Firma de expresión del microARN para predecir la supervivencia y la metástasis en el carcinoma hepatocelular.

Un procedimiento para predecir la supervivencia de un sujeto con carcinoma hepatocelular (CHC),

quecomprende la medición del nivel de un producto génico de un miR en una muestra de ensayo de células tumoralesdel sujeto, en el que una alteración en el nivel del producto génico del miR en la muestra de ensayo, en relación conel correspondiente nivel de un producto génico del miR en una muestra control de tejido CHC libre de metástasis, esindicativa de la supervivencia del sujeto en el que el producto génico del miR comprende: miR-30c [SEC. ID Nº: 6],miR-124a [SEC. ID Nº: 4], miR-207 [SEC. ID Nº: 18] y miR-219 [SEC. ID Nº: 20], y en donde dicha alteracióncomprende el aumento de la expresión de los niveles de miR-219 [SEC. ID Nº: 20] y miR-207 [SEC. ID Nº: 18] y ladisminución de los niveles de miR-30c [SEC. ID Nº: 6] y miR-124a [SEC. ID Nº: 4], lo que se correlaciona con bajasupervivencia.

Firma de expresión del microARN para predecir la supervivencia y la metástasis en el carcinoma hepatocelular

Referencia cruzada con las solicitudes relacionadas y estado con respecto al patrocinio de la investigación La presente invención reivindica la prioridad de la solicitud de patente provisional Ser. Nº 60/855.895 presentada el 1 de noviembre de 2007. Esta invención se produjo con el apoyo del gobierno bajo la concesión NCI Nº RO1 Ca128609. El gobierno tiene ciertos derechos sobre esta invención.

Antecedente de la invención El carcinoma hepatocelular (CHC) es un cáncer con un pronóstico extremadamente malo que hace que siga siendo una de las enfermedades malignas más comunes y agresivas en todo el mundo (1; 2) . El sombrío resultado se ha atribuido a las señas de identidad más importantes del CHC, la metástasis intrahepática y la recurrencia postquirúrgica. Las nuevas colonias tumorales invaden frecuentemente las ramas más importantes de la vena porta y posiblemente otras partes del hígado (3-6) . La resección o el trasplante hepático, son las mejores opciones para una potencial curación, sin embargo, solo aproximadamente el 20 por ciento de los pacientes con CHC son actualmente candidatos elegibles para una intervención quirúrgica, los cuales se definen por parámetros de función hepática relativamente normales y lesión tumoral manejable según determinan los sistemas clínicos de estadificación disponibles. Además, los pacientes sometidos a resección a menudo tienen una alta frecuencia de metástasis/recurrencia, y la sobrevida a los 5 años de la operación es solo del 30-40 por ciento.

El trasplante de hígado en pacientes con CHC, es controvertido debido a la escasez de donantes de órganos y al mal cumplimiento de los sistemas actuales de estadificación al seleccionar los candidatos apropiados, especialmente en los primeros estadios de la enfermedad. La evaluación clínica y las decisiones terapéuticas en el CHC son complejas porque dependen del grado de diseminación cancerosa (estadio del tumor) y de la función hepática residual (estado de enfermedad crónica hepática) . Aunque los sistemas de estadificación de los tumores en general están bien definidos y aceptados, el CHC es una excepción, en el que se han introducido a nivel global muchos sistemas de estadificación diferentes para adaptar cada estrato de la enfermedad y en el que hay actualmente una falta de consenso en cuanto a cuál es el mejor (7-12) . Por tanto, sigue siendo una tarea desafiante el establecer un factor de predicción preciso del pronóstico y un criterio de selección sensible que se pueda aplicar a los pacientes con CHC para tomar decisiones racionales de tratamiento.

