Signatura para el diagnóstico de la agresividad y la inestabilidad genética del cáncer de mama.

Método para pronosticar una mala supervivencia de un paciente que sufre un cáncer de mama,

que comprende:

a) medir in vitro el nivel de expresión del gen POLQ y/o una o varias de sus isoformas, y el nivel de expresión de un gen de control en una muestra de cáncer de mama de dicho paciente,

b) calcular para dicho gen POLQ y/o isoforma una relación de nivel de expresión del nivel de expresión de POLQ y/o una o varias de sus isoformas a la expresión de dicho gen de control en dicha muestra de cáncer de mama del paciente,

c) comparar dicha relación del nivel de expresión génica con un valor umbral correspondiente, y

d) pronosticar una mala supervivencia si dicha relación es superior a su valor umbral correspondiente.

Signatura para el diagnóstico de la agresividad y la inestabilidad genética del cáncer de mama Campo de la invención

La presente invención se refiere al campo del tratamiento del cáncer de mama, incluyendo el diagnóstico de la agresividad e inestabilidad genética de dicho cáncer de mama, y la selección de un tratamiento apropiado. La invención se basa en el hallazgo de que la sobreexpresión de POLQ está muy relacionada con la agresividad de un tumor de mama, y de este modo con la supervivencia del paciente. La misma sobreexpresión también está correlacionada con la inestabilidad genética, que entonces se puede usar para exterminar células tumorales. La radioterapia, por ejemplo, es más eficaz en ADN que ya está dañado. Igualmente, los inhibidores de la reparación del ADN pueden prevenir la reparación de rupturas del ADN, conduciendo así a la muerte de la célula tumoral.

Antecedentes de la técnica

El cáncer de mama es la neoplasia más habitual entre mujeres, y presenta una de las tasas de mortalidad más elevadas de todos los cánceres que afectan a las mujeres. La mayoría de los cánceres aparecen como una masa indolora que crece lentamente. Existe un número de signos físicos que pueden sugerir la presencia de cáncer de mama, y éstos se pueden descubrir a través del examen de la mama. El cáncer de mama se metastatiza por extensión directa, y vía el sistema linfático y el torrente sanguíneo.

Existe un número de métodos actualmente usados para tratar cáncer de mama, incluyendo cirugía, radioterapia, terapia hormonal, y quimioterapia. La terapia del cáncer exitosa está dirigida al tumor primario y a cualesquiera metástasis, ya sea clínicamente manifiestas o microscópicas. Debido a que los tumores de mama se pueden curar con terapia de modalidad combinada, cada uno de los métodos anteriores se puede usar solo o en combinación con una o más terapias adicionales.

La selección de un tratamiento apropiado es crucial para el paciente. Es esencial conocer cuándo usar inmediatamente un protocolo de tratamiento molesto y agresivo a fin de prevenir la extensión de un cáncer de mama agresivo. De otro modo, la supervivencia del paciente se puede ver muy comprometida: aunque existen muchas técnicas para detectar, diagnosticar, y tratar cáncer de mama, la enfermedad sigue siendo el cáncer más habitual en mujeres, y uno de los más mortales (Jemal et al., Cáncer Statistics 59: 225-249, 29). Por el contrario, la realización de un tratamiento molesto y agresivo cuando no es necesario por el tumor portado por el paciente es también desventajosa para el paciente. De hecho, los tratamientos molestos y agresivos siempre conducen a toxicidades adversas que pueden afectar significativamente a la calidad de vida del paciente. Además, tales tratamientos molestos y agresivos son habitualmente muy costosos, y de este modo se deberían de realizar solamente cuando sea necesario.

Actualmente, la selección del tratamiento se basa en el proceso de determinación de la extensión del tumor, que se realiza habitualmente usando el ensayo de Tumor/Nodo/Metástasis (TNM) de la American Joint Committee on Cáncer (AJCC). El sistema TNM asigna un número basado en tres categorías. T representa el tamaño tumoral, N el grado de implicación del ganglio linfático, y M el grado de metástasis. La etapa más extensa de un cáncer se da habitualmente como un número I, II, III, IV derivado del valor de TNM agrupado por pronóstico. Un número más elevado indica un cáncer más avanzado, y probablemente un resultado peor:

La etapa describe cáncer de mama no invasivo. No se ha extendido en la mama o a otras partes del cuerpo.

La etapa I es una etapa temprana de cáncer de mama invasivo, en la que el tumor mide no más de 2 centímetros (cm) de diámetro, y no están implicados los ganglios linfáticos. En esta etapa, el cáncer no se ha extendido fuera de la mama.

