MIR-29a para el diagnóstico de adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia.

Un método para diagnosticar si un sujeto tiene un adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia,

que comprende:

medir el nivel de al menos un producto génico miR-29a en una muestra de ensayo que comprende unacélula de adenocarcinoma de colon del sujeto en donde dicho sujeto tiene adenocarcinoma de colon,en el que un aumento en al menos el nivel del producto génico miR-29a en la muestra de ensayo, conrespecto al nivel de un producto génico miR-29a correspondiente en una muestra de control, indica si elsujeto tiene un adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia.

MIR-29a para el diagnóstico de adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia Antecedentes de la invención El adenocarcinoma de colon es una causa principal de mortalidad por cáncer en todo el mundo1. El cáncer colorrectal es la tercera causa más común y la segunda causa principal de muerte por cáncer en los Estados Unidos2. Los adenocarcinomas esporádicos de colon comienzan como adenomas y evolucionan a través de una progresión de cambios moleculares, celulares e histológicos3. Aunque los índices de mortalidad durante 5 años han disminuido moderadamente durante las 3 últimas décadas4, aún existe se necesita identificar nuevos biomarcadores de pronóstico y dianas terapéuticas para esta enfermedad. Actualmente, la quimioterapia tiene un valor terapéutico significativo aunque la cirugía es la única forma de tratamiento curativo5.

Las dianas terapéuticas ideales deben asociarse de modo causal con las enfermedades y prestarse a diseñar intervenciones terapéuticas; mientras que los biomarcadores ideales deben ser fáciles de medir y tener fuertes asociaciones con resultados clínicos. Los microARN deben cumplir ambos criterios6, 8.

Los microARN son moléculas de ARN no codificante de 18-25 nucleótidos que regulan la traducción de muchos genes 9. Desde su descubrimiento10, 11 se ha encontrado que regulan diversos procesos celulares incluyendo la apóptosis12-14, diferenciación10, 11, 15 y proliferación celular16. Los microARN también pueden tener una función causal en la carcinogénesis6, 17. Los niveles de expresión de los microARN están alterados en la mayoría de los tipos de tumores18, 19, incluyendo tumores de colon19-22. Los microARN miR-15 y miR-16a están delecionados o regulados negativamente en la mayoría de las leucemias linfocíticas crónicas23. La manipulación experimental de microARN específicos modula el desarrollo tumoral en sistemas de modelo de ratón16, 24-26 . El posible pronóstico de los microARN también se ha demostrado en la leucemia linfocítica crónica7, cáncer de pulmón8 y neuroblastomas27.

La expresión aberrante de los microARN puede ser causal para la carcinogénesis, la inhibición de los microARN específicos puede tener implicaciones terapéuticas. Pueden diseñase oligonucleótidos antisentido modificados para inhibir específicamente la función de los microARN28. Los antagonistas de los micro-ARN (antagomirs) son un tipo de oligonucleótidos antisentido que han demostrado ser eficaces al inhibir la función de los microARN in vivo en ratones29. La facilidad para diseñar inhibidores específicos de función microARN los hace candidatos como dianas terapéuticas.

Sumario de la invención En un aspecto general, en el presente documento se proporciona un método de diagnóstico para determinar si un sujeto tiene, está en riesgo de desarrollar, o tiene un menor pronóstico de supervivencia para una enfermedad relacionada con cáncer de colon. El método incluye medir el nivel de al menos un producto génico miR en una muestra de ensayo del sujeto, en el que una alteración en el nivel del producto génico miR en la muestra de ensayo, con respecto al nivel de un producto génico miR correspondiente en una muestra control, indica si el sujeto tiene, o está en riesgo de desarrollar, la enfermedad relacionada con cáncer de colon. En un aspecto particular, el al menos un producto génico miR se selecciona del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos. En una realización, el producto génico miR es miR-21.

En otro aspecto general, en el presente documento se proporciona un método de ensayo para determinar al menos un comienzo de, predisposición a, o reducción del pronóstico de supervivencia para una respuesta de enfermedad relacionada con cáncer de colon que comprende:

(1) determinar un nivel de expresión de al menos un marcador en una muestra de un sujeto de ensayo; incluyendo el al menos un marcador al menos un producto génico miR seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR- 181b, miR-203 y combinaciones de los mismos;

(2) comparar el nivel de expresión determinado en la etapa (1) con un nivel de expresión control del marcador en una muestra de un sujeto sano; y

(3) evaluar si el sujeto padece una enfermedad relacionada con cáncer de colon cuando el resultado de la comparación de la etapa (2) indica que: i) el nivel de expresión del al menos un marcador en el sujeto de ensayo es mayor que el del control o ii) , el nivel de expresión del al menos un marcador en el sujeto de ensayo es menor que el del control.

