Mir-106a para diagnosticar adenocarcinoma de colon de pronóstico de supervivencia pobre.

Un procedimiento para diagnosticar si un sujeto tiene un adenocarcinoma de colon con pronóstico desupervivencia pobre,

que comprende:

medir el nivel de al menos un producto génico de miR-106a en una muestra de ensayo del sujeto en dondedicho sujeto tiene un adenocarcinoma de colon,

en donde un aumento en al menos el nivel del producto génico de miR-106a en la muestra de ensayo, enrelación con el nivel de un producto génico de miR correspondiente en una muestra de control, es indicativode que el sujeto tiene adenocarcinoma de colon con pronóstico de supervivencia pobre.

Mir-106a para diagnosticar adenocarcinoma de colon de pronóstico de supervivencia pobre Antecedentes de la invención El adenocarcinoma de colon es una causa principal de mortalidad por cáncer en todo el mundo1. El cáncer colorrectal es el tercero más común y la segunda causa principal de muerte por cáncer en los Estados Unidos2. Los adenocarcinomas de colon esporádicos se inician como adenomas y evolucionan mediante una progresión de cambios moleculares, celulares e histológicos3. Aunque las tasas de mortalidad a 5 años se han reducido modestamente durante las últimas 3 décadas4, aún existe la necesidad de identificar nuevos biomarcadores de pronóstico y dianas terapéuticas para esta enfermedad. En la actualidad, la quimioterapia tiene valor terapéutico significativo pero la cirugía es la única forma curativa de tratamiento5.

Las dianas terapéuticas ideales deberían asociarse de forma causal con la enfermedad y ser susceptibles de diseño de intervenciones terapéuticas; mientras que los biomarcadores ideales deberían ser fáciles de medir y tener fuertes asociaciones con resultados clínicos. Los microARN podrían cumplir ambos criterios6-8 .

Los microARN son moléculas de ARN no codificantes de 18-25 nucleótidos, que regulan la traducción de muchos genes 9. Desde su descubrimiento10, 11, se ha hallado que regulan diversos procesos celulares incluyendo apoptosis1214, diferenciación10, 11, 15 y proliferación celular16. Los microARN también pueden tener un papel causal en la carcinogénesis6, 17. Los niveles de expresión de microARN están alterados en la mayoría de los tipos tumorales18, 19 , incluyendo los tumores de colon19-22. Los microARN miR-15 y miR-16a están suprimidos o regulados negativamente en la mayoría de las leucemias linfocíticas crónicas23. La manipulación experimental de microARN específicos modula el desarrollo de tumores en sistemas de modelo de ratón16, 24-26. El potencial de pronóstico de los microARN también se ha demostrado para leucemia linfocítica crónica7, cáncer de pulmón8 y neuroblastomas24.

La expresión de microARN aberrante puede ser causante de carcinogénesis, la inhibición de microARN específicos puede tener implicaciones terapéuticas. Pueden diseñarse oligonucleótidos antisentido modificados para inhibir específicamente la función de microARN28. Los antagomir son un tipo de oligonucleótido antisentido que se ha demostrado que son eficaces en la inhibición de la función de microARN in vivo en ratones29. La facilidad de diseñar inhibidores específicos de la función de microARN los hace candidatos para dianas terapéuticas.

Sumario de la invención En un aspecto general, se proporciona en el presente documento un procedimiento para diagnosticar si un sujeto tiene, está en riesgo de desarrollar o tiene un pronóstico de supervivencia reducido para una enfermedad relacionada con cáncer de colon. El procedimiento incluye medir el nivel de al menos un producto génico de miR en una muestra de ensayo del sujeto, en el que una alteración en el nivel del producto génico de miR en la muestra de ensayo, en relación con el nivel de un producto génico de miR correspondiente en una muestra de control, es indicativa de que el sujeto tiene, o está en riesgo de desarrollar, la enfermedad relacionada con cáncer de colon. En un aspecto particular, el al menos un producto génico de miR se selecciona del grupo que consiste en miR20a, miR21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos. En una realización, el producto génico de miR es miR-21.