La etapa II, subdividida en IIA y IIB, describe cánceres de mama invasivos en los que uno de los siguientes es verdad:

El tumor mide menos de 2 cm pero se ha extendido a los ganglios linfáticos bajo el brazo

No se encuentra ningún tumor en la mama, pero se encuentra cáncer en los ganglios linfáticos de las axilas

El tumor tiene entre 2 cm y 5 cm (alrededor de 1 y 2 pulgadas), y se puede haber extendido a los ganglios linfáticos bajo el brazo

El tumor es mayor que 5 cm, pero no se ha extendido a ninguno de los ganglios linfáticos

Los cánceres de mama de la etapa III se subdividen en tres categorías - MIA, IIIB y III - basándose en un número de diferentes criterios. Por definición, los cánceres de la etapa III no se han extendido (metastatlzado) a sitios distantes.

Un tumor de la etapa MIA, por ejemplo, es mayor que 5 cm y se ha extendido a uno a tres ganglios linfáticos bajo el brazo. Otros tumores de la etapa MIA pueden tener cualquier tamaño y se pueden haber extendido a múltiples ganglios linfáticos. Los ganglios linfáticos se agrupan juntos y se unen entre sí o al tejido circundante.

En el cáncer de mama de la etapa IIIB, un tumor de cualquier tamaño se ha extendido a tejidos cerca de la mama - la piel y músculos del pecho - y se puede haber extendido a ganglios linfáticos en la mama o bajo el brazo. La etapa IIIB también Incluye cáncer de mama inflamatorio, un tipo Inusual pero agresivo de cáncer de mama.

El cáncer de etapa MIC es un tumor de cualquier tamaño que se ha extendido:

A 1 o más ganglios linfáticos bajo el brazo

A ganglios linfáticos por encima o por debajo de la clavícula y cerca del cuello

A ganglios linfáticos en la propia mama y a ganglios linfáticos bajo el brazo

El cáncer de mama de etapa IV se ha extendido a otras partes distantes del cuerpo, tales como los pulmones, hígado, huesos o cerebro.

Aunque este ensayo y el sistema de determinación del grado de extensión proporcionan cierta información valiosa con respecto a la etapa en la que el cáncer de mama se ha diagnosticado en el paciente, no pueden identificar las etapas más tempranas de la progresión del tumor. Se ha mostrado que la inestabilidad genética es uno de los primeros sucesos de la tumorigénesis (Bartkova et al., Nature, 434: 864-87, 25; Gorgoulis et al., Nature, 434: 97-913, 25). Sin embargo, esto no se puede detectar con el ensayo de TNM, sino sólo mediante ensayos que son difíciles de usar en una base habitual en el consultorio. Además, el ensayo de TNM no da información sobre la agresividad del tumor, y de este modo la utilidad para el pronóstico es limitada. De hecho, a fin de realizar un pronóstico fiable, es importante ser capaces de distinguir en las etapas más tempranas entre tumores agresivos y no agresivos. Aunque está claro que los pacientes en la etapa IV tienen un mal pronóstico, el hecho de que un cáncer de mama se diagnostique en una etapa temprana no excluye la posibilidad de que el tumor, aunque en su etapa más temprana, pueda desarrollarse después muy rápidamente. Por el contrario, cuando los ganglios linfáticos son invadidos por células tumorales, el ensayo de TNM da un mal pronóstico, y el paciente se somete habitualmente a una cirugía molesta seguido de quimioterapia intensiva. Sin embargo, si algunos de estos pacientes sufriesen actualmente un cáncer de mama no agresivo, se podría evitar la quimioterapia, que es un tratamiento agresivo y mutagénico, sin disminuir el pronóstico de supervivencia del paciente.

Existe de este modo una necesidad real de mejores ensayos de pronóstico del cáncer de mama, no sólo para mejorar la supervivencia global del paciente, sino también para mejorar su calidad de vida y mantener quimioterapias agresivas y costosas para pacientes que se beneficiarán realmente de ellas. El hallazgo de ensayos de pronóstico nuevos y más fiables es de este modo un campo de Investigación muy activo.

En la proliferación celular normal, la repllcaclón del ADN se lleva a cabo por 3 ADN pollmerasas, conocidas como polimerasas replicantes (POLA, POLD y POLE). Sin embargo, se han Identificado en células humanas otras 1 ADN polimerasas, que se sabe que son pollmerasas especializadas y cuyas funciones todavía son desconocidas en gran medida. Parece que estas polimerasas especializadas se han mantenido a lo largo de la evolución debido a su capacidad para procesar a pesar del daño del ADN. También parece que estas polimerasas son muy mutagénicas, y que su actividad está fuertemente controlada.

