Pronóstico molecular y clasificación de melanoma maligno en base a marcadores seleccionados entre la lista que consiste en RGS1, NCOA3, SPP1, PHIP.

Un método para proporcionar un pronóstico para melanoma en un sujeto,

comprendiendo el método las etapas de:

(a) poner en contacto una muestra biológica del sujeto con reactivos que se unen específicamente a marcadores seleccionados que comprenden: (i) los polipéptidos RGS1, NCOA3, SPP1, y PHIP, o (ii) los ácidos nucleicos que codifican los polipéptidos, en el que existe al menos un reactivo que se une a cada marcador; y

(b) determinar si cada uno de los marcadores seleccionados se sobreexpresa o no en la muestra; proporcionando de este modo un pronóstico para melanoma en el sujeto.

Pronóstico molecular y clasificación de melanoma maligno en base a marcadores seleccionados entre la lista que consiste en RGS1, NCOA3, SPP1, PHIP

Antecedentes de la invención

El melanoma es la quinta neoplasia más común en los Estados Unidos, cuya incidencia está creciendo más rápidamente que cualquier otra forma de cáncer. Actualmente aproximadamente uno de cada setenta americanos se espera que desarrolle melanoma durante su vida. El melanoma es un tumor maligno de melanocitos (células pigmentarias). Aunque la mayoría de los melanomas surgen en la piel, este cáncer también puede surgir en superficies mucosas o en otros sitios a los cuales migran las células de la cresta neural. Los melanomas que no se han propagado más allá de su sitio de origen son muy curables ya que estas formas tempranas son lesiones delgadas que no han invadido más allá de la dermis papilar. El tratamiento de dichos melanomas localizados en fase temprana es escisión quirúrgica con márgenes proporcionales a la microfase de la lesión primaria. Algunos melanomas que se han propagado a ganglios linfáticos regionales pueden ser curables con escisión amplia del tumor primario y eliminación de los ganglios linfáticos regionales implicados. En contraste, las formas más avanzadas de melanoma presentan un elevado riesgo de mortalidad por metástasis. Cuando sucede metástasis, las células cancerosas pueden propagarse mediante los ganglios linfáticos hasta sitios distantes tales como el hígado, los pulmones, o el cerebro. El pronóstico para pacientes en las fases más tardías de esta enfermedad es malo con una supervivencia promedio de seis a diez meses.

La capacidad de curar las formas tempranas de melanoma acoplado con su rápida conversión en una forma metastásica incurable pone de relieve la necesidad de métodos de diagnóstico más precisos tanto para la detección temprana de esta enfermedad como para mejores marcadores que sirvan como pronosticadores del progreso de la enfermedad para producir estrategias de tratamiento médico mejor informadas. Lo que compone el problema de idear estrategias terapéuticas apropiadas basadas en diagnóstico y pronóstico precisos es el hecho de que los médicos han descubierto que el melanoma frecuentemente muestra un comportamiento clínico impredecible. Por ejemplo, aunque el grosor vertical del tumor primario es uno de los factores de pronóstico más importante que determina la supervivencia, muchos pacientes con melanomas gruesos no tienen metástasis mientras que un pequeño subconjunto de pacientes con tumores delgados mueren de su enfermedad. Por lo tanto se requieren marcadores mejorados para mejorar los algoritmos de pronóstico para pacientes de melanoma recién diagnosticado. Aunque se han estudiado extensivamente, no se usan rutinariamente factores moleculares en el diagnóstico y la evaluación del pronóstico de pacientes con melanoma. Dichos biomarcadores proporcionarían nuevas vías para la detección de melanoma temprano y constituirían dianas para la evaluación del riesgo de melanoma, así como dianas para el desarrollo de nuevos fármacos. Los métodos y composiciones de esta invención proporcionan estas herramientas adicionales para el cuidado de pacientes con melanoma.

