POLIPEPTIDOS SECRETADOS Y TRANSMEMBRANA Y ACIDOS NUCLEICOS QUE LOS CODIFICAN.

Procedimiento para detectar la presencia de un tumor en un mamífero,

comprendiendo dicho procedimiento la comparación del nivel de expresión de un gen que codifica un polipéptido PRO1865 en (a) una muestra de análisis de células de tejido de esófago o piel obtenidas de dicho mamífero y (b) en una muestra de control de células de tejido normal conocidas del mismo tipo de células, en el que un nivel superior o inferior de la expresión de dicho gen que codifica un polipéptido PRO1865 en dicha muestra de análisis de tejido de esófago o piel en comparación con la muestra de control es indicativo de la presencia de tumor de esófago o melanoma, respectivamente, en dicho mamífero, en el que el polipéptido PRO1865 es un polipéptido que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con: (a) la secuencia de aminoácidos mostrada en la SEC ID No. 132; (b) la secuencia de aminoácidos codificada por la secuencia codificante de longitud completa del ADN depositado bajo el número de acceso ATCC 203543; (c) la secuencia de aminoácidos del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, que carece de su péptido señal asociado; (d) la secuencia de aminoácidos de un dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, con su péptido señal asociado; o (e) la secuencia de aminoácidos de un dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, que carece de su péptido señal, y en el que una expresión superior es indicativa de la presencia de un tumor de esófago o melanoma

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E05019537.

Solicitante: GENENTECH, INC..

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 1 DNA WAY,SOUTH SAN FRANCISCO, CA 94080-.

Inventor/es: GODOWSKI, PAUL, J., GURNEY, AUSTIN, L., GODDARD, AUDREY, WOOD, WILLIAM, I., FILVAROFF, ELLEN, EATON, DAN, L., WATANABE, COLIN, K., GERRITSEN,MARY,E, GRIMALDI,CHRISTOPHER,J.

Fecha de Publicación: 17 de Junio de 2010.

Fecha Solicitud PCT: 24 de Agosto de 2000.

Fecha Concesión Europea: 3 de Marzo de 2010.

Clasificación PCT:

C07K14/47 QUIMICA; METALURGIA. › C07 QUIMICA ORGANICA. › C07K PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas C07D; ipéptidos cíclicos que no tienen en su molécula ningún otro enlace peptídico más que los que forman su ciclo, p. ej. piperazina diones-2,5, C07D; alcaloides del cornezuelo del centeno de tipo péptido cíclico C07D 519/02; proteínas monocelulares, enzimas C12N; procedimientos de obtención de péptidos por ingeniería genética C12N 15/00). › C07K 14/00 Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas; Somatostatinas; Melanotropinas; Sus derivados. › de mamíferos.
C12Q1/68 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
G01N33/574 FISICA. › G01 METROLOGIA; ENSAYOS. › G01N INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION DE SUS PROPIEDADES QUIMICAS O FISICAS (procedimientos de medida, de investigación o de análisis diferentes de los ensayos inmunológicos, en los que intervienen enzimas o microorganismos C12M, C12Q). › G01N 33/00 Investigación o análisis de materiales por métodos específicos no cubiertos por los grupos G01N 1/00 - G01N 31/00. › para el cáncer.

Clasificación antigua:

C07K14/47 C07K 14/00 […] › de mamíferos.
C12Q1/68 C12Q 1/00 […] › en los que intervienen ácidos nucleicos.
G01N33/574 G01N 33/00 […] › para el cáncer.

Países PCT: Austria, Bélgica, Suiza, Alemania, Dinamarca, España, Francia, Reino Unido, Grecia, Italia, Liechtensein, Luxemburgo, Países Bajos, Suecia, Mónaco, Portugal, Irlanda, Eslovenia, Finlandia, Rumania, Chipre, Lituania, Letonia, Ex República Yugoslava de Macedonia, Albania.

Fragmento de la descripción:

Polipéptidos secretados y transmembrana y ácidos nucleicos que los codifican.

Campo de la invención

La presente invención se refiere en general a la identificación y aislamiento de ADN nuevo y a la producción recombinante de polipéptidos nuevos.

