REORDENAMIENTOS DE GENES MIPOL 1-ETV1.

Un procedimiento para detectar cáncer de próstata que comprende detectar la presencia de un reordenamiento genético MIPOL1-ETV1 en una muestra biológica,

en el que la presencia en la muestra del reordenamiento genético es indicadora de cáncer de próstata en un individuo de quien se deriva la muestra.

Reordenamientos de genes MIPOL1-ETV1

Campo de la invención La presente invención se refiere a composiciones y procedimientos para el diagnóstico, la investigación y el tratamiento de cáncer, incluyendo pero no limitados a, marcadores de cáncer. En particular, esta invención se refiere a reordenamientos genéticos MIPOL1-ETV1 que son útiles como marcadores diagnósticos y objetivos clínicos para cáncer de próstata.

Antecedentes de la invención La investigación del cáncer puede identificar genes que están implicados causalmente en oncogénesis. Se han identificado diversos tipos de mutaciones somáticas que dan como resultado actividad alterada de un oncogén o gen supresor de tumores, incluyendo sustituciones de bases, inserciones de bases, deleciones de bases, translocaciones de bases y ganancias y pérdidas cromosómicas. Existen evidencias convincentes de un papel causal de reordenamientos cromosómicos en cáncer (Rowley, Nat Rev Cancer 1: 245 (2001) ) . Aberraciones cromosómicas recurrentes han sido principalmente características de leucemias, linfomas y sarcomas. Menos del 1% de los reordenamientos cromosómicos específicos de enfermedad conocidos están asociados con tumores epiteliales (carcinomas) , aunque son cánceres son mucho más comunes y contribuyen a una fracción relativamente grande de la morbilidad y mortalidad asociada con cáncer humano (Mitelman, Mutat Res 462: 247 (2000) ) . Mientras que las malignidades hematológicas a menudo se caracterizan por reordenamientos cromosómicos específicos, la mayoría de los tumores sólidos tienen una plétora de aberraciones cromosómicas no específicas. La complejidad cariotípica de los tumores sólidos se piensa que resulta de alteraciones secundarias adquiridas a través de la evolución o progresión del cáncer.

Los reordenamientos cromosómicos relacionados con el cáncer pueden resultar de dos mecanismos principales. En uno, los elementos promotores/potenciadores de un gen se reordenan de forma adyacente en un protooncogén, causando así expresión alterada de una proteína oncogénica. Este tipo de translocación se ejemplifica por medio de la aposición de genes de inmunoglobulinas (IG) y receptores de linfocitos T (TCR) al oncogen MYC, que conduce a la activación oncogénica en malignidades de linfocitos T en banda, respectivamente (Rabbitts, Nature 372: 143 (1994) ) . En el otro mecanismo, el reordenamiento da como resultado la condensación de genes, que produce una proteína de condensación que puede tener una nueva función o actividad alterada. Este tipo de translocación se ejemplifica por la condensación de genes de BCR-ABL en leucemia mielógena crónica (CML) (Rowley, Nature 243: 290 (1973) ; de Klein y cols., Nature 300: 765 (1982) ) , que condujo al desarrollo racional de mesilato de imatinib que señaló como objetivo exitosamente la cinasa BCR-ABL (Deininger y cols., Blood 105: 2640 (2005) ) .

Los reordenamientos genéticos MIPOL1-ETV1 se describen en el presente documento, lo que es útil para diagnóstico y aplicaciones terapéuticas relacionadas con tumores epiteliales humanos. Las condensaciones génicas entre gen regulado por andrógenos TMPRSS2 y miembros de factores de transcripción de familia ETS (por ejemplo ETV1) se conocen a partir del documentos de la técnica anterior WO-A-2007/033187. Dicha condensación de genes es indicadora de cáncer de próstata. El documento WO-A-2007/033187 sugiere que TMPRSS2 puede estar acompañado con miembros de la familia ETS novedosos, que son el opuesto exacto a partir de la materia sujeto de la presente invención según las reivindicaciones, a saber el acompañamiento de una ETS conocida (ETV1) con el compañero de condensación en 5' novedoso MIPOL1.

