Procedimiento para evaluar la supresión tumoral mediante la terapia con IFN de un paciente con cáncer de células renales,

comprendiendo dicho procedimiento las etapas (i) a (iii) siguientes; (i) una etapa de preparación de un ADN genómico o de una cadena complementaria del mismo de por lo menos el gen STAT3 utilizando la muestra de ADN obtenida de un paciente con cáncer de células renales, (ii) una etapa de análisis de la secuencia de ADN del ADN genómico o de la cadena complementaria del mismo, y determinación de su polimorfismo génico, y (iii) una etapa de evaluación de la supresión tumoral por terapia con IFN en un paciente con cáncer de células renales, utilizando como marcador por lo menos un polimorfismo génico determinado en la etapa (ii) anterior, siendo el polimorfismo génico un polimorfismo de por lo menos el gen STAT3

Campo técnico

La presente invención se refiere a un procedimiento para evaluar un efecto en la supresión tumoral de la administración de interferón (respuesta al tratamiento) en cánceres de células renales utilizando un polimorfismo génico humano como indicación (marcador), un oligonucleótido utilizado en dicho procedimiento, y un kit de detección para dicho polimorfismo génico.

Antecedentes de la técnica

El cáncer de células renales es una enfermedad intratable con bajas velocidades de respuesta a cualquiera de las terapias practicadas actualmente, tales como la farmacoterapia que utiliza fármacos quimioterapéuticos, los fármacos inmunoterapéuticos, etc., la radioterapia, la operación quirúrgica y/o similares. Además, para cuando el cáncer de células renales es identificado, los casos que ya han desarrollado metástasis distante son supuestamente hasta de aproximadamente 30%. Excluyendo la operación quirúrgica, la inmunoterapia que utiliza interferones (IFN) entre las farmacoterapias anteriores, se considera particularmente la más eficaz; sin embargo, las velocidades de respuesta alcanzadas por dicha terapia son hasta sólo aproximadamente el 15% cuando se administra IFN-α solo, y 10 al 15% cuando se administra IFN-γ solo. Aun cuando se utiliza en combinación con agentes anticancerígenos, no existe ninguna otra terapia que proporcione un efecto mayor que el de la monoterapia de IFN-α. La inmunoterapia practicada actualmente que utiliza IFN es principalmente una terapia de mantenimiento a largo plazo con la sola utilización de IFN-α o la utilización combinada con IFN-γ.

Mientras tanto, el avance de las ciencias genómicas son farmacocinéticas de interpretación rápida y polimorfismos génicos de enzimas, proteínas, etc., que son aplicables a la sensibilidad a los fármacos. En el análisis del genoma humano, los polimorfismos mononucleotídicos (SNP) han estado recibiendo atención dado que los marcadores de polimorfismo génico se encuentran con más frecuencia. Dichos SNP son conocidos porque han sido útiles para analizar el genoma humano aplicable a las enfermedades corrientes, las respuestas a los fármacos, etc. (véase los documentos no de patente 1, 2 y 3). El análisis del haplotipo que utiliza varios SNP es también conocido porque ha sido útil para analizar la sensibilidad a las enfermedades (véase el documento no de patente 4).

Posteriormente, para introducir la denominada medicina a la carta para cada paciente, se han propuesto estudios para poner de manifiesto una relación entre un polimorfismo génico dado y la sensibilidad al fármaco/responsabilidad del fármaco de un paciente.

Un procedimiento conocido para predecir los efectos de la terapia con IFN analiza la relación de los SNP MxA8/MxA123 MBL-221/MBL-CLDcodon54 en el genoma de un paciente infectado con VHC (virus de la hepatitis C humano (VHC humano)), con pacientes que responden a IFN-α (pacientes que responden a la terapia) y que no responden (pacientes que no responden a la terapia), prediciendo y evaluando de este modo el grado de la respuesta al tratamiento con IFN del paciente infectado con VHC (documento 1 de patente). Otro procedimiento conocido predice la respuesta al tratamiento con IFN que utiliza SNP en la región activadora y en la posición 134 del gen del receptor 2 de IFN-α, como marcadores de polimorfismo génico (documento 2 de patente). Este documento da a conocer enfermedades diana seleccionadas de entre el grupo constituido por hepatitis B, hepatitis C, glioblastoma, meduloblastoma, astrocitoma, melanoma maligno de la piel y hepatitis similares, cánceres renales, mieloma múltiple, leucemia de células del cuero cabelludo, leucemia mielógena crónica, panencefalitis esclerosante subaguda, encefalitis vírica, zóster diseminado y varicela de un paciente con inmunosupresión, carcinoma anaplásico epifaríngeo, enfermedad infecciosa vírica del oído interno acompañada de hipoacusia, queratitis herpética, condiloma plano, condiloma acuminado, conjuntivitis producida por infección por adenovirus y/o herpesvirus, herpes genital, herpes labial, carcinoma del cuello uterino, hidrotórax canceroso, queratoacantoma, carcinoma de células basales y hepatitis δ activa crónica.

