Clasificación, estadificación y pronóstico del cáncer mediante el uso de osteopontina-C.

Método para clasificar el cáncer de mama en un paciente, que consiste en:



determinar el nivel de expresión de osteopontina-c (OPN-c) en una muestra de cáncer de mama y comparar dicho nivel de expresión con un control o valor de referencia,

de manera que la presencia de mayores niveles de OPN-c indica que el paciente tiene un mayor grado de cáncer de mama y la presencia de menores niveles de OPN-c indica que el paciente tiene un menor grado de cáncer de mama.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2008/080162.

Solicitante: VENTANA MEDICAL SYSTEMS, INC..

Inventor/es: MIRZA,MANA, SHAUGHNESSY,ELIZABETH, HURLEY,JOHN K, VANPATTEN,KRISTIE A, PESTANO,GARY, WEBER,GEORG F.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12Q1/68 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.

PDF original: ES-2538362_T3.pdf

 


Fragmento de la descripción:

Clasificación, estadificación y pronóstico del cáncer mediante el uso de osteopontina-C ÁMBITO DE LA PRESENTE INVENCIÓN

Esta solicitud de patente se refiere a métodos para clasificar, estadificar y pronosticar cánceres como el de mama, por ejemplo el carcinoma ductal in situ (DCIS) o el carcinoma lobular ¡n sltu (LCIS), y a kits utilizables para tales métodos.

ANTECEDENTES

Aproximadamente el 2% de las mujeres sometidas a procedimientos de biopsias mamarias son diagnosticadas de cáncer de mama en base a una evaluación histológica convencional. La mayor parte de biopsias se obtiene con una aguja gruesa de punción y aspiración, y en caso de error de muestreo o de interpretación se puede infravalorar la enfermedad detectada. Además las fases iniciales de cáncer de mama (carcinoma ductal in situ (DCIS) o carcinoma lobular in situ (LCIS)) son difícilmente diferenciables, por una parte, de los crecimientos benignos y; por otra, de los cánceres invasivos. Hay un 3-5% de riesgo de que el DCIS, si no se trata, progrese hasta un carcinoma mamario. Actualmente no se dispone de marcadores moleculares para identificar esta fracción de DCIS de alto riesgo. Esto dificulta la decisión de si el paciente debe tratado con lumpectomía, lumpectomía más radiación o terapia hormonal, o resección total de la mama. Aunque la investigación ha identificado un gran número de biomoléculas que están desreguladas o son defectuosas en el cáncer de mama, relativamente pocas de ellas se usan de manera general en el diagnóstico histológico. En concreto no se han establecido firmemente marcadores que predigan la invasividad. Se necesitan mejores predictores moleculares de la progresión, a fin de facilitar las decisiones racionales sobre los tratamientos.

Para el diagnóstico del cáncer de mama se utilizan generalmente varios marcadores. Los marcadores tumorales CA15.3, CA27.29 y CEA aprobados por la U S. Food and Drug Administration y recomendados por la ASCO son útiles para controlar la terapia del cáncer de mama avanzado o su recurrencia. Estos marcadores séricos todavía carecen de la adecuada sensibilidad (inferior al 25%) y especificidad (inferior al 7%) para ser aplicables a la detección del carcinoma mamario en fase temprana en una gran población [1,2]. El receptor de estrógeno (ER) y el receptor de progesterona (PR) facilitan las decisiones sobre la terapia, pero son medidas de pronóstico débil [2-4]. La sobreexpresión del HER2 se asocia a un mal pronóstico, pero este mecanismo solo existe aproximadamente en un tercio de los cánceres de mama.

