expresadas en cánceres de colon que responden a la terapia con irinotecan. El presente perfil de expresión de proteínas (PEP – siglas en inglés) comprende al menos una y preferiblemente una pluralidad de proteínas codificadas por los genes seleccionados del grupo que consiste en ERBB2, GRB7, quinasa Erk1, quinasa JNK1, BCL2, fosfo-GSK-3beta, MMP11, CTSL2, CCNB1, BIRC5, MK167, STK6, MRP14, fosfo-Akt, CD68, BAG1 y GSTM1. El perfil de expresión de proteínas puede incluir, además, proteínas codificadas por genes de referencia. Los genes de referencia actualmente preferidos son ACTB, GAPD, GUSB, RPLP0 y TFRC. Algunas o la totalidad de estas proteínas son expresadas de modo diferencial (p. ej. supra-reguladas o sub-reguladas) en pacientes que son respondedores a la terapia con irinotecan. Específicamente, proteínas codificadas por los siguientes genes están supra-reguladas (sobre-expresadas) : ERBB2, GRB7, quinasa JNK1, BCL2, MK167, fosfo-Akt, CD68 y BAG1; y proteínas codificadas por los siguientes genes están sub-reguladas (sub-expresadas) : quinasa Erk1, fosfo-GSK3beta, MMP11, CTSL2, CCNB1, BIRC5, STK6, MRP14 y GSTM1 en pacientes que son respondedores a irinotecan. Proteínas de referencia ACTB, GAPD, GUSB, RPLP0 y TFRC están supra-reguladas (sobre-expresadas) .

Los perfiles de expresión de genes y proteínas (a los que se alude en esta memoria como GPEPs) comprenden un grupo de genes y proteínas que están diferencialmente expresados (p. ej. supra-regulados o sub-regulados) en pacientes que son respondedores a una terapia con irinotecan con respecto a la expresión de los mismos genes en pacientes que no son respondedores a esta terapia. Pacientes con tumores que no responden a irinotecan experimentan a menudo una recurrencia de su enfermedad o la muerte relacionada con la enfermedad. Así, los GPEPs se pueden utilizar para predecir no sólo la capacidad de respuesta de un cáncer de colon a una terapia con irinotecan, sino también la probabilidad de recurrencia del cáncer y/o muerte relacionada con la enfermedad.

La presente descripción comprende, además, un método para determinar si un paciente es un respondedor o un no respondedor al tratamiento con irinotecan. El método comprende obtener una muestra del tumor del paciente, determinar el perfil de expresión de genes y/o proteínas de la muestra y determinar, a partir del perfil de expresión de genes o proteínas, si al menos uno, preferiblemente al menos 4, más preferiblemente al menos 10 y, lo más preferiblemente al menos 16 de los genes seleccionados del grupo que consiste en ERBB2, GRB7, quinasa Erk1, quinasa JNK1, BCL2, fosfo-GSK-3beta, MMP11, CTSL2, CCNB1, BIRC5, MK167, STK6, MRP14, fosfo-Akt, CD68, BAG1 y GSTM1, o al menos una proteína seleccionada de las proteínas codificadas por estos genes, está diferencialmente expresado en la muestra. A partir de esta información, el proveedor de tratamiento puede averiguar si es probable que el paciente se beneficie de la terapia con irinotecan. El presente método también se puede utilizar para predecir una recurrencia tardía y la muerte relacionada con la enfermedad, asociada con la terapia.

La presente descripción comprende, además, ensayos para determinar el perfil de expresión de genes y/o proteínas en una muestra de un paciente, e instrucciones para utilizar el ensayo. El ensayo se puede basar en la detección de ácidos nucleicos (p. ej. utilizando sondas de ácidos nucleicos específicas para los ácidos nucleicos de interés) o proteínas o péptidos (p. ej. utilizando anticuerpos específicos para las proteínas/péptidos de interés) . En un ejemplo actualmente preferido, el ensayo comprende un ensayo de inmunohistoquímica (IHC – siglas... [Seguir leyendo]

1. Un ensayo para determinar si un paciente es un respondedor a tratamiento con irinotecan, que comprende medios para determinar el nivel de expresión en una célula tumoral o tejido tumoral de cada una de las proteínas 5 codificadas por los genes seleccionados del grupo que consiste en: ERBB2, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 23, GRB7, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 24, quinasa JNK1, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 26, BCL2, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 27, MK167, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 33, fosfo-Akt, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 35, CD68, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 36 y

BAG1, que codifica la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 37, en donde los medios para determinar los niveles de expresión comprenden al menos un anticuerpo específico para cada una de las proteínas y que tiene un marcador detectable.

2. El ensayo de la reivindicación 1, que comprende, además, medios para detectar el nivel de expresión de la 15 menos una proteína de referencia.

3. El ensayo de la reivindicación 2, en donde la proteína de referencia es codificada por el gen GAPD y tiene la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 40.

4. El ensayo de la reivindicación 1, en donde los medios para determinar los niveles de expresión se seleccionan del grupo que consiste en: método de ensayo inmunohistoquímico y ensayo de transferencia Western.

5. El ensayo de la reivindicación 1, en donde el paciente es un respondedor a tratamiento con irinotecan si el nivel de cada una de las proteínas codificadas por los genes ERBB2, GRB7, quinasa JNK1, BCL2, MK167, fosfo-Akt,

CD68 y BAG1 está elevado en el tejido o las células en comparación con los niveles correspondientes en tejido o células de colon normales.

6. Un kit que comprende el ensayo de la reivindicación 4.