Firma genética de células T CD4+ para la artritis reumatoide (AR).

Un método para diagnosticar Artritis reumatoide en un paciente,

comprendiendo el método:

obtener una muestra de células T CD4+ del paciente; y

determinar los niveles de expresión de todos los genes del grupo que consiste en

BCL3

SOCS3

PIM1

SBNO2

LDHA

CMAH

NOG

PDCD1

IGFL2

LOC731186

MUC1

GPRIN3; y

comparar dichos niveles de expresión con niveles de expresión de referencia, en donde una diferencia en la expresión de dichos genes indica una mayor probabilidad de que el paciente tenga Artritis reumatoide (AR)

Firma genética de células T CD4+ para la artritis reumatoide (AR)

La presente invención se refiere a métodos para la identificación y el diagnóstico de la Artritis reumatoide (AR), en particular para el diagnóstico de la AR negativa para anticuerpos anti-péptido citrulinado (AAPC). Muy concretamente la invención se refiere a una firma de expresión genética que comprende 12 biomarcadores para su uso en el pronóstico o el diagnóstico de la AR.

La Artritis reumatoide (AR) es una enfermedad autoinmunitaria incapacitante, crónica con predilección por las articulaciones periféricas(l). La importancia de una terapia inmediata modificadora de la enfermedad en la mejora de los resultados clínicos es reforzada por las pautas de manejo internacionales(2). No obstante, aproximadamente 4% de los pacientes con artritis inflamatoria de reciente inicio tienen una enfermedad que no es clasificable al principio, y se dice que tienen una artritis indiferenciada (Al)(3). Recientemente, se ha desarrollado una "regla de predicción" validada para su uso entre los pacientes con Al, por medio de la cual una puntuación compuesta derivada de datos clínicos y serológicos pronostica el riesgo de progreso a AR(4). El sistema de puntuación depende en gran medida de los autoanticuerpos y, en particular, del estado del anticuerpo anti-péptido citrulinado (AAPC), destacando la especificidad del AAPC circulante para la AR(5). No obstante, el diagnóstico de la AR negativa para AAPC sigue siendo un desafío en la clínica de la artritis temprana, retrasándose con frecuencia a pesar de la aplicación de la regla de predicción(6).

Los avances tecnológicos y computacionales han permitido rutas "impulsadas por el descubrimiento", de alto rendimiento para la identificación de biomarcadores en entornos clínicos a través del perfilado de la transcripción del genoma completo(7). El análisis del transcriptoma en la AR ha estado limitado normalmente a comparaciones transversales con controles normales(8, 9), con excepciones destinadas a predecir la sensibilidad a agentes biológicos en una enfermedad establecida(1). Los trabajos recientes han demostrado el potencial de que las células mononucleares de sangre periférica (PBMC) proporcionen "firmas genéticas" de pronóstico clínicamente relevante en las enfermedades autoinmunitarias(11). La aplicación de un futuro enfoque, similar para el descubrimiento de biomarcadores predictivos en la Al debería cumplimentar algoritmos de diagnóstico existentes, a la vez que proporcionaría nuevas perspectivas de la patogénesis de la enfermedad(12). Sin embargo, el uso de PBMC para el análisis transcripcional puede dar como resultado datos que están influidos por la abundancia relativa de subconjuntos(13). Para abordar esto, se han validado protocolos para la selección positiva ex vivo rápida de subconjuntos con el fin de perfilar la transcripción(14), permitiendo el escrutinio de células patofislológlcamente relevantes en el aislamiento.

Aunque no hay un solo tipo de células implicado exclusivamente en la AR, muchas de las asociaciones genéticas establecidas y emergentes de la afección implican a las células T CD4+ como pieza clave, y las anomalías en el fenotipo de las células T CD4+ de sangre periférica están bien documentadas(15,16,51). Por ejemplo, además de la asociación reconocida hace tiempo de la enfermedad con los alelos concretos del MHC de clase II que codifican una secuencia conservada en el surco de unión del péptido ("epítopo compartido")(12), análisis de asociación genómica amplia recientes han implicado la proteína tirosina fosfatasa 22 (involucrada en la señalización de receptores de células T), el receptor de IL2, las moléculas co-estimuladoras CD28, CTLA-4 y CD4, y las moléculas transductoras de señales que definen potencialmente el linaje y activadoras de la transcripción 4 (STAT4)(17). Los autores de la presente invención han deducido por lo tanto que el transcriptoma de las células T CD4+ de sangre periférica (PB) podría representar por lo tanto un sustrato plausible para el descubrimiento de biomarcadores predictivos en la artritis temprana.