Se están estudiando algunos marcadores tumorales como predictores de la progresión del cáncer de mama. El transcripto y la proteína del represor transcripcional EZH2 del grupo Polycomb son persistentemente elevados en el carcinoma mamario invasivo, en comparación con los epitelios mamarios normales. Los niveles de proteína EZH2 se relacionan considerablemente con la agresividad del cáncer de mama [5]. El VEGF está fuertemente relacionado con la uPA en la población nodo-positiva. Los pacientes con altos niveles de VEGF presentan malos resultados, con mayor riesgo de subcategoría nodo-positiva. Además los carcinomas ductales infiltrantes expresan mayores niveles de uPA y VEGF que los carcinomas intralobulares [6]. Hay múltiples líneas celulares malignas de cáncer de mama que sobreexpresan el gen metastásico de osteopontina y la transfección de este gen en líneas celulares benignas de epitelio tumorigénico de mama trasmite un comportamiento invasivo [7]. Por tanto la osteopontina se ha identificado como un marcador de pronóstico relacionado con la supervivencia del paciente. No obstante la osteopontina también puede encontrarse en tejido no tumoral y en el plasma de individuos sanos [8, 9].

La osteopontina puede servir como una citocina y como una molécula de matriz extracelular. Puede favorecer la migración y proteger de la muerte celular programada después de unirse a ciertos receptores de integrina o a una variante de CD44 en la superficie celular. Las funciones biológicas de los productos genéticos relacionados con la metástasis son reguladas ampliamente a los niveles postranscripcionales y postranslacionales [1]. Por consiguiente la osteopontina secretada por varias células tiene diferentes características estructurales [11, 12] y las formas de osteopontina derivadas de tumores son más pequeñas que la osteopontina secretada por células no transformadas [13]. Los transcriptos de tres variantes de empalme de osteopontina se expresan en líneas celulares de tumores de mama invasivos, pero no en líneas celulares de tumores de mama no invasivos [14],

El empalme alternativo de osteopontina tiene lugar en la secuencia anterior al dominio central de fijación de integrina y al dominio C-terminal de fijación de CD44. La osteopontina-b carece del exón 5 y la osteopontina-c del exón 4.

RESUMEN

A pesar de que la adquisición de invasividad es una etapa crítica en los carcinomas mamarios en fase temprana (tales como CIS) ninguno de los marcadores moleculares establecidos identifican de manera fiable la progresión del tumor. El gen metastásico de osteopontina (OPN) está sujeto a empalmes alternativos que producen tres mensajes, osteopontina-a (OPN-a), osteopontina-b (OPN-b) y osteopontina-c (OPN-c). Aquí se demuestra que la OPN-c es un biomarcador del cáncer de mama. El mensaje de ARN para OPN-c estuvo presente en 16 de 2 cánceres (8%),

pero fue indetectable en 22 muestras normales obtenidas de mamoplastia reductora. En cambio el ARN de OPN-a se expresó a varios niveles en 2 cánceres mamarios, once tejidos circundantes de tumor y 21 muestras normales. La variante de empalme OPN-b estuvo presente a niveles apenas detectables en 18 de 2 cánceres y en seis de 22 mamas normales. Por inmunohistoquímica resultaron negativas 66 de 69 mamas normales y tres mostraron un bajo nivel de tinción. Entre los cánceres de mama, 43 de 56 biopsias con aguja gruesa (77%) dieron tinción positiva de OPN-c. Correlacionada con el grado tumoral, la tinción de OPN-c aumentó de grado 1 a grado 3. La OPN-c detecta una mayor proporción de cánceres mamarios que el receptor de estrógeno (ER), el receptor de progesterona (PR) o el receptor 2 del factor de crecimiento epidérmico humano (HER2). En 178 muestras de mama analizadas la OPN-c estuvo presente en el 78% de los cánceres, el 36% de tejidos circundantes y el % de tejidos normales. Por tanto la OPN-c puede servir como marcador selectivo para diagnosticar y pronosticar el cáncer de mama. También se puede usar en un panel diagnóstico junto con marcadores convencionales de cánceres mamarios como ER, PR y HER2.

