Métodos y usos que implican aberraciones genéticas de NAV 3 y expresión aberrante de múltiples genes.

Un método de demostración del carácter maligno de un tumor o de una subpoblación celular de un sujeto,

comprendiendo el método:

i) determinar un cambio en el número de copias de NAV3 en una muestra biológica del sujeto; y

ii) determinar la sobreexpresión de al menos un gen o un producto génico seleccionados de entre IL23R, GnRHR, beta-catenina, en la muestra biológica o en otra muestra biológica del sujeto;

iii) demostrar el carácter maligno de un tumor o de una subpoblación celular de un sujeto, cuando tanto un cambio en el número de copias de NAV3 como la sobreexpresión de al menos un gen o un producto génico seleccionados de entre IL23R, GnRHR, beta-catenina están presentes en la(s) muestra(s) del sujeto.

Mïtodos y usos que implican aberraciones genïticas de NAV 3 y expresiïn aberrante de mïltiples genes

Campo de la invenciïn La presente invenciïn se refiere a los campos de la genïtica y la oncologïa y proporciona mïtodos para detectar tumores asï como mïtodos para predecir el pronïstico de un paciente.

Especïficamente, la presente invenciïn se refiere a un mïtodo para demostrar el carïcter maligno de un tumor o de una subpoblaciïn celular de un sujeto y a un mïtodo para predecir un pronïstico de un sujeto que tiene un tumor con un cambio en el nïmero de copias y con sobreexpresiïn de al menos un gen o de un producto gïnico seleccionados de entre IL23R, GnRHR y beta-catenina. La presente invenciïn tambiïn se refiere a los usos del gen NAV3 o de su producto gïnico y al menos un gen y/o un producto gïnico seleccionado de entre IL23R, GnRHR y

beta-catenina para demostrar el carïcter maligno de un tumor o subpoblaciïn celular, prediciendo un pronïstico de un sujeto que tiene un tumor con un cambio del nïmero de copias de NAV3. Ademïs se describe el uso de un antagonista, un anticuerpo o una molïcula inhibidora de al menos un gen y/o de un producto gïnico seleccionados de listas especïficas para terapia contra el cïncer en un sujeto.

Ademïs, se describe un kit de diagnïstico que comprende herramientas para detectar el cambio en el nïmero de copias en una muestra biolïgica y herramientas para detectar la sobreexpresiïn de al menos un gen o un producto gïnico seleccionado de listas especïficas en una muestra biolïgica. La presente invenciïn tambiïn se refiere al uso de un gen NAV3 o un producto gïnico y al menos un gen y/o producto gïnico seleccionado de IL23R o betacatenina para demostrar el carïcter maligno de un tumor o una subpoblaciïn celular, para predecir un pronïstico de un sujeto con un tumor colorrectal, tumor cerebral o tumor de queratinocitos epidïrmicos y para seleccionar un tratamiento para un sujeto con un tumor colorrectal, tumor cerebral o tumor de queratinocitos epidïrmicos.

Descripciïn La progresiïn del cïncer se caracteriza por el desarrollo de inestabilidad cromosïmica, aneuploidïa, y una serie de aberraciones genïticas adquiridas que afectan genes importantes para el crecimiento celular y la supervivencia. Un ïnico gen puede afectar varias rutas crïticas y contribuir a la conversiïn de una cïlula normal en una cïlula cancerosa, que implica un proceso en etapas que requiere la activaciïn de oncogenes y la inactivaciïn de los genes supresores de tumores. La tecnologïa reciente ha posibilitado la identificaciïn de incluso mutaciones raras que contribuyen al desarrollo del cïncer.

El desarrollo del cïncer colorrectal (CRC) por medio de lesiones precursoras benignas, pïlipos adenomatosos, junto con la acumulaciïn de cambios genïticos y epigenïticos es uno de los ejemplos mejor conocidos de la carcinogïnesis multietapa. Las pruebas recientes tambiïn sugieren que el microambiente tisular es de una gran importancia en el crecimiento potencial y diseminaciïn de las cïlulas tumorales (Kim B.G. y col. 2006, Nature 441: 1015-9; Reuter J.A. y col. 2009, Cancer Cell 15: 477-88) y tal efecto puede estar impulsado por la inflamaciïn crïnica. Se sabe que el CRC estï ligado a la enfermedad inflamatoria del intestino grueso (IBD) .