La muestra puede comprender uno o más de tejido, sangre, plasma, suero, orina y heces. Además, todas las etapas del método pueden realizarse in vitro.

En otro aspecto general, en el presente documento se proporciona un método de diagnóstico para determinar si un sujeto padece, está en riesgo de desarrollar, o tiene un pronóstico de supervivencia reducido para, una enfermedad

relacionada con cáncer, que comprende:

(1) efectuar la transcripción inversa de ARN de una muestra de ensayo obtenida del sujeto para proporcionar un conjunto de oligodesoxinucleótidos diana;

(2) efectuar la hibridación de los oligodesoxinucleótidos diana en una micromatriz que comprende un oligonucleótido sonda específico de miARN para proporcionar un perfil de hibridación para la muestra de ensayo; y

(3) comparar el perfil de hibridación de la muestra de ensayo con un perfil de hibridación generado a partir de una muestra control, en el que una alteración de la señal de al menos un miARN indica si el sujeto padece, está en riesgo de desarrollar, o tiene un pronóstico de supervivencia reducido para, una enfermedad relacionada con cáncer de colon.

En un aspecto particular, la señal de al menos un miARN, con respecto a la señal generada a partir de la muestra control, está regulada positiva o negativamente. Además, la micromatriz puede comprender un oligonucleótido sonda específico de miARN para uno o más miARN seleccionados del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos.

En otro aspecto general, en el presente documento se proporciona un método de inhibición de tumorigénesis en un sujeto que padece, o que se sospecha que padece, una enfermedad relacionada con cáncer de colon en el que al menos un producto génico miR seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR203 y combinaciones de los mismos, está regulado positiva o negativamente en las células cancerosas del sujeto, con respecto a las células control, que comprende:

(1) cuando el al menos un producto génico miR está regulado negativamente en las células cancerosas, administrar al sujeto una cantidad eficaz de al menos un producto génico miR aislado seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos, de tal manera que la tumorigénesis se inhiba en el sujeto; o

(2) cuando el al menos un producto génico miR está regulado positivamente en las células cancerosas, administrar al sujeto una cantidad eficaz de al menos un compuesto para inhibir la expresión de al menos un producto génico miR seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos, de tal manera que la tumorigénesis se inhiba en el sujeto.

En un aspecto particular, al menos un producto génico miR aislado en la etapa (1) y/o en la etapa (2) es miR-21 o una variante aislada o fragmento biológicamente activo o equivalente funcional de los mismos, o un anticuerpo que se une a los mismos.

En otro aspecto general, en el presente documento se proporciona un método de inhibición de tumorigénesis en un sujeto que padece cáncer de colon, que comprende:

(1) determinar la cantidad de al menos un producto génico miR en células cancerosas del sujeto, con respecto a las células control; y

(2) alterar la cantidad del producto génico miR expresado en las células cancerosas:

(i) administrando al sujeto una cantidad eficaz de al menos un producto génico miR aislado seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos, si la cantidad del producto génico miR expresado en las células cancerosas es menor que la cantidad del producto génico miR expresado en las células control; o

(ii) administrando al sujeto una cantidad eficaz de al menos un compuesto para inhibir la expresión de al menos un producto génico miR, si la cantidad del producto génico miR expresado en las células cancerosas es mayor que la cantidad del producto génico miR... [Seguir leyendo]

1. Un método para diagnosticar si un sujeto tiene un adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia, que comprende:

medir el nivel de al menos un producto génico miR-29a en una muestra de ensayo que comprende una célula de adenocarcinoma de colon del sujeto en donde dicho sujeto tiene adenocarcinoma de colon, en el que un aumento en al menos el nivel del producto génico miR-29a en la muestra de ensayo, con respecto al nivel de un producto génico miR-29a correspondiente en una muestra de control, indica si el sujeto tiene un adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia.

