Métodos, conjuntos de sondas, y equipos para detección de eliminación de gen supresor de tumores mediante hibridación in situ de fluorescencia.
Un método para realizar un ensayo en función de hibridación in situ con fluorescencia para eliminación de un gen supresor de tumor que comprende:
(a) realizar hibridación in situ con fluorescencia (FISH) con un conjunto de sondas sobre una muestra celular que comprende una pluralidad de células,
en donde el conjunto de sondas comprende por lo menos una primera sonda de flanqueo que se hibrida con una posición centromérica para el gen supresor de tumor, por lo menos una segunda sonda de flanqueo que se hibrida en una posición telomérica para el gen supresor de tumor, y por lo menos una sonda objetivo que se hibrida al gen supresor de tumor;
(b) enumerar las señales FISH desde por lo menos una primera y por lo menos una segunda sondas de flanqueo y por lo menos una sonda objetivo en la pluralidad de células;
(c) proporcionar por lo menos una frecuencia de eliminación de artefactos desde una muestra de control para (1) una eliminación que afecta solo la sonda objetivo, (2) una eliminación que afecta la sonda objetivo y la sonda de flanqueo centromérica más cercana a la sonda objetivo, (3) una eliminación que afecta la sonda objetivo y la sonda de flanqueo telomérica más cercana a la sonda objetivo, o (4) una eliminación que afecta la sonda objetivo, la sonda de flanqueo centromérica más cercana a la sonda objetivo, y la sonda de flanqueo telomérica más cercana a la sonda objetivo, la frecuencia de eliminación de artefactos se selecciona de (i) una frecuencia de eliminación hemicigota de artefactos y
(ii) una frecuencia de eliminación homocigota de artefactos;
(d) determinar por lo menos una frecuencia de eliminación aparente a partir de las señales FISH enumeradas de la etapa (b), para el mismo tipo de evento de eliminación que por lo menos una frecuencia de eliminación de artefactos de la etapa (c),
la frecuencia de eliminación aparente se selecciona de (i) una frecuencia de eliminación hemicigota aparente y (ii) una frecuencia de eliminación homocigota aparente,
en donde por lo menos una frecuencia de eliminación aparente comprende una frecuencia de eliminación hemicigota aparente si no se proporciona una frecuencia de eliminación homocigota de artefactos en la etapa (c), y en donde por lo menos una frecuencia de eliminación aparente comprende una frecuencia de eliminación homocigota aparente si no se proporciona una frecuencia de eliminación hemicigota de artefactos en la etapa (c); y
(e) determinar si la muestra comprende células con una eliminación hemicigota del gen supresor de tumor en función de si la frecuencia de eliminación hemicigota aparente es significativamente mayor que la frecuencia de eliminación hemicigota de artefactos, o determinar si la muestra comprende células con una eliminación homocigota del gen supresor de tumor en función de si la frecuencia de eliminación homocigota aparente es significativamente mayor que la frecuencia de eliminación homocigota de artefactos.
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/CA2011/000268.
Solicitante: QUEEN'S UNIVERSITY AT KINGSTON.
Nacionalidad solicitante: Canadá.
Dirección: Kingston, Ontario K7L 3N6 CANADA.
Inventor/es: SQUIRE,JEREMY A, YOSHIMOTO,MAISA.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- C07H21/00 QUIMICA; METALURGIA. › C07 QUIMICA ORGANICA. › C07H AZUCARES; SUS DERIVADOS; NUCLEOSIDOS; NUCLEOTIDOS; ACIDOS NUCLEICOS (derivados de ácidos aldónicos o sacáricos C07C, C07D; ácidos aldónicos, ácidos sacáricos C07C 59/105, C07C 59/285; cianohidrinas C07C 255/16; glicales C07D; compuestos de constitución indeterminada C07G; polisacáridos, sus derivados C08B; ADN o ARN concerniente a la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos o su aislamiento, preparación o purificación C12N 15/00; industria del azúcar C13). › Compuestos que contienen al menos dos unidades mononucleótido que tienen cada una grupos fosfato o polifosfato distintos unidos a los radicales sacárido de los grupos nucleósido, p. ej. ácidos nucleicos.
- C12Q1/68 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
- C40B30/04 C […] › C40 TECNOLOGIA COMBINATORIA. › C40B QUIMICA COMBINATORIA; BIBLIOTECAS, p. ej. QUIMIOTECAS (bibliotecas combinatorias in silico de ácidos nucleicos, proteínas o péptidos G16B 35/00; química combinatoria in silico G16C 20/60). › C40B 30/00 Procedimientos de selección de bibliotecas. › midiendo la capacidad para unirse específicamente a una molécula diana, p. ej. unión anticuerpo-antígeno, unión receptor-ligando.
- C40B40/06 C40B […] › C40B 40/00 Bibliotecas per se , p. ej. arrays, mezclas. › Bibliotecas que contienen nucleótidos o polinucleótidos, o sus derivados.
- C40B50/00 C40B […] › Procedimientos de creación de bibliotecas, p. ej. síntesis combinatoria.
PDF original: ES-2554497_T3.pdf
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