En base a estas observaciones se ofrecen métodos para clasificar el cáncer de mama (como el CIS) de un paciente. El método incluye la detección o la medición de OPN-c en una muestra de mama, donde la presencia de niveles relativamente altos de OPN-c indica que el paciente tiene un mayor grado (p.ej. una forma más agresiva) de cáncer de mama, tal como uno de grado 3. En cambio, cuando en la mama o en otra muestra de cáncer se detectan niveles relativamente bajos de OPN-c, esto indica que el paciente tiene un menor grado (p.ej. una forma menos agresiva) de cáncer de mama, como por ejemplo de grado 1. En algunos ejemplos de esta exposición la referencia a los grados de tumoración (es decir, según la escala 1-3) está basada en el sistema Scarff-Bloom-Richardson [15]. Sin embargo un experto en la materia apreciará que se pueden emplear otros métodos y que la calificación puede variar entre muestras o con el uso de diferentes reactivos de detección. La detección de una cantidad mayor de OPN-c (p.ej. 3 en una escala de a 3) indica que el paciente tiene un mayor grado (p.ej. una forma más agresiva) de cáncer de mama, tal como uno de grado 3, mientras que si la cantidad de OPN-c detectada es menor (p.ej. 1 en una escala de a 3), indica que el paciente tiene un menor grado (p.ej. una forma menos agresiva) de cáncer de mama, como por ejemplo de grado 1. Se puede emplear cualquier método de detección que permita detectar proteínas OPN-c (p.ej. utilizando anticuerpos de OPN-c) o moléculas de ácido nucleico de OPN-c (p.ej. utilizando sondas o cebadores de ácido nucleico de OPN-c).

El método también puede incluir la detección o la medición de otros marcadores de cáncer en la muestra, tales como los marcadores de cáncer de mama ER, PR y/o HER2. Por ejemplo, niveles bajos de ER o niveles altos de HER2 y significativamente elevados de OPN-c (en algunas muestras también un PR bajo) en la muestra de cáncer de mama indica que el paciente tiene un cáncer mamario de grado 2 o 3, mientras que menores niveles de OPN-c y en algunos casos también menores niveles de HER2 (y en algunos ejemplos,... [Seguir leyendo]

 


Reivindicaciones:

1. Método para clasificar el cáncer de mama en un paciente, que consiste en:

determinar el nivel de expresión de osteopontina-c (OPN-c) en una muestra de cáncer de mama y comparar dicho nivel de expresión con un control o valor de referencia,

de manera que la presencia de mayores niveles de OPN-c indica que el paciente tiene un mayor grado de cáncer de mama y la presencia de menores niveles de OPN-c indica que el paciente tiene un menor grado de cáncer de mama.

2. El método de la reivindicación 1, en que el cáncer de mama es un carcinoma ductal in situ (DCIS).

3. El método de la reivindicación 1 o 2, que además consiste en determinar uno o más entre: niveles de expresión del receptor de estrógeno (ER) en la muestra de cáncer de mama; niveles de expresión del receptor de progesterona (PR) en la muestra de cáncer de mama; y

niveles de expresión del receptor 2 del factor de crecimiento epidérmico humano (HER2) en la muestra de cáncer de mama y comparar dichos niveles de expresión con un control o valor de referencia, de modo que la ausencia ER y PR detectable y la presencia de OPN-c y HER2 detectable en la muestra de cáncer de mama indica que el paciente tiene un cáncer de mama más agresivo,

la presencia de ER, PR detectable y menores niveles de expresión de HER2 y OPN-c indica que el paciente tiene un cáncer de mama menos agresivo, y la presencia de niveles de expresión importantes de HER2 y OPN-c en la muestra de cáncer de mama indica que el paciente tiene un cáncer de mama más agresivo.

4. El método de la reivindicación 1, en que la determinación del nivel de expresión de OPN-c consiste en detectar proteína de OPN-c.

5. El método de la reivindicación 1, en que la determinación del nivel de expresión de OPN-c consiste en detectar moléculas de ácido nucleico de OPN-c.

6. El método de la reivindicación 1, que además comprende la determinación del nivel de expresión de OPN-c en tejido no canceroso adyacente al tejido canceroso, en tejido normal o en ambos.

7. El método de la reivindicación 1 o 2, en que la muestra de cáncer de mama es negativa para uno o más receptores entre PR, ER y HER2.

8. El método de la reivindicación 1 o 2, que además comprende la elección de un protocolo de tratamiento del paciente basado en la detección de la OPN-c.

9. El método de la reivindicación 8, que además comprende la elección de un protocolo agresivo cuando se detecta OPN-c en la muestra de cáncer.

1. El método de la reivindicación 1 o 5, en que el nivel de expresión de OPN-c se normaliza respecto al nivel de expresión de un gen de mantenimiento.


 

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