La identificación recientemente de biomarcadores moleculares de pronóstico ofrece una esperanza para el diagnóstico precoz del CHC, utilizando una tecnología de micromatriz de ADNc, los investigadores desarrollaron una firma de expresión de un gen única para predecir el pronóstico y la metástasis en pacientes con CHC (13) . Varios estudios recientes (14; 15) , confirmaron la presencia de una firma molecular de pronóstico en especímenes clínicos de CHC primario. Como normalmente el CHC se presenta con un hígado inflamado, los inventores también han desarrollado un factor de predicción único que se basa en la expresión de genes en el microentorno hepático de pacientes con CHC, que es sustancialmente diferente que el del tumor (16) . Como en muchas otras firmas de pronóstico que se basan en el perfil de expresión génica del ADNc, tanto las firmas del tumor como las del microentorno contienen varios cientos de genes celulares codificantes. Por tanto, identificar los biomarcadores relevantes o las dianas farmacológicas potenciales y cuestionar las puntuaciones de los genes en la práctica clínica, sería una ardua tarea.

Los estudios recientes indican que realizar un perfil de expresión con los productos génicos de un pequeño ARN no codificante (-22nt) conocido como microARN (miARN o miR) es un procedimiento superior a otros en la clasificación y el pronóstico de los subtipos de cáncer (17-19) . Los miARN existen en muchos organismos y tienen funciones reguladoras en la traducción y degradación del ARNm por emparejamiento de bases en sitios parcialmente complementarios del ARNm, predominantemente en la región 3’ no traducida (20-22) . Los miARN se expresan de precursores de ARN largos que son procesados por Drosha, una nucleasa celular, y posteriormente son transportados al citoplasma por un mecanismo dependiente de la exportina-5 (23; 24) . Los miARN entonces son escindidos por la encima DICER, y dan como resultado miARN 17-24 nt que se asocian con un complejo silenciador inducido por ARN (25; 26) . Los patrones de expresión, función y regulación de los miARN en las células humanas normales y neoplásicas son desconocidos en su mayoría, pero los datos que van surgiendo y su localización frecuente en sitios frágiles, puntos de ruptura habituales o regiones de amplificación o pérdida de heterocigosidad revelan que pueden tener funciones importantes en la carcinogénesis humana.

El aumento de la expresión del precursor de miR-155 en linfomas de Burkitt y la deleción frecuente o la regulación negativa de varios miARN se ha observado en leucemia linfocítica crónica de células B (LLC) y en muchos tipos de cáncer, incluyendo el de mama, pulmón, ovárico, cervical, colorrectal, próstata, y linfoide (17;18; 27-34) . Los análisis funcionales también han revelado la regulación negativa de PTEN por el miR-21, la función supresora tumoral de la familia let-7 y la función oncogénica de grupo 7-92 de miRI (35-37) . Se ha demostrado la relevancia clínica y biológica de los patrones de expresión de miARN en la LLC de células B humana y en tumores sólidos, incluyendo los tumores de mama (18; 30; 38) . Cada miARN tiene la capacidad potencial para regular la expresión de cientos de genes codificantes y por tanto para modular varias rutas celulares, que incluyen la proliferación, apoptosis y

respuesta al estrés (39) . Este fenómeno hace que los miARN sean marcadores moleculares superiores y dianas para el cuestionamiento, y como tal, el perfil de expresión del miARN se puede utilizar como una herramienta diagnóstica del cáncer (17; 40) .

Sumario de la invención En general, en el presente documento se proporciona una firma del miARN única que puede distinguir significativamente la metástasis venosa en el CHC del CHC libre de metástasis. Al contrario que en los sistemas de estadificación del CHC, esta firma es capaz de predecir la supervivencia y la recurrencia en los pacientes de CHC con tumores multinodulares o solitarios, incluyendo aquellos que se encuentran en los primeros estadios de la enfermedad. Además, esta firma es un factor de predicción independiente y significativo del pronóstico del paciente y de la recaída cuando se compara con otros parámetros clínicos disponibles. Esta firma del miARN es útil para hacer posible el pronóstico del CHC y tiene una utilidad clínica para la identificación precoz de los pacientes con CHC que son propensos a metástasis/recurrencia.

Se desvela en el presente documento un sistema de identificación de un carcinoma hepatocelular crónico (CHC) , firmas de miARN específicas de cáncer que se expresan de manera diferente con respecto a las células normales de control.