Breve sumario de la invención

Generalmente, los métodos de esta Invención encuentran uso particular en diagnosticar o proporcionar un diagnóstico para melanoma detectando los marcadores NCOA3, Wnt-2, PHIP (proteína de interacción con el dominio de homología a pleckstrlna), osteopontina (SPP1), WIF1, ARPC2, proteína inducible por G1P3/IFN alfa, MIP1 alfa, proteína A1 relacionada con Bfl1/Bcl-2, RGS1, Fibronectina 1 (FN1), y/o POU5F1/Oct3/4,que se expresan de forma diferencial (reguladas negativa o positivamente) en células de melanoma y se correlacionan con la progresión de melanoma. Estos marcadores por tanto pueden usarse de forma diagnóstica para distinguir melanoma de nevos benignos. También pueden usarse de forma pronostica para determinar la probabilidad de supervivencia global, estado SLN, supervivencia sin recidiva, y supervivencia específica de enfermedad. Los marcadores pueden usarse solos o en combinación. En una realización, se usan Wnt-2, ARPC2, SPP1, RGS1, y FN1 en un ensayo de diagnóstico de cinco marcadores para distinguir nevos benignos de melanoma. En otra realización, se usan NCOA3 y SPP1, y NCOA3, SPP1, y RGS1 en un ensayo de pronóstico de dos o tres marcadores para determinar la probabilidad de supervivencia global, estado SLN, supervivencia sin recidiva, y supervivencia específica de enfermedad. En una realización adicional, se usan ARPC2, FN1, NCOA3, RGS1, SPP1, y WNT2 en un ensayo de diagnóstico de seis marcadores para melanoma. En otra realización, se usan RGS 1, NCOA3, SPP1, y PHIP en un ensayo de pronóstico de cuatro marcadores para melanoma.

Se proporcionan kits de diagnóstico y pronóstico que comprenden reactivos para detectar uno o más marcadores. También se proporcionan por la invención métodos para identificar compuestos que son capaces de prevenir o tratar la progresión de melanoma modulando los marcadores NCOA3, Wnt-2, PHIP (proteína de interacción con el dominio de homología a pleckstrina), osteopontina (SPP1), WIF1, ARPC2, proteína Inducible porG1P3/IFN alfa, MIP1 alfa, proteína A1 relacionada con Bfl1/Bcl-2, RGS1, Fibronectina 1, o POUSF1/Oct3/4. Finalmente, se proporcionan métodos terapéuticos, donde se trata el melanoma usando moléculas de ARNIp que se unen específicamente a uno o más de los marcadores NCOA3, Wnt-2, PHIP (proteína de interacción con el dominio de homología a pleckstrina), osteopontina (SPP1), WIF1, ARPC2, proteína inducible por G1P3/IFN alfa, MIP1 alfa, proteína A1 relacionada con Bfl1/Bcl-2, RGS1, Fibronectina 1, o POU5F1/Oct3/4.

En una primera realización, esta invención proporciona un método para diagnosticar melanoma en un sujeto poniendo en contacto una muestra bilógica del sujeto con uno o más de un reactivo que se une específicamente a un marcador polipeptídico seleccionado entre el grupo que consiste en NCOA3, Wnt-2, PHIP (proteína de interacción con el dominio de homología a pleckstrina), osteopontina (SPP1), WIF1, ARPC2, proteína inducible por G1P3/IFN alfa, MIP1 alfa, proteína A1 relacionada con Bfl1/Bcl-2, RGS1, Fibronectina 1, o POU5F1/Oct3/4 o uno o más de un reactivo que se une específicamente a un marcador de ácido nucleico seleccionado entre el grupo que consiste en NCOA3, Wnt-2, PHIP (proteína de interacción con el dominio de homología a pleckstrina), osteopontina (SPP1), WIF1, ARPC2, proteína inducible por G1P3/IFN alfa, MIP1 alfa, proteína A1 relacionada con Bfl1/Bcl-2, RGS1, Fibronectina 1, o POU5F1/Oct3/4 y después determinando si uno o más de un marcador se expresa de forma diferencial o no en la muestra para proporcionar un diagnóstico para melanoma. En un aspecto de esta realización, el método incluye determinar si dos o más de los marcadores se expresan de forma diferencial o no en la muestra, donde los marcadores se seleccionan independientemente. En otro aspecto de esta realización, el reactivo puede ser un anticuerpo, que puede ser monoclonal. En otro aspecto de esta realización, el reactivo puede ser un ácido nucleico, incluyendo un oligonucleótido o serie de cebadores de RT PCR. En otros aspectos de esta realización, el melanoma es melanoma primario o melanoma metastásico y la muestra puede ser una biopsia de piel. En aspectos adicionales de esta realización, el diagnóstico distingue entre nevos benignos frente a melanoma maligno. En un aspecto particular de esta realización, el marcador es Wnt-2. En algunos formatos, la etapa de determinación puede realizarse usando un inmunoensayo enzimático, tal como un ensayo ELISA o ensayo inmunohistoquímico. En otros formatos, la etapa de determinación puede realizarse usando FISH o CGH.

