Procedimiento in vitro de diagnóstico del cáncer de piel.

Procedimiento in vitro destinado a identificar a un sujeto que padece o que presenta una predisposición al cáncerde piel,

caracterizado porque comprende la etapa de análisis de una muestra biológica de dicho sujeto mediante:

a) la detección de un polimorfismo del gen MATP/SLC45A2 de SEC ID no 1, asociado a un solo nucleótido(SNP) se selecciona de entre el grupo que comprende la SNP rs16891982, que corresponde al nucleótido Nen la posición 301 de la SEC ID no 2, estando el nucleótido G asociado a un cáncer cutáneo y que conduce ala presencia de una fenilalanina en la posición 374 de la proteína MATP/SLC45A2 de SEC ID no 3 y el SNPrs26722 que corresponde al nucleótido N en la posición 301 de la SEC ID no 4, estando el nucleótido Casociado a un cáncer cutáneo y que conduce a la presencia de un residuo de glutamato en la posición 272 dela proteína MATP/SLC45A2 de SEC ID no 3.

Procedimiento in vitro de diagnóstico del cáncer de piel.

La presente invención se refiere al diagnóstico del cáncer de piel y, más específicamente, a un procedimiento de diagnóstico in vitro del cáncer cutáneo para un sujeto sospechoso de tener o de estar predispuesto al cáncer cutáneo.

El conocimiento de la predisposición genética al melanoma ha evolucionado considerablemente estos últimos quince años. Se han identificado dos genes importantes de predisposición al melanoma, correspondiendo dichos genes a CDKN2A y CDK4. Estos dos genes están esencialmente implicados en la predisposición familiar y en múltiples casos esporádicos de melanomas (HUSSUSSIAN et al., Nat. Genet., vol. 8, p. 15-21, 1994; KAMB et al., Nat. Genet., vol. 8, p. 23-6, 1994; ZUO et al., Nat. Genet., vol. 12, p. 97-9, 1996) .

Unos estudios recientes han identificado unos sitios principales implicados en la susceptibilidad sobre los cromosomas 1p22 (GILLANDERS et al., Am. J. Hum. Genet., vol. 73, p. 301-13, 2003) y 9q21 (JONSSON et al., J. Natl. Cancer Inst., vol. 97, p. 1377-82, 2005) .

Por lo tanto, existen hoy día unas evidencias recurrentes de una implicación de múltiples factores genéticos en la predisposición al melanoma, y está en progreso la identificación de otras variantes genéticas asociadas a una menor contribución al riesgo de melanoma. Entre estas nuevas variantes, se pueden citar así las variantes de tipo RHC del gen MC1R, para el cual se ha demostrado que constituye un gen del melanoma de baja penetrancia (PALMER et al., Am. J. Hum Genet., vol. 66, p. 176-86, 2000; KENNEDY et al., J. Invest. Dermatol., vol. 117, p. 294-300, 2001; MATICHARD et al., J. Med. Genet., vol. 41, p:e13, 2004; STRATIGOS et al., J. Invest. Dermatol., 2006; LANDI et al., J Natl. Cancer Inst., vol. 97, p:998-1007, 2005; DEBNIAK et al., Int. J. Cancer, vol. 119, p. 2597-602, 2006; HEALY, Photodermatol. Photoimmunol. Photomed., vol. 20, p. 283-8, 2004) y que se trata como un elemento modificador del riesgo de melanoma en los individuos que tienen unas mutaciones de CDKN2A (BOX et al., Am. J. Hum. Genet., vol. 69, p:4, 2001; VAN DER VELDEN et al., Am. J. Hum. Genet., vol. 69, p:4, 2001; CHAUDRU et al., Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev., vol. 14, p:2384-90, 2005.) . Así, se han identificado cinco variantes alélicas de MC1R (D84E, R142H, R151C, R160W y D294H) por estar muy asociadas con un fenotipo caracterizado por cabello pelirrojo, piel clara, pecas y sensibilidad al sol, y son conocidas ahora bajo el término de variantes RHC.

Por lo tanto, existe también una necesidad importante de identificar otros genes implicados en la susceptibilidad al cáncer de piel con el fin de identificar claramente y completamente a los sujetos que presentan la mayor predisposición al melanoma, con el fin de seguir estos sujetos con prioridad.

