MÉTODOS Y COMPOSICIONES PARA DIAGNOSTICAR DEGENERACIÓN MACULAR RELACIONADA CON LA EDAD.

Un método para identificar o ayudar a identificar un individuo con riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad,

o para diagnosticar o ayudar a diagnosticar degeneración macular relacionada con la edad en un individuo, que comprende ensayar una muestra obtenida del individuo en busca de la presencia de un gen de CFH variante que está correlacionado con la aparición de degeneración macular relacionada con la edad en seres humanos, en el que la presencia de un gen de CFH variante indica que el individuo tiene o tiene riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad, y el gen de CFH variante contiene una mutación entre tirosina e histidina en el aminoácido 402, siendo histidina el alelo de riesgo.

Métodos y composiciones para diagnosticar degeneración macular relacionada con la edad ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

La degeneración macular relacionada con la edad (AMD) es la causa principal de ceguera relacionada con la edad en el mundo desarrollado. Su incidencia está creciendo a medida que se prolonga el período de vida y aumenta la población de ancianos (D.S. Friedman et al., Arch Ophthalmol 122, 564 (2004) ) . Es una enfermedad crónica caracterizada por la destrucción progresiva de la región central de la retina (mácula) , provocando una pérdida visual del campo central (J. Tuo, C. M. Bojanowski, C. C. Chan, Prog Retin Eye Res 23, 229 (2004) ) . Una característica clave de la AMD es la formación de depósitos extracelulares denominados drusas que se concentran en y alrededor de la mácula detrás de la retina entre el epitelio pigmentario de la retina (RPE) y la coroides. Hasta la fecha, ninguna terapia para esta enfermedad ha demostrado ser ampliamente efectiva, especialmente en formas más avanzadas. Se han relacionado varios factores de riesgo con AMD, incluyendo la edad, tabaquismo, y antecedentes familiares (AREDS Rosoarch Group, Ophthamology 107, 2224 (2000) ) . Se han llevado a cabo estudios de asociación de genes candidatos y búsquedas de enlazamientos a nivel genómico para identificar factores de riesgo genéticos para AMD. Se ha propuesto una variedad de genes candidatos basándose en su asociación con otras enfermedades retinianas o su función conocida. Aunque algunas variantes raras de algunos de estos genes están asociadas con fenotipo de la enfermedad, no se han observado diferencias genéticas que puedan dar cuenta de una gran proporción de la prevalencia global (J. Tuo, C. M. Bojanowski, C. C. Chan, Prog Retin Eye Res 23, 299 (2004) ) . Se necesita con urgencia información adicional sobre determinantes genéticos de AMD.

SUMARIO DE LA INVENCIÓN

La presente invención se refiere a métodos para identificar o ayudar a identificar individuos con riesgo de desarrollar AMD, y métodos para diagnosticar o ayudar en el diagnóstico de AMD.

En sus diversas realizaciones, la presente invención proporciona métodos como se definen en las reivindicaciones.

Los polinucleótidos descritos aquí (por ejemplo, una sonda polinucleotídica o un cebador polinucleotídico) puede ser ADN o ARN. El polinucleótido en cuestión puede ser monocatenario o bicatenario. Las sondas y cebadores polinucleotídicos pueden tener desde alrededor de 5 nucleótidos hasta alrededor de 3000 nucleótidos, o desde alrededor de 8 nucleótidos hasta alrededor de 500 nucleótidos, o desde alrededor de 10 nucleótidos hasta alrededor de 250 nucleótidos, o alrededor de 20 nucleótidos (por ejemplo, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, ó 30 nucleótidos) , o desde alrededor de 50 hasta alrededor de 100 nucleótidos (por ejemplo, 45, 50, 55, 60, 65, 75, 85, ó 100 nucleótidos) . Los polinucleótidos pueden comprender uno o más nucleótidos no naturales o modificados. Los nucleótidos no naturales o modificados incluyen, sin limitación, nucleótidos marcados radiactivamente, fluorescentemente, o químicamente.

El cebador polinucleotídico se puede hibridar en dirección 5' o en dirección 3' de una variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición de AMD en seres humanos. En una realización, el polinucleótido se hibrida vecino a una variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición de AMD en seres humanos. Por ejemplo, la hibridación se puede producir de tal manera que unos pocos más de 10 ó 13 nucleótidos separan la variación y el extremo del cebador hibridado próximo a la variación. Como alternativa, el cebador polinucleotídico se hibrida inmediatamente adyacente a la variación o a una distancia (por ejemplo, al menos 10 nucleótidos) de una variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición de AMD en seres humanos. Por ejemplo, la hibridación se puede producir de tal manera que el extremo del cebador hibridado próximo a la variación esté 10, 25, 50, 100, 250, 1000, 5000, o hasta 10.000 nucleótidos de la variación en el gen de CFH. También se describe aquí un par de cebadores polinucleotídicos que detectan específicamente una variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición de AMD en seres humanos, en el que el primer cebador polinucleotídico se hibrida a un lado de la variación, y el segundo cebador polinucleotídico se hibrida al otro lado de la variación. Un par de cebadores polinucleotídicos que se hibridan a una región de ADN que comprende una variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición de AMD en seres humanos se puede hibridar a la región de tal manera que los extremos de los cebadores hibridados próximos a la variación estén separados de alrededor de 20 a alrededor de 10.000 nucleótidos. Como alternativa, el par de cebadores polinucleotídicos que se hibridan a una región de ADN que comprende una variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición de AMD en seres humanos se puede hibridar a la región de tal manera que los extremos de los cebadores hibridados próximos a la variación estén separados de alrededor de 100 a alrededor de 7.500 nucleótidos, o estén separados de alrededor de 200 a alrededor de 5.000 nucleótidos.