Además, para evaluar la respuesta de la terapia con IFN-α para la hepatitis C, un procedimiento también conocido consiste en medir la sustitución de guanina (G) a adenina (A) en la posición 196 en la región activadora del gen de IRF-1 (véase el documento 3 de patente).

Hasta la fecha, sin embargo, no ha existido ningún documento que informe específicamente de una relación entre la respuesta a la terapia con IFN a los cánceres de células renales y los SNP dados.

Para los pacientes que responden y que no responden a IFN-α, se han publicado ya varios centenares de perfiles de expresión génica (véase el documento 4 no de patente y el documento 4 de patente). Estos perfiles fueron creados utilizando tecnologías tales como los chips de ADN (oligonucleótidos de alta densidad o chips), despliegue diferencial, matrices diferenciales de ADNc, SAGE (análisis en serie de expresión génica), comparación de la base de datos de la etiqueta de la secuencia expresada o similares. Estos procedimientos fueron utilizados para analizar la expresión génica en el colon, mama, carcinoma de ovario, lesiones de esclerosis múltiple, leucemia y carcinomas de células renales. El documento 4 no de patente incluye además genes tales como IRF2, STAT1, STAT2, STAT4, STAT5, STAT6, etc., sin embargo, no se da a conocer ninguno de los SNP de los genes específicos utilizados en la presente invención.

[Documento 1 de patente] Publicación nº 2003-88382 de patente Japonesa sin examinar

[Documento 2 de patente] Publicación nº 2003-339380 de patente Japonesa sin examinar

[Documento 3 de patente] Publicación nº 2001-136973 de patente Japonesa sin examinar

[Documento 4 de patente] Publicación nº 2004-507253 de patente Japonesa sin examinar

[Documento 1 no de patente] Brooks, A.J., “The essence of SNPs”, Gene, USA, (1999), 234, 177-186

[Documento 2 no de patente] Cargill, M. et al., “Characterization of single-nucleotide polymorphisms in coding regions of human genes”, Nature Genet., USA, (1999), 22, 231-238

[Documento 3 no de patente] Evans, W. E., & Relling, M.V., “Pharmacogenomics: translating functional genomics into rational therapeutics”, Science, USA, (1999), 286, 487-491

[Documento 4 no de patente] Schlaak, J.F., et al., “Cell-type and Donor-specific Transcriptional Responses to Interferon-α”, J. Biol. Chem., (2002) 277, 51, 49428-49437

Descripción de la invención

Problemas que deben ser resueltos por la invención

Un objetivo principal de la presente invención consiste en proporcionar unos medios de evaluación de la respuesta terapéutica de la administración de interferón a cánceres de células renales (efecto sobre la supresión tumoral).

Medios para resolver los problemas

Para resolver los problemas mencionados anteriormente, se seleccionaron arbitrariamente 33 genes como candidatos para el análisis del polimorfismo génico, que incluían genes relacionados con IFN, genes supuestamente aplicables para la transducción de la señal de IFN-γ, y genes que supuestamente presentaban cambios de la expresión génica por adición/administración de IFN. Se investigaron los SNP en estos genes experimentales utilizando bases de datos públicas de polimorfismo y seleccionaron 463 SNP experimentales. A continuación, se determinó la diferencia de frecuencia de estos SNP seleccionados utilizando como ADN genómico muestras procedentes de dos grupos de pacientes: grupo que responde a IFN con efecto sobre la supresión tumoral en cánceres de células renales mediante la administración de IFN-α (pacientes que respondieron a la terapia) y el grupo que no respondía al IFN (pacientes que no respondían a la terapia). Como resultado, se ha descubierto que los SNP que presentan diferencias estadísticas significativas entre los dos grupos anteriores están presentes en los 8 genes siguientes.

(1) Gen STAT3 (transductor de señal y activador de transcripción 3: STAT3 (nº NT 010755 de registro en GenBank)) (en adelante denominado “gen STAT3”),

(2) gen SSI3 (supresor de la señalización 3 de citocina: SSI3 (nº NT_010641 de registro en GenBank)) (en adelante denominado “gen SSI3”),... [Seguir leyendo]

1. Procedimiento para evaluar la supresión tumoral mediante la terapia con IFN de un paciente con cáncer de células renales, comprendiendo dicho procedimiento las etapas (i) a (iii) siguientes;

(i) una etapa de preparación de un ADN genómico o de una cadena complementaria del mismo de por lo menos el gen STAT3 utilizando la muestra de ADN obtenida de un paciente con cáncer de células renales,

(ii) una etapa de análisis de la secuencia de ADN del ADN genómico o de la cadena complementaria del mismo, y determinación de su polimorfismo génico, y

(iii) una etapa de evaluación de la supresión tumoral por terapia con IFN en un paciente con cáncer de células renales, utilizando como marcador por lo menos un polimorfismo génico determinado en la etapa (ii) anterior, siendo el polimorfismo génico un polimorfismo de por lo menos el gen STAT3.

