Composiciones y métodos para detectar e identificar secuencias de ácidos nucleicos en muestras biológicas.

Una composición lista para PCR para la detección de un miembro del complejo M.

tuberculosis en una muestra biológica que comprende como componentes:

una mezcla de desoxinucleótidos trifosfatados que comprende cantidades sustancialmente equivalentes de dATP, dCTP, dGTP y dTTP, presentes colectivamente en la composición a una concentración de 0,1 mM a 1 mM;

un agente quelante seleccionado del grupo que consiste en ácido etilenglicol tetraacético, ácido hidroxietiletilendiaminotriacético, ácido dietilentriamino pentaacético, N,N-bis(carboximetil)glicina, etilendiaminotetraacético, citrato anhidro, citrato de sodio, citrato de calcio, citrato de amonio, bicitrato de amonio, ácido cítrico, citrato de diamonio, citrato de potasio, citrato de magnesio, citrato de amonio férrico, citrato de litio y cualquier combinación de estos, presente en la composición a una concentración de 0,01 mM a 1 mM;

el agente de osmolaridad de PCR N,N,N-trimetilglicina (betaína), presente en la composición a una concentración de 1 mM a 1 M;

una albúmina seleccionada del grupo que consiste en albúmina sérica bovina, albúmina sérica humana, albúmina sérica de cabra, albúmina de mamífero, y cualquier combinación de estas, presente en la composición a una concentración de 5 ng/ml a 100 ng/ml;

al menos dos sales, la primera es una sal de potasio seleccionada del grupo que consiste en cloruro de potasio y glutamato de potasio y la segunda es una sal de magnesio seleccionada del grupo que consiste en cloruro de magnesio y sulfato de magnesio, presentes colectivamente en la composición a una concentración de 50 mM a 1 M; y

un tampón seleccionado del grupo que consiste en tris(hidroximetil) aminometano (Tris), citrato, ácido 2-(Nmorfolino) etanosulfónico (MES), ácido N,N-Bis(2-hidroxietil)-2-aminoetanosulfónico (BES), 1,3- bis(tris(hidroximetil)metilamino)propano (Bis-Tris), ácido 4-(2-hidroxietil)-1-piperazinoetanosulfónico (HEPES), ácido 3-(N-morfolino)propanosulfónico (MOPS), N,N-bis(2-hidroxietil)glicina (Bicina), N- [tris(hidroximetil)metil]glicina (Tricina), ácido N-2-acetamido-2-iminodiacético (ADA), ácido N-(2-acetamido)-2- aminoetanosulfónico (ACES), piperazina-1,4-bis(ácido 2-etanosulfónico) (PIPES), bicarbonato, fosfato, y cualquier combinación de estos, presente en la composición a una concentración de 1 mM a 1 M y con un pH de 6,5 a 9,0, en donde el pKa del tampón está dentro de una unidad del pH de la composición a una temperatura ambiental, en donde los componentes se combinan con agua libre de nucleasas; y en donde la composición comprende uno o más colorantes;

una polimerasa termoestable presente en una cantidad de 0,05 U a 1 U;

una sonda de detección etiquetada que se une a una secuencia de ácido nucleico amplificada por PCR que es específica para los miembros del complejo M. tuberculosis, en donde la sonda de detección etiquetada es una secuencia específica de Mycobacterium de 20 a 35 nucleótidos de longitud y comprende la secuencia de la SEQ ID NO 4 o la SEQ ID NO 7; y

un par de cebadores de PCR configurados para amplificar por PCR la secuencia de ácido nucleico que es específica para los miembros del complejo M. tuberculosis, presentes colectivamente en la composición a una concentración de 0,5 μM a 50 μM, en donde cada cebador de PCR es de 18 a 35 nucleótidos de longitud.