Antecedentes de la invención

Las proteínas extracelulares tienen funciones importantes en, entre otras cosas, la formación, diferenciación y mantenimiento de organismos multicelulares. El destino de muchas células individuales, por ejemplo, proliferación, migración, diferenciación, o interacción con otras células, está gobernado habitualmente por la información recibida de otras células y/o el medio inmediato. Esta información es transmitida frecuentemente por polipéptidos secretados (por ejemplo, factores mitogénicos, factores de supervivencia, factores citotóxicos, factores de diferenciación, neuropéptidos, y hormonas) que, a su vez, es recibida e interpretada por diversos receptores de células o proteínas unidas a membrana. Estos polipéptidos secretados o moléculas de señalización pasan normalmente a través del mecanismo secretor de las células para alcanzar su sitio de acción en el medio extracelular.

Las proteínas secretadas tienen varias aplicaciones industriales, incluyendo productos farmacéuticos, de diagnóstico, biosensores y biorreactores. La mayoría de los fármacos de proteínas disponibles actualmente, tales como agentes trombolíticos, interferones, interleuquinas, eritropoyetinas, factores estimulantes de colonias, y varias otras citoquinas, son proteínas secretoras. Sus receptores, que son proteínas de membrana, también tienen potencial como agentes terapéuticos o de diagnóstico. Se están realizando esfuerzos tanto a nivel de industria como académica para identificar nuevas proteínas secretadas nativas. Muchos esfuerzos se centran en el cribado de bibliotecas de ADN recombinante de mamífero para identificar las secuencias codificantes de proteínas secretadas nuevas. En la literatura se describen ejemplos de procedimientos de cribado y técnicas [véase, por ejemplo, Klein et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 93: 7108-7113 (1996); Patente de Estados Unidos No. 5.536.637)]

Las proteínas unidas a membrana y receptores pueden tener funciones importantes en, entre otras cosas, la formación, diferenciación y mantenimiento de organismos multicelulares. El destino de muchas células individuales, por ejemplo, proliferación, migración, diferenciación, o interacción con otras células, está gobernado habitualmente por la información recibida de otras células y/o el medio inmediato. Esta información es transmitida frecuentemente mediante polipéptidos secretados (por ejemplo, factores mitogénicos, factores de supervivencia, factores citotóxicos, factores de diferenciación, neuropéptidos, y hormonas) que, a su vez, es recibida e interpretada por diversos receptores de células o proteínas unidas a membrana. Entre dichas proteínas unidas a membrana y receptores de células se incluyen, pero no se limitan a, receptores de citoquina, quinasas receptoras, fosfatasas receptoras, receptores implicados en las interacciones célula-célula, y moléculas de adhesina celular, como selectinas e integrinas. Por ejemplo, la transducción de señales que regulan el crecimiento y la diferenciación celular está regulada en parte por la fosforilación de varias proteínas celulares. Las proteínas tirosina quinasas, enzimas que catalizan ese proceso, también pueden actuar como receptores de los factores de crecimiento. Entre los ejemplos se incluyen el receptor del factor de crecimiento de fibroblastos y el receptor del factor de crecimiento nervioso.

Las proteínas unidas a membrana y las moléculas receptoras tienen varias aplicaciones industriales, incluyendo como agentes farmacéuticos y de diagnóstico. Las inmunoadhesinas receptoras, por ejemplo, se pueden utilizar como agentes terapéuticos para bloquear las interacciones receptor-ligando. Las proteínas unidas a membrana también se pueden utilizar para cribar el péptido potencial o pequeñas moléculas inhibidoras de la interacción receptor/ligando pertinente.

Se están realizando esfuerzos tanto a nivel de industria como académica para identificar nuevas proteínas unidas a membrana o receptores nativos. Muchos esfuerzos se centran en el cribado de bibliotecas de ADN recombinante de mamífero para identificar las secuencias codificantes de nuevas proteínas unidas a membrana o receptores.

Descripción resumida de la invención

La presente invención se refiere a procedimientos de utilización de los polipéptidos PRO tal como se describe en la presente invención para un conjunto de usos diagnósticos en base a los datos de ensayos biológicos funcionales presentados en los ejemplos siguientes, tal como se define en las reivindicaciones.