Sumario de la invención Se revela un procedimiento para el diagnóstico de cáncer de próstata que comprende detectar la presencia o ausencia de una muestra biológica de un reordenamiento genético MIPOL1-ETV1, donde la presencia en la muestra del reordenamiento genético es indicativa de cáncer de próstata en el individuo a partir de quien se obtuvo la muestra. En algunas realizaciones, la muestra es tejido, sangre, plasma, suero, orina, semen, secreciones de la próstata o células prostáticas. En algunas realizaciones, la etapa de detección comprende detectar reordenamientos cromosómicos de ADN genómico que codifica MIPOL1 y ETV1. La etapa de detección puede usar una técnica de secuenciación de ácidos nucleicos o una técnica de hibridación de ácidos nucleicos, tales como hibridación in situ (FISH) , hibridación con uno o más restos en una microdisposición, o análisis de bandas de Southern. En algunas realizaciones, la etapa de detección incluye adicionalmente amplificación de ácidos nucleicos, que pueden usar procedimientos conocidos que incluyen, pero no se limitan a, reacción en cadena de la polimerasa (PCR) , reacción en cadena de la polimerasa de transcripción reversa (RT-PCR) , amplificación mediada por transcripción (TMA) , reacción en cadena de la ligasa (LCR) , amplificación de desplazamiento de hebra (SDA) y amplificación basada en secuencia de ácidos nucleicos (NASBA) . En algunas realizaciones, la etapa de detección detecta ARNm asociado con reordenamientos genéticos MIPOL1-ETV1 o con expresión proteica resultante de reordenamientos genéticos MIPOL1-ETV1. Tal detección puede incluir análisis de ARN y/o niveles de expresión de proteínas, o determinación de las características de secuencias.

Las composiciones se describen para diagnosticar cáncer de próstata que comprenden un reactivo que detecta directa o indirectamente una junta entre material genético de ETV1 y material genético de MIPOL1 asociada con un reordenamiento genético MIPOL1-ETV1. Las realizaciones de tales reactivos incluyen: una sonda que comprende una secuencia que hibrida con la junta entre material genético de ETV1 y material genético de MIPOL1 asociada con un reordenamiento genético MIPOL1-ETV1, que puede ser la junta en la que un gen ETV1 se inserta dentro de un gen MIPOL1; una combinación de primera y segunda sondas, en la que una primera sonda comprende una secuencia que hibrida al gen ETV1 y una segunda sonda comprende una secuencia que hibrida al gen MIPOL1; y al menos un primer oligonucleótido de amplificación que comprende una secuencia que hibrida específicamente a un gen ETV1 y al menos un segundo oligonucleótido de amplificación que comprende una secuencia que hibrida específicamente con un gen MIPOL1.

En algunas realizaciones, la composición de los oligonucleótidos de amplificación también pueden incluir una sonda que hibrida específicamente a una secuencia localizada entre las secuencias hibridadas por el primer oligonucleótido de amplificación y el segundo oligonucleótido, sonda que puede hibridar específicamente con una secuencia del gen ETV1 o en el gen MIPOL1. Todas las sondas pueden unirse directa o indirectamente a una marca que proporciona una señal detectable.

Descripción de las figuras FIG. 1 ilustra el locus de ETV1 entero reordenado a 14q13.3-14q21.1 en células de cáncer de próstata LNCaP y MDA-PCa 2B. FIG. 1, a es una ilustración esquemática del locus de ETV1 en el cromosoma 7 y FIG. 1, b es una ilustración esquemática de 14q13.3-14q21.1 en el cromosoma 14 y BAC usados como sondas para hibridación in situ de fluorescencia (FISH) para detectar reordenamientos genéticos. FIG. 1, c y d ilustran FISH llevada a cabo usando BAC indicados con la marca fluorescente correspondiente en difusiones de metafase a partir de células (tetraploides) LNCaP (FIG. 1, c) y d) células (diploides) MDA-PCa 2B (FIG. 1, d) para detectar reordenamientos en el locus de ETV1 (panel izquierdo) y 14q13.3-14q21.1 (panel derecho) . LA FIG. 1, e-g, ilustran la estructura de ETV1 y 14q13.3-14q21.1 en: células normales (FIG. 1, e) , células de LNCaP (FIG. 1, f) y células de MDA-PCa 2B (FIG. 1, g) , según se determina por FISH para todas.

LA FIG. 2 muestra que el locus de ETV1 está reordenado al cromosoma 14 en células LNCaP. La FIG. 2, a-b, son ilustraciones esquemáticas de BAC usados a partir de cromosomas 7p y 14q32, respectivamente (previamente mapeado de FISH para cromosoma 14) . LA FIG. 2, c. ilustra FISH usando BAC marcados con la marca fluorescente indicada mostró dos copias de ETV1 en el cromosoma 7 y dos copias en el cromosoma 14, como se identifica por RP11-483K13.

