ECT2 como diana terapéutica del cáncer de esófago.

Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago,

comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b) detectar la actividad de unión entre el polipéptido y el compuesto de prueba; y

(c) seleccionar el compuesto de prueba que se une al polipéptido.

ECT2 como diana terapéutica del cáncer de esófago.

Campo de la invención La presente invención se refiere al gen ECT2 o a un polipéptido codificado por el mismo para su uso en métodos para detectar, diagnosticar y proporcionar un pronóstico de cáncer de esófago, por ejemplo carcinoma de células escamosas de esófago (ESCC) y cáncer de pulmón, así como en métodos de tratamiento y prevención de cáncer de esófago, metástasis de cáncer de esófago, recidiva de cáncer de esófago. La presente invención da a conocer métodos para detectar, diagnosticar y proporcionar un pronóstico del cáncer, incluyendo cáncer de esófago, o cáncer de pulmón.

Antecedentes de la invención El cáncer de pulmón es la principal causa de muerte relacionada con el cáncer en el mundo. A pesar de algunos avances en la detección temprana y recientes mejoras en su tratamiento, el pronóstico de los pacientes con cáncer de pulmón sigue siendo malo (Parkin et al, Lancet Oncol. Septiembre de 2001; 2 (9) :533-43) . Por otro lado, el carcinoma de células escamosas de esófago (ESCC) es uno de los tumores malignos más letales en la familia de carcinoma gastrointestinal. La mayoría de los cánceres de esófago están avanzados en el momento de presentación y diagnóstico, haciendo que la cura sea poco probable, especialmente mediante cirugía sola (Shimada et al., Surger y . 2003; 133 (5) :486-94) . A pesar del uso de técnicas quirúrgicas modernas combinadas con modalidades de múltiples tratamientos, tales como radioterapia y quimioterapia, la tasa de supervivencia a los 5 años global sigue siendo del 40-60% (Tamoto et al., Clin Cancer Res. 2004; 10 (11) :3629-38) mientras que la del cáncer de pulmón es de sólo el 15% (Parkin et al, Lancet Oncol. Septiembre de 2001; 2 (9) :533-43) . De hecho, se notifica que se había desarrollado ESCC recurrente en casi la mitad de los pacientes que se sometieron a una resección aparentemente curativa, a una mediana del seguimiento de 37, 3 meses (Mariette et al., Cancer. 2003; 97 (7) :1616-23) . En consecuencia, se ha dirigido un gran esfuerzo de investigación hacia estudios de quimiorradiación y quimioterapia adyuvante, particularmente en la definición de los mejores regímenes desde el punto de vista de toxicidad mínima y eficacia y en un intento por predecir la respuesta. Sin embargo, los desarrollos en terapias adyuvantes y neoadyuvantes han conducido a conclusiones mixtas. Conjuntamente, estudios anteriores no han mostrado un régimen adyuvante o neoadyuvante óptimo en cuanto a beneficio de supervivencia. Por tanto, hay una urgente necesidad de herramientas de diagnóstico novedosas para la detección temprana del cáncer y terapias moleculares dirigidas que impliquen enfoques basados en anticuerpos y moléculas pequeñas.

