Firma/marcadores de proteínas para la detección de adenocarcinoma.

Un método para determinar la presencia de adenocarcinoma de páncreas en un individuo que comprende lasetapas de:

a) proporcionar una muestra de suero o plasma para ensayar;

b) determinar una firma de proteínas de la muestra de ensayo midiendo la presencia y/o la cantidad en lamuestra de ensayo de dos o más proteínas seleccionadas entre el grupo definido en la Tabla 1;

donde las dos o más proteínas seleccionadas entre el grupo definido en la Tabla 1 incluyen IL-5,y donde la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de dos o más proteínas seleccionadas entre el grupodefinido en la Tabla 1 es indicativa de la presencia de adenocarcinoma de páncreas.

Firma/marcadores de proteínas para la detección de adenocarcinoma

Campo de la invención La presente invención se refiere a métodos para el diagnóstico del adenocarcinoma pancreático, y biomarcadores y matrices para uso en el mismo.

Antecedente Uno de los desafíos que siguen existiendo en oncología es la capacidad para clasificar pacientes, con respecto a su probabilidad para experimentar la recidiva del tumor o la resistencia al tratamiento con fármacos, o su esperanza de supervivencia.

El adenocarcinoma ductal de páncreas es la neoplasia maligna más letal por sitio anatómico, con > 30.000 nuevos casos y muertes anualmente en los Estados Unidos solo y con una supervivencia de 5 años del 3-5 %. Esta extrema mortalidad es debida a la ausencia de métodos diagnósticos tempranos eficaces (5) y a una baja eficacia de las terapias existentes para la enfermedad avanzada. Incluso los pacientes (10-20 %) a los que se les ha diagnosticado un tumor quirúrgicamente extirpable, fallecen en última instancia debido a la enfermedad y a la metástasis recurrente. Una mayor capacidad para detectar y prever el cáncer es por tanto crucial para la gestión individual de cada paciente.

La tecnología de micromatrices de anticuerpos (3) tiene el potencial de proporcionar un análisis muy multiplexado (6, 7) y se ha sugerido como la plataforma de tecnología que eventualmente proporcionará una firma de proteína definida, es decir, una combinación de proteínas séricas que distinga los pacientes de cáncer de las personas sanas. La tecnología de micromatriz ha madurado ahora hasta el punto en que se han superado los obstáculos iniciales y se pueden analizar cantidades mínimas de proteínas en proteomas complejos (8-12) . Sin embargo, el perfil de expresión génica del cáncer ha demostrado solo la capacidad de prever el tiempo de supervivencia en pocos casos (1, 2) y no se asociado hasta el momento ninguna combinación de proteínas séricas con ninguno de los anteriores parámetros clínicos.

Un análisis de muestras de suero que pueda prever el tiempo de supervivencia permitiría un tratamiento del cáncer más individualizado. Se ha puesto énfasis en esto en por ejemplo, el adenocarcinoma de cáncer pancreático, donde no existen marcadores tumorales específicos aunque la mayoría de los pacientes tendrá un CA elevado de 19-9 en el momento del diagnóstico, los marcadores de pronóstico individuales han mostrado estar inconclusos (4) . Además, las soluciones no invasivas, tales como la tomografía computerizada, no son suficientemente sensibles para detectar cánceres pequeños, mientras que, por ejemplo, puede utilizarse la ultrasonografía endoscópica para supervisar a los individuos en riesgo de lesiones del páncreas (5) .

El documento WO 2006/113210 A’ divulga un método para diagnosticar la presencia de un cáncer de páncreas en un paciente, que comprende medir los niveles en suero de los marcadores en un panel de marcadores sanguíneos que comprende dos o más, tres o más, cuatro o más, cinco o más, seis o más, siete o más, ocho o más, nueve o más de IP-10, HGF, IL-8, ºFGF, IL-12p40, TNFRI, TNFRII, Eotaxin, MCP-1 y CA 19-9, donde un aumento 45 significativo de las concentraciones en suero de IP-10, HGF, IL-8, ºFGF, IL-12p40, TNFRI, TNFRII y CA 19-9 en el paciente en comparación con los correspondientes controles sanos, y una disminución significativa en los niveles en suero de Eotaxin y MCP-1 en el paciente en comparación con los correspondientes controles (supuestamente) sanos indica un diagnóstico probable de cáncer de páncreas en el paciente (véase párrafo 12) .