FIG. 3 muestra la identificación del punto de corte genómico en el locus de ETV1 en células LNCaP. FIGURA 3, a ilustra FISH usada para limitar la región de punto de corte entre los BAC 12 y 2, tal como se muestra en verde en FIG. 3, b, ya que BAC 1 y 12 están colocalizados en el cromosoma... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento para detectar cáncer de próstata que comprende detectar la presencia de un reordenamiento genético MIPOL1-ETV1 en una muestra biológica, en el que la presencia en la muestra del 5 reordenamiento genético es indicadora de cáncer de próstata en un individuo de quien se deriva la muestra.

2. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que la reordenación genética MIPOL1-ETV1 comprende detectar un reordenamiento cromosómico del ADN genómico que comprende material genético de MIPOL1 y material genético de ETV1 en la misma región genómica.

3. El procedimiento de la reivindicación 2, en el que el reordenamiento cromosómico de ADN genómico usa 10 una técnica de secuenciación de ácidos nucleicos.

4. El procedimiento de la reivindicación 2, en el que detectar el reordenamiento cromosómico de ADN genómico usa una técnica de hibridación de ácidos nucleicos.

5. El procedimiento de la reivindicación 4, en el que detectar el reordenamiento cromosómico de ADN

genómico usa una técnica de hibridación de ácidos nucleicos seleccionada del grupo que consiste en:hibridación in 15 situ (ISH) , análisis de hibridación con una microselección de sondas y análisis de bandas de Southern.

6. El procedimiento de la reivindicación 2, en el que detectar el reordenamiento cromosómico de ADN genómico usa un procedimiento de amplificación de ácidos nucleicos.

7. El procedimiento de la reivindicación 6, en el que el procedimiento de amplificación de ácidos nucleicos usado se selecciona del grupo que consiste en: reacción en cadena de la polimerasa (PCR) , reacción en cadena de

la polimerasa de transcripción reversa (RT-PCR) , amplificación mediada por transcripción (TMA) , reacción en cadena de ligasa (LCR) , amplificación de desplazamiento de hebras (SDA) y amplificación basada en la secuencia de ácidos nucleicos (NASBA) .

8. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que la muestra se selecciona del grupo que consiste en tejido, sangre, plasma, suero, orina, sobrenadante de orina, sedimento celular de orina, semen, secreciones prostáticas y 25 células de próstata.

9. Una composición para detectar un reordenamiento genético MIPOL1-ETV1 asociado con cáncer de próstata que comprende al menos una de las siguientes:

a) una sonda que comprende una secuencia que hibrida específicamente a una junta en la que se inserta un gen ETV1 dentro de un gen MIPOL1; o b) un primer oligonucleótido de amplificación que comprende una secuencia que hibrida específicamente con un gen MIPOL1 y un segundo oligonucleótido de amplificación que comprende una secuencia que hibrida específicamente con un gen ETV1, oligonucleótidos que amplifican el reordenamiento genético MIPOL1-ETV1 y un medio para detectar un producto amplificado.

10. La composición de la reivindicación 9, en la que el medio para detectar un producto amplificado en (b) se 35 selecciona del grupo que consiste en sondas, tinciones intercalantes y oligonucleótidos de amplificación marcados.

11. Uso de una composición que comprende una sonda, comprendiendo dicha sonda una secuencia que hibrida específicamente con una junta en la que un gen ETV1 se inserta dentro de un gen MIPOL1, con el objeto de detectar un reordenamiento genético MIPOL1-ETV1 asociado con cáncer de próstata.

12. Uso de una composición que comprende:

a) una primera sonda que comprende una secuencia que hibrida específicamente con un gen MTPOL1; y b) una segunda sonda que comprende una secuencia que hibrida específicamente con un gen ETV1, con el objeto de detectar un reordenamiento genético MIPOL1-ETV1 asociado con cáncer de próstata.

13. Uso de una composición que comprende:

a) un primer oligonucleótido de amplificación que comprende una secuencia que hibrida específicamente con 45 un gen MIPOL1; y b) un segundo oligonucleótido de amplificación que comprende una secuencia que hibrida específicamente con un gen ETV1, oligonucleótidos que amplifican el reordenamiento genético MIPOL1-ETV1; y c) un medio para detectar un producto amplificado, con el objeto de detectar un reordenamiento genético MIPOL1-ETV1 asociado con cáncer de próstata.

Figura 1 Figura 2 Figura 3 Figura 4 Figura 5 Figura 6 Figura 7 Figura 8 Figura 9