2. Un método para evaluar adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia que comprende:

(1) determinar un nivel de expresión de al menos un marcador en una muestra que comprende una célula de adenocarcinoma de colon de un sujeto de ensayo que tiene adenocarcinoma de colon; incluyendo el al menos un marcador al menos un producto génico miR-29a;

(2) comparar el nivel de expresión determinado en la etapa (1) con un nivel de expresión control del marcador en una muestra de un sujeto sano; y

(3) evaluar si el sujeto tiene un adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia cuando el resultado de la comparación de la etapa (2) indica que:

el nivel de expresión del al menos un marcador, en el sujeto de ensayo, es mayor que en el control.

3. El método de ensayo de la reivindicación 2, en el que la muestra comprende uno o más de tejido, sangre, plasma, suero, orina y heces.

4. El método de ensayo de la reivindicación 2, en el que todas las etapas del método se realizan in vitro.

5. Un método para diagnosticar si un sujeto tiene adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia, que comprende:

(1) efectuar la transcripción inversa del ARN de una muestra de ensayo obtenida del sujeto para proporcionar un conjunto de oligodesoxinucleótidos diana, en donde dicho sujeto tiene adenocarcinoma de 35 colon;

(2) hibridar los oligodesoxinucleótidos diana con una micromatriz que comprende oligonucleótidos sonda específicos de miR-29a para proporcionar un perfil de hibridación de la muestra de ensayo; y

(3) comparar el perfil de hibridación de la muestra de ensayo con un perfil de hibridación generado a partir de una muestra control,

en donde un aumento en la señal del miR-29a indica si el sujeto tiene adenocarcinoma de colon con mal pronóstico de supervivencia.

6. El método de la reivindicación 1, en el que se evalúa un nivel de expresión del producto génico miR-29a 45 detectando la presencia de un polinucleótido transcrito, o parte del mismo, en donde el polinucleótido transcrito comprende una región codificante del producto génico miR-29a.

7. El método de la reivindicación 1, en el que la muestra es un fluido o un tejido corporales asociado con cáncer de colon.

8. El método de la reivindicación 1, en el que la muestra comprende células obtenidas del paciente.

9. El método de la reivindicación 1, en el que el al menos un producto génico miR-29a incluye variantes aislada o

fragmentos biológicamente activos de las mismas. 55

10. Un método de la reivindicación 1, que adicionalmente comprende medir el nivel de al menos un producto génico miR adicional en la muestra de ensayo, en el que el miR se selecciona del grupo que consiste en: miR-21; miR181b; let-7g; miR-16b; miR-106a; miR-103-2; miR-203; y miR-10a.

11. Un método de la reivindicación 1, que adicionalmente comprende medir el nivel de al menos dos o más productos génicos miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-106a; miR-103-2; miR-203; y miR-10a.

12. Un método de la reivindicación 1, que adicionalmente comprende medir el nivel de al menos tres o más

productos génicos miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-106a; miR-103-2; miR-203; y miR-10a.

13. Un método de la reivindicación 2, que adicionalmente comprende medir el nivel de al menos un producto génico miR adicional en la muestra de ensayo, en el que el miR se selecciona del grupo que consiste en: miR-21; miR181b; let-7g; miR-16b; miR-106a; miR-103-2; miR-203; y miR-10a.

14. Un método de la reivindicación 2, que adicionalmente comprende medir el nivel de al menos dos o más productos génicos miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-106a; miR-103-2; miR-203; y miR-10a.

15. Un método de la reivindicación 2, que adicionalmente comprende medir el nivel de al menos tres o más productos génicos miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-106a; miR-103-2; miR-203; y miR-10a.

16. Un método de la reivindicación 5, que adicionalmente comprende medir el nivel de al menos un producto génico miR adicional en la muestra de ensayo, en el que el miR se selecciona del grupo que consiste en: miR-21; miR181b; let-7g; miR-16b; miR-106a; miR-103-2; miR-203; y miR-10a.

17. Un método de la reivindicación 5, que adicionalmente comprende medir el nivel de al menos dos o más productos génicos miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que 20 consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-106a; miR-103-2; miR-203; y miR-10a.

18. Un método de la reivindicación 5, que adicionalmente comprende medir el nivel de al menos tres o más productos génicos miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-106a; miR-103-2; miR-203; y miR-10a.