Comparado con este antecedente, los inventores han desarrollado ahora una solución proteómica para pronosticar el diagnóstico de cáncer e identificar los primeros conjuntos de biomarcadores séricos para la detección del cáncer de páncreas y para prever la supervivencia.

Sumario de la invención 55 De acuerdo con esto, en un primer aspecto, la invención proporciona un método para determinar la presencia de adenocarcinoma de páncreas en un individuo que comprende las etapas de:

a) proporcionar una muestra de proteína para ensayar (por ejemplo, suero o plasma)

b) determinar una firma de proteínas de la muestra de ensayo midiendo la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de dos o más proteínas seleccionadas procedentes del grupo definido en la Tabla 1;

donde las dos o más proteínas seleccionadas procedentes del grupo definido en la Tabla 1 incluyen IL-5. y donde la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de dos o más proteínas seleccionadas procedentes del

grupo definido en la tabla 1 es indicativa de la presencia de adenocarcinoma de páncreas.

Por “firma de proteínas” los inventores incluyen el significado de una combinación de la presencia y/o la cantidad de proteínas séricas presentes en un individuo que tiene cáncer y que se puede distinguir de una combinación de la presencia y/o la cantidad de proteínas séricas presentes en un individuo que no padece cáncer (tal como adenocarcinoma de páncreas) – es decir, un individuo normal o sano.

Tal como se ilustra en los Ejemplos que acompañan, la presencia y/o la cantidad de determinadas proteínas séricas presentes en una muestra de ensayo puede ser indicativa de la presencia de cáncer, tal como adenocarcinoma de páncreas, en un individuo. Por ejemplo, la presencia y/o la cantidad relativa de determinadas proteínas séricas puede ser indicativa de la presencia de cáncer, tal como adenocarcinoma de páncreas, en un individuo.

Preferentemente, el individuo es un ser humano, pero puede ser cualquier mamífero, tal como un mamífero domesticado (preferentemente de significación agrícola o comercial que incluye un caballo, cerdo, vaca, oveja, perro y gato) .

Preferentemente, el método del primer aspecto de la invención comprende además las etapas de:

c) proporcionar una muestra de suero o plasma control procedente de un individuo que no padece adenocarcinoma de páncreas; d) determinar una firma de proteínas de la muestra control midiendo la presencia y/o la cantidad en la muestra control de las dos o más proteínas medidas en la etapa (b) ;

donde la presencia de adenocarcinoma de páncreas se identifica en el caso de que la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de las dos o más proteínas medidas en la etapa (b) sea diferente de la presencia y/o la cantidad en la muestra control de las dos o más proteínas medidas en la etapa (b) .

Preferentemente, la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de las dos o más proteínas medidas en la etapa (b) es significativamente diferente (es decir, estadísticamente diferente) de la presencia y/o la cantidad en la muestra control de las dos o más proteínas medidas en la etapa (b) . Por ejemplo, tal como se describe en los Ejemplos que acompañan, la diferencia significativa entre la presencia y/o la cantidad de una proteína concreta en las muestras de ensayo y de control puede clasificarse como aquella donde p<0, 05.

Normalmente, el método del primer aspecto comprende medir la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de todas las proteínas definidas en la Tabla 1 – es decir, cada una de las 19 proteínas de la Tabla 1.

De forma alternativa, el método del primer aspecto puede comprender medir la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de 2 o 3 o 4 o 5 o 6 o 7 u 8 o 9 o 10 u 11 o 12 o 13 o 14 o 15 o 16 o 17 o 18 o 19 de las proteínas definidas en la Tabla 1.

En una realización preferida, el método del primer aspecto comprende medir la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de Rantes y/o Eotaxin y/o EI y/o TNF-b (1) y/o TNF-b (2) y/o GLP-1 y/o VEGF y/o IL-13 y/o CD40.

Se describe también en el presente documento un segundo método para determinar el tiempo de supervivencia de un individuo que padece un adenocarcinoma de páncreas que comprende las etapas de:

i) proporcionar una muestra de suero o plasma para ensayar; ii) determinar una firma de proteínas de la muestra de ensayo midiendo la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de una o más proteínas seleccionadas procedentes del grupo definido en la Tabla 2;

donde el tiempo de supervivencia de un individuo se identifica en el caso en que la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de una o más proteínas seleccionadas procedentes del grupo definido en la Tabla 2 sea indicativa de un tiempo de supervivencia de menos de 12 meses o más de 12 meses o más de 24 meses.

