Firmas del resultado clínico en tumores estromales gastrointestinales y método de tratamiento de tumores estromales gastrointestinales.

Método para la predicción in vitro de la supervivencia y/o el pronóstico metastásico de tumores estromales gastrointestinales (GIST),

caracterizado por que comprende la medición del nivel, en una muestra biológica obtenida de un paciente de GIST, de un agrupamiento de polipéptidos o polinucleótidos que consiste en Aurora cinasa A (AURKA), en el que GIST se clasifica en un grupo con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de más del 80 %, cuando AURKA se regula por aumento en comparación con un grupo sin ningún riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, en el que AURKA se regula por disminución e inferior a 9,13, donde 9,13 se calcula a partir de la expresión media de AURKA de muestras tumorales estratificadas.

Firmas del resultado clínico en tumores estromales gastrointestinales y método de tratamiento de tumores estromales gastrointestinales.

Campo técnico

La presente invención se refiere a un método para la predicción in vitro de la supervivencia y/o el pronóstico metastásico de tumores estromales gastrointestinales (GIST) . Describe un kit para (i) la predicción in vitro del resultado de supervivencia de un paciente que padece GIST, (ii) y/o el desarrollo de metástasis en un paciente 10 tratado para o que padece GIST, (ii) y/o la predicción de la eficacia de un tratamiento para GIST. La presente invención también describe un método para buscar compuestos para el uso en el tratamiento de GIST, y un compuesto para su uso en el tratamiento de GIST.

Por lo tanto, la presente invención tiene utilidad en los campos médico y farmacéutico, especialmente en el campo 15 de diagnóstico.

En la descripción a continuación las referencias en entre corchetes se refieren al listado de referencias situado al final del texto.

Antecedentes de la Invención

Los tumores estromales gastrointestinales (GIST) son los tumores mesenquimales más frecuentes del tracto gastrointestinal y suponen aproximadamente el 25 % de los sarcomas de tejidos blandos. Se cree los GIST surgen de células intestinales de Cajal (1) , o de una célula progenitora común (2) . 25

La tirosina cinasa KIT o el receptor del factor derivado de plaquetas a (PDGFRA) que activa las mutaciones son eventos oncogénicos tempranos en los GIST. La mayor parte de los GIST (80 %) se caracterizan por la activación de mutaciones del receptor de tirosina cinasa KIT, mientras que un subconjunto (8 %) alberga el receptor del factor derivado de plaquetas (mutaciones PDGFRA (3, 4) . Además de estas mutaciones, se producen otros cambios 30 genéticos, siendo las alteraciones más frecuencias indicadas las deleciones 14q, 22q y 1p (5) . En líneas generales, la citogenética de GIST es bastante sencilla y los desequilibrios principalmente implican cromosomas completos o brazos de cromosomas. Particularmente, los perfiles moleculares y citogenéticos de GIST se correlacionan con el avance de la enfermedad. No obstante, se ha observado que los cambios son más frecuentes y más complejos en los tumores avanzados (6) . Además, la base genética del pronóstico metastásico de los GIST es aún ampliamente 35 desconocida.

La gestión clínica de los GIST consiste principalmente en la resección quirúrgica con terapia dirigida de adyuvante o neo-adyuvante con mesilato de Imatinib (Gleevec, anteriormente STI571, Novartis Pharma AG) que se ha demostrado que se dirige a la señalización aberrante de KIT o PDGFRA por la activación de mutaciones (7) . La 40 mayoría de los casos puede curarse únicamente mediante resección quirúrgica, pero el 20-40 % de los pacientes recaen, siendo la metástasis hepática distante la manifestación más común de la enfermedad recurrente.

Se han propuestos muchos criterios patológicos en base al sitio de tumor, el tamaño, el tipo de células, el grado de necrosis y la velocidad mitótica para predecir el pronóstico de pacientes con GIST. Se logró un consenso por el 45 National Institute of Health (NIH) en 2001 para calcular el riesgo relativo de GIST en base al tamaño del tumor y el recuento mitótico (8) y en 2006, el Armed Forces Institute of Pathology (AFIP) propuso un sistema actualizado que tiene en cuenta también una ubicación tumoral (9) . Incluso si estos dos sistemas son particularmente eficientes en la determinación del riesgo metastásico de los GIST, se basan en un reflujo histopatológicco indirecto de la agresividad tumoral. Además, los valores límite para estos criterios se han determinado empíricamente conduciendo a una 50 subjetividad que es inevitable en las evaluaciones de los patólogos especializados. Por lo tanto, existe la necesidad de comprender más profundamente la biología que subyace de la agresividad de los GIST con el fin de identificar biomarcadores objetivos que mejoren la especificidad y la reproducibilidad de la predicción del pronóstico.

El desarrollo de un método independiente del investigador valido y fiable de pronóstico de GIST es esencial para la 55 adecuada gestión clínica de pacientes con GIST, especialmente en el contexto de un tratamiento adyuvante, donde muchos pacientes se exponen a imatinib mientras que únicamente una pequeña proporción se beneficiará probablemente de dicho tratamiento (19) .

Para conseguir este fin, ya se ha usado el perfil genómico y de expresión pero únicamente se han notificado 60 resultados parciales y heterogéneos. A nivel genómico, se ha mostrado que el nivel de complejidad del genoma aumenta con la estadio del tumor (6, 10) , pero no se ha definido ningún umbral y no se ha propuesto ninguna alteración específica excepto para las alteraciones p16INK4A cuya función en el desarrollo de la metástasis es aún controvertido (11-16) . A nivel de expresión, Yamaguchi y col. han propuesto una firma de expresión génica: identificaron CD26 como un marcador de pronóstico pero únicamente en los GIST de origen gástrico. No obstante, 65 los autores concluyeron que CD26 puede no ser la causa de la progresión maligna de los GIST gástricos. Además, esta firma se limita como se ha establecido únicamente en algunos casos (32 GIST) , predice el resultado únicamente en GIST gástricos (pero no en GIST del intestino delgado) y no se ha comparado con métodos de clasificación histopatológica considerados como la "regla de oro" (17) .