En otro aspecto general, se proporciona en el presente documento un procedimiento de ensayo para detectar al menos un inicio de, predisposición a o pronóstico de supervivencia reducido para una respuesta de enfermedad relacionada con cáncer de colon, que comprende:

(1) determinar un nivel de expresión de al menos un marcador en una muestra de un sujeto de ensayo; incluyendo el al menos un marcador al menos un producto génico de miR seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos;

(2) comparar el nivel de expresión determinado en la etapa (1) con un nivel de expresión de control del marcador en una muestra de un sujeto sano; y

(3) considerar que el sujeto tiene una enfermedad relacionada con cáncer de colon cuando el resultado de la comparación en la etapa (2) indica que: i) el nivel de expresión del al menos un marcador en el sujeto de ensayo es mayor que en el control o ii) el nivel de expresión del al menos un marcador en el sujeto de ensayo es menor que en el control.

La muestra puede comprender uno o más de tejido, sangre, plasma, suero, orina y heces. Además, todas las etapas del procedimiento pueden realizarse in vitro.

En otro aspecto general, se proporciona en el presente documento un procedimiento para diagnosticar si un sujeto tiene, está en riesgo de desarrollar o tiene un pronóstico de supervivencia reducido para una enfermedad relacionada con cáncer de colon, que comprende:

(1) transcribir de forma inversa ARN de una muestra de ensayo obtenida del sujeto para proporcionar un conjunto de oligodesoxinucleótidos diana;

(2) hibridar los oligodesoxinucleótidos diana con una micromatriz que comprende oligonucleótidos sonda específicos para miARN para proporcionar un perfil de hibridación para la muestra de ensayo; y

(3) comparar el perfil de hibridación de la muestra de ensayo con un perfil de hibridación generado de una muestra de control, en el que una alteración en la señal de al menos un miARN es indicativa de que el sujeto tiene, está en riesgo de desarrollar o tiene un pronóstico de supervivencia reducido para una enfermedad relacionada con cáncer de colon.

En un aspecto particular, la señal de al menos un miARN, en relación con la señal generada de la muestra de control, está regulada positiva o negativamente. Además, la micromatriz puede comprender oligonucleótidos sonda específicos de miARN para uno o más miARN seleccionados del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos.

En otro aspecto general, se proporciona en el presente documento un procedimiento para inhibir tumorogénesis en un sujeto que tiene, o se sospecha que tiene, una enfermedad relacionada con cáncer de colon en el que al menos un producto génico de miR seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos, está regulado negativamente o regulado positivamente en las células cancerosas del sujeto, en relación con las células de control, que comprende:

(1) cuando el al menos un producto génico de miR está regulado negativamente en las células cancerosas, administrar al sujeto una cantidad eficaz de al menos un producto génico de miR aislado seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos, de modo que la tumorogénesis se inhiba en el sujeto; o

(2) cuando el al menos un producto génico de miR está regulado positivamente en las células cancerosas, administrar al sujeto una cantidad eficaz de al menos un compuesto para inhibir la expresión del al menos un producto génico de miR seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos, de modo que se inhiba la tumorogénesis en el sujeto.

En un aspecto particular, al menos un producto génico de miR aislado en la etapa (1) y/o en la etapa (2) es miR-21 o una variante aislada o fragmento biológicamente activo o equivalente funcional de los mismos, o un anticuerpo que se une a los mismos.

En otro aspecto general, se proporciona en el presente documento un procedimiento para inhibir la tumorogénesis en un sujeto que tiene un cáncer de colon, que comprende:

(1) determinar la cantidad de al menos un producto génico de miR en células cancerosas del sujeto, en relación con células de control; y

(2) alterar la cantidad de producto génico de miR expresado en las células cancerosas:

(i) administrando al sujeto una cantidad eficaz de al menos un producto génico de miR aislado seleccionado del grupo que consiste en miR20a, miR-21, miR-106a, miR-181b, miR-203 y combinaciones de los mismos, si la cantidad del producto génico de miR expresado en las células cancerosas es menor que la cantidad del producto génico de miR expresado en las células de control; o

(ii) administrar al sujeto una cantidad eficaz de al menos un compuesto para inhibir la expresión del al menos un producto génico de miR, si la cantidad de producto génico de miR expresado en las células cancerosas es mayor que la cantidad del producto... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento para diagnosticar si un sujeto tiene un adenocarcinoma de colon con pronóstico de supervivencia pobre, que comprende:

medir el nivel de al menos un producto génico de miR-106a en una muestra de ensayo del sujeto en donde 5 dicho sujeto tiene un adenocarcinoma de colon,

en donde un aumento en al menos el nivel del producto génico de miR-106a en la muestra de ensayo, en relación con el nivel de un producto génico de miR correspondiente en una muestra de control, es indicativo de que el sujeto tiene adenocarcinoma de colon con pronóstico de supervivencia pobre.