En una segunda realización, esta invención proporciona un método para proporcionar un pronóstico para melanoma en un sujeto poniendo en contacto una muestra biológica del sujeto con un reactivo que se une específicamente a un marcador polipeptídico seleccionado entre el grupo que consiste en NCOA3, Wnt-2, PHIP (proteína de interacción con el dominio de homología a pleckstrina), osteopontina (SPP1), WIF1, ARPC2, proteína inducible por G1P3/IFN alfa, MIP1 alfa, proteína A1 relacionada con Bfl1/Bcl-2, RGS1, Fibronectina 1, o POU5F1/Oct3/4 o un reactivo que se une específicamente a un marcador de ácido nucleico seleccionado entre el grupo que consiste en NCOA3, Wnt-2, PHIP (proteína de interacción con el dominio de homología a pleckstrina), osteopontina (SPP1), WIF1, ARPC2, proteína inducible por G1P3/IFN alfa, MIP1 alfa, proteína A1 relacionada con Bfl1/Bcl-2, RGS1, Fibronectina 1, o POU5F1/Oct3/4, y después determinando si el... [Seguir leyendo]

1. Un método para proporcionar un pronóstico para melanoma en un sujeto, comprendiendo el método las etapas de:

(a) poner en contacto una muestra biológica del sujeto con reactivos que se unen específicamente a marcadores seleccionados que comprenden: (i) los polipéptidos RGS1, NCOA3, SPP1, y PHIP, o (ii) los ácidos nucleicos que codifican los polipéptidos, en el que existe al menos un reactivo que se une a cada marcador; y

(b) determinar si cada uno de los marcadores seleccionados se sobreexpresa o no en la muestra; proporcionando de este modo un pronóstico para melanoma en el sujeto.

2. El método de la reivindicación 1, en el que:

(a) los reactivos son anticuerpos;

(b) los reactivos son anticuerpos marcados;

(c) los reactivos son anticuerpos y dicha determinación se realiza usando un inmunoensayo enzimático seleccionado entre el grupo que consiste en ensayo inmunohistoquímico y ELISA;

(d) los reactivos son ácidos nucleicos;

(e) los reactivos son cebadores de RT PCR; o

(f) la etapa de determinación comprende el uso de FISH o CGH.

3. El método de la reivindicación 1, en el que la muestra es una biopsia de piel.

4. El método de la reivindicación 1, en el que la etapa de determinación comprende correlacionar la elevada expresión del marcador con un fenotipo mestastásico para las células de la muestra.

5. El método de la reivindicación 1, en el que la elevada expresión de cada uno de los marcadores seleccionados se correlaciona con un pronóstico seleccionado entre el grupo que consiste en: metástasis a ganglios linfáticos regionales, recidiva, y muerte.

6. Un kit para su uso en proporcionar un pronóstico de melanoma en un sujeto, comprendiendo el kit reactivos que se unen específicamente a un panel de marcadores seleccionados que comprende: (i) los polipéptidos RGS1, NCOA3, SPP1, y PHIP, o (ii) los ácidos nucleicos que codifican los polipéptidos.

7. El kit de la reivindicación 6, en el que los reactivos son anticuerpos.

8. El kit de la reivindicación 7, en el que los anticuerpos están marcados.

9. El kit de la reivindicación 7, que comprende adicionalmente reactivos adicionales para la detección usando un inmunoensayo enzimático seleccionado entre el grupo que consiste en ensayo inmunohistoquímico y ELISA.

10. El kit de la reivindicación 7, que comprende adicionalmente reactivos adicionales para la detección usando FISH o CGH.

11. El kit de la reivindicación 6, en el que los reactivos son ácidos nucleicos o son cebadores de RT PCR.