En los pocos análisis del perfil genómico o de expresión que usan un número más reducido de GIST que se han 5 realizado antes de este estudio, únicamente uno (35) presenta un análisis integrativo que recopila el perfil geonómico y de transcripción como se presenta aquí. Este estudio se basó en 25 pacientes y tenía el objetivo de identificar genes diana situados en las regiones alteradas descritas en los últimos 15 años. Básicamente, muchos estudios han descrito el genoma de los GIST y han demostrado que la citogenética de los GIST es bastante sencilla, que se refleja únicamente por algunas aberraciones, siendo las deleciones más frecuentes que las ganancias (6, 10, 10 11, 12, 36, 37) . Todos estos estudios concluyeron que las deleciones cromosómicas 14, 22 y 1p son las aberraciones más frecuentes. También se ha mostrado que los cambios son más frecuentes en los GIST de alto riesgo y demasiado malignos GIST que en los GIST de riesgo bajo/intermedio (6, 10) , pero aún no se ha identificado una fuerte asociación entre una alteración y el pronóstico, excepto las alteraciones CDKN2A como se ha analizado anteriormente. Al nivel de expresión, la mayor parte de los estudios se han establecido para mejorar la delineación 15 del diagnóstico (38, 39) o para identificar diferencias de expresión de acuerdo con un estado de mutación de KIT o PDGFRA (40-42) .

La AURKA, codificada por un gen que mapea el cromosoma 20q13, es una proteína cinasa centrosomal mitótica (20) . Es un oncogén bien conocido, cuya función principal en el desarrollo tumoral es el control de la segregación 20 cromosómica durante la mitosis (21) . La amplificación génica y la sobreexpresión de AURKA se han descrito ampliamente en muchos tipos de cáncer (22) . En particular, conforme se ha demostrado claramente que la sobreexpresión de AURKA induce anormalidades de duplicación centrosomal-distribución y aneuploidía que conducen a la transformación en células de cáncer de mama (23) . Realmente, los centrosomas mantienen la estabilidad genómica a través del establecimiento del cuerpo del huso bipolar durante la división celular, asegurando 25 una segregación equivalente de cromosomas replicados a dos células hijas. La expresión de AURKA también se ha asociado a un mal diagnóstico principalmente en carcinoma mamario (24) , carcinoma de colon (25, 26) , neuroblastoma (27) y carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (28) . Tomados juntos, estos datos indican que la regulación por aumento de la expresión de AURKA puede ser un evento impulsor principal en el establecimiento de la complejidad genómica que conduce a una reprogramación de la expresión génica salvaje, 30 creando las condiciones óptimas para el desarrollo de metástasis. Los inhibidores de AURKA se encuentran actualmente bajo estudio clínico (29-33) .

Yamashita y col. ("Chromosomal numerical abnormality profiles of gastrointestinal stromal tumors", Japanese Journal of clinical oncology, vol. 36, N 2, 2006-02, páginas 85-92) describen el examen por medio de FISH de la anormalidad 35 cromosómica en GIST, con el fin de probar una anormalidad numérica cromosómica (CNA) como un posible predictor biológico del comportamiento... [Seguir leyendo]

1. Método para la predicción in vitro de la supervivencia y/o el pronóstico metastásico de tumores estromales gastrointestinales (GIST) , caracterizado por que comprende la medición del nivel, en una muestra biológica obtenida de un paciente de GIST, de un agrupamiento de polipéptidos o polinucleótidos que consiste en 5 Aurora cinasa A (AURKA) , en el que GIST se clasifica en un grupo con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de más del 80 %, cuando AURKA se regula por aumento en comparación con un grupo sin ningún riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, en el que AURKA se regula por disminución e inferior a 9, 13, donde 9, 13 se calcula a partir de la expresión media de AURKA de muestras tumorales estratificadas. 10

2. Método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que dicha medición del nivel del agrupamiento de polipéptidos es una medición del nivel de expresión de un agrupamiento de polinucleótidos que consiste en AURKA.

3. Método de acuerdo con una cualquiera de la reivindicación 1 a 2, que comprende el cálculo del Índice 15 Genómico (IG) , es decir, el número y tipo de alteraciones del genoma de GIST, de acuerdo con la fórmula como se indica a continuación:

IG = A2 x C, 20

en la que A es el número de alteraciones en el genoma de GIST y C es el número de cromosomas implicados en el GIST.

4. Método de acuerdo con la reivindicación 3, en el que GIST se clasifica en un grupo de supervivencia sin metástasis ni enfermedad cuando AURKA se regula por disminución y el IG es igual o inferior a 10. 25

5. Método de acuerdo con la reivindicación 3, en el que GIST se clasifica en un grupo con bajo riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años igual al 0 %, cuando la expresión de AURKA es igual o inferior a la media de expresión de AURKA y el IG es igual o inferior a 10, siendo dicha media la media de la expresión de AURKA en varios GIST. 30

6. Método de acuerdo con la reivindicación 3, en el que GIST se clasifica en un grupo con alto riesgo de desarrollar metástasis en 5 años, es decir, con un riesgo de desarrollar metástasis en 5 años de más del 75 %, cuando la expresión de AURKA es más de la media de la expresión de AURKA y el IG es más de 10, siendo dicha media la media de la expresión de AURKA en varios GIST. 35