Un polipéptido, que comprende la secuencia de aminoácido citada en la SEQ. ID. nº 14 y/o en la SEQ. ID. nº 16

Esta invención se refiere a la nueva proteína INSP109, aquí identificada como una proteína segregada, en particular, como un miembro de la familia defensina de las proteínas y al uso de esta proteína y de las secuencias de ácido nucleico del gen codificante en la diagnosis, prevención y tratamiento de una enfermedad.

Antecedentes

El procedimiento de descubrimiento del fármaco está experimentando actualmente una revolución fundamental a medida que la era de los genómicos funcionales alcanza la mayoría de edad. La expresión "genómicos funcionales" aplica a un planteamiento que utiliza herramientas bioinformáticas para atribuir función a las secuencias de proteínas de interés. Tales herramientas están llegando a ser crecientemente necesarias a medida que la velocidad de generación de los datos de secuencia se está dejando atrás rápidamente la capacidad de laboratorios de investigación para asignar funciones a estas secuencias de proteínas.

A medida que las herramientas bioinformáticas crecen en potencia y en seguridad, estas herramientas están reemplazando rápidamente las técnicas convencionales de caracterización bioquímica. En efecto, las herramientas bioinformáticas avanzadas usadas en identificar la presente invención son ahora capaces de producir resultados en los que puede situarse un alto grado de confianza.

Varias instituciones y organizaciones comerciales están examinando datos de secuencia a medida que llegan a estar disponibles y se están haciendo significativos descubrimientos sobre una base actual. Sin embargo, permanece una necesidad continuada de identificar y caracterizar genes adicionales y los polipéptidos que codifican, como dianas para la investigación y para el descubrimiento de fármacos.

Introducción

Proteínas Segregadas

La capacidad de las células para fabricar y segregar proteínas extracelulares es central para muchos procesos biológicos. Las enzimas, factores de crecimiento, proteínas de matriz extracelular y moléculas de señalización son todas segregadas por las células. Esto es a través de la fusión de una vesícula secretora con la membrana de plasma. En la mayor parte de los casos, pero no en todos, las proteínas están dirigidas al retículo endoplasmático y al interior de las vesículas secretoras mediante un péptido señal. Péptidos señal son secuencias que actúan en cis que afectan al trasporte de cadenas polipéptidas desde el citoplasma a un compartimento limitado con membrana tal como una vesícula secretora. Polipéptidos que son dirigidos a las vesículas secretoras son también segregados en la matriz extracelular o son retenidos en la membrana de plasma. Los polipéptidos que son retenidos en la membrana de plasma tendrán uno o más dominios transmembrana. Ejemplos de proteínas segregadas juegan un papel central en el funcionamiento de una célula son citocinas, hormonas, proteínas de matriz extracelular (moléculas de adherencia), proteasas y factores de crecimiento y diferenciación. La descripción de algunas de las propiedades de estas proteínas se describe a continuación.

Defensinas

Las defensinas forman parte del sistema innato inmune del cuerpo que actúan frente a la invasión de patógenos externos. Las defensinas de los mamíferos están divididas en tres categorías: alfa, beta y theta, basadas en el patrón de enlaces disulfuro. INSP108 e INSP109 caen en la categoría beta. Estas proteínas son catiónicas y ricas en arginina y comparten una estructura terciaria típica a pesar de las diferencias en la estructura primaria. Consisten en tres hojas beta anti-paralelas conectadas por bucles y una horquilla beta con propiedades hidrófobas sobresale ortogonalmente.

Se ha demostrado que estas proteínas tienen un amplio espectro de actividad que oscila desde bacterias Gram positivas y Gram negativas a micobacterias, hongos e incluso virus envueltos. Enlazan con las membranas plasmáticas de microbios cargadas negativamente ricas en fosfolípidos y causan destrucción, aunque el modo exacto de acción está todavía por determinar. Altas concentraciones son citotóxicas para las células de mamíferos, aunque se ha demostrado que concentraciones menores activan el crecimiento en las células epiteliales y fibroblastos, sugiriendo de ese modo un papel en la cicatrización de heridas. Se ha demostrado también que las defensinas son quimiotácticas para monocitos, leucocitos polimorfonucleares y células T. Se ha demostrado que las defensinas in vitro son activas frente a E. coli, Listeria monocitogenes, Salmonella typhimurium y Candida albicans.