A lo largo de todo este documento se utilizan los siguientes términos.

Una muestra es cualquier material biológico obtenido de un individuo.

Un polinucleótido es una forma polimérica de nucleótidos de cualquier longitud. Los nucleótidos pueden ser o bien ribonucleótidos o bien desoxirribonucleótidos. El término abarca, pero no se limita a, ácido desoxirribonucleico (ADN) o ácido ribonucleico (ARN) de hebra sencilla, doble o múltiple, ARNm, ADN genómico, ADNc, híbridos de ADN-ARN, o un polímero que comprende bases nucleotídicas naturales, modificadas químicamente o bioquímicamente, no naturales. Tales polinucleótidos pueden incluir modificaciones tales como las requeridas para permitir el anclaje a un soporte sólido.

Un gen es una secuencia de polinucleótidos que comprende las secuencias que son expresadas en una célula en forma de ARN y las secuencias de control necesarias para la producción de un transcrito o precursor.

Un producto de expresión génica puede ser codificado por una secuencia codificante completa o por cualquier porción de la secuencia codificante.

Una sonda puede ser una molécula de ADN tal como ADN genómico o un fragmento del mismo, una molécula de ARN, una molécula de ADNc o un fragmento de la misma, un producto de PCR, un oligonucleótido sintético, o

cualquier combinación de los mismos. Dicha sonda puede ser un derivado o una variante de una molécula de ácido nucleico, tal como, por ejemplo, una molécula de ácido peptidonucleico.

Una sonda puede ser específica para una diana cuando comprende un tramo continuo de nucleótidos que son totalmente complementarios a una secuencia de nucleótidos diana (generalmente un producto de ARN de dicho gen, o un producto de ADNc del mismo). No obstante también se puede considerar que una sonda es específica si comprende un tramo continuo de nucleótidos que son parcialmente complementarios a una secuencia de nucleótidos diana. En este caso se puede interpretar que parcialmente significa que un máximo de 1% de los nucleótidos de un tramo continuo de al menos 2 nucleótidos difiere de la correspondiente secuencia de nucleótidos de un producto de ARN de dicho gen. El término complementario es bien conocido y hace referencia a una secuencia que está relacionada por medio de las reglas de emparejamiento de bases con la secuencia diana. Las sondas se diseñarán generalmente para minimizar la hibridación no específica.

Cuando se hace referencia a "uno o más" o "12 o más" o "X o más" genes, se puede entender que esto es a efectos de ilustración y no de limitación (aunque puede ilustrar las opciones mejores o preferidas).

Las listas de genes 1 - 9 referidas en la siguiente descripción se proporcionan al final de la descripción. En las listas 2-5, la columna de "ID lllumina" contiene el número de dirección de la sonda sobre lllumina WG6 (v3) BeadChip ( http://www.illumina.com/support/annotation files.ilmn). Cuando las sondas lllumina "expresadas diferencial mente" >1 que aparecen en una lista dada correspondían a una única entidad génica, los duplicados fueron eliminados. Los valores de p no corregidos se proporcionan en las listas 2-5. Los símbolos de genes oficiales y los números de acceso RefSeq se proporcionan con fines de identificación. Se proporcionan los valores no linealizados de la tasa de cambio, los valores >1 indican genes regulados al alza en grupos con AR con respecto a grupos sin AR en cualquier comparación proporcionada. (Valores <1 = regulados a la baja). Para los valores regulados a la baja, se pueden obtener datos linealizados obteniendo el recíproco negativo del valor no linealizado; esto es FC de ,75 => |FC| de - 1,33. Las listas de genes se clasifican en función de FC. Cualquier información específica de la lista adicional se proporciona en las páginas relevantes.

Con el fin de proporcionar una mayor claridad al lector, ciertas secuencias se proporcionan en su totalidad en la presente memoria. En particular, los siguientes datos de secuencias son referidos en la presente memoria;