2. Procedimiento para evaluar la supresión tumoral por terapia con IFN en un paciente con un cáncer de células renales según la reivindicación 1, en el que el polimorfismo génico es por lo menos uno seleccionado de entre el grupo constituido por (a) a (d) a continuación:

(a) polimorfismo génico (STAT3-2) con genotipo C/T o T/T en la posición 4243095 del gen STAT3, y representado por el número de ID de SNP de referencia: rs1905341,

(b) polimorfismo génico (STAT3-3) con genotipo C/C en la posición 4264926 del gen STAT3, y representado por el número de ID de SNP de referencia: rs4796793,

(c) polimorfismo génico (STAT3-17) con genotipo G/G en la posición 4204027 del gen STAT3, y representado por el número de ID de SNP de referencia: rs2293152,

(d) polimorfismo génico (STAT3-18) con genotipo C/T en la posición 4050541 del gen STAT3, y representado por el número de ID de SNP de referencia: rs2293153.

3. Procedimiento para evaluar la supresión tumoral mediante terapia con IFN en un paciente con cáncer de células renales según la reivindicación 2, en el que el polimorfismo génico es el de (a) de la reivindicación 2.

4. Procedimiento para evaluar la supresión tumoral por terapia con IFN en un paciente con un cáncer de células renales según la reivindicación 1, en el que el IFN se selecciona de entre el grupo constituido por IFN-α, IFN-α recombinante e IFN-γ recombinante.

5. Procedimiento para evaluar la supresión tumoral por terapia con IFN en un paciente con un cáncer de células renales según la reivindicación 1, en el que el polimorfismo génico es determinado por por lo menos un procedimiento seleccionado de entre el grupo constituido por secuenciación directa, análisis de hibridación de transferencia puntiforme de oligonucleótido especifico del alelo (ASO), ampliación del cebador mononucleotídico, análisis del polimorfismo de configuración monocatenario (SSCP) por RCP, análisis del polimorfismo con longitud del fragmento de restricción (RFLP) por RCP, procedimiento invasivo, RCP cuantitativa en tiempo real y matriz de masas utilizando un espectrómetro de masas.

6. Procedimiento según la reivindicación 5, en el que el polimorfismo génico es determinado por el procedimiento invasivo o por secuenciación directa.

7. Procedimiento según la reivindicación 5, en el que el polimorfismo génico es determinado por el análisis RCPRFLP.

8. Procedimiento según la reivindicación 7, en el que el análisis RCP-RFLP detecta, utilizando una enzima de restricción Mspl, una mutación desde G hasta C en 4204027 de intrón del gen STAT3 humano: rs2293152.

9. Procedimiento según la reivindicación 5, en el que el polimorfismo génico es determinado utilizando por lo menos un oligonucleótido seleccionado de entre el grupo constituido por (a) a (d) a continuación: (a) un oligonucleótido que presenta una secuencia constituida por por lo menos 10 bases consecutivas que contienen un sitio de polimorfismo génico con genotipo C/T o T/T en la posición 4243095 del gen STAT3, y representado por el número de ID de SNP de referencia: rs1905341, (b) un oligonucleótido que presenta una secuencia constituida por por lo menos 10 bases consecutivas que contienen un sitio de polimorfismo génico con genotipo C/C en la posición 4264926 del gen STAT3, y representado por el número de ID de SNP de referencia: rs4796793, (c) un oligonucleótido que presenta una secuencia constituida por por lo menos 10 bases consecutivas que contienen un sitio de polimorfismo génico con genotipo G/G en la posición 4204027 del gen STAT3, y representado por el número de ID de SNP de referencia: rs2293152, y (d) un oligonucleótido que presenta una secuencia constituida por por lo menos 10 bases consecutivas que contienen un sitio de polimorfismo génico con genotipo C/T en la posición 4050541 del gen STAT3 (KCNH4), y

representado por el número de ID de SNP de referencia: rs2293153.

10.Procedimiento según la reivindicación 5, en el que el par cebador para la detección del polimorfismo génico es cualquiera de (a) a (d) a continuación: 5

(a) un par de cebadores oligonucleotídicos constituidos por las secuencias representadas por las SEC. ID. nº 1 y nº 17,

(b) un par de cebadores oligonucleotídicos constituidos por las secuencias representadas por las SEC. ID. nº 2 y nº 10 18,

(c) un par de cebadores oligonucleotídicos constituidos por las secuencias representadas por las SEC. ID. nº 3 y nº 19 y

15 (d) un par de cebadores oligonucleotídicos constituidos por las secuencias representadas por las SEC. ID. nº 4 y nº

20.