Preferentemente, el segundo método comprende las etapas de:

iii) proporcionar un primera muestra de suero o plasma... [Seguir leyendo]

1. Un método para determinar la presencia de adenocarcinoma de páncreas en un individuo que comprende las etapas de:

a) proporcionar una muestra de suero o plasma para ensayar; b) determinar una firma de proteínas de la muestra de ensayo midiendo la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de dos o más proteínas seleccionadas entre el grupo definido en la Tabla 1;

donde las dos o más proteínas seleccionadas entre el grupo definido en la Tabla 1 incluyen IL-5, y donde la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de dos o más proteínas seleccionadas entre el grupo definido en la Tabla 1 es indicativa de la presencia de adenocarcinoma de páncreas.

2. El método de acuerdo con la reivindicación 1 que comprende además las etapas de:

c) proporcionar una muestra de suero o plasma de control procedente de un individuo que no padece un adenocarcinoma de páncreas; d) determinar una firma de proteínas de la muestra de control midiendo la presencia y/o la cantidad en la muestra de control de las dos o más proteínas medidas en la etapa (b) ;

donde la presencia de un adenocarcinoma de páncreas se identifica en el caso de que la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de las dos o más proteínas medidas en la etapa (b) sea diferente de la presencia y/o la cantidad en la muestra de control de las dos o más proteínas medidas en la etapa (b) .

3. El método de acuerdo con la reivindicación 1 o 2 donde la etapa (b) comprende medir la presencia y/o la cantidad en la muestra de ensayo de todas las proteínas definidas en la Tabla 1.

4. El método de acuerdo con una cualquiera de las Reivindicaciones 1 a 3 donde la etapa (b) y/o la etapa (d) se llevan a cabo utilizando un primer agente de unión capaz de unirse a las dos o más proteínas. 30

5. El método de acuerdo con la reivindicación 4 donde el primer agente de unión es un anticuerpo o un fragmento del mismo.

6. El método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5 donde las dos o más proteínas en la 35 muestra de ensayo están marcadas con un resto detectable.

7. Una matriz para determinar la presencia de un adenocarcinoma de páncreas en un individuo que comprende dos o más agentes de unión tal como se ha definido en la reivindicación 4 o 5, donde la matriz comprende primeros agentes de unión para IL-5 y C5. 40

8. Uso de dos o más proteínas seleccionadas entre el grupo definido en la Tabla 1 como un marcador diagnóstico para determinar la presencia de un adenocarcinoma de páncreas en un individuo, donde las dos o más proteínas seleccionadas entre el grupo definido en la Tabla 1 incluyen IL-5.

9. Un kit para determinar la presencia de un adenocarcinoma de páncreas que comprende:

A) dos o más primeros agentes de unión tal como se ha definido en la reivindicación 7, o una matriz de acuerdo con la reivindicación 7; B) instrucciones para llevar a cabo el método tal como se define en una cualquiera de la reivindicación 1.

Tabla 1

Perfil de proteína sérica para distinguir pacientes normales frente a pacientes con cáncer de páncreas

Proteína analito Rantes Eotaxin EI (es decir, inhibidor de la esterasa C1 IL-8 MCP-1 TNF-b (1) TNF-b (2) GLP-1 VEGF IL-5 IL-4 IL-13 angiomotin C4 C3 Factor B C5 CD40

Tabla 2

Firma de proteínas séricas para distinguir los supervivientes a corto plazo (<12 meses) frente a los supervivientes a largo plazo (>24 meses) entre los pacientes con cáncer de páncreas

Proteína analito TGF-b1 Ligando de CD40 IL-4 Mucina IL-16 Rantes Eotaxin C5 MCP-4 IL-11 TNF-b IL-1ra MCP-3 IL-1a IL-8 IL-3 C3 Angiomotin LDL (1) LDL (2) Factor B Lewis Y

Tabla 3

129 fragmentos de anticuerpos recombinantes, dirigidos contra 60 proteínas séricas para uso en una micromatriz de la invención Tabla 3 (continuación) Tabla 3 continuación Tabla 3 continuación Tabla 4 Datos demográficos del paciente

* PC = adenocarcinoma de páncreas Figura 1 Figura 1 (continuación) Figura 1 (continuación) Figura 1 (continuación) Figura 2 Figura 2 (continuación) Figura 2 (continuación) Figura 2 (continuación) Figura 3 Figura 3 (continuación)