La descripción también proporciona tres o más cebadores polinucleotídicos útiles para distinguir entre dos alelos del gen de CFH (por ejemplo, un alelo de tipo salvaje y un alelo que está correlacionado con la aparición de AMD en seres humanos) . El primer cebador se hibrida a una secuencia nucleotídica que es común a ambos alelos, tal como una secuencia nucleotídica no alélica que está en dirección 5' o en dirección 3' de la variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición de AMD. Un segundo cebador se hibrida específicamente a una secuencia que es única para un primer alelo (por ejemplo, una variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición

de AMD en seres humanos) . Un tercer cebador se hibrida específicamente a una secuencia nucleotídica que es única para el segundo alelo (por ejemplo, un gen de CFH de tipo salvaje) . El conjunto de tres cebadores da como resultado la amplificación de una región de ADN que depende de qué alelo de CFH esté presente en la muestra. Por ejemplo, una región de ADN se amplifica si el gen de CFH tiene una variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición de AMD, y la otra región se amplifica si está presente en la muestra un gen de CFH de tipo salvaje. Como alternativa, dos cebadores del conjunto se pueden hibridar a una secuencia nucleotídica que es común a dos alelos del gen de CFH, tal como secuencias nucleotídicas no alélicas que están en dirección 5' o en dirección 3' de una variación en el gen de CFH que está correlacionado con la aparición de AMD en seres humanos, y un tercer cebador se hibrida específicamente a uno de los dos alelos del gen de CFH (tal como un alelo de tipo salvaje o un alelo que está correlacionado con la aparición de AMD en seres humanos.

Mediante los métodos y composiciones descritos aquí, se puede detectar una variedad de variaciones en el gen de CFH que predisponen a un individuo hacia AMD. En una realización particular, la variación codifica un aminoácido distinto de histidina en la posición 402 de la proteína de CFH. En una realización específica, la variación codifica tirosina en la posición 402 de la proteína de CFH. En otra realización, la variación codifica un aminoácido distinto de valina en la posición 62 de la proteína de CFH. En una realización específica, la variación codifica isoleucina en la posición 62 de la proteína de CFH. En otras realizaciones, los métodos y composiciones descritos aquí se pueden usar para detectar variaciones en el gen de CFH que predisponen a un individuo a AMD, tales como las enunciadas en las Tablas 4, 5 y 7. Por ejemplo, usando los métodos y composiciones descritos aquí se pueden detectar otros genes variantes, tales como aquellos en los que la variación es en una región codificante (por ejemplo, variaciones que codifican: un aminoácido distinto de serina, tal como alanina, en la posición 58 de la proteína de CFH; un aminoácido distinto de arginina, tal como histidina, en la posición 127 de la proteína de CFH; un aminoácido distinto de glutamina, tal como lisina, en la posición 400 de la proteína de CFH; un aminoácido distinto de valina, tal como isoleucina, en la posición 609 de la proteína de CFH; un aminoácido distinto de serina, tal como isoleucina, en la posición 890 de la... [Seguir leyendo]

1. Un método para identificar o ayudar a identificar un individuo con riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad, o para diagnosticar o ayudar a diagnosticar degeneración macular relacionada con la edad en un individuo, que comprende ensayar una muestra obtenida del individuo en busca de la presencia de un gen de CFH variante que está correlacionado con la aparición de degeneración macular relacionada con la edad en seres humanos, en el que la presencia de un gen de CFH variante indica que el individuo tiene o tiene riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad, y el gen de CFH variante contiene una mutación entre tirosina e histidina en el aminoácido 402, siendo histidina el alelo de riesgo.

2. Un método para identificar o ayudar a identificar un individuo con riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad, o para diagnosticar o ayudar a diagnosticar degeneración macular relacionada con la edad en un individuo, que comprende ensayar una muestra obtenida del individuo en busca de la presencia de un gen de CFH variante que está correlacionado con la aparición de degeneración macular relacionada con la edad en seres humanos, en el que la presencia de un gen de CFH variante indica que el individuo tiene o tiene riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad, y la muestra se ensaya en busca de la presencia de un gen de CFH variante mediante genotipado de SNP, siendo el SNP rs380390.

3. Un método para identificar o ayudar a identificar un individuo con riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad, o para diagnosticar o ayudar a diagnosticar degeneración macular relacionada con la edad en un individuo, que comprende ensayar una muestra obtenida del individuo en busca de la presencia de un gen de CFH variante que está correlacionado con la aparición de degeneración macular relacionada con la edad en seres humanos, en el que la presencia de un gen de CFH variante indica que el individuo tiene o tiene riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad, en el que el gen de CFH variante comprende un bloque haplotípico que consiste en el alelo A de rs2019727, el alelo C de rs10489456, el alelo T de rs3753396, el alelo C de rs380390, el alelo C de rs2284664 y el alelo G de rs1329428.

4. Un método para identificar o ayudar a identificar un individuo con riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad, o para diagnosticar o ayudar a diagnosticar degeneración macular relacionada con la edad en un individuo, que comprende ensayar una muestra obtenida del individuo en busca de la presencia de un gen de CFH variante que está correlacionado con la aparición de degeneración macular relacionada con la edad en seres humanos, en el que la presencia de un gen de CFH variante indica que el individuo tiene o tiene riesgo de desarrollar degeneración macular relacionada con la edad, y la muestra se ensaya en busca de la presencia de un gen de CFH variante mediante genotipado de SNP, siendo el SNP rs1061170.

Secuencia Polipeptídica para el Factor H del Complemento de Homo sapiens (Acceso de GenBank CAA68704)