Asimismo, se usan varios marcadores tumorales para el diagnóstico y el seguimiento de pacientes con ESCC, por ejemplo; SCC (antígeno de carcinoma de células escamosas) , CEA (antígeno carcinoembrionario) y CYFRA 21-1. Recientemente, se notificó que MK (midkina) , CD147, MMP-2 (metaloproteinasa 2 de la matriz) , MMP-26 y MMP-9 séricos en pacientes con ESCC estaban asociados con un mal pronóstico (Shimada et al., Cancer Sci. 2003; 94 (7) :628-32; Kawaguchi et al., Cancer. 2000; 89 (7) : 1413-7; Ishibashi et al., Cancer. 2004; 101 (9) :1994-2000; Yamamoto et al., Carcinogenesis. 2004;25 (12) :2353-60) . Sin embargo, en la actualidad, ningún marcador tumoral específico es clínicamente útil para la detección de ESCC en un estadio temprano y potencialmente curativo. Por tanto, se necesitan urgentemente nuevas estrategias terapéuticas y de diagnóstico tales como un desarrollo de anticuerpos y agentes moleculares dirigidos así como vacunas contra el cáncer. Varios marcadores tumorales, tales como proGPP, NSE, fragmento de citoqueratina 19 (CYFRA 21-1) , antígeno de carcinoma de células escamosas (SCC) y antígeno carcinoembrionario (CEA) están aumentados en la circulación de pacientes con cáncer de pulmón (Castaldo G, et al., J Clin Oncol. Noviembre de 1997; 15 (11) :3388-93.; Peck et al., Cancer Res. 1 de julio de 1998; 58 (13) :2761-5.; Salerno et al., Chest. Junio de 1998; 113 (6) :1526-32.) , mientras que SCC, CEA y CYFRA 21-1 para ESCC, se usan en la práctica clínica para el diagnóstico así como en el seguimiento de los pacientes (Shimada et al., Surger y . Mayo de 2003; 133 (5) :486-94, Kawaguchi et al., Cancer. 1 de octubre de 2000; 89 (7) :1413-7) . En pacientes con NSCLC, la sensibilidad de CEA era del 25% en carcinoma de células escamosas y del 50% en adenocarcinoma, mientras que la sensibilidad de SCC era del 30% en carcinoma de células escamosas (Rastel et al., Eur J Cancer. 1994; 30A (5) :601-6) . La sensibilidad de CYFRA 21-1 era del 57% en carcinoma de células escamosas y del 27% en adenocarcinoma (Rastel et al., Eur J Cancer. 1994; 30A (5) :601-6) . Según se informa, la tasa positiva de SCC sérico en pacientes con ESCC era del 18% en el estadio I, del 22% en el estadio II, del 34% en el estadio III y del 37% en el estadio IV. La incidencia de positividad para CEA en pacientes con ESCC en estadio IV era de solo el 16%. Aunque CEA no era un factor de pronóstico, se demostró que SCC era un factor de pronóstico independiente a factores de pTNM usando análisis multivariante (Shimada et al., Surger y . Mayo de 2003; 133 (5) :486-94) . Estos hechos indican que ningún marcador tumoral ha demostrado ser útil para la detección de cáncer de pulmón y ESCC en un estadio potencialmente curativo, y en la actualidad está disponible un número limitado de marcadores de pronóstico prácticos para la selección de modalidades de tratamiento para pacientes individuales.

El análisis de los perfiles de expresión génica en microalineamientos de ADNc permite el análisis exhaustivo de los perfiles de expresión génica en células cancerosas, y se han notificado algunos estudios que describen tales perfiles de transcripción. Por ejemplo, con respecto a ESCC, varios estudios notificaron los perfiles de expresión génica de ESCC humano que son candidatos como marcadores de diagnóstico o dianas terapéuticas (Luo et al., Oncogene.

2004; 23 (6) :1291-9; Kihara et al., Cancer Res. 2001; 61 (17) : 6474-9; Tamoto et al., Clin Cancer Res. 2004; 10 (11) :3629-38) . Sin embargo, todos los estudios previos en ESCC humano implicaban tejidos tumorales a granel y, puesto que ESCC contiene diversos tipos de células, tales como células mesenquimales y células inflamatorias, no pueden reflejar cambios en la expresión precisos durante la carcinogénesis de esófago (Nishida et al., Cancer Res. 2005; 65 (2) :401-9) . Por consiguiente, se necesitan estudios más precisos.

La presente invención aborda estas necesidades. Específicamente, en un esfuerzo por entender los mecanismos carcinogénicos asociados con el cáncer e identificar dianas para desarrollar agentes anticancerígenos novedosos, los presentes inventores realizaron análisis en todo el genoma, a gran escala de los perfiles de expresión génica encontrados en poblaciones purificadas de células de cáncer de esófago, incluyendo 19 muestras de ESCC purificadas mediante microdisección con microhaz láser (LMM) , usando un microalineamiento de ADNc que consistía en 32.256 genes transcritos.

Para aislar posibles dianas moleculares para el diagnóstico, el tratamiento y/o la prevención de carcinomas de esófago y de pulmón, los presentes inventores realizaron un análisis en todo el genoma de los perfiles de expresión génica de células cancerosas de 101 pacientes con cáncer de pulmón y 19 con ESCC, todas las cuales se habían purificado mediante microdisección con microhaz láser (LMM) usando un microalineamiento de ADNc (Kikuchi et al., Oncogene. 10 de abril de 2003; 22 (14) :2192-205, Int J Oncol. Abril de 2006; 28 (4) :799-805; Kakiuchi et al., Mol Cancer Res. Mayo de 2003; 1 (7) :485-99, Hum Mol Genet. 15 de diciembre de 2004; 13 (24) :3029-43. Epub 20 de octubre de 2004 ; Yamabuki T, et al, Int J Oncol. Junio de 2006; 28 (6) :1375-84) . Para verificar la relevancia biológica y clinicopatológica de los respectivos productos génicos, los presentes inventores han establecido un sistema de selección mediante una combinación del análisis de microalineamientos de tejido tumoral de materiales clínicos de cáncer de pulmón con la técnica de interferencia por ARN (iARN) (Suzuki et al., Cancer Res. 1 de noviembre de 2003; 63 (21) :7038-41, Cancer Res. 15 de diciembre de 2005; 65 (24) :11314-25; Ishikawa et al., Clin Cancer Res. 15 de diciembre de 2004; 10 (24) :8363-70, Cancer Res. 2005 Oct 15;65 (20) :9176-84; Kato et al., Cancer Res. 1 de julio de 2005; 65 (13) :5638-46; Furukawa et al., Cancer Res. 15 de agosto de... [Seguir leyendo]

1. Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b) detectar la actividad de unión entre el polipéptido y el compuesto de prueba; y

(c) seleccionar el compuesto de prueba que se une al polipéptido.

2. Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) poner en contacto un compuesto candidato con una célula que expresa el gen ECT 2; y

(b) seleccionar el compuesto candidato que reduce el nivel de expresión del gen ECT 2, en comparación con un nivel de expresión detectado en ausencia del compuesto candidato.

3. Método según la reivindicación 2, en el que dicha célula comprende una célula de cáncer de esófago.

4. Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) poner en contacto un compuesto de prueba con un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b) detectar la actividad biológica del polipéptido de la etapa (a) ; y

(c) seleccionar el compuesto de prueba que suprime la actividad biológica del polipéptido codificado por el gen ECT 2 en comparación con la actividad biológica de dicho polipéptido detectado en ausencia del compuesto de prueba.

5. Método de selección de un compuesto para tratar o prevenir cáncer de esófago, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) poner en contacto un compuesto candidato con una célula en la que se ha introducido un vector, que comprende la región reguladora de la transcripción del gen marcador ECT 2 y un gen indicador que se expresa bajo el control de la región reguladora de la transcripción;

(b) medir el nivel de expresión o actividad de dicho gen indicador; y

(c) seleccionar el compuesto candidato que reduce el nivel de expresión o actividad de dicho gen indicador, en comparación con un nivel de expresión o actividad detectado en ausencia del compuesto candidato.

6. Molécula bicatenaria que comprende una hebra sentido y una hebra antisentido, en la que la hebra antisentido consiste en una secuencia de nucleótidos que es complementaria a dicha hebra sentido, en la que dicha hebra sentido y dicha hebra antisentido se hibridan entre sí para formar dicha molécula bicatenaria, e inhibiendo dicha molécula bicatenaria la expresión del gen ECT 2, en la que la secuencia diana de la hebra sentido consiste en la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 8 o 9.

7. Uso de una cantidad farmacéuticamente eficaz de un anticuerpo, o fragmento inmunológicamente activo del mismo, que se une a una proteína codificada por el gen ECT 2 para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir cáncer de esófago.

8. Composición para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una vacuna que comprende

(a) un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b) un fragmento inmunológicamente activo de dicho polipéptido; o

(c) un polinucleótido que codifica para el polipéptido.

9. Uso de una vacuna que comprende

(a) un polipéptido codificado por el gen ECT 2;

(b) un fragmento inmunológicamente activo de dicho polipéptido; o

(c) un polinucleótido que codifica para el polipéptido;

para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir cáncer de esófago.

10. Composición para su uso en la inducción de inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición un polipéptido, un polinucleótido que codifica para el polipéptido o un vector que comprende el polinucleótido, en la que el polipéptido está codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo.

11. Uso de un polipéptido, un polinucleótido que codifica para el polipéptido o un vector que comprende el polinucleótido, en el que el polipéptido está codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo para la preparación de una composición farmacéutica para inducir una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago.

12. Composición para su uso en la inducción de una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una célula presentadora de antígeno que presenta un polipéptido codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo.

13. Uso de una célula presentadora de antígeno que presenta un polipéptido codificado por el gen ECT 2, o un fragmento del mismo para la preparación de una composición farmacéutica para inducir una inmunidad antitumoral contra cáncer de esófago.

14. Composición para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polinucleótido antisentido o ARNip contra el gen ECT 2.

15. Composición según la reivindicación 14 para su uso en el tratamiento o la prevención de cáncer de esófago, en la que dicho ARNip comprende una hebra sentido que comprende una secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 8 ó 9 como secuencia diana.

16. Uso de una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polinucleótido antisentido o ARNip contra el gen ECT 2 para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir cáncer de esófago.

17. Uso según la reivindicación 16, en el que dicho ARNip comprende una hebra sentido que comprende una secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 8 ó 9 como secuencia diana.

18. Composición para su uso en el tratamiento o prevención de cáncer de esófago, comprendiendo dicha composición una cantidad farmacéuticamente eficaz de un anticuerpo o fragmento del mismo que se une a una proteína codificada por el gen ECT 2.