PROCEDIMIENTO PARA ANALIZAR LA SECUENCIA DE UN ACIDO NUCLEICO QUE UTILIZA COLORANTES DE 4,7-DICLORO-RODAMINA.

Procedimiento para analizar la secuencia de un ácido nucleico,

que comprende las etapas que consisten en:

(a) formar una mezcla de una primera, una segunda, una tercera y una cuarta clase de polinucleótidos mediante síntesis enzimática dirigida por plantilla utilizando nucleótidos o cebadores marcados de manera que:

(i) cada polinucleótido en la primera clase comprende un primer colorante fluorescente y un nucleótido terminal 3'' complementario a la adenosina;

(ii) cada polinucleótido en la segunda clase comprende un segundo colorante fluorescente y un nucleótido terminal 3'' complementario a la citidina;

(iii) cada polinucleótido en la tercera clase comprende un tercer colorante fluorescente y un nucleótido terminal 3'' complementario a la guanosina; y

(iv) cada polinucleótido en la cuarta clase comprende un cuarto colorante fluorescente y un nucleótido terminal 3'' complementario a la timidina o uridina, en el que los espectros de emisión de los primer, segundo, tercer y cuarto colorantes fluorescentes son resolubles entre sí y en el que además por lo menos uno de los primer, segundo, tercer o cuarto colorantes fluorescentes comprende un compuesto de 4,7-dicloro-rodamina que presenta la fórmula: **(Ver fórmula)** en la que: R7-R10, R12-R16, y R18 son cada uno, independientemente entre sí, seleccionados de entre el grupo constituido por hidrógeno, flúor, cloro, metilo, etilo, alquilo C1-8, alqueno C2-8, alquino C2-8, cicloalquilo, fenilo, arilo, sulfonato, sulfona, amino, amido, nitrilo, alcoxi C 1-8 y un enlace y/o R 7 y R 8 y/o R 13 y R 14 son considerados conjuntamente y son seleccionados de entre el grupo constituido por oxígeno, azufre, iminio y alquiliminio; R11 y R17 son cada uno, independientemente entre sí, seleccionados de entre el grupo constituido por hidrógeno, alquilo C1-8, sulfonato de alquilo, carboxilato de alquilo, alqueno R2-8, alquino C2-8, cicloalquilo, fenilo, arilo y un enlace; y X1-X3 son cada uno, independientemente entre sí, seleccionados de entre el grupo constituido por hidrógeno, cloro, flúor, alquilo C1-8, amina, amida, carboxilato, sulfonato, hidroximetilo, y un enlace, en el que el compuesto de 4,7-diclororodamina está unido al polinucleótido en una de las posiciones R 7-R 18 o X 1- X3;

(b) separar los polinucleótidos sobre la base de sus tamaños; y

(c) identificar las clases de los polinucleótidos sobre la base de sus espectros de fluorescencia

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E03025777.

Solicitante: APPLERA CORPORATION.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 850 LINCOLN CENTRE DRIVE,FOSTER CITY, CA 94404.

Inventor/es: BENSON, SCOTT, C., ROSENBLUM, BARNETT, B., LEE, LINDA, G., SPURGEON, SANDRA, L., GRAHAM, RONALD, J.

Fecha de Publicación: 27 de Noviembre de 2009.

Fecha Solicitud PCT: 24 de Marzo de 2000.

Fecha Concesión Europea: 5 de Agosto de 2009.

Clasificación Internacional de Patentes:

C07H21/00G

Clasificación PCT:

C07D221/12 QUIMICA; METALURGIA. › C07 QUIMICA ORGANICA. › C07D COMPUESTOS HETEROCICLICOS (Compuestos macromoleculares C08). › C07D 221/00 Compuestos heterocíclicos que contienen ciclos de seis miembros, teniendo un átomo de nitrógeno como único heteroátomo del ciclo, no previstos por los grupos C07D 211/00 - C07D 219/00. › Fenantridinas.
C07H21/00 C07 […] › C07H AZUCARES; SUS DERIVADOS; NUCLEOSIDOS; NUCLEOTIDOS; ACIDOS NUCLEICOS (derivados de ácidos aldónicos o sacáricos C07C, C07D; ácidos aldónicos, ácidos sacáricos C07C 59/105, C07C 59/285; cianohidrinas C07C 255/16; glicales C07D; compuestos de constitución indeterminada C07G; polisacáridos, sus derivados C08B; ADN o ARN concerniente a la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos o su aislamiento, preparación o purificación C12N 15/00; industria del azúcar C13). › Compuestos que contienen al menos dos unidades mononucleótido que tienen cada una grupos fosfato o polifosfato distintos unidos a los radicales sacárido de los grupos nucleósido, p. ej. ácidos nucleicos.
C09B11/24 C […] › C09 COLORANTES; PINTURAS; PULIMENTOS; RESINAS NATURALES; ADHESIVOS; COMPOSICIONES NO PREVISTAS EN OTRO LUGAR; APLICACIONES DE LOS MATERIALES NO PREVISTAS EN OTRO LUGAR. › C09B COLORANTES ORGANICOS O COMPUESTOS ESTRECHAMENTE RELACIONADOS PARA PRODUCIR COLORANTES; MORDIENTES; LACAS (procesos de fermentación o procesos que utilizan enzimas para la síntesis de un compuesto dado C12P). › C09B 11/00 Colorantes de diaril o triarilmetano. › Ftaleínas que contienen grupos amino.

Clasificación antigua:

C07D221/12 C07D 221/00 […] › Fenantridinas.
C07H21/00 C07H […] › Compuestos que contienen al menos dos unidades mononucleótido que tienen cada una grupos fosfato o polifosfato distintos unidos a los radicales sacárido de los grupos nucleósido, p. ej. ácidos nucleicos.
C09B11/24 C09B 11/00 […] › Ftaleínas que contienen grupos amino.

Países PCT: Austria, Bélgica, Suiza, Alemania, Dinamarca, España, Francia, Reino Unido, Grecia, Italia, Liechtensein, Luxemburgo, Países Bajos, Suecia, Mónaco, Portugal, Irlanda, Finlandia, Chipre.

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