La presente invención se basa en el descubrimiento de una asociación fuerte entre algunos alelos del gen MATP/SLC45A2 y el melanoma y, más específicamente, entre el alelo SLC45A2 374F y un riesgo incrementado de melanoma, mientras que el alelo SLC45A2 374L presenta un efecto protector frente al melanoma. Además, se había demostrado previamente que el alelo SLC45A2 374F estaba asociado a una disminución de la cantidad de melanina fotoprotectora (eumelanina) en la epidermis (NORTON et al., Mol Biol Evol., 24:710-22; 2007) , lo cual sugiere o bien una disminución de la expresión, o bien una pérdida de función de la proteína MATP/SLC45A2. A partir de los resultados obtenidos por los inventores, es por tanto posible concluir asimismo que la presencia del alelo 374F del gen MATP/SLC45A2 está también asociada a un riesgo incrementado de melanoma, y que la presencia del alelo SLC45A2 374L está asociada a un efecto protector contra el melanoma.

Por "gen MATP/SLC45A2" se entiende en la presente memoria el gen que codifica para la proteína transportadora asociada a las membranas (MATP) denominada originalmente AIM1, y renombrada recientemente "miembro 2 de la familia de los transportadores de soluto" (o SLC45A2) . El gen MATP/SLC45A2 está situado en el cromosoma 5p (Gen ID 51151) y presenta la secuencia tal como se describe en el número de acceso NT_006576.15 (SEC ID no 1) . La proteína MATP/SLC45A2 (Secuencia del ARNm: número de acceso NM_001012509) presenta la secuencia proteica SEC ID No 3 (número de acceso: NP_001012527) .

La proteína MATP/SLC45A2 está designada en la presente memoria indistintamente por los términos "MATP", "SLC45A2" o "MATP/SLC45A2".

Debido a su sobreexpresión establecida en ciertas líneas celulares de melanoma con respecto a su expresión en los melanocitos normales (ausencia de expresión en los tejidos normales) , el gen MATP/SLC45A2 se conocía como un antígeno de melanoma (Harada M et al., Cancer Research, 1089-1094; 2001) .

La presente invención se basa en el hecho de que el alelo SLC45A2 374F está asociado a un riesgo incrementado de melanoma, mientras que el alelo SLC45A2 374L presenta por el contrario un efecto protector frente al melanoma.

El polimorfismo SLC45A2 L374F se conocía ya en la fecha de la invención. Este polimorfismo había sido descrito en efecto en la técnica anterior como uno de los numerosos polimorfismos identificados en individuos que padecen albinismo oculocutáneo. En dichos pacientes, esta variante parece bastante común y el 8, 5% de los individuos ensayados presentan esta variante de manera heterocigota (Rundshagen U. et al., Human mutation; 23:106-110; 2004) . Sin embargo, no se sugiere el paralelismo entre este polimorfismo y la pérdida de pigmentación relacionada con el albinismo. Asimismo, Newton et al. (Am, J. Hum. Genetic; 69: 981-988; 2001) habían identificado este polimorfismo en 67 individuos, incluso en individuos con pigmentación normal, y esto de manera homocigota. Según este último artículo, la mutación L374F de la proteína SLC45A2 es "neutra" frente a los mecanismos de hipopigmentación responsables del albinismo.

Por otra parte, otros estudios han puesto en evidencia la asociación entre el alelo L374F de MATP/SLC45A2 y la pigmentación humana normal en algunas poblaciones, en particular en los afro-americanos (Norton HL et al., Mol. Biol. Evol, 24 (3) :710-722, 2007; Graf et al., Hum. Mutat., vol. 25, p. 278-84, 2005) . Sin embargo, esta asociación no se podría sugerir en la presente invención, ya que varios centenares de genes influyen en la pigmentación sin por ello estar asociados a una predisposición al melanoma (véase por ejemplo Sulem P, Nature Genetics; volumen 39, número 12, 2007) .

Así, los presentes inventores han podido demostrar por otro lado que, a pesar de que está asociada a la pigmentación, la variante de MATP/SLC45A2 374 identificada en la presente memoria predice el riesgo de melanoma de manera independiente de las características pigmentarias. Más particularmente, los presentes inventores han mostrado que el efecto SLC45A2 L374F sobre la predisposición al melanoma persiste incluso después de la estratificación sobre las características de pigmentación o en un modelo de regresión logística que integra los 2 factores de riesgo genético (MATP L374F, variantes MC1R) y los factores de riesgo clínicos (color de los ojos, del cabello, fototipo y número de nevus) . Esto sugiere que frente al riesgo de melanoma, la información relacionada con el genotipo SLC45A2 L374F no es redundante con las características de pigmentación, y que esta variante es por lo tanto un factor de riesgo de melanoma fuerte e independiente (véase también el artículo de los inventores Guedj M et al., Human Mutation 29 (9) , 1154-1160, 2008) .