En una realización, la presente invención utiliza una molécula de ácido nucleico asilada que comprende una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido PRO.

En un aspecto, la molécula de ácido nucleico aislado comprende una secuencia de nucleótidos que tiene por lo menos aproximadamente un 80% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 81% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 82% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 83% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 84% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 85% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 86% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 87% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 88% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 89% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 90% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 91% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 92% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 93% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 94% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 95% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 96% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 97% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 98% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, y alternativamente por lo menos aproximadamente un 99% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos con (a) una molécula de ADN que codifica un polipéptido PRO que tiene una secuencia de aminoácidos de longitud completa tal como se describe aquí, una secuencia de aminoácidos que carece del péptido señal tal como se describe aquí, un dominio extracelular de una proteína transmembrana, con o sin el péptido señal, tal como se describe aquí o cualquier otro fragmento específicamente definido de la secuencia de aminoácidos de longitud completa tal como se describe aquí, o (b) el complemento de la molécula de ADN de (a).

En otros aspecto, la molécula de ácido nucleico comprende una secuencia de nucleótidos que tiene por lo menos aproximadamente un 80% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 81% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 82% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 83% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 84% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 85% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 86% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 87% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente por lo menos aproximadamente un 88% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos, alternativamente...

Reivindicaciones:

1. Procedimiento para detectar la presencia de un tumor en un mamífero, comprendiendo dicho procedimiento la comparación del nivel de expresión de un gen que codifica un polipéptido PRO1865 en (a) una muestra de análisis de células de tejido de esófago o piel obtenidas de dicho mamífero y (b) en una muestra de control de células de tejido normal conocidas del mismo tipo de células, en el que un nivel superior o inferior de la expresión de dicho gen que codifica un polipéptido PRO1865 en dicha muestra de análisis de tejido de esófago o piel en comparación con la muestra de control es indicativo de la presencia de tumor de esófago o melanoma, respectivamente, en dicho mamífero, en el que el polipéptido PRO1865 es un polipéptido que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con:

(a) la secuencia de aminoácidos mostrada en la SEC ID No. 132;

(b) la secuencia de aminoácidos codificada por la secuencia codificante de longitud completa del ADN depositado bajo el número de acceso ATCC 203543;

(d) la secuencia de aminoácidos de un dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, con su péptido señal asociado; o

(e) la secuencia de aminoácidos de un dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, que carece de su péptido señal, y

en el que una expresión superior es indicativa de la presencia de un tumor de esófago o melanoma.

2. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que el nivel de identidad es de por lo menos un 85%.

3. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que el nivel de identidad es de por lo menos un 90%.

4. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que el nivel de identidad es de por lo menos un 95%.

5. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que el nivel de identidad es de por lo menos un 99%.

6. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que el polipéptido comprende:

(a) la secuencia de aminoácidos mostrada en la SEC ID No. 132;

(b) la secuencia de aminoácidos codificada por la secuencia codificante de longitud completa del ADN depositado bajo el número de acceso ATCC 203543;

(d) la secuencia de aminoácidos de un dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, con su péptido señal asociado; o

(e) la secuencia de aminoácidos de un dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, que carece de su péptido señal.

7. Procedimiento para detectar la presencia de un tumor en un mamífero, comprendiendo dicho procedimiento la comparación del nivel de expresión de un polipéptido PRO1865 en (a) una muestra de análisis de células de tejido de esófago o piel obtenidas de dicho mamífero y (b) en una muestra de control de células de tejido normal conocidas del mismo tipo de células, en el que un nivel superior o inferior de la expresión de dicho polipéptido PRO1865 en dicha muestra de análisis de tejido de esófago o piel en comparación con la muestra de control es indicativo de la presencia de tumor de esófago o melanoma, respectivamente, en dicho mamífero, en el que el polipéptido PRO1865 es tal como se define en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 y en el que una expresión superior es indicativa de la presencia de un tumor de esófago o melanoma.

8. Procedimiento según la reivindicación 7, en el que dicho polipéptido PRO1865 se detecta utilizando un anticuerpo que se une específicamente a un polipéptido PRO1865 tal como se define en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6.

