Métodos y matrices para producir y secuenciar agrupaciones monoclonales de ácido nucleico.
Secciones de la CIP Técnicas industriales diversas y transportes Química y metalurgia
(22/04/2020). Solicitante/s: ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED. Clasificación: B01J19/00, C40B40/06, C40B50/14, C12Q1/6874.
Una micromatriz que comprende:
a) un sustrato que comprende al menos un pocillo, una superficie que rodea el pocillo y una superficie interna del pocillo;
b) una primera capa que cubre al menos parcialmente la superficie interna del pocillo y que comprende al menos un primer par de cebadores de captura; y
c) una segunda capa que cubre la primera capa y la superficie que rodea el pocillo, en donde el primer par de cebadores de captura en la primera capa está presente y es funcional en un ensayo de exclusión cinética (KEA) después de que se haya proporcionado la segunda capa.
PDF original: ES-2802405_T3.pdf
Utilización mejorada de cebadores de superficie en grupos.
(11/03/2020) Un método para preparar plantillas inmovilizadas para una reacción de secuenciación de ácido nucleico que comprende:
(a) proporcionar un soporte sólido que tiene un gran número de cebadores de amplificación directos e inversos inmovilizados sobre el mismo, en donde un subconjunto de dicho gran número de cebadores de amplificación comprende un punto de escisión;
(b) amplificar una plantilla de ácido nucleico objetivo usando el subconjunto de cebadores de amplificación en el soporte para producir un gran número de moléculas de ácido nucleico bicatenario, en donde ambas cadenas de cada molécula de ácido nucleico bicatenario están unidas al soporte sólido en sus extremos 5';
(c) escindir el subconjunto de cebadores de amplificación en el punto de escisión para producir un producto de amplificación linealizado que comprende una cadena…
Métodos y composiciones para la secuenciación de ácidos nucleicos.
(14/08/2019) Un método para determinar secuencias de polinucleótidos que comprende
(a) realizar una reacción de secuenciación que comprende ciclos repetidos de:
(i) incorporar conjugados de nucleótidos en una pluralidad de polinucleótidos para producir polinucleótidos extendidos,
(ii) detectar una primera colección de señales desde los polinucleótidos extendidos, en la que la primera colección de señales comprende señales de un marcador unido a un primer y segundo tipo de los conjugados de nucleótido,
(iii) añadir un marcador a un tercer que se incorporan en los polinucleótidos extendidos, produciendo así polinucleótidos modificados; y
(iv) detectar una segunda colección de señales desde los polinucleótidos modificados, en la que la segunda colección de señales comprende…
Métodos de estimación de números de cúmulos.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(16/04/2019). Solicitante/s: ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED. Clasificación: C12Q1/6806.
Un método de predicción de números de cúmulos o densidades de cúmulos que se producirán a partir de la amplificación en fase sólida de ácidos nucleicos que comprende: proporcionar un soporte sólido que tiene varios cebadores de captura inmovilizados sobre sí mismo; proporcionar cadenas de plantilla capaces de hibridarse con al menos algunos de dichos cebadores de captura; marcar las cadenas de plantilla o las extensiones de las mismas, si dichas cadenas no están ya marcadas; detectar la señal de las cadenas marcadas o extensiones de las mismas para determinar el número de cadenas individuales de plantilla presente en el soporte sólido; y analizar dicha señal detectada para estimar el número de cúmulos o las densidades de cúmulos que se obtendrán después de la amplificación de cúmulos de dichas cadenas de plantilla correlacionando el número de cadenas individuales de plantilla presentes con el número o las densidades previstos de cúmulos.
PDF original: ES-2709395_T3.pdf
Mutantes de recombinasas.
Secciones de la CIP Química y metalurgia Técnicas industriales diversas y transportes
(10/04/2019). Solicitante/s: ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED. Clasificación: C12Q1/68, C12N15/11, B01J19/00, C07K14/01.
Una UvsX recombinante que comprende una secuencia de aminoácidos que es al menos 90 %, 95 % o 99 % idéntica a la SEQ ID NO: 1, cuya UvsX recombinante comprende una mutación por sustitución de aminoácidos en la posición funcionalmente equivalente a la posición 256 en la UvsX de RB49 de SEQ ID NO: 1; teniendo dicha UvsX recombinante actividad recombinasa aumentada en comparación con un polipéptido de recombinasa UvsX de T4 que tiene la SEQ ID NO: 8 o con un polipéptido de recombinasa UvsX de RB49 que tiene toda la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 1, excepto por una sustitución de His a Ser en la posición del aminoácido 63 de la SEQ ID NO: 1; en la que dicha mutación por sustitución comprende una mutación a un resto básico, opcionalmente, en la que dicha mutación por sustitución comprende una mutación en un resto de lisina.
PDF original: ES-2729302_T3.pdf
Métodos para reducir el sesgo de GC dependiente de la densidad en la amplificación.
(25/03/2019) Un método para reducir el sesgo de GC dependiente de la densidad y/o del daño del ácido nucleico en la amplificación en puente de un molde de ácido nucleico bicatenario en una superficie que comprende:
a) desnaturalizar el molde de ácido nucleico con una primera solución que comprende formamida y un solo tipo de dNTP y/o un solo tipo de rNTP, o una mezcla de diferentes dNTP y/o rNTP para producir cadenas de molde de ácido nucleico monocatenario;
b) opcionalmente, reemplazar la primera solución por una segunda solución;
c) hibridar las cadenas del molde de ácido nucleico monocatenario a cebadores de oligonucleótidos unidos a la superficie; y
d) reemplazar…
Amplificación de exclusión cinética de bibliotecas de ácidos nucleicos.
(10/01/2018) Un método para amplificar los ácidos nucleicos, que comprende
(a) proporcionar
(i) una matriz de sitios de amplificación que tiene uno o más agentes de captura y
(ii) un agente de amplificación que comprende una solución que comprende una pluralidad de ácidos nucleicos diana diferentes,
en donde el número de los ácidos nucleicos diana diferentes en la solución excede el número de sitios de amplificación en la matriz,
en donde los ácidos nucleicos diana diferentes tienen un acceso fluídico a la pluralidad de sitios de amplificación, y
en donde cada uno de los sitios de amplificación es capaz de estar ocupado por varios ácidos nucleicos diana de la pluralidad…
Métodos y composiciones para la secuenciación de ácidos nucleicos.
(12/07/2017) Un método de secuenciación por síntesis (SBS) basado en fluorescencia para determinar la secuencia de un polinucleótido que comprende detectar en una reacción de secuenciación la incorporación de tres tipos diferentes de conjugados de nucleótidos detectables en un polinucleótido y determinar la incorporación de un cuarto tipo de nucleótido basado en el patrón de detección de los tres tipos diferentes de nucleótidos detectables en el polinucleótido determinando con ello la secuencia de un polinucleótido, en el que la incorporación de tres tipos diferentes de conjugados de nucleótidos detectables se detecta a partir de un estado de señal; y en el que se detecta un primer nucleótido conjugado, unido a un primer fluoróforo, en un primer canal;
se detecta un segundo…