Métodos de diagnóstico y tratamiento del cáncer.

Un método para predecir la respuesta de un sujeto a un tratamiento que comprendela administración de gemcitabina y pemetrexed,

el método comprendiendo;

a. la determinación de un nivel de expresión génica de ribonucleótido reductasaM1 (RRM1) y timidilato sintasa (TS) en una muestra del tumor del sujeto; y

b. la predicción de la respuesta del sujeto al tratamiento en función del nivel deexpresión génica de RRM1 y de TS en la muestra de tumor; en la cualsi el nivel de la expresión génica de RRM1 es menor o igual a un nivel dereferencia de expresión génica de RRM1; y

si el nivel de expresión génica de TS es menor que o igual a un nivel dereferencia de expresión génica de TS;

es probable que el sujeto tenga una respuesta positiva al tratamiento.

METODOS DE DIAGNOSTICO Y TRATAMIENTO DEL CANCER

REIVINDICACION DE PRIORIDAD

Esta solicitud reivindica los beneficios de la Solicitud de Patente Provisional estadounidense numeros de serie 60/944, 157, presentada el 15 de junio de 2007, y 61/039, 555, presentada el 26 de marzo de 2008.

INVESTIGACION O DESARROLLO FINANCIADO POR EL GO8IERNO FEDERAL [0002] Esta invención se ha realizado con apoyo del gobierno con la subvención numero RO1 CA102726 otorgada por el Instituto Nacional de Cancer de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos. El Gobierno tiene determinados derechos en la invención.

CAMPO TECNICO

Esta invención se refiere a metodos de diagnóstico y tratamiento del cancer, por ejemplo, carcinoma de pulmón de celulas no pequefas.

ANTECEDENTES

El cancer de pulmón es la causa mas comun de muerte por cancer en los Estados Unidos. El cancer de pulmón de celulas no pequefas (CPCNP) es el tipo mas comun de cancer de pulmón, representando mas del 80% de los canceres de pulmón. Por lo general, crece y se propaga mas lentamente que el cancer de pulmón de celulas pequefas (CPCP) . Hay tres formas principales de CPCNP, que incluyen adenocarcinomas, que normalmente se encuentran en un area exterior del pulmón; carcinomas de celulas escamosas, que normalmente se encuentran en el centro del pulmón junto a un bronquio; y carcinomas de celulas grandes, que pueden ocurrir en cualquier parte del pulmón y tienden a crecer y propagarse mas rapidamente que los otros dos tipos de CPCNP. Vease, por ejemplo, Travis et al., Cancer 75 (Suppl. 1) :191202 (1995) . [0005] El trabajo reciente ha demostrado que los genes implicados en el metabolismo de nucleótidos y reparación del ADN son determinantes importantes del comportamiento fenotipico del cancer de pulmón de celulas no pequefas (CPCNP) de estadio inicial. Especificamente, la ribonucleótido reductasa M1 (RRM1) , la subunidad reguladora de la ribonucleótido reductasa, y ERCC1, un componente de la nucleasa 5' implicado en la reparación por escisión de nucleótidos, son pronósticos de la evolución de los pacientes (8epler et al, J Clin Oncol; 22:1878-1885 (2004) ; Simon et al, Chest 127 (3) :978-83 (2005) ; Olaussen et al, N Engl J Med 355:983-991 (2006) ; Zheng et al, N Engl J Med. 356:800-808 (2007) ) . Los niveles altos de ARNm y de expresión de proteinas de esos genes estan asociados con una supervivencia larga de los pacientes y una formación de metastasis reducida en modelos animales (Gautam et al., Oncogene 22:2135-2142 (2063) ) . Ademas, se ha descubierto que los niveles altos de RRM1 en animales transgenicos protegen contra la formación del tumor de pulmón inducido por carcin6geno (Gautam et al., Cancer Res. 66:6497-6502 (2006) ) . [0006] Giovannetti et al, Molecular Pharmacology vol. 68, nO: 1, julio de 2005, paginas 110-118 revela que la sensibilidad a la gemcitabina esta correlacionada con la expresión de RRM1 en cultivo celular y que se ha encontrado una correlación similar entre pemetrexed y la expresión de la timidilato sintasa (TS) . La publicación sugiere que estos hallazgos pueden tener implicaciones en el disefo racional de los regimenes farmacológicos futuros que incorporen gemcitabina y pemetrexed. [0007] Rosell et al, Oncology, vol. 18, nO: 13, suplemento 8, noviembre de 2004, paginas 17-76 indica que la evaluación de los niveles de expresión de ARNm de RRM1 y de TS podria seleccionar pacientes que se beneficien de combinaciones de gemcitabina o pemetrexed. 8REVE RESUMEN DE LA INVENCION [0008] De acuerdo con la presente invención, se proporciona un metodo para predecir la respuesta de un sujeto a un tratamiento que comprende la administración de gemcitabina y pemetrexed, siendo el metodo como se expone en la reivindicación independiente 1. Mas caracteristicas de la invención se describen en las reivindicaciones dependientes. [0009] La presente invención se basa en el descubrimiento de que los niveles de expresión de la timidilato sintasa (TS) son pronósticos de evolución en sujetos con CPCNP, por ejemplo, CPCNP de estadio inicial (estadio I) . Ademas, el nivel de expresión de TS y de RRM1 esta correlacionado con la respuesta al tratamiento preoperatorio con una combinación sin platino, concretamente gemcitabina y pemetrexed, en pacientes con CPCNP resecable quirurgicamente. [0010] Por lo tanto, se describen en este documento metodos de predicción de resultados en sujetos con CPCNP, por ejemplo, CPCNP de estadio inicial (estadio I) . [0011] Tambien se describen metodos de selección de pacientes para tratamiento perioperatorio, por ejemplo, tratamiento pre- o postoperatorio, con agente antimetabolito sin platino, por ejemplo, gemcitabina y pernetrexed o uno de los dos. El metodo incluye la determinación de los niveles de expresión intratumoral de TS, o de TS y RRM1, y la selección de un paciente en función de los niveles de expresión. [0012] En otro aspecto, la revelación proporciona metodos para seleccionar una quimioterapia apropiada para un sujeto. Los metodos incluyen la obtención de una muestra de tumor del sujeto, la determinación de un nivel de expresión genica de la ribonucleótido reductasa M1 (RRM1) yla timidilato sintasa (TS) en la muestra del tumor y la selección de una quimioterapia apropiada en función de los niveles de expresión de RRM1 y de TS. Si los niveles de expresión de RRM1 y de TS son 5 menores o igual que la mediana del nivel de expresión de RRM1 de una cohorte de referencia, se selecciona una quimioterapia que comprende gemcitabina y pemetrexed. En algunos modos de realización, los metodos tambien incluyen la administración de la quimioterapia apropiada seleccionada al sujeto. En algunos modos de realización, los metodos tambien pueden incluir la administración de un segundo agente quimioterapeutico al sujeto, por ejemplo, una anti-tubulina o agente que contiene platino. [0013] En un aspecto adicional, la revelación proporciona metodos de tratamiento de un sujeto con cancer, por ejemplo, CPCNP; por ejemplo, CPCNP operable. El metodo incluye la selección de un sujeto en función de la presencia de niveles de expresión bajos de TS y de RRM1, y la administración al sujeto de una combinación de gemcitabina y pemetrexed, por ejemplo, en forma de cuatro tratamientos quincenales. En algunos modos de realización, los metodos tambien incluyen la determinación de los niveles de expresión intratumoral de TS o de TS y RRM1. [0014] En otro aspecto, la revelación proporciona metodos para predecir la respuesta de un sujeto a un tratamiento, por ejemplo, un tratamiento pre-o postoperatorio, con un agente antimetabolito sin platino, por ejemplo, gemcitabina y pernetrexed o uno de los dos. En otro aspecto, la revelación proporciona metodos para predecir la respuesta de un sujeto a un tratamiento que comprende la administración de gemcitabina y pemetrexed. Los metodos incluyen la obtención de una muestra de tumor del sujeto, la determinación de un nivel de expresión genica de la ribonucleótido reductasa M1 (RRM1) y la timidilato sintasa (TS) en la muestra de tumor, y la predicción de la respuesta del sujeto al tratamiento en función del nivel de expresión genica de RRM1 y de TS en la muestra de tumor. Los niveles de expresión bajos de TS y de RRM1 indican que es probable que el sujeto tenga una respuesta positiva al tratamiento.