El conocimiento creciente de estas proteínas es, por tanto, de extrema importancia en el crecimiento de la comprensión de los caminos subyacentes que conducen a estados de enfermedad y estados de enfermedad asociados mencionados anteriormente, y en el desarrollo de un gen más eficaz y/o terapias con fármacos para tratar estos trastornos.

Se han descubierto diversas proteínas de la familia de la defensina. El documento WO02/04487 describe las secuencias de 25 genes y polipéptidos de defensina humana. Schutte et al. (2002) PNAS 99: 2129 describe cinco agrupaciones de genes de defensina beta descubiertos usando una búsqueda por ordenador. El documento WO03/024992 describe las secuencias de 34 genes de defensina beta en el genoma humano y 48 en el genoma del ratón. Harder et al. (1997) Nature 387: 861 describe una proteína adicional beta defensina humana.

LA INVENCIÓN

Un polipéptido de acuerdo con un primer aspecto de la invención: comprende la secuencia de aminoácidos citada en SEQ ID Nº: 14 y/o SEQ ID Nº: 16;

En otra realización de este primer aspecto de la invención, se ha proporcionado un polipéptido que:

(i) consiste en la secuencia de aminoácidos citada SEQ ID Nº: 14 y/o SEQ ID Nº: 16;

(ii) el polipéptido que tiene la secuencia citada en SEQ ID Nº: 14 se denomina en

adelante "polipéptido INSP109": Aunque el Solicitante no desea limitar esta teoría, propone que los primeros 21 aminoácidos del polipéptido INSP109 forman un péptido señal.

Las secuencias de polipéptido INSP109 de longitud completa sin esta secuencia señal propuesta es citada en la SEQ ID Nº: 16.

El polipéptido que tiene la secuencia citada SEQ ID Nº: 16 se denomina en adelante "polipéptido maduro INSP109".

La expresión "polipéptidos INSP109" usada aquí incluye polipéptidos que comprenden el polipéptido INSP109 y el polipéptido maduro INSP109.

Por "funciones como miembro de la familia de la defensina" nos referimos a los polipéptidos que comprenden secuencias de aminoácidos o características estructurales que pueden ser identificadas como características conservadas dentro de los polipéptidos de la familia de la defensina, tal que la interacción del polipéptido con el receptor o ligando no está sustancialmente aceptada desfavorablemente en comparación con la función del polipéptido natural de longitud completa. En particular, nos referimos a la presencia de restos de cisteína en posiciones específicas dentro del polipéptido que permiten la formación de enlaces disulfuro intradominio. La capacidad de funcionar como una defensina puede medirse usando los ensayos descritos por Nizet et al. (Nature 2001, 414: 454-457) y Cole et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. 2002, 99(4): 1813-1818).

En un segundo aspecto, la invención proporciona una molécula de ácido nucleico purificada que codifica un polipéptido del primer aspecto de la invención.

Preferiblemente, la molécula de ácido nucleico purificada comprende la secuencia de ácido nucleico como se citó anteriormente en la SEQ ID Nº: 13 (que codifica el polipéptido INSP109) y/o la SEQ ID Nº: 15 (que codifica el polipéptido maduro INSP109) o es un equivalente redundante de una cualquiera de estas secuencias.

La invención proporciona además que la molécula de ácido nucleico purificada consista en la secuencia de ácido nucleico citada anteriormente en la SEQ ID Nº: 13 (que codifica el polipéptido INSP109) y/o la SEQ ID Nº: 15 (que codifica el polipéptido maduro INSP109).

En un tercer aspecto, la invención proporciona un vector, tal como un vector de expresión, que contiene una molécula de ácido nucleico del segundo o tercer aspecto de la invención.

En un cuarto aspecto, la invención proporciona una célula anfitriona transformada con un vector del cuarto aspecto de la invención.