La POLQ (también conocida como POL theta o POL) es una de estas ADN polimerasas especializadas, y contienen dominio de helicasa en su porción N-term¡nal y un dominio de polimerasa en su término C. Aunque la función de esta ADN polimerasa especializada particular es todavía... [Seguir leyendo]

1. Método para pronosticar una mala supervivencia de un paciente que sufre un cáncer de mama, que comprende:

a) medir in vitro el nivel de expresión del gen POLQ y/o una o varias de sus isoformas, y el nivel de expresión de un gen de control en una muestra de cáncer de mama de dicho paciente,

b) calcular para dicho gen POLQ y/o isoforma una relación de nivel de expresión del nivel de expresión de POLQ y/o una o varias de sus isoformas a la expresión de dicho gen de control en dicha muestra de cáncer de mama del paciente,

c) comparar dicha relación del nivel de expresión génica con un valor umbral correspondiente, y

d) pronosticar una mala supervivencia si dicha relación es superior a su valor umbral correspondiente.

2. Método según la reivindicación 1, en el que el paciente presenta un número elevado de ganglios linfáticos metastásicos.

3. Método según la reivindicación 1, en el que el cáncer de mama expresa un ADNc de p53 de tipo salvaje.

4. Método para diagnosticar la inestabilidad genética en un cáncer de mama en un paciente a partir de una muestra de cáncer de mama de dicho paciente, que comprende:

a) medir in vitro el nivel de expresión del gen POLQ y una o varias de sus isoformas, y el nivel de expresión de un gen de control en dicha muestra de cáncer de mama del paciente,

b) calcular para dicho gen POLQ y/o isoforma una relación de nivel de expresión del nivel de expresión de POLQ y/o una o varias de sus isoformas a la expresión de dicho gen de control en dicha muestra de cáncer de mama del paciente,

c) comparar dicha relación del nivel de expresión génica con un valor umbral correspondiente, y

d) diagnosticar la inestabilidad genética del cáncer de mama si dicha relación es superior a su valor umbral correspondiente.

5. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que dicho gen de control es un gen constitutivo.

6. Método según la reivindicación 5, en el que dicho gen constitutivo es un gen seleccionado de entre el grupo que consiste en B2M, TFRC, YWHAZ, RPLO, 18S, GUSB, UBC, TBP, GAPDH, PPIA, POLR2A, ACTB, PGK1, HPRT1, IP8 y HMBS.

7. Método según la reivindicación 6, en el que dicho gen es IP8 o HMBS.

8. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en el que dicho nivel de expresión se mide al nivel del ARNm.

9. Método según la reivindicación 8, en el que dicho nivel de expresión se mide utilizando PCR cuantitativa o tecnología de micromatrices.

1. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en el que dicho nivel de expresión se mide a nivel proteico.

11. Método según la reivindicación 1, en el que dicho nivel de expresión se mide utilizando anticuerpos específicos.

12. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11, en el que dicho valor umbral es 15,8.

13. Utilización de una micromatriz que comprende a lo sumo 5 sondas, hibridándose específicamente al menos una de las cuales a POLQ, e hibridándose específicamente al menos otra sonda a un gen seleccionado de entre el grupo que consiste en el gen IP8 y el gen HBMS en el método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12.

14. Utilización de un kit, que comprende una micromatriz, comprendiendo dicha micromatriz a lo sumo 5 sondas, hibridándose específicamente al menos una de las cuales a POLQ, e hibridándose específicamente al menos otra sonda a un gen seleccionado de entre el grupo que consiste en el gen IP8 y el gen HBMS, o cebadores de amplificación para POLQ, comprendiendo además dicho kit unos cebadores de amplificación específicos para un gen seleccionado de entre el grupo que consiste en el gen IP8 y el gen HBMS, en el método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12.

15. Método para pronosticar la eficacia de radioterapia o de inhibidores de la reparación del ADN, de la señalización del daño al ADN o del metabolismo nucleotídico, en el tratamiento de cáncer de mama en un paciente, que comprende:

a) diagnosticar o no la inestabilidad genética en dicho cáncer de mama en dicho paciente utilizando el método según la reivindicación 4, y

b) pronosticar la eficacia de la radioterapia o de los inhibidores de la reparación del ADN si se ha

diagnosticado una inestabilidad genética en la etapa a).