2. Un procedimiento de prueba para adenocarcinoma de colon de pronóstico de supervivencia pobre, que 10 comprende:

(1) determinar un nivel de expresión de al menos un marcador en una muestra de un sujeto de ensayo que tiene adenocarcinoma de colon; incluyendo el al menos un marcador al menos un producto génico de miR106a;

(2) comparar el nivel de expresión determinado en la etapa (1) con un nivel de expresión del marcador en 15 una muestra de un sujeto sano; y

(3) considerar que el sujeto tiene un adenocarcinoma de colon de pronóstico de supervivencia pobre cuando el resultado de la comparación en la etapa (2) indica que:

el nivel de expresión del al menos un marcador en el sujeto de ensayo es mayor que el del control.

3. El procedimiento de ensayo de la reivindicación 2, en el que la muestra comprende uno o más de tejido, sangre, 20 plasma, suero, orina y heces.

4. El procedimiento de ensayo de la reivindicación 2, en el que todas las etapas del procedimiento se realizan in vitro.

5. Un procedimiento para diagnosticar si un sujeto tiene adenocarcinoma de colon de pronóstico de supervivencia pobre, que comprende:

(1) transcribir de forma inversa ARN de una muestra de ensayo obtenida del sujeto para proporcionar un conjunto de oligodesoxinucleótidos diana en donde dicho sujeto tiene adenocarcinoma de colon;

(2) hibridar los oligodesoxinucleótidos diana con una micromatriz que comprende oligonucleótidos sonda específicos de miR-106a para proporcionar un perfil de hibridación para la muestra de ensayo; y

(3) comparar el perfil de hibridación de la muestra de ensayo con un perfil de hibridación generado a partir 30 de una muestra de control,

en el que un aumento en la señal del miR-106a es indicativa de que el sujeto tiene un adenocarcinoma de colon de pronóstico de supervivencia pobre.

6. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que un nivel de expresión de producto génico de miR-106a se evalúa detectando la presencia de un polinucleótido transcrito o parte del mismo, en el que el polinucleótido transcrito 35 comprende una región codificante de producto génico de miR-106a.

7. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que la muestra es un fluido corporal o un tejido asociados con cáncer de colon.

8. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que la muestra comprende células obtenidas del paciente.

9. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que el al menos un producto génico de miR-106a incluye variantes 40 aisladas o fragmentos biológicamente activos de las mismas.

10. Un procedimiento de la reivindicación 1, que comprende además medir el nivel de al menos un producto génico de miR adicional en la muestra de ensayo, en el que el miR se selecciona del grupo que consiste en: miR-21; miR181b; let-7g; miR-16b; miR-103-2; miR-203; miR-29a; y miR-10a.

11. Un procedimiento de la reivindicación 1, que comprende además medir el nivel de al menos dos o más productos

génicos de miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-103-2; miR-203; miR-29a; y miR-10a.

12. Un procedimiento de la reivindicación 1, que comprende además medir el nivel de al menos tres o más productos génicos de miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que

consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-103-2; miR-203; miR-29a; y miR-10a.

13. Un procedimiento de la reivindicación 2, que comprende además medir el nivel de al menos un producto génico de miR adicional en la muestra de ensayo, en el que el miR se selecciona del grupo que consiste en: miR-21; miR181b; let-7g; miR-16b; miR-103-2; miR-203; miR-29a; y miR-10a.

14. Un procedimiento de la reivindicación 2, que comprende además medir el nivel de al menos dos o más productos génicos de miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-103-2; miR-203; miR-29a; y miR-10a.

15. Un procedimiento de la reivindicación 2, que comprende además medir el nivel de al menos tres o más productos génicos de miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que 10 consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-103-2; miR-203; miR-29a; y miR-10a.

16. Un procedimiento de la reivindicación 5, que comprende además medir el nivel de al menos un producto génico de miR adicional en la muestra de ensayo, en el que el miR se selecciona del grupo que consiste en miR-21; miR181b; let-7g; miR-16b; miR-103-2; miR-203; miR-29a; y miR-10a.

17. Un procedimiento de la reivindicación 5, que comprende además medir el nivel de al menos dos o más productos

génicos de miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-103-2; miR-203; miR-29a; y miR-10a.

18. Un procedimiento de la reivindicación 5, que comprende además medir el nivel de al menos tres o más productos génicos de miR adicionales en la muestra de ensayo, en el que los miR se seleccionan del grupo que consiste en: miR-21; miR-181b; let-7g; miR-16b; miR-103-2; miR-203; miR-29a; y miR-10a.