La inmensa mayorïa de los cïnceres colorrectales muestra uno de los dos fenotipos principales de inestabilidad

genïmica, la inestabilidad microsatïlite (MSI) o la inestabilidad cromosïmica (CIN) , tambiïn llamada microsatïlite estable (MSS) . Aproximadamente el 85 % de los CRC se relacionan con MSS y muestran aneuploidïa y pïrdida de heterocigosidad (LOH) , y la poliposis adenomatosa cïlica (APC) o mutaciones beta-catenina son las aberraciones moleculares precoces mïs comunes en este fenotipo. Estas mutaciones dan lugar a la activaciïn de la ruta Wnt aberrante, de la que se piensa que inicia la formaciïn del adenoma de colon. Varias rutas de seïalizaciïn estïn implicadas en el desarrollo de cïnceres de colon esporïdicos. Por tanto, son necesarios varios aïos o dïcadas para desarrollar un cïncer de colon incluso si estïn presentes mutaciones del gen de la poliposis adenomatosa cïlica (APC) . Tambiïn es necesaria la activaciïn de KRAS para la progresiïn de adenomas en carcinomas como una segunda etapa (Phelps R.A. y col. 2009, Cell 37: 623-34) . Tambiïn se ha demostrado que la pïrdida de APC funcional induce la aneuploidïa in vivo por medio de una tetraploidïa transitoria (Caldwell C.M. y col. 2007, J Cell Biol

178: 1109-20) , lo que puede potenciar la idoneidad de cïlulas que contienen cromosomas rotos o reorganizados.

Hemos mostrado previamente que las aberraciones en el cromosoma 12q21, especïficamente la pïrdida alïlica en el gen navegador neuronal 3 (NAV3) , se asocian con varios subtipos de linfoma de cïlulas T cutïneo (CTCL) (Karenko L. y col. 2005, Cancer Res 65: 8101-10; Hahtola S y col. 2008, J Invest Dermatology 128: 2304-9; WO2008059112 A1) y cïnceres de pulmïn asociados a CTCL (Hahtola S y col. 2008, Genes Chromosomes Cancer

47: 107-17) . Mïs recientemente, se han descrito mutaciones de NAV3 o cambios en el nïmero de copias, respectivamente, en el melanoma (Bleeker F. y col. 2008, Human Mutation 29: E451-59) , cïncer pancreïtico (Bleeker F. y col. 2009, Hum Mutat 30 (2) : E451-9) y en glioblastomas humanos (Nord H. y col. 2009, Neuro Oncol Mar20) . Ademïs, se ha encontrado que el NAV3 es el ïnico gen que estaba expresado diferencialmente de forma 65 significativa (regulado negativamente) en el carcinoma adrenal al compararse con los adenomas adrenocorticales (Soon P.H. y col. 2009, ERC) . En el panorama de genes del cïncer, el NAV3 pertenece a los genes candidatos de cïncer “tipo colina” (CAN) que comïnmente mutan en cïnceres de mama y colon (Wood L. y col. 2007, Science 318: 1108-13) .

Se considera cada vez mïs importante concentrar los esfuerzos de investigaciïn en la identificaciïn de las rutas que estïn afectadas por las aberraciones genïticas, y de esta manera se proporcionan ademïs herramientas para diagnosticar enfermedades y para diseïar fïrmacos especïficos para tratamientos individualizados. Ahora, hemos encontrado correlaciones sorprendentes y anteriormente desconocidas entre las aberraciones de NAV3 con rutas especïficas y genes relacionados con las mismas. Por tanto, proporcionamos nuevos medios y mïtodos para diagnosticar o hacer un seguimiento del cïncer.

Estïn justificados nuevos biomarcadores o combinaciones de biomarcadores que proporcionen diagnïsticos mïs eficaces y precoces de tumores potencialmente agresivos asï como la identificaciïn de tumores susceptibles de terapias dirigidas. La presente invenciïn proporciona una soluciïn especïfica para predecir o identificar un tumor y la progresiïn del carcinoma. La presente invenciïn tambiïn desvela una herramienta para evaluar la agresividad

clïnica de los tumores y la supervivencia del paciente.

Breve descripciïn de la invenciïn El objetivo de la invenciïn, por tanto, es proporcionar mïtodos nuevos y medios para demostrar el carïcter maligno 20 de un tumor y para estadificar y hacer un seguimiento de un cïncer, tales mïtodos y medios permiten un diagnïstico preciso de la enfermedad.

Otros objetivos de la invenciïn son proporcionar mïtodos y medios para predecir el inicio del tumor o la progresiïn del tumor asï como para predecir el pronïstico de un paciente. Los mïtodos y medios de la presente invenciïn son 25 especïficos y fiables. Los mïtodos y medios permiten una buena intervenciïn terapïutica dirigida, que puede salvar vidas.

Otro objetivo mïs de la invenciïn es proporcionar nuevos biomarcadores y combinaciones de biomarcadores ïtiles en la detecciïn del cïncer asï como en las evaluaciones pronïsticas.

Demostrando las aberraciones del NAV3, ligadas a metïstasis en los ganglios linfïticos y a la inflamaciïn relevante y las rutas de proliferaciïn celular, se proporcionarï una herramienta relativamente simple y asequible para hacer un seguimiento del cïncer, especïficamente un cïncer del colon-recto, cerebro o de queratinocitos epidïrmicos. El NAV3 regula la expresiïn de otros genes y rutas de seïalizaciïn que tienen un efecto en la transformaciïn maligna y/o en el comportamiento biolïgico del tumor maligno. Por lo tanto, las rutas afectadas por NAV3 asï como las diferentes combinaciones de las mismas tambiïn son dianas para diseïar terapias contra el cïncer.