En consecuencia, un primer objeto de la invención se basa en un procedimiento in vitro destinado a identificar a un sujeto que padece o que presenta una predisposición al cáncer de piel, caracterizado porque comprende la etapa de análisis de una muestra biológica que procede de dicho sujeto mediante:

a) la detección de un polimorfismo del gen MATP/SLC45A2 (SEC ID no 1) , asociado a un solo nucleótido (SNP) se selecciona de entre el grupo que comprende la SNP rs 1689182 (nucleótido N en la posición 301 de la SEC ID no 2, estando el nucleótido G asociado a un cáncer cutáneo) y que conduce a la presencia de una fenilalanina en la posición 374 de la proteína MATP/SLC45A2 (SEC ID no 3) y el SNP rs26722 (nucleótido N en la posición 301 de la SEC ID no 4, estando el nucleótido C asociado a un cáncer cutáneo) que conduce a la presencia de un residuo glutamato en la posición 272 de la proteína MATP/SLC45A2 (SEC ID no 3) .

Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "sujeto" se refiere a un mamífero, preferentemente a un ser humano.

Tal como se utiliza en la presente memoria, la expresión "muestra... [Seguir leyendo]

1. Procedimiento in vitro destinado a identificar a un sujeto que padece o que presenta una predisposición al cáncer de piel, caracterizado porque comprende la etapa de análisis de una muestra biológica de dicho sujeto mediante: 5

a) la detección de un polimorfismo del gen MATP/SLC45A2 de SEC ID no 1, asociado a un solo nucleótido (SNP) se selecciona de entre el grupo que comprende la SNP rs16891982, que corresponde al nucleótido N en la posición 301 de la SEC ID no 2, estando el nucleótido G asociado a un cáncer cutáneo y que conduce a la presencia de una fenilalanina en la posición 374 de la proteína MATP/SLC45A2 de SEC ID no 3 y el SNP

rs26722 que corresponde al nucleótido N en la posición 301 de la SEC ID no 4, estando el nucleótido C asociado a un cáncer cutáneo y que conduce a la presencia de un residuo de glutamato en la posición 272 de la proteína MATP/SLC45A2 de SEC ID no 3.

2. Procedimiento según la reivindicación 1, que comprende además la etapa b) de detección de un polimorfismo del 15 gen MC1R de SEC ID no 10.

3. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 1 o 2, caracterizado porque dicho sujeto es un mamífero, preferentemente un ser humano.

4. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, caracterizado porque dicho cáncer de piel es un melanoma.

5. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque dicho polimorfismo del gen MATP/SLC45A2 asociado a un solo nucleótido (SNP) corresponde al SNP rs16891982 que corresponde al

nucleótido N en la posición 301 de la SEC ID no 2, estando el nucleótido G asociado a un cáncer cutáneo, y que conduce a la presencia de una fenilanalina en la posición 374 de la proteína MATP/SLC45A2 de SEC ID no 3.

6. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 2 a 5, caracterizado porque dicho polimorfismo del gen MC1R asociado a una predisposición al cáncer de piel corresponde a un polimorfismo asociado a un solo nucleótido 30 (SNP) seleccionado de entre el grupo que comprende el SNP rs1805006 que corresponde al nucleótido N en la posición 26 de la SEC ID no 6, estando el nucleótido A asociado a un cáncer cutáneo, y que conduce a la presencia de un glutamato en la posición 84 de la proteína MC1R de SEC ID no 5, correspondiendo el SNP rs1805007 al nucleótido N en la posición 301 de la SEC ID no 7, estando el nucleótido T asociado a un cáncer cutáneo y que conduce a la presencia de una cisteína en la posición 151 de la proteína MC1R de SEC ID no 5, correspondiendo el

SNP rs1805008 al nucleótido N en la posición 301 de la SEC ID no 8, estando el nucleótido T asociado a un cáncer cutáneo y que conduce a la presencia de un triptófano en la posición 160 de la proteína MC1R de SEC ID no 5, correspondiendo el SNP rs1805009 al nucleótido N en la posición 26 de la SEC ID No 9, estando el nucleótido C asociado a un cáncer cutáneo y que conduce a la presencia de una histidina en la posición 294 de la proteína MC1R de SEC ID no 5.

7. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, que comprende además una etapa de análisis de la expresión del gen MATP/SLC45A2 en dicha muestra biológica.

8. Procedimiento según la reivindicación 7, caracterizado porque comprende además una etapa de comparación

del nivel de expresión del gen MATP/SLC45A2 en dicha muestra biológica con el nivel de expresión del gen MATP/SLC45A2 en una muestra control.