9. Procedimiento según la reivindicación 8, en el que el anticuerpo está marcado de manera detectable.

10. Procedimiento según la reivindicación 8, en el que el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal, un anticuerpo humanizado o un fragmento de anticuerpo.

11. Procedimiento según la reivindicación 10, en el que el fragmento de anticuerpo se selecciona del grupo que consiste en los fragmentos Fv, Fab, Fab' y F(ab')₂.

12. Procedimiento para detectar la presencia de un tumor en un mamífero, comprendiendo dicho procedimiento (a) poner en contacto un anticuerpo que se une específicamente a un polipéptido PRO1865 con una muestra de análisis de células de tejido de esófago o piel obtenidas del mamífero con una muestra de control de células de tejido normal conocidas del mismo tipo de células, y (b) detectar la formación de un complejo entre dicho anticuerpo y dicho polipéptido en la muestra de análisis y la muestra de control, en el que una cantidad mayor o menor de complejos formados en dicha muestra de análisis del tejido de esófago o piel en comparación con la muestra de control es indicativa de la presencia de tumor de esófago o melanoma, respectivamente, en el mamífero, en el que el polipéptido PRO1865 es tal como se define en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 y en el que una mayor cantidad de complejos es indicativa de la presencia de un tumor de esófago o melanoma.

13. Procedimiento para detectar la presencia de tumor en un mamífero, comprendiendo dicho procedimiento la comparación del nivel de expresión de un ácido nucleico que codifica PRO1865 en (a) una muestra de análisis de células de tejido de esófago o piel obtenidas de dicho mamífero, y (b) en una muestra de control de células de tejido normal conocidas del mismo tipo de células, en el que un nivel de expresión superior o inferior de expresión de dicho ácido nucleico que codifica PRO1865 en dicha muestra de análisis de tejido de esófago o piel en comparación con la muestra de control es indicativo de la presencia de tumor de esófago o melanoma, respectivamente, en dicho mamífero, en el que el ácido nucleico que codifica PRO1865 es un ácido nucleico que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos con:

(a) una secuencia de nucleótidos que codifica la secuencia de aminoácidos mostrada en la SEC ID No. 132;

(b) la secuencia de nucleótidos mostrada en la SEC ID No. 131;

(d) la secuencia codificante de longitud completa del ADN depositado bajo el número de acceso ATCC 203543;

(e) una secuencia de nucleótidos que codifica el polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, que carece de su péptido señal asociado;

(f) una secuencia de nucleótidos que codifica el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, con su péptido señal asociado; o

(g) una secuencia de nucleótidos que codifica el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, que carece de su péptido señal asociado, y

en el que la expresión superior es indicativa de la presencia de un tumor de esófago o melanoma.

14. Procedimiento según la reivindicación 13, en el que el nivel de identidad es de por lo menos un 85%.

15. Procedimiento según la reivindicación 13, en el que el nivel de identidad es de por lo menos un 90%.

16. Procedimiento según la reivindicación 13, en el que el nivel de identidad es de por lo menos un 95%.

17. Procedimiento según la reivindicación 13, en el que el nivel de identidad es de por lo menos un 99%.

18. Procedimiento según la reivindicación 13, en el que el ácido nucleico comprende:

(a) una secuencia de nucleótidos que codifica la secuencia de aminoácidos mostrada en la SEC ID No. 132;

(b) la secuencia de nucleótidos mostrada en la SEC ID No. 131;

(d) la secuencia codificante de longitud completa del ADN depositado bajo el número de acceso ATCC 203543;

(e) una secuencia de nucleótidos que codifica el polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, que carece de su péptido señal asociado;

(f) una secuencia de nucleótidos que codifica el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, con su péptido señal asociado; o

(g) una secuencia de nucleótidos que codifica el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la SEC ID No. 132, que carece de su péptido señal asociado.

19. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 13 a 18, en el que dicho ácido nucleico que codifica PRO1865 se detecta utilizando una sonda de ácidos nucleicos que se hibrida específicamente con dicho ácido nucleico que codifica PRO1865.

20. Procedimiento según la reivindicación 19, en el que la sonda de ácidos nucleicos está marcada de forma detectable.

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