En consecuencia, lo que se desvela en el presente documento son procedimientos para diagnosticar si un sujeto tiene, o está en riesgo de desarrollar CHC, que comprende la medición de al menos un producto génico del miR en una muestra de ensayo del sujeto, en el que la alteración en el nivel del producto génico del miR en la muestra de ensayo, indica si el sujeto tiene, o está en riesgo de desarrollar CHC. Según un aspecto de la invención, se proporciona un procedimiento para predecir la supervivencia de un sujeto con carcinoma hepatocelular (CHC) que comprende la medición del nivel de un producto génico del miR en una muestra de ensayo del tumor celular de un sujeto, en el que una alteración en el nivel del producto génico del miR en la muestra de ensayo, con respecto al nivel de un producto génico del miR en una muestra control de tejido libre de metástasis, es indicativo de la supervivencia del sujeto, en el que el producto génico del miR comprende; miR 30c [SEC. ID Nº: 6], miR-124a [SEC. ID Nº: 4], miR-207 [SEC. ID Nº: 18] y miR- 219 [SEC. ID Nº: 20], y donde dicha alteración comprende un aumento de la expresión de los niveles de miR-219 [SEC. ID Nº: 20] y miR-207 [SEC. ID Nº: 18] y una disminución de los niveles de miR-30c [SEC. ID Nº: 6] y miR-124a [SEC. ID Nº: 4]. Según otro aspecto de la invención se proporciona un kit para generar un perfil del... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento para predecir la supervivencia de un sujeto con carcinoma hepatocelular (CHC) , que comprende la medición del nivel de un producto génico de un miR en una muestra de ensayo de células tumorales del sujeto, en el que una alteración en el nivel del producto génico del miR en la muestra de ensayo, en relación con 5 el correspondiente nivel de un producto génico del miR en una muestra control de tejido CHC libre de metástasis, es indicativa de la supervivencia del sujeto en el que el producto génico del miR comprende: miR-30c [SEC. ID Nº: 6], miR-124a [SEC. ID Nº: 4], miR-207 [SEC. ID Nº: 18] y miR-219 [SEC. ID Nº: 20], y en donde dicha alteración comprende el aumento de la expresión de los niveles de miR-219 [SEC. ID Nº: 20] y miR-207 [SEC. ID Nº: 18] y la disminución de los niveles de miR-30c [SEC. ID Nº: 6] y miR-124a [SEC. ID Nº: 4], lo que se correlaciona con baja supervivencia.

2. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que el producto génico del miR además comprende: miR-338, miR185, miR-1-2, miR-19a, miR-34a, miR-9-2, miR-122a, miR-148a, miR-125b-2, miR-15a, miR-30e, miR-148b, miR194, miR-30a, miR-126 y miR-let-7g.

3. El procedimiento de la reivindicación 1 o 2, en el que la predicción de supervivencia está determinada por un

análisis de predicción de clase utilizando los siguientes algoritmos: indicador de covariante compuesta, análisis discriminatorio lineal, vecino más próximo y máquinas de vectores de soporte.

4. El procedimiento de la reivindicación 1 o 2, en el que la predicción de la supervivencia se determina con el análisis de supervivencia de Kaplan-Meier.

5. Un kit para generar un perfil de miARN para una muestra que, en medios de envase adecuados, consiste en

a) . Sondas miARN que tienen secuencias que codifican miARN para: miR-30c, miR-124a, miR- 207 y miR-219; o b) . Sondas miARN que tienen secuencias que codifican miARN para: miR-30c , miR-124a , miR- 207, miR-219 , miR-338, miR-185, miR-1-2, miR-19a, miR-34a, miR-9-2, miR-122a, miR-148a, miR-125b-2, miR-15a, miR-30e, miR-148b, miR-194, miR-30a, miR-126, y miR-let-7g

Puntuación Child-Pugh (B vs A)

Puntuación Child-Pugh (B vs A) Puntuación Child-Pugh (B vs A)