En otro aspecto mas, la revelación proporciona metodos para proporcionar un pronóstico para un sujeto al que se le ha diagnosticado cancer de pulmón de celulas no pequefas. Los metodos incluyen la obtención de una muestra de tumor del sujeto, la determinación de un nivel de proteina timidilato sintasa (TS) citoplasmatica en la muestra de tumor y la comparación del nivel de proteina TS citoplasmatica de la muestra con un nivel de referencia de proteina TS citoplasmatica. Un nivel alto de proteina TS citoplasmatica de la muestra en comparación con el nivel de referencia es indicativo de un pronóstico bueno y un nivel bajo de proteina TS citoplasmatica en comparación con el nivel de referencia es indicativo de un pronóstico malo. En algunos modos de realización, el nivel de proteina TS citoplasmatica se determina mediante un metodo de analisis cuantitativo in situ, por ejemplo, el AQUA (analisis cuantitativo automatizado) como se describe en este documento. [0016] En otro aspecto, la revelación proporciona metodos para determinar o controlar la eficacia de un tratamiento, por ejemplo, un tratamiento pre-o postoperatorio, con un agente antimetabolito sin platino, por ejemplo, gemcitabina y pernetrexed o uno de los dos. Los metodos incluyen la determinación de un nivel de TS y/o de RRM1, antes del

tratamiento para establecer un nivel de partida, y la determinación de uno o mas niveles de TS y/o de RRM1, despues de que se haya iniciado el tratamiento. Un cambio... [Seguir leyendo]

1º Un metodo para predecir la respuesta de un sujeto a un tratamiento que comprende la administración de gemcitabina y pemetrexed, el metodo comprendiendo;

a. la determinación de un nivel de expresión genica de ribonucleótido reductasa 5 M1 (RRM1) y timidilato sintasa (TS) en una muestra del tumor del sujeto; y

b. la predicción de la respuesta del sujeto al tratamiento en función del nivel de expresión genica de RRM1 y de TS en la muestra de tumor; en la cual si el nivel de la expresión genica de RRM1 es menor o igual a un nivel de referencia de expresión genica de RRM1; y

si el nivel de expresión genica de TS es menor que o igual a un nivel de referencia de expresión genica de TS; es probable que el sujeto tenga una respuesta positiva al tratamiento.

2º El metodo de la reivindicación 1, en el cual el sujeto tiene un tumor maligno epitelial. 3º El metodo de la reivindicación 1, en el cual el sujeto tiene un cancer de pulmón, un cancer de mama, un cancer colorrectal, un cancer de cabeza y cuello o un cancer de ovario. 4º El metodo de la reivindicación 3, en el cual el cancer de pulmón es cancer de pulmón de celulas no pequefas. 5º El metodo de la reivindicación 1, en el cual el nivel de referencia de expresión genica de RRM1 es un nivel de la mediana de la expresión genica de RRM1. 6º El metodo de la reivindicación 1, en el cual el nivel de referencia de expresión genica de TS es un nivel de la mediana de la expresión genica de TS.

Valores de expresion normalizados