Los cambios en el nïmero de copias de NAV3, especialmente la deleciïn de NAV3, estï implicada directamente en la carcinogïnesis precoz y abre nuevas posibilidades para diagnosticar mïs precisamente... [Seguir leyendo]

1. Un mïtodo de demostraciïn del carïcter maligno de un tumor o de una subpoblaciïn celular de un sujeto, comprendiendo el mïtodo:

i) determinar un cambio en el nïmero de copias de NAV3 en una muestra biolïgica del sujeto; y ii) determinar la sobreexpresiïn de al menos un gen o un producto gïnico seleccionados de entre IL23R, GnRHR, beta-catenina, en la muestra biolïgica o en otra muestra biolïgica del sujeto; iii) demostrar el carïcter maligno de un tumor o de una subpoblaciïn celular de un sujeto, cuando tanto un cambio en el nïmero de copias de NAV3 como la sobreexpresiïn de al menos un gen o un producto gïnico seleccionados de entre IL23R, GnRHR, beta-catenina estïn presentes en la (s) muestra (s) del sujeto.

2. Un mïtodo de predicciïn de un pronïstico de un sujeto que tiene un tumor, comprendiendo el mïtodo:

i) determinar un cambio en el nïmero de copias de NAV3 en una muestra biolïgica del sujeto; ii) determinar la sobreexpresiïn de al menos un gen o un producto gïnico seleccionados de entre IL23R o betacatenina, en la muestra biolïgica o en otra muestra biolïgica del sujeto; y iii) predecir un pronïstico de un sujeto, que tiene tanto un cambio en el nïmero de copias de NAV3 como la sobreexpresiïn de al menos un gen o un producto gïnico seleccionados de entre IL23R o beta-catenina en la (s) muestra (s) .

3. Un uso del gen NAV3 o de un producto gïnico y al menos un gen y/o un producto gïnico seleccionados de entre IL23R, GnRHR, beta-catenina para demostrar el carïcter maligno de un tumor o de una subpoblaciïn celular con un cambio en el nïmero de copias de NAV3 y con sobreexpresiïn de al menos un gen o un producto gïnico seleccionados de entre IL23R, GnRHR, beta-catenina en un sujeto.

4. Un uso del gen NAV3 o de un producto gïnico y al menos un gen y/o un producto gïnico seleccionados de entre IL23R o beta-catenina para predecir el pronïstico de un sujeto.

5. El mïtodo o el uso de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el cambio en el nïmero de copias de NAV3 lo causa una deleciïn, amplificaciïn o translocaciïn del gen NAV3 o una gran parte de ïl.

6. El mïtodo o el uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el tumor es un

tumor colorrectal, tumor cerebral o tumor de queratinocitos epidïrmicos. 35

7. El mïtodo o el uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el tumor es un carcinoma.

8. El mïtodo o el uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el/los gen (es) y/o el/los producto (s) gïnico (s) estïn activados, inactivados, sobreexpresados o infraexpresados, o la cantidad del producto gïnico estï aumentada o disminuida.

9. El mïtodo o el uso de acuerdo con las reivindicaciones 1, 3 o 5-8, en el que la presencia de un tumor con un cambio en el nïmero de copias de NAV3 y con sobreexpresiïn de al menos un gen o un producto gïnico

seleccionados de entre IL23R, GnRHR, beta-catenina se asocia con metïstasis en ganglios linfïticos, alto grado de malignidad y/o baja supervivencia.

10. El mïtodo o el uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 2, 4 o 5-8, en el que la presencia de un tumor con un cambio en el nïmero de copias de NAV3 y con sobreexpresiïn de al menos un gen o un producto gïnico seleccionados de entre IL23R o beta-catenina se asocia con metïstasis en ganglios linfïticos, alto grado de malignidad y/o baja supervivencia.

11. El mïtodo o el uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1, 3 o 5-9, en el que el/los gen (es)

seleccionados de entre IL23R, GnRHR, beta-catenina, codifican una proteïna, que es una proteïna de membrana, 55 una proteïna que regula los procesos celulares o una proteïna de uniïn a nucleïtidos purïnicos.

12. El mïtodo o el uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 2, 4 5-8 o 10, en el que el/los gen (es) seleccionados de entre IL23R o beta-catenina, codifican una proteïna, que es una proteïna de membrana, una proteïna que regula procesos celulares o una proteïna de uniïn a nucleïtidos purïnicos.

13. El mïtodo o el uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1, 3 o 5-9 u 11, en el que el gen o el producto gïnico son IL23R y/o GnRHR.

14. El mïtodo o el uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el tumor cerebral 65 es un glioma.

Deleciïn de NVV3, adenoma Deleciïn de NVV3